معلومة

كيفية تنزيل أنواع مختلفة من البيانات من NCBI eutils؟

كيفية تنزيل أنواع مختلفة من البيانات من NCBI eutils؟


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

لقد كنت أبحث عن eutils NCBI وأتمنى الحصول على بعض "البيانات الضخمة" منه. أعلم أنه يمكنني إنشاء استعلامات للاستعلام عن واحدة من (أعتقد) 8 قواعد بيانات ، مثل هذا:

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/einfo.fcgi؟db=nucleotide&id=2765657

الذي يستعلم عن قاعدة بيانات النيوكليوتيدات للحصول على معرف 2765657.

أنا أبحث عن استعلام سيعود إليك:

  1. تسلسل علم الوراثة.

  2. التعليقات التوضيحية الوظيفية للتسلسلات (مثل exons و introns)

  3. الميتاداتا (مثل الكروموسوم)

هل سيتمكن أي شخص من عرض مثال على كيفية البحث في eutils للحصول على عينات من السجلات كما هو موضح أعلاه؟

سأحتاج إلى معرفة:

  1. أي قاعدة بيانات للبحث؟
  2. كيف تسرد السجلات المتاحة؟
  3. كيف يتم الاستعلام عن عينة من السجلات؟

أي مساعدة سيكون موضع تقدير كبير.

تشكرات.


قد يكون تنزيل كل هذا باستخدام بحث الأدوات الإلكترونية مرهقًا حيث سيتعين عليك البحث في قواعد بيانات متعددة. بالنسبة لاحتياجاتك الخاصة ، سيكون ملف GTF / GFF3 جيدًا. بشكل أساسي ، يحتوي ملف GTF / GFF على شروح الجينوم (مواضع الميزات) ويتضمن ميزات مثل exons و CDS وفي بعض الحالات رموز خاصة (مثل تلك الخاصة بـ selenocysteine). لن يحتوي هذا الملف على التسلسلات ولكن يمكنك استرداد التسلسلات من ملف Fasta لتسلسل الجينوم المقابل باستخدام الإحداثيات الموضحة في ملف GTF. هناك العديد من الأدوات البرمجية التي يمكنها القيام بذلك ؛ على سبيل المثال gffread و bedtools-getfasta (يمكنك حتى كتابة البرنامج النصي الخاص بك والذي لن يكون صعبًا للغاية).

يمكنك تنزيل GTF وملفات الجينوم المقابلة لها من هذه المصادر:

  • ENSEMBL (العديد من الكائنات الحية)
  • NCBI-RefSeq (العديد من الكائنات الحية)
  • متصفح الجينوم UCSC (العديد من الكائنات الحية)
  • GENCODE (للإنسان والفأر) و modENCODE (للديدان Caenorhabditis و Drosophila)

يجب أن تنظر في تفاصيل تجميع الجينوم. قد يكون للإصدارات / المصادر المختلفة نطاقات مختلفة من التنظيم.


الوصول إلى قواعد بيانات Entrez الخاصة بـ NCBI¶

Entrez (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Search/entrezfs.html) هو نظام لاسترجاع البيانات يوفر للمستخدمين الوصول إلى قواعد بيانات NCBI مثل PubMed و GenBank و GEO وغيرها الكثير. يمكنك الوصول إلى Entrez من مستعرض ويب لإدخال الاستعلامات يدويًا ، أو يمكنك استخدام وحدة Biopython's Bio.Entrez للوصول البرمجي إلى Entrez. يسمح لك هذا الأخير على سبيل المثال بالبحث في PubMed أو تنزيل سجلات GenBank من داخل نص Python النصي.

تستفيد وحدة Bio.Entrez من Entrez Programming Utilities (المعروفة أيضًا باسم EUtils) ، والتي تتكون من ثماني أدوات موصوفة بالتفصيل على صفحة NCBI على https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25501/ . تتوافق كل أداة من هذه الأدوات مع وظيفة Python واحدة في وحدة Bio.Entrez ، كما هو موضح في الأقسام أدناه. تتأكد هذه الوحدة من استخدام عنوان URL الصحيح للاستعلامات ، وأنه لا يتم إجراء أكثر من طلب واحد كل ثلاث ثوانٍ ، كما هو مطلوب من قبل NCBI.

عادةً ما يكون الإخراج الذي تم إرجاعه بواسطة Entrez Programming Utilities بتنسيق XML. لتحليل هذا الإخراج ، لديك عدة خيارات:

  1. استخدم محلل Bio.Entrez لتحليل ناتج XML في كائن Python
  2. استخدم محلل DOM (نموذج كائن المستند) في مكتبة Python القياسية
  3. استخدم محلل SAX (واجهة برمجة تطبيقات بسيطة لـ XML) في مكتبة Python القياسية
  4. اقرأ مخرجات XML كنص خام ، وقم بتحليلها عن طريق البحث عن السلاسل ومعالجتها.

لمحللي DOM و SAX ، راجع توثيق Python. تمت مناقشة المحلل اللغوي في Bio.Entrez أدناه.

يستخدم NCBI ملفات DTD (تعريف نوع المستند) لوصف بنية المعلومات الموجودة في ملفات XML. يتم تضمين معظم ملفات DTD التي يستخدمها NCBI في توزيع Biopython. يستخدم المحلل اللغوي Bio.Entrez ملفات DTD عند تحليل ملف XML تم إرجاعه بواسطة NCBI Entrez.

من حين لآخر ، قد تجد أن ملف DTD المرتبط بملف XML معين مفقود في توزيع Biopython. على وجه الخصوص ، قد يحدث هذا عندما يقوم NCBI بتحديث ملفات DTD الخاصة به. إذا حدث هذا ، سيعرض Entrez.read رسالة تحذير بالاسم وعنوان URL لملف DTD المفقود. سيستمر المحلل اللغوي في الوصول إلى ملف DTD المفقود عبر الإنترنت ، مما يسمح بمتابعة تحليل ملف XML. ومع ذلك ، يكون المحلل اللغوي أسرع بكثير إذا كان ملف DTD متاحًا محليًا. لهذا الغرض ، يرجى تنزيل ملف DTD من عنوان URL في رسالة التحذير ووضعه في الدليل. حزم الموقع / Bio / Entrez / DTDs ، التي تحتوي على ملفات DTD الأخرى. إذا لم يكن لديك حق الوصول للكتابة إلى هذا الدليل ، فيمكنك أيضًا وضع ملف DTD فيه

يمثل دليلك الرئيسي. منذ قراءة هذا الدليل قبل الدليل. site-packs / Bio / Entrez / DTDs ، يمكنك أيضًا وضع إصدارات أحدث من ملفات DTD هناك إذا كانت موجودة. حزم الموقع / السيرة الذاتية / Entrez / DTDs أصبحت قديمة. بدلاً من ذلك ، إذا قمت بتثبيت Biopython من المصدر ، يمكنك إضافة ملف DTD إلى دليل Bio / Entrez / DTDs الخاص بكود المصدر ، وإعادة تثبيت Biopython. سيؤدي هذا إلى تثبيت ملف DTD الجديد في الموقع الصحيح مع ملفات DTD الأخرى.

يمكن لأدوات Entrez Programming Utilities أيضًا إنشاء مخرجات بتنسيقات أخرى ، مثل تنسيقات ملفات Fasta أو GenBank لقواعد بيانات التسلسل ، أو تنسيق MedLine لقاعدة بيانات الأدبيات ، الذي تمت مناقشته في محللات القسم المتخصصة.


الاتجاه المستقبلي

الإضافات المقترحة إلى Chado

نعتقد أن Chado يمكنه تقديم نموذج لتخزين السجلات التي يستضيفها NCBI. لسوء الحظ ، وجدنا أن بعض المفاهيم قد تتطلب تعديلات على تعريفات جدول Chado. قد يكون تجميع NCBI أو سجل الجينوم ، على سبيل المثال ، نتيجة لسلسلة من البرامج أو التحليلات المنفصلة التي أجرى الباحث نتائجها والتي تم دمج نتائجها لإنشاء تجميع الجينوم النهائي. ومع ذلك ، كما ذكرنا سابقًا ، يجب أن يكون سجل التحليل في Chado صراحة تنفيذ برنامج حسابي واحد. هذا يعني أنه يجب علينا إنشاء سجل في ملف التحليلات جدول لكل برنامج فردي يتم تشغيله في خط الأنابيب.

هناك العديد من الاحتمالات لتعديل Chado لاستيعاب البيانات الوصفية التي تصف هذه البيانات بسهولة. أولاً ، التجميع ، على سبيل المثال ، هو مجموعة من الخطوات يتم تنفيذها بالترتيب. على الرغم من أنها ليست آلية ، إلا أنها تشكل ناتج "سير عمل" علمي. ال التحليلات لذلك يمكن توسيع تعريف الجدول ليشمل سير العمل العلمي. ثانيًا ، يمكن أن يقدم Chado جدولًا جديدًا مصممًا لوصف عمليات سير العمل. سيتم تصميم الجدول لتخزين خطوط الأنابيب التحليلية المرتبطة ، والمعلمات الخاصة بهم ، وبيانات الإدخال وبيانات الإخراج. يمكن أن يكون هذا الجدول متوافقًا مع نماذج البيانات التجريبية الحالية مثل ISA-commons (18) أو COPO (https://copo-project.org/).

من الابتلاع إلى التصدير

ركزت هذه الورقة على توفير وسيلة ملائمة لاستيراد البيانات الوصفية من NCBI إلى قاعدة بيانات Chado التي يستضيفها موقع Tripal. العديد من الميزات التي توفرها Tripal للبحث عن مجموعات البيانات وتنظيمها وضمها مناسبة تمامًا لتصدير البيانات والبيانات الوصفية مرة أخرى إلى NCBI أيضًا. تمتلك قاعدة بيانات المجتمع الثلاثية الوسائل اللازمة لتنظيم عملية تقديم بيانات المستخدم النهائي والتعليقات التوضيحية بشكل كبير ، وحزمها وإرسالها إلى NCBI. قد تسهل الوحدات الثلاثية المستقبلية لتقديم NCBI ذلك. على سبيل المثال ، قد يوافق المجتمع على طلب أنواع خصائص متخصصة خاصة بالمجال من أجل عمليات إرسال BioSample. ستكون النتيجة النهائية تجربة مستخدم مبسطة ولكن مع التزام مجتمعي أفضل ومتخصص بالبيانات وأفضل الممارسات للبيانات الوصفية.

استدامة الوحدة

الإصدار الحالي من تريبال ، الإصدار 3.1 ، مبني على دروبال الإصدار 7 ، والذي لن يتم دعمه بعد نوفمبر 2021. نتوقع أن يستمر تطوير تريبال كور نحو دعم دروبال الإصدار 8. تم تطوير تريبال 3.1 ليكون متوافقًا مع دروبال 8. لذلك نتوقع أن يكون تحديث وحدة Tripal EUtils إلى دروبال 8 أمرًا سهلاً.


كيفية تنزيل أنواع مختلفة من البيانات من NCBI eutils؟ - مادة الاحياء

أثناء الوباء ، كان من الضروري تتبع مكان انتشار الفيروس التاجي في الداخل والخارج في الوقت الفعلي. لكن غالبًا ما يكون من الصعب على مسؤولي الصحة العامة معرفة ما إذا كانت التغييرات في العدد المبلغ عنه لحالات COVID-19 بمرور الوقت تعكس حقًا انتشار الفيروس أو ما إذا كانوا مرتبكين بالتغييرات [& # 8230]

الإعلان عن إعادة شرح مجموعات جينوم RefSeq للإشريكية القولونية وأربعة أنواع أخرى!

لقد قمنا بإعادة شرح جميع جينومات RefSeq للإشريكية القولونية ، والسل المتفطرة ، والعصية الرقيقة ، والبكتيريا الأسينية pittii ، والكامبيلوباكتر الصائم باستخدام أحدث إصدار من PGAP. ستجد أن المزيد من الجينات لديها الآن رموز جينية (مثل recA). أشارت ملاحظاتك إلى أن نقص الرموز كان عائقًا أمام التحليل المقارن ، لذلك نأمل أن يستمر هذا التحسين & # 8230 مواصلة القراءة الإعلان عن إعادة شرح مجموعات الجينوم RefSeq للإشريكية القولونية وأربعة أنواع أخرى! & # 8594

عناصر البيانات المشتركة: زيادة مشاركة البيانات العادلة

وظيفة ضيف بواسطة Carolina Mendoza-Puccini ، MD ، مسؤول برنامج CDE ، قسم البحوث السريرية ، المعهد الوطني للاضطرابات العصبية والسكتة الدماغية (NINDS) وكينيث ج.ويلكنز ، دكتوراه ، الإحصائي الرياضي ، برنامج الإحصاء الحيوي ومكتب دعم البحوث السريرية ، المكتب من مدير المعهد الوطني للسكري وأمراض الجهاز الهضمي والكلى (NIDDK) المنشورات السابقة المنشورة في Musings & # 8230 مواصلة قراءة "عناصر البيانات المشتركة: زيادة مشاركة البيانات FAIR"


بيوبيثون

يحتوي Biopython على مجموعة كبيرة من الإجراءات الفرعية التي قد تكون مفيدة باستخدام البيانات البيولوجية. تم وصف Biopython في Biopython: أدوات Python متاحة مجانًا للبيولوجيا الجزيئية والمعلوماتية الحيوية. المعلوماتية الحيوية. 2009 125 يونيو (11): 1422-3. دوى: 10.1093 / المعلوماتية الحيوية / btp163. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19304878؟dopt=Abstract وله مفصل كتاب الطبخ Biopython والبرنامج التعليمي http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html يصف العديد من الأشياء التي يقوم بها.

لكي تعمل هذه الأمثلة ، يجب أن تكون قادرًا على تشغيل python من Bio import SeqIO من بيئة python الخاصة بك وعدم تلقي أي خطأ. يتم تضمين Biopython مع توزيع anaconda python لتوزيع Canopy python ، وهو متاح كوحدة نمطية.

سنعرض + مثالاً على كيفية الحصول على البيانات من NCBI باستخدام EFETCH + أمثلة عن كيفية مرور Biopython عبر بيانات FASTA و FASTQ و GENBANK وأين توجد البيانات داخل الكائنات الناتجة + سنقدم بعض التمارين للقيام بأشياء على التسلسل واحدًا تلو الآخر ، مثل استرجاع التسلسلات بمعرف معين أو اختيار جين واحد تلقائيًا من جينوم مشروح.

الحصول على البيانات المرجعية & # 8211NCBI & # 39s EUTILS

تقع مقارنة التسلسل في قلب المعلوماتية الحيوية لإجراء مقارنات مفيدة ، فأنت بحاجة إلى بيانات (تسلسلات) لمقارنة تسلسلاتك الجديدة والمثيرة. يوفر NCBI واجهة للسماح بالتنزيل الآلي لمنتجات البيانات (التسلسلية) المتنوعة باستخدام طلبات HTTP GET.

وثائق هذه الواجهة ، المسماة EUTILS ، موجودة هنا: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25499/

يمكن فعل أي شيء تقريبًا على موقع ويب NCBI أو محرك بحث باستخدام EUTILS & # 8211 لاسترداد الملخصات المنشورة ، والبحث في SRA عن مجموعات بيانات NGS ، والبحث عن واسترجاع الجينومات المرجعية. هنا سوف نصف استعادة بيانات التسلسل (تسلسل البروتين ، تسلسل الجينوم ، أو الجينوم مع التعليقات التوضيحية) باستخدام efetch. تم وصف إجراءات أخرى في Eutils.md.

يحتوي Biopython على إجراءات فرعية تأخذ خيارات ومعلمات EFETCH & # 39s وتعيد كائنات python. هذا يحفظنا من الاضطرار إلى كتابة التعليمات البرمجية التي تتحدث مباشرة إلى NCBI & # 39s EFETCH API ، مما يحررنا من قضاء وقتنا في مكان آخر.
نحتاج فقط إلى معرفة كيفية استخدام هذه الإجراءات الفرعية.

يحتوي الاسترجاع على مثال لاستخدام طريقة Entrez.efetch biopython لاسترداد سجلات بنك الجينات عن طريق تحديد رقم التعريف الخاص بهم.

`` python #! / usr / bin / env python & # 39 '& # 39 هذا مثال على Entrez.efetch. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25499/#الفصل 4_إحضار '''

accessionno = & quotNC_012920 & quot # هذا هو التسلسل المرجعي للميتوكوندريون البشري Entrez.email = [email protected] # أخبر NCBI دائمًا من أنت. وإصلاح خطأ Sytnax. Entrez.tool = & quotSoftwareCarpentryBootcamp & quot تأكيد Entrez.email! = لا شيء # تأكد من أنك أخبرت NCBI من أنت قبل المتابعة


1 إجابة 1

هناك نوعان من البيانات التي يمكنك الحصول عليها من GTEx. الأول هو ملخص الإحصائيات ، وهو أساسًا المنحدرات والقيم p التي تراها في boxplot. يمكنك أيضًا الحصول على مستويات التعبير لجميع الجينات المقاسة في GTEx.

ومع ذلك ، من أجل رسم مخطط boxplot بنفسك ، تحتاج أيضًا إلى بيانات النمط الجيني. هذا غير متاح للجمهور بسبب مشاكل الخصوصية. من أجل الحصول عليه ، يجب عليك التقديم عليه على dbGaP. أعتقد أنه يمكنك العثور على المعلومات ذات الصلة على موقع GTEx على الويب.


CytoHubba: تحديد كائنات المحور والشبكات الفرعية من التفاعل المعقد

خلفية: تعد الشبكة طريقة مفيدة لتقديم العديد من أنواع البيانات البيولوجية بما في ذلك تفاعلات البروتين والبروتين ، وأنظمة الجينات ، والمسارات الخلوية ، وتحويل الإشارات. يمكننا قياس العقد من خلال ميزات شبكتها لاستنتاج أهميتها في الشبكة ، ويمكن أن تساعدنا في تحديد العناصر المركزية للشبكات البيولوجية.

نتائج: نقدم مكونًا جديدًا لـ Cytoscape cytoHubba لترتيب العقد في الشبكة من خلال ميزات الشبكة الخاصة بهم. يوفر CytoHubba 11 طريقة تحليل طوبولوجي بما في ذلك الدرجة ، والمكون المتعرج للحافة ، ومكون الجوار الأقصى ، وكثافة مكون الجوار الأقصى ، ومركزية الحد الأقصى للعقبة وستة مراكز (عنق الزجاجة ، ومركز EcCentricity ، والقرب ، والرابطية ، والإجهاد) استنادًا إلى أقصر المسارات. من بين الطرق الإحدى عشرة ، تتميز الطريقة الجديدة المقترحة ، MCC ، بأداء أفضل في دقة التنبؤ بالبروتينات الأساسية من شبكة الخميرة PPI.

الاستنتاجات: يوفر CytoHubba واجهة سهلة الاستخدام لاستكشاف العقد المهمة في الشبكات البيولوجية. يحسب جميع الطرق الإحدى عشرة بطريقة تسوق واحدة. إلى جانب ذلك ، يستطيع الباحثون الجمع بين cytoHubba والمكونات الإضافية الأخرى في مخطط تحليل جديد. ستؤدي الشبكة والشبكات الفرعية التي تم التقاطها بواسطة استراتيجية التحليل الطوبولوجي هذه إلى رؤى جديدة حول الشبكات التنظيمية الأساسية وأهداف العقاقير البروتينية لعلماء الأحياء التجريبية. وفقًا لإحصاءات تنزيل البرنامج المساعد cytoscape ، بلغ العدد التراكمي لـ cytoHubba حوالي 6700 مرة منذ عام 2010.


3 أمثلة

تمت تغطية الوظائف التي يتم تناولها في هذا القسم بمزيد من التفصيل في ملف DBI و RSQLite وثائق الحزمة. نحن نغطي ما يكفي هنا فقط لنكون مفيدًا.

مرة أخرى ، نتصل بقاعدة البيانات.

تسرد الدالة dbListTables كافة الجداول الموجودة في قاعدة بيانات SQLite التي تتم معالجتها بواسطة كائن الاتصال.

هناك أيضًا وظيفة dbListFields التي يمكنها سرد حقول قاعدة البيانات المرتبطة بالجدول.

في بعض الأحيان يكون من المفيد الحصول على مخطط SQL الفعلي المرتبط بالجدول. هنا ، نحصل على مخطط الجدول لجدول gpl.


قاعدة بيانات STRING في عام 2017: أصبحت شبكات ارتباط البروتين والبروتين الخاضعة للتحكم في الجودة ، متاحة على نطاق واسع

يتطلب الفهم على مستوى النظام للوظيفة الخلوية معرفة جميع التفاعلات الوظيفية بين البروتينات المعبر عنها. تهدف قاعدة بيانات STRING إلى جمع هذه المعلومات ودمجها ، من خلال دمج بيانات ارتباط البروتين البروتين المعروفة والمتوقعة لعدد كبير من الكائنات الحية. تتضمن الارتباطات في STRING تفاعلات مباشرة (جسدية) ، بالإضافة إلى تفاعلات غير مباشرة (وظيفية) ، طالما أن كلاهما محدد وذو مغزى بيولوجيًا. بصرف النظر عن جمع وإعادة تقييم البيانات التجريبية المتاحة حول تفاعلات البروتين والبروتين ، واستيراد المسارات المعروفة ومجمعات البروتين من قواعد البيانات المنسقة ، يتم اشتقاق تنبؤات التفاعل من المصادر التالية: (1) تحليل منهجي للتعبير المشترك ، (2) اكتشاف انتقائي مشترك إشارات عبر الجينوم ، (3) التنقيب الآلي عن النصوص في الأدبيات العلمية و (4) النقل الحسابي لمعرفة التفاعل بين الكائنات على أساس تقويم الجينات. في أحدث إصدار 10.5 من STRING ، تتعلق أكبر التغييرات بنشر البيانات: تمت إعادة تصميم واجهة الويب بالكامل لتقليل الاعتماد على تقنيات المتصفح القديمة ، ويمكن الآن أيضًا الاستعلام عن قاعدة البيانات من داخل إطار عمل برنامج Cytoscape الشهير. تشمل التحسينات الإضافية التحليل الآلي للخلفية لمدخلات المستخدم من أجل الإثراء الوظيفي وخيارات التنزيل المبسطة. يتوفر مورد STRING عبر الإنترنت ، على http://string-db.org/.

© المؤلف (المؤلفون) 2016. تم النشر بواسطة مطبعة جامعة أكسفورد بالنيابة عن أبحاث الأحماض النووية.

الأرقام

تحليل الشبكة والإثراء. مجموع…

تحليل الشبكة والإثراء. لقطات شاشة مجمعة من موقع ويب STRING ، تعرض النتائج التي تم الحصول عليها…

STRING تصور الشبكة داخل Cytoscape ...

STRING تصور الشبكة داخل Cytoscape. باستخدام تطبيق Cytoscape STRING ، كانت الشبكة…


الأسئلة الشائعة حول الانتقال في PubMed

نعم فعلا. مثلما تلقى الموقع القديم تحديثات طوال فترة عمله ، ستستمر PubMed الجديدة في التطور على المدى القصير والطويل. تلتزم NLM بمواصلة تطوير PubMed ، مما يضمن بقاء PubMed مصدرًا موثوقًا ويمكن الوصول إليه للأدب الطبي الحيوي اليوم وفي المستقبل.
 

هل ما زالت PubMed القديمة متاحة؟

تم إيقاف تشغيل موقع PubMed القديم اعتبارًا من نوفمبر 2020 ولم يعد متاحًا للاستخدام. & # 160 الرجاء استخدام موقع PubMed الجديد ، الذي حل محل الموقع القديم في مايو 2020: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/

هل ستستمر عمليات البحث والمجموعات المحفوظة الخاصة بي في العمل في PubMed الجديد؟

نعم فعلا. يتم تخزين المجموعات وعمليات البحث المحفوظة في حساب My NCBI الخاص بك وستظل متاحة في الموقع الجديد - حتى لو تم إنشاؤها في الأصل & # 160in legacy PubMed. & # 160

هل الروابط إلى الموقع القديم لا تزال تعمل؟

تمت إعادة توجيه الروابط إلى الموقع القديم إلى الموقع الجديد. عمليات إعادة التوجيه مستمرة ، لذا فإن الروابط القديمة لن & quotbreakbreak & quot - ستستمر في الانتقال إلى الموقع الجديد الآن بعد أن أصبح هو الموقع الافتراضي.
 

أين يمكنني الحصول على مساعدة بشأن استخدام الموقع الجديد؟

  • يتضمن دليل مستخدم PubMed الأسئلة الشائعة والوثائق الخاصة بالموقع الجديد.
  • يتضمن تدريب PubMed عبر الإنترنت & # 160 في NLM دروسًا تعليمية وجولات سريعة وتدريبات أخرى. & # 160 يقدم مجموعات شرائح وجولات سريعة ومواد تعليمية أخرى.
  • استخدم رابط "المساعدة" في أسفل كل صفحة للبحث في & # 160Knowledge Base & # 160 أو للكتابة إلى مكتب المساعدة.
  • تقدم شبكة المكتبة الوطنية للطب (NNLM) تدريبًا مجانيًا وموارد أخرى. تواصل مع مكتبتك الطبية الإقليمية أو تصفح فرص التدريب على NNLM.

هل يجب علي تسجيل الدخول للكتابة إلى مكتب المساعدة؟

لن تضطر أبدًا إلى تسجيل الدخول للكتابة إلى مكتب المساعدة. الرجاء النقر فوق & # 160 رابط التعليمات الموجود أسفل أية صفحة في PubMed & # 160 عندما تكتب في حقل الموضوع ، قد ترى قائمة بمقالات قاعدة المعارف المقترحة. يرجى التمرير بعد هذه الاقتراحات لرؤية باقي نموذج مكتب المساعدة. & # 160 أكمل النموذج وانقر فوق إرسال لإرسال رسالتك & # 160 إلى مكتب المساعدة.
 

لماذا يتم تحديث PubMed؟

تم إعادة بناء PubMed الجديد بالكامل على منصة تقنية جديدة. هذا مهم للاستدامة المستقبلية وقابلية التوسع في PubMed وموارد NCBI الأخرى.

في حين أن العديد من التحديثات التقنية هي & quot؛ خلف الكواليس & quot؛ ، فإن أحد التحسينات الأكثر وضوحًا هو التصميم المتجاوب للموقع الجديد. يعني التصميم سريع الاستجابة أنه يمكن استخدام الموقع على أي جهاز - جوّال أو كمبيوتر مكتبي أو جهاز لوحي - بنفس الميزات والوظائف. في السابق ، كان الإصدار الأساسي فقط من PubMed متاحًا على الهاتف المحمول. & # 160

للحصول على تفاصيل إضافية حول التكنولوجيا & # 160 والتحديثات الأخرى ، يرجى الاطلاع على مقالة النشرة الفنية NLM: & # 160تم تحديث PubMed في طريقه
 

لماذا عدد النتائج مختلف؟

تم إعادة بناء PubMed الجديد بالكامل باستخدام التكنولوجيا المحدثة. & # 160 نظرًا لأن PubMed القديم والجديد هما نظامان منفصلان ، فلن يتطابق عدد الاقتباسات دائمًا. تتم الفهرسة في أوقات مختلفة لكل نظام ، لذلك لا تسري عمليات الإضافة والحذف (على سبيل المثال ، إزالة التكرارات) أو التحديثات على السجلات في نفس الوقت في كلا المكانين. & # 160

بالإضافة إلى ذلك ، هناك بعض التغييرات في بنية البحث وترجمات البحث & # 160 لـ PubMed الجديدة والتي قد تؤثر على عدد نتائج البحث. & # 160 على سبيل المثال:

تم زيادة تعيين المصطلحات التلقائية ليشمل تهجئات بريطانية وأمريكية إضافية ، وأشكال كلمات المفرد والجمع ، ومرادفات أخرى لتوفير استرجاع بحث أكثر اتساقًا وشمولية. لمعرفة كيفية ترجمة PubMed لاستعلامك ، راجع تفاصيل البحث المضمنة في السجل وتفاصيل البحث في صفحة البحث المتقدم. لقصر بحثك على المصطلح الأصلي فقط ، ضع المصطلح بين علامتي اقتباس لتعطيل تعيين المصطلح التلقائي ، على سبيل المثال ، "اللون". & # 160

لم تعد المصطلحات المختصرة مقصورة على أول 600 صيغة مختلفة للمصطلح. سيؤدي ذلك إلى زيادة الاسترداد في حالات المصطلح المبتور مع أكثر من 600 اختلاف. & # 160 بحث حرف البدل متاح فقط لأربعة أحرف أو أكثر. استخدم كلمة جذرية مكونة من 4 أحرف على الأقل للبحث عن جميع النهايات.

لم يعد الاقتطاع يسبب البحث بالعبارة. على سبيل المثال ، في الإصدارات القديمة من PubMed: قد تؤدي تغذية الثدي * إلى البحث عن عبارة. للبحث عن عبارة تتضمن مصطلحًا مبتوراً في PubMed الجديد ، & # 160 استخدم التنسيقات التالية:

  • ضع العبارة بين علامتي اقتباس: & quotbreast feed * & quot
  • استخدم علامة بحث: & # 160breast feed * [tiab]
  • استخدم واصلة: & # 160 تغذية الثدي * & # 160

يجب أن يكون المصطلح المبتور آخر كلمة في العبارة.
 

لم أعد أرى الملصق [مفهرس لـ MEDLINE] - كيف يمكنني معرفة ما إذا كان الاقتباس مفهرسًا لـ MEDLINE؟

تتضمن الاقتباسات المفهرسة لـ MEDLINE مصطلحات MeSH على عرض الملخص.

لقصر بحثك على اقتباسات MEDLINE فقط ، أضف medline [sb] إلى بحثك. ومع ذلك ، لا يُنصح بهذا & # 160 بشكل عام لأنه سيستبعد الاقتباسات ذات الصلة ، مثل:

  • الاقتباسات الجديدة التي لم تكمل عملية فهرسة MEDLINE بعد & # 160
  • المقالات البحثية الممولة من المعاهد الوطنية للصحة & # 160 متوفرة في & # 160PubMed Central
  • اقتباسات من المجلات المشاركة في PubMed Central

هل يمكنني تغيير ترتيب الفرز الافتراضي؟

يتم عرض الاقتباسات في البداية 10 عناصر في كل صفحة ويتم ترتيبها حسب أفضل تطابق. يمكن ضبط تفضيلات العرض مثل ترتيب الفرز والعناصر لكل صفحة باستخدام زر "خيارات العرض".

يتم تخزين هذه التفضيلات في بيانات متصفحك وملفات تعريف الارتباط ، لذا ستكون اختياراتك الجديدة نشطة & # 160 لعمليات البحث اللاحقة حتى يتم مسح بيانات المتصفح وملفات تعريف الارتباط (ملاحظة: تنسيق العرض الافتراضي إلى الملخص لكل بحث جديد).
 

لماذا لا يمكنني اختيار MeSH من القائمة المنسدلة بالقرب من شريط البحث؟

تم إنشاء PubMed الجديد باستخدام تقنية جديدة ويعمل على نظام أساسي مختلف بسبب ذلك ، لا يمكن تنفيذ قائمة قاعدة بيانات NCBI المنسدلة لشريط البحث. & # 160

قد يكون التنقل إلى قواعد بيانات أخرى مثل MeSH أمرًا يتم تحديثه في المستقبل. في غضون ذلك ، إذا تم استخدام قاعدة بيانات MeSH بشكل متكرر ، فيرجى إنشاء إشارة مرجعية لـ & # 160https: //www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh/  للوصول المريح. & # 160

بالإضافة إلى ذلك ، نقترح إدخال مصطلحات البحث بدون علامات البحث للحصول على الاسترجاع الأكثر شمولاً. سيؤدي استخدام علامات MeSH إلى قصر النتائج على الاقتباسات التي أكملت فهرسة MEDLINE ، ومن المحتمل أن تتجاهل أحدث محتوى. ستستمر تعيين المصطلحات غير المميزة إلى MeSH ، كما ستلتقط الاقتباسات بتلك المصطلحات التي لا تزال في انتظار الفهرسة.
 

هل تفضيلات العرض المحفوظة في My NCBI تعمل في الموقع الجديد؟

التكامل مع My NCBI و PubMed الجديد هو عمل قيد التقدم. سيتم عرض تفضيلات إبراز My NCBI في PubMed الجديد عندما تقوم بتسجيل الدخول إلى حساب My NCBI الخاص بك. & # 160 & # 160

يمكن ضبط تفضيلات العرض الأخرى مثل ترتيب الفرز والعناصر لكل صفحة باستخدام زر "خيارات العرض". يتم تخزين هذه التفضيلات في بيانات متصفحك وملفات تعريف الارتباط ، لذا ستكون اختياراتك الجديدة نشطة & # 160 لعمليات البحث اللاحقة حتى يتم مسح بيانات المتصفح وملفات تعريف الارتباط (ملاحظة: تنسيق العرض الافتراضي إلى الملخص لكل بحث جديد).

لماذا لا يعد تنسيق RIS خيارًا في قائمة "حفظ"؟

بناءً على التعليقات الواردة من مستخدمينا ، قمنا باستعادة تنسيق MEDLINE القديم (يسمى الآن تنسيق PubMed في الموقع الجديد) من أجل Save and Cite ، وأزلنا تنزيل تنسيق RIS.

في الوقت القصير الذي قدمنا ​​فيه تنسيق RIS في PubMed الجديد ، سمعنا من عدد من المستخدمين يطلبون تعديلات واسعة النطاق ، حيث يبدو أن RIS يستخدم بطرق مختلفة بواسطة مصادر خارجية مختلفة. على سبيل المثال ، يحتوي RIS على عدة حقول لعنوان دفتر اليومية ، وقد تلقينا ملاحظات متضاربة حول الحقول التي يجب استخدامها والبيانات التي يجب توفيرها في هذه الحقول. & # 160

في الوقت الحالي ، ليس من الممكن الاحتفاظ بتنسيقات متعددة لنفس الغرض من التصدير إلى مدير الاقتباس. بناءً على تعليقات المستخدمين التي قمنا بجمعها ، نقوم باستعادة تنسيق علامة حقل MEDLINE القديم ، الذي تمت إعادة تسميته بتنسيق PubMed ، لتلبية احتياجات المستخدمين لسجل PubMed الكامل بالإضافة إلى ملف يمكن استخدامه مع برنامج إدارة الاستشهادات الخارجية. & # 160
 

هل يمكنني تنزيل XML من موقع PubMed؟

لا نتوقع إضافة XML إلى واجهة ويب PubMed الجديدة. تتوفر بيانات PubMed بتنسيق XML من خلال واجهات برمجة تطبيقات الأدوات الإلكترونية (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25497/) وبرنامج توزيع البيانات & # 160 (https: //pubmed.ncbi.nlm. nih.gov/help/#download-pubmed-data).

سيتم تطوير RESTful API جديد لـ PubMed ومع ذلك ، ليس لدينا جدول زمني لمشاركته بخصوص التحديث. يرجى الاشتراك في القائمة البريدية لإعلان المرافق الإلكترونية: & # 160https: //www.ncbi.nlm.nih.gov/mailman/listinfo/utilities-announce/
 

أين يمكنني التعرف على التحديثات في PubMed؟

يرجى الاشتراك في PubMed الجديد والجدير بالملاحظة & # 160 ومشاهدة النشرة الفنية NLM للحصول على التحديثات والإعلانات.

تتضمن المقالات السابقة في النشرة الفنية حول PubMed الجديدة ما يلي: & # 160