معلومة

إلى أي فئة SCOP تتوافق مع الهيكل الثانوي التالي؟

إلى أي فئة SCOP تتوافق مع الهيكل الثانوي التالي؟


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

أحتاج إلى تصنيف هذا البروتين إلى فئة SCOP (الكل $ alpha $ ، الكل $ beta $ ، $ alpha + beta $ ، $ alpha / beta $ ، أو بروتين صغير). أواجه صعوبات في فهم الفرق بين $ alpha + beta $ و $ alpha / beta $. كنت سأقول ، إنها تنتمي إلى المجموعة $ alpha / beta $ ، نظرًا للحقيقة التي تقدم مزيجًا بديلًا من $ alpha $ -helices و $ beta $ -sheets ، حيث $ beta $ - الأوراق متوازية بشكل أساسي ، لكنني لا أعرف ما إذا كنت أفهم المفهوم بشكل صحيح.

هل لدى أي شخص نصيحة لتحديد الاختلافات بشكل أسرع؟


تعرف على الأنواع الأربعة لبنية البروتين

البروتينات عبارة عن بوليمرات بيولوجية تتكون من أحماض أمينية. الأحماض الأمينية ، المرتبطة ببعضها البعض بواسطة روابط الببتيد ، تشكل سلسلة متعددة الببتيد. واحدة أو أكثر من سلاسل البولي ببتيد الملتوية في شكل ثلاثي الأبعاد تشكل بروتينًا. تحتوي البروتينات على أشكال معقدة تتضمن طيات وحلقات ومنحنيات مختلفة. يحدث الطي في البروتينات بشكل عفوي. يساعد الترابط الكيميائي بين أجزاء من سلسلة البولي ببتيد في تثبيت البروتين معًا وإعطائه شكله. هناك فئتان عامتان من جزيئات البروتين: البروتينات الكروية والبروتينات الليفية. تكون البروتينات الكروية بشكل عام مضغوطة وقابلة للذوبان وكروية الشكل. عادة ما تكون البروتينات الليفية ممدودة وغير قابلة للذوبان. قد تظهر البروتينات الكروية والليفية نوعًا واحدًا أو أكثر من أربعة أنواع من بنية البروتين.


هل يوجد مرجع Bio.PDB؟

نعم ، وسأكون ممتنًا لو أشرت إلى Bio.PDB في المنشورات إذا كنت تستخدمه. المرجع هو:

Hamelryck، T.، Manderick، B. (2003) محلل PDB وفئة البنية المطبقة في Python. المعلوماتية الحيوية 19: 2308–2310

يمكن تنزيل المقالة مجانًا عبر موقع مجلة Bioinformatics. أرحب برسائل البريد الإلكتروني التي تخبرني بما تستخدم Bio.PDB من أجله. طلبات الميزات مرحب بها أيضًا.


فئات فرعية من الغلوبولين المناعي

بالإضافة إلى فئات الغلوبولين المناعي الرئيسية ، توجد عدة فئات فرعية من Ig في جميع أعضاء نوع حيواني معين. يتم تصنيف الأجسام المضادة إلى فئات فرعية بناءً على الاختلافات الطفيفة في نوع السلسلة الثقيلة لكل فئة Ig. يوجد في البشر أربع فئات فرعية من IgG: IgG1 و IgG2 و IgG3 و IgG4 (مرقمة بترتيب تناقص التركيز في المصل).

التباين بين الفئات الفرعية المختلفة أقل من التباين بين الفئات المختلفة. على سبيل المثال ، يرتبط IgG1 ارتباطًا وثيقًا بـ IgG2 و IgG3 و IgG4 أكثر من ارتباطه بـ IgA أو IgM أو IgD أو IgE. وبالتالي ، فإن البروتينات المرتبطة بالأجسام المضادة (على سبيل المثال ، البروتين A أو البروتين G) ومعظم الأجسام المضادة الثانوية المستخدمة في طرق الكشف المناعي تتفاعل مع فئات فرعية متعددة ولكن ليس عادةً فئات متعددة من Ig.

يتعلم أكثر

حدد المنتجات


مناقشة

لقد وصفنا طريقة غير مكلفة حسابيًا لتصنيف الهيكل. بالنسبة للزوج البروتيني الذي يحتوي على عدد متساوٍ من SSEs ، تقارن الطريقة الهياكل من حيث الواصفات الهيكلية والقائمة على التسلسل والتي تميز مكونات SSE المكونة. يتم استخدام مدى الاختلاف ، المحسوب من هذه الواصفات ، للتنبؤ بالمستويات الهيكلية من التسلسل الهرمي لـ SCOP الذي يشترك فيه الزوج. أزواج البروتين تتقاسم أ فصل و أسرة تتميز بقيم عالية ومنخفضة ، على التوالي ، لمعامل الاختلاف ،. ومع ذلك ، تتشارك الأزواج في المستويات المتوسطة ، أي يطوى و سوبر الأسرة لم يتم فصلهم بشكل واضح. يمكن تفسير ذلك من خلال تأثير الدمية الروسية المتأصل في SCOP وأنظمة تصنيف البنية الأخرى [7] ، حيث توجد نفس البنية الفرعية التي تشكل طية البروتين في العائلة الفائقة المتداخلة داخل تلك الطية [24].

لوحظ وجود علاقة عكسية بين Ω ودرجة التشابه ض تم تعيينه بواسطة DaliLite. ومع ذلك ، نظهر أن Ω أكثر فائدة لتصنيف الهيكل من ض نتيجة. يختلف الأخير أكثر بالنسبة لأزواج البروتين التي تشترك في المستوى الهيكلي لـ SCOP ، مما يجعلها أقل موثوقية لتصنيف الهيكل ، خاصة بالنسبة لـ يطوى و سوبر الأسرة المستويات. يُظهر اختبار t على الوجهين أن القيم المتوسطة لـ و ض تختلف درجات أزواج البروتين التي تشترك في مستوى هيكلي مشترك اختلافًا كبيرًا. إذا تم استخدام Ω بدلاً من ض النتيجة ، لتعيين مستوى SCOP مشترك ، يمكن للمرء أن يتوقع انخفاضًا من ستة إلى ثمانية أضعاف في تنوع التعيين وتقليل بنسبة 4٪ إلى 10٪ في فرصة ارتكاب خطأ (م). لقد تبين أيضًا أنه بالنسبة لمجموعة معينة من البروتينات ، فإن نطاق العتبة المحدد حول القيمة المتوسطة لـ غالبًا ما يؤدي إلى تعيين مستوى الهيكل الصحيح مقارنةً بـ ض النتيجة (TPR و FPR في الجدول 3). ومع ذلك ، إذا تم استخدام Ω ، (بدلاً من ض النتيجة) 10٪ أكثر من التوقعات لعامة أسرة من عائلات SCOP الحالية قد تكون غير صحيحة.

نطاق العتبة المتداخلة Ω و ض يسجل ل يطوى و سوبر الأسرة يمكن أن تُعزى المستويات جزئيًا إلى محاذير التصنيف المتأصلة الموجودة في SCOP. بينما توجد التماثلات البعيدة بين العائلات الفائقة ذات الطيات المتميزة ، فقد توجد علاقات بعيدة في يطوى مستوى. بالإضافة إلى ذلك ، فإن الاختلافات الهيكلية الكبيرة داخل العائلة الفائقة والبروتينات غير المميزة تجعل من الصعب تصنيف البروتين ضمن التسلسل الهرمي الحالي لـ SCOP. غالبًا ما تؤدي مثل هذه المشكلات إلى طيات فردية وعائلات فائقة وعائلات. في هذا السياق ، ناقشت دراسة حديثة التحسينات على مخطط SCOP الحالي [11] واقترحت إعادة تعريف يطوى مستوى وتنظيم سوبر الأسرة المستوى ، لكنه لم يقترح معايير محددة. لقد لاحظنا أن أكثر من 60 ٪ من البروتينات التي تملأ نطاق العتبة المتداخلة هي من يشبه المجال المنزلي العائلة الفائقة (معرفات SCOP الفريدة (sunid) = 46689) وثاني أكبر الطيات حزمة ثلاثية الحلزونية مرتبطة بالحمض النووي / الحمض النووي الريبي (سنيد = 46688). ال يشبه المجال المنزلي الأسرة الفائقة بها سبع عائلات فردية من أصل 17 ، في حين أن حظيرة الوالدين بها تسع عائلات مفردة مفردة من أصل 14. ينتمي الشركاء من معظم الأزواج إلى إحدى هذه العائلات الفائقة أو الطيات الفردية. لذلك ، لتصنيف الأزواج في المناطق المتداخلة ، يمكن استخدام عتبات معاد تحديدها معززة بمعرف التسلسل. يمكن توقع طية مشتركة لتلك الأزواج ذات هوية التسلسل أقل من 10٪ و 0.45 & lt Ω ≤ 0.55 وبالنسبة لأولئك الذين لديهم هوية تسلسل 10٪ أو أعلى و 0.31 & lt Ω ≤ 0.45 يمكن توقع عائلة فائقة مشتركة. تلك الأزواج التي لا تنطبق عليها الحدود المعاد تحديدها ، وحدها يمكن استخدامها للتنبؤ. سيكون من الممكن التحقق من فائدة هذه العتبات المعاد تحديدها عند إعادة ترتيب رئيسية للعناصر الفردية في التسلسل الهرمي لـ SCOP.

ومع ذلك ، فإن Ω لا يزال يقلل من مساحة التصنيف لبروتين معين ويقلل من عبء العمل للتصنيف اليدوي.

هناك عدد قليل من القيم المتطرفة (49 زوجًا) خارج العتبات المقترحة (Ω = 0.31) للتصنيف إلى أسرة المستوى (انظر الملف الإضافي 5 ، الذي يسرد رموز وأسماء PDB المحددة). تكشف الشجرة الفرعية للتصنيف لهذه الأزواج أن معظمهم ينتمون إلى عائلة مفردة من عائلة مفردة عظمى من حظيرة الوالدين. على سبيل المثال ، الزوج 1hry-1l8y ، Ω = 0.52 ، من HMG- بوكس أسرة. الزوج 1iur-1faf ، Ω = 0.57 ، من العائلة الفائقة Chaperone J- المجال، وهي عائلة مفردة مفردة تحتوي فقط على عائلة تحمل الاسم نفسه. ينطبق هذا على الأزواج الأخرى التي يكون فيها الشريك الواحد 1l8y (أزواج مع 1i11 ، 1j46 ، 1j3c ، 1hme ، 1l8y ، 1k99 ، 1xbl و 1hry) أو 1iur أو 1faf. بعض الأزواج الخارجية الأخرى تشمل البروتين 1tc3 أو 1res (أزواج مع 1hcr ، 1jko ، 1jj6 ، 1ijw) ، من العائلة Recombinase مجال ربط الحمض النووي التي تمثل بشكل أساسي شظايا بروتين كامل ملزم للحمض النووي. تكون البيانات الهيكلية لهذه البروتينات في شكل مجمعات بروتينات DNA الاصطناعية ، والتي ستكون مختلفة اعتمادًا على تسلسل الحمض النووي المعقد ، وطريقة تحديد البنية ، والظروف التجريبية. لذلك ، نفترض أنه من أجل تصنيف مثل هذه الأجزاء ، كان سيتم أخذ معرفة الخبراء الكبيرة في الاعتبار من قبل القيمين على SCOP. باستخدام Ω لتحسين تصنيف بنية هذه البروتينات ، يجب مراعاة المعلومات حول طريقة تحديد البنية وطبيعة الليجند (على سبيل المثال ، الحمض النووي ، أيون المعدن ، إلخ). ومع ذلك ، على الرغم من أن هذه البروتينات لها مجال ربط الحمض النووي ، فإنها تظهر وظائف مميزة بعد الارتباط بتسلسل معين من الحمض النووي ، على سبيل المثال ، فتح حلزون مزدوج ، وتخفيف الالتواء في الحمض النووي أثناء النسخ المتماثل ، والمشاركة في التحويل وإعادة التركيب. إعادة ترتيب الشجرة الفرعية في المستقبل يشبه المجال المنزلي الأسرة الفائقة أمر يمكن تصوره. لذلك ، قد تساعد Ω المنسقين في التعيين اليدوي. من المحتمل أن يساعد تحليل القيم المتطرفة القيمين على تحديد العناصر المحددة لوصف المستويات الأدنى من التسلسل الهرمي.

لتصنيف مجموعة البيانات DSF600 ، لاحظنا بعض القيم المتطرفة ، الناشئة عن العوامل التي نوقشت أعلاه. بالإضافة إلى ذلك ، لاحظنا أيضًا بعض الأزواج حيث يكون أحد المجالات إما متحورًا أو مجالًا يتم اشتقاق البيانات الهيكلية من أجله بشكل مستقل عن البروتين بأكمله باستخدام تقنية تجريبية مختلفة أو مجال تم حله هيكليًا بطريقة غير منضمة. دولة أو ملزمة ليجند. ترجع تباينًا هيكليًا منخفضًا للغاية بين هذه الاختلافات في نفس المجال ، في حين أن ض فشلت النتيجة في اكتشاف أي تشابه بنيوي ، على الرغم من هوية التسلسل التي تزيد عن 90٪. يوضح الشكل 8 بعض الأمثلة على أزواج المجال هذه. بالمقارنة مع بروتينات منطقة الشفق المستخدمة في التقييم الأول ، احتوت مجموعة بيانات DSF600 على بعض البروتينات المتماثلة. كان هذا مفيدًا لكل من Ω و ض النتيجة ، مما يعطي FPR أقل. ومع ذلك ، في سوبر الأسرة هناك انخفاض في نظام الحماية المؤقت ، ويفترض أن ذلك يرجع إلى وجود العائلات الفائقة ذات التشابه الهيكلي العالي [25]. بالإضافة إلى ذلك ، بالنسبة إلى بنية التسلسل الهرمي لـ SCOP ، قد يكون التماثل الأعلى ضمن مجموعة بيانات DSF600 قد أدى إلى زيادة التداخل بين نطاق عتبة Ω و ض يسجل للتنبؤ يطوى و سوبر الأسرة المستويات. هذه الملاحظات تشير إلى أن بالمقارنة مع ض النتيجة ، قوية للتنوع الهيكلي وكذلك للارتباط التطوري لنطاقات DSF600.

أزواج من المتغيرات الهيكلية لنفس المجال من مجموعة البيانات DSF600. لا ض- تم تعيين النتيجة لمثل هذه الأزواج. (أ) d1f4sp_ (أحمر) و d2alca_ (سماوي) (هوية التسلسل = 86٪ ، Ω = 0.30) هي مجال ربط الحمض النووي لعامل نسخ ريجولون الإيثانول. الأول مرتبط بالحمض النووي والأخير في حالة غير منضم. (ب) d1deca_ (أحمر) و d1hrti_ (أزرق) (هوية التسلسل = 20٪ ، Ω = 0.21) هي المجالات المضادة للتخثر. يتم اشتقاق بنية الأول كمجال مستقل من خلال محلول الرنين المغناطيسي النووي ، بينما الأخير هو جزء من بنية معقدة ، والتي تم تحديدها من خلال حيود الأشعة السينية. (ج) متغيران (d1vgha_ و d2vgha_) لمجال ربط الهيبارين المضاد للتخثر يمتلكان هوية تسلسل عالية.

تنشأ بعض الاحتمالات من نتائجنا. والأكثر أهمية هو تحديد المستويات المختلفة في التسلسل الهرمي الهيكلي بناءً على مجموعة من الواصفات دون الحاجة إلى مطلب صارم لهوية التسلسل العالي. هذا يجعل الطريقة قابلة للتطبيق على بروتينات منطقة الشفق. نظرًا لعدم تضمين العديد من الخوارزميات والاستدلالات ، فإن طريقتنا لا ترث الأخطاء. بافتراض أن طيات البروتين والعائلات تتطور من سلف مشترك ، قد يكون نهجنا مفيدًا أيضًا في دراسة ظهور عائلات طيات البروتين [26]. يمكن استخدام Ω لتقييم جودة النموذج للتنبؤ بالبنية عن طريق التنادد والتعرف على أضعاف. بالإضافة إلى ذلك ، Ω يسهل تصنيف هياكل البروتين المحددة حديثًا ، عن طريق تقليل مساحة التصنيف إلى مستويات البنية التي تنتمي إليها البروتينات المقترنة الأخرى. لذلك ، يمكن للمنهجية المقدمة أن تساهم في مخططات التصنيف الحالية عن طريق تقليل الحاجة إلى معرفة الخبراء والجهود اليدوية. لوحظ وجود ارتباط كبير بين Ω و DaliLite ض نتيجة. Ω ، الذي لا يعتمد على أي معرفة متخصصة ويعتمد بشكل كامل على جودة الواصفات المستخدمة ، وجد أنه أكثر فائدة من DaliLite لتصنيف الهيكل. نظرًا لأن التشابه الهيكلي قد ينطوي على تشابه وظيفي ، فقد تجد منهجيتنا فائدة في التعرف على الفئة الهيكلية والتنبؤ بالوظيفة [6 ، 27 ، 28].

في حالته الحالية ، يعمل النهج المقترح مع الهياكل التي تتكون من عدد متساوٍ من SSEs. ومع ذلك ، في مجموعة البيانات DSF600 ، أظهرنا قابليتها للتطبيق على نطاقات أكبر وبروتينات متعددة المجالات. يعتمد تصنيف SCOP على تصنيف المجالات والأشجار الفرعية للتصنيف المتعددة ممكنة لبروتين متعدد المجالات. Ω يحتمل أن تحدد مثل هذه الأشجار الفرعية. ومع ذلك ، يمكن توسيع نهجنا ليشمل خوارزمية اندماجية تسترشد بالواصفات الهيكلية لتحديد جوهر مشترك لمجالين يتكونان من عدد مختلف من SSEs. سيكون من الممكن بعد ذلك تطبيق نهجنا لتصنيف البروتينات الكبيرة التي لا تزال حدود المجال غير معروفة لها. أيضًا ، من شأن ذلك أن يساعد في تجميع البروتينات بنواة مشتركة في سوبر الأسرة أو يطوى المستوى ، وبالتالي التقليل من ترقق التسلسل الهرمي للتصنيف [29].


مقدمة

بروتين ن-الغليكوزيل هو تعديل مهم بعد الترجمة يحدث في جميع مجالات الحياة (1). إن الإنزيم الذي يخلق ارتباط قليل السكاريد والأسباراجين هو oligosaccharyltransferase (OST). 5 OST يحفز كتلة نقل سكاريد قليل السكاريد المجمّع مسبقًا من ناقل دهني إلى بقايا الأسباراجين في إجماع الارتباط بالجليكوزيل (Asn-X-Thr / Ser ، أين X يمثل أي حمض أميني باستثناء Pro) من سلاسل البولي ببتيد (2 ، & # x020134). OST عبارة عن مركب بروتين غشائي متعدد الوحدات في حقيقيات النوى الأعلى. خميرة (خميرة الخميرة) يتكون OST من ثماني وحدات فرعية مختلفة: Ost1p ، و Ost2p ، و Ost3p / Ost6p ، و Ost4p ، و Wbp1 ، و Swp1 ، و Stt3p ، و Ost5p (5) ، حيث Ost3p و Ost6p هما متماثلان موجودان في شكلين متساويين متميزين من OST (6). قدم هيكل الفحص المجهري للإلكترون المبرد لمركب OST المذاب بالديجيتونين من الخميرة الترتيب النسبي لـ Ost1p و Wbp1 و Stt3p على الجانب التجويفي للمجمع (7 ، 8).

Stt3p هي الوحدة التحفيزية لإنزيم OST الخميرة (9). مكافئ الفقاريات والحشرات والنباتات هما البروتينان البارالوغيان ، STT3A و STT3B ، اللذان يحددان الأشكال الإسوية المتميزة من OST (10 ، 11). في حقيقيات النوى السفلية ، مثل المثقبيات ، يكون OST عبارة عن بروتين غشائي أحادي متعدد الببتيد (3) ، وتتكون بروتينات OST أحادية الوحدة الفرعية من STT3 (ستاوروسبورين وحساسية درجة الحرارة 3) وحدها. في الواقع ، فإن STT3s من المثقبية الكروزية, المثقبية البروسية، و الليشمانيا الكبرى يمكن أن تعمل كل منها على أنها إنزيم OST عند نقلها إلى stt3- خلايا الخميرة الناقصة (12 ، & # x0201315). إن OST بدائية النواة هو أيضًا بروتين أحادي متعدد الببتيد. تشتمل متجانسات STT3 و PglB (الارتباط بالجليكوزيل B) و AglB (الارتباط بالجليكوزيل القديم B) على OST البكتيري و OST الأثري ، على التوالي (16 & # x0201320). توجد أيضًا العديد من نظائر STT3 / PglB / AglB في بعض وحدات OST ذات الوحدة الفرعية. المثقبيات L. الكبرى و T. بروسي تحتوي على أربعة وثلاثة مناظير STT3 ، على التوالي. في المقابل ، الأنواع ذات الصلة ، المثقبيات T. كروزي، يحتوي على نوع واحد من STT3. وبالمثل ، فإن الآركون Pyrococcus furiosus يحتوي على نسختين من AglB ، لكن البكتيريا العطيفة الصائمية يحتوي على نوع PglB واحد. وبالتالي ، فإن وجود العديد من الأشكال الإسوية من OST التي تحتوي أو تتكون من نظائر مختلفة من STT3 / PglB / AglB يثير سؤالًا مثيرًا للاهتمام حول الاختلافات الوظيفية بين هذه الأشكال الإسوية من OST في الكائن الحي. الأشكال الإسوية من OST التي تحتوي على STT3A و STT3B في خلايا الثدييات لها خصائص إنزيمية مختلفة وتلعب أدوارًا تكميلية في الترجمة المشتركة وما بعد الترجمة ن- الارتباط بالجليكوزيل للبروتينات (21). ال STT3 Paralogs من T. بروسي لها خصائص مانحة جليكان متميزة (13).

لا تزال أدوار الوحدات الفرعية غير STT3 / PglB / AglB في OST متعددة الوحدات غير واضحة. تم اقتراح Ost1p / Ribophorin I لتنظيم توصيل مجموعة من البروتينات إلى المركز التحفيزي لـ STT3 (22 ، 23). تم اقتراح أن يتحمل المجمع الفرعي Swp1-Wbp1-Ost2p موقع الربط التنظيمي الثاني لاختيار المتبرعين بسكاريد قليل الجلوكوزيلاتيد (24). ساعدت المعلومات الهيكلية بشكل كبير في توضيح الوظائف الجزيئية لهذه الوحدات الفرعية. أظهر التركيب البلوري للمجال التجويفي لخميرة Ost6p (166 وحدة بنائية) طية شبيهة بالسموم (25). في الواقع ، تحتوي الخميرة Ost6p على نشاط ثاني كبريتيد أوكسيريدوكتاز وقد تمنع عديد الببتيد الناشئ من تكوين روابط ثاني كبريتيد أثناء عملية التحويل. ن- الارتباط بالجليكوزيل (25).

تشترك التسلسلات الأولية لبروتينات STT3 / PglB / AglB في بنية مشتركة. توجد منطقة عبر الغشاء متعدد الأجزاء في النصف N-terminal. تم استنباط طبولوجيا غشاء الخميرة Stt3p والماوس STT3A تجريبياً (26). تحتوي STT3s حقيقية النواة هذه على 11 حلزونيًا عبر الغشاء و N بشكل عامالسيتوبلازمالتجويف اتجاه. يشكل النصف C- الطرفي للتسلسل الأولي مجالًا كرويًا يحمل فكرة خمس بقايا محفوظة جيدًا ، WWDYG. من المحتمل أن تعمل مجموعة الكربوكسيل من السلسلة الجانبية للأسبارتات المركزية في شكل WWDYG كقاعدة تحفيزية لتفاعل OST (9 ، 16 ، 17). التسلسلات الأولية الكاملة لـ STT3 حقيقية النواة متجانسة للغاية عبر حقيقيات النوى ، بما في ذلك الحيوانات والنباتات والفطريات والطلائعيات ، مما يشير إلى الدور البيولوجي الأساسي لـ ن- الارتباط بالجليكوزيل في الخلايا حقيقية النواة. على النقيض من ذلك ، يُظهر AglB الأثري تنوعًا ملحوظًا في التسلسل ، والذي قد يعكس نطاقًا أوسع من هياكل السكاريد قليلة السكاريد من تلك الموجودة في البروتينات السكرية حقيقية النواة (20 ، 27). ن- الارتباط بالجليكوزيل للبروتينات خارج الخلية وكذلك ا-الجليكوزيل ، يسهل تكيف الكائنات البدائية مع البيئات القاسية حيث تزدهر (28). قليل من البكتيريا لديها البروتين ن- نظام الارتباط بالجليكوزيل. حتى الان، ن- تم الإبلاغ عن الارتباط بالجليكوزيل حصريًا في العطيفة، من بين البكتيريا ، وأفضل الأنواع تميزًا هي البكتيريا الممرضة للإنسان ، العطيفة الصائمية (29). ن- الارتباط بالجليكوزيل مهم لضراوة هذا الكائن الحي عن طريق زيادة تمسكه بالخلايا المضيفة وغزوها. في الآونة الأخيرة ، أضاف التحليل الجيني المقارن لنوعين & # x003f5 من البكتيريا البروتينية من فتحة في أعماق البحار إضافة تسلسلات PglB جديدة تنتمي إلى أوامر أخرى غير العطيفة (30). كشفت محاذاة التسلسل المتعدد عن مستوى معتدل من حفظ التسلسل (الشكل التكميلي S1).

من المستحيل عمليًا محاذاة تسلسل متعددة ذات مغزى لـ STT3 و PglB و AglB عبر مجالات الحياة الثلاثة ، باستثناء المنطقة المجاورة لعنصر WWDYG ، بسبب تناظر التسلسل المنخفض جدًا فيما بينها. في مثل هذه الحالات ، كثيرًا ما تساعد الإشارة إلى الهياكل ثلاثية الأبعاد في إنشاء محاذاة أكثر موثوقية. لقد أبلغنا سابقًا عن التركيب البلوري للمجال الكروي الطرفي C لـ P. furiosus بروتين AglB (PF0156 ، نظير أطول من اثنين من AglBs) (31 ، 32). كشفت البنية البلورية عن الموقع التحفيزي المفترض من خلال تحديد بنية محلية تتكون من شكل WWDYG ولولب طويل ملتوي مجاور للعنصر. وجدنا زوجًا من بقايا Asp و Lys متباعدة بين ثلاث بقايا (DXXك ، أين X يمكن أن يكون أي بقايا) يتم حفظها في الخميرة Stt3p وهما بيروكوكس AglB Paralogs و كامبيلوباكتر PglB وأطلق عليها اسم & # x0201cDK & # x0201d عزر. مكّن تحديد الشكل الجديد من تمديد المحاذاة من المنطقة المجاورة لعنصر WWDYG إلى 100 قطعة بقايا ، بما في ذلك شكل WWDYG والمناطق المحيطة به. يبدو أن هذه المحاذاة صالحة بين حقيقيات النوى STT3 و AglB الأثرية ، لأن في الجسم الحي أشارت الدراسات الطفرية إلى أن بقايا Asp و Lys في الشكل كانت مهمة تحفيزيًا في الخميرة Stt3p وفي L. الكبرى STT3 & # x020131 (14 ، 31). ومع ذلك ، فإن المحاذاة المتعددة للتسلسل باستخدام متواليات PglB البكتيرية المنشورة مؤخرًا (الشكل التكميلي S1) ، قد زادت من إمكانية المحاذاة غير الصحيحة لـ DXXتسلسل K لـ كامبيلوباكتر PglB. للإجابة على هذا السؤال ، حددنا التركيب البلوري للمجال الكروي الطرفي C لـ كامبيلوباكتر PglB في الدراسة الحالية ، وقارنتها بالهيكل المحدد مسبقًا لـ بيروكوكس AglB. نظرًا للتشابه الهيكلي العالي ، أسفرت المحاذاة التسلسلية القائمة على الهيكل عن محاذاة تسلسل دقيق بينهما كامبيلوباكتر PglB و بيروكوكس AglB. في الواقع ، نظير دXXتم العثور على تسلسل K ليكون MXXأنا تسلسل في PglB البكتيرية. قدمت هذه النتيجة التصنيف الجديد للمركز التحفيزي لـ OST ورؤى غير متوقعة للعلاقة التطورية بين OSTs من مجالات الحياة الثلاثة.


تصنيف الفطريات (مع رسم بياني)

1. الميسليوم عبارة عن خلية مخروطية (متعددة النوى وعقيمة).

2. يحتوي الجدار الهيفال على السليلوز والغلوكان الأخرى في العديد من الأعضاء. في بعض الحالات يوجد الكيتين أو السليلوز الفطري أيضًا.

3. التكاثر اللاجنسي ينطوي على تكوين أكياس تحتوي على أبواغ أو سبورانجيا. في الظروف المائية ، تنتج الأبواغ الحيوانية الأبواغ الحيوانية. في الظروف الأرضية ، غالبًا ما تتصرف الأبواغ كأبواغ ، أي ما يعادل الكونيديا. بسبب ذلك ، غالبًا ما يطلق على sporangia اسم conidiosporangia.

4. الأبواغ الحيوانية هي عمومًا ثنائية السوط مع جلد متغاير حيث يكون أحد السوط ناعمًا والآخر من نوع بهرج (له نواتج سطحية دقيقة تسمى mastigonemes).

5. عادة ما تكون الجاميطات غير سوطية.

6. يتم التكاثر الجنسي عن طريق التلامس المشيجي الذي تقوم فيه الأعضاء الجنسية الذكرية أو الأنثيريديم بتمرير نتاجها إلى العضو الجنسي الأنثوي أو الأوغونيوم من خلال أنبوب الإخصاب.

7. نتاج التكاثر الجنسي هو البويضات.

يتسبب مرض الإنفستانس Phytophthora في الإصابة بآفة متأخرة في البطاطس وأحيانًا في الطماطم أيضًا. اللفحة هي ظهور مناطق ميتة بنية إلى سوداء.

يتم تشكيلها أولاً على أعشاب ونصائح المنشورات. في وقت لاحق تصبح أوراق الشجر كاملة. يتم تقليل غلة الدرنات. يظهر سطح الدرنات أيضًا اللفحة. كانت المجاعة الأيرلندية في 1845-1847 ناجمة عن آفة البطاطس المتأخرة.

يحدث في صليبي وخجول ويتميز بظهور بثور بيضاء غير منتظمة تحتوي على conidiosporangia على الأوراق والسيقان. ينتج الصدأ الأبيض عن البوغو كانديدا (= Cystopus Candidas: الشكل (2.46).

يقتل Pythium debaryanum شتلات عدد من النباتات من خلال انهيار الساق فوق مستوى سطح الأرض.

ينتج Patho & shygen إزهارًا قطنيًا أو صوفيًا على سطح المضيف. ينشر Sclerospora graminicola البياض الزغبي في الحبوب ومرض الأذن الخضراء لتيفويد Pennisetum (vem. Bajra). تسبب طفيليات Peronospora العفن الفطري في عدد من النباتات ، على سبيل المثال ، البازلاء ، الخردل ، Spin & shyach ، البصل ، إلخ.

الفطريات الفطرية Zygomycetes & # 8211 فطريات الاقتران:

1. هي فئة من الفطريات الأرضية التي تكون في الغالب رمية ، ونادرًا ما تكون طفيلية.

2. الميسليوم هو مختبري (متعدد النوى ، معقمة).

3. يحتوي الجدار الهيفال على الكيتين أو السليلوز الفطري.

4. الخلايا المتحركة (zoospores و planogametes) غائبة.

5. أبواغ الميتو غير متحركة. يطلق عليهم الأبواغ الأبواغية حيث تتشكل الجراثيم داخل الأبواغ التي تحملها على أطراف خيوط خاصة تسمى sporangiophores.

6. يحدث التكاثر الجنسي من خلال التزاوج أو الاقتران المشيجي. كن & بسبب ذلك ، تسمى الفطريات الفطرية أيضًا فطريات الاقتران.

7. الأمشاج متعددة النوى وتسمى coenogametes.

8. ينتج عن التكاثر الجنسي بوغ ثنائي الصيغة الصبغية يستريح يسمى zygospore. بسبب وجود zygospore ، تسمى مجموعة الفطريات zygomycetes. يختلف Zygospore عن oospore في أنه أثناء تكوينه لا يتم إنتاج مشيج نسائي كبير غير متحرك محمل بالطعام.

9. Zygospore لا يؤدي إلى ظهور فطريات جديدة مباشرة. وبدلاً من ذلك ، فإنه ينتج sporangium جديدًا يسمى germ sporangium (يسمى سابقًا zygospo-rangium). تشكل الأبواغ الجرثومية أبواغًا صغيرة تسمى الأبواغ الجرثومية.

Pilobolus crystallinus عبارة عن قالب روث مشترك أو روث حيث يتم التخلص من البوغات الناضجة بعيدًا حتى مسافة 2 متر.

يُعرف Rhizopus stolonifer (= R. nigricans) باسم قالب الخبز الأسود. Mucor caninus أو M. mucedo هو نبات مشترك. ويسمى أيضا قالب الروث. Rhizopus و Mucor هما من الفطريات الرخامية الشائعة التي تهاجم مجموعة متنوعة من المواد الغذائية.

التعفن الناعم أو مرض التسرب في الفراولة والتفاح والبطاطا الحلوة وما إلى ذلك يرجع إلى Rhizopus. يسبب المخاط المخاطي عدوى للأعضاء الداخلية في البشر. يسبب Absidia corymbifera داء القصبات الهوائية. كلا النوعين Rhizopus و Mucor (على سبيل المثال ، Rhizopus oryzae ، Mucor javanicus) يستخدمان في التخمير الكحولي. ينتج الاثنان أيضًا عددًا من الأحماض العضوية مثل حامض الستريك وحمض اللبنيك وحمض الفوماريك.

الفطريات الزائدة & # 8211 الكيس الفطريات:

يتم سرد بعض النقاط الهامة من Ascomycetes أدناه:

1. Ascomycetes (Gk. askos- sac ، mykes- فطر) هي فئة من الفطريات المتنوعة التي يبلغ عددها أكثر من 30000 نوع. وهي تشمل القوالب المصطبغة (البني والأخضر والأزرق والوردي) والعفن البودرة والخميرة والفطريات والفطريات والكمأ. من الناحية التغذوية ، فهي رمية ، أو محللات ، أو نباتية ، أو طفيلية.

2. يتكون mycelium من خيوط حاجزة. الخمائر هي استثناء من حيث أنها أحادية الخلية أساسًا. ومع ذلك ، فإنها قد تشكل بنية خيطية قصيرة مؤقتة تسمى pseudo-mycelium.

3. تمتلك الحاجز الحاجز مسام مركزية تسمى مسام الحاجز. تسمح المسام بالاتصال بين الخلايا المجاورة. تظهر مسام الحاجز انسدادًا من أنواع مختلفة.

4. يحتوي جدار الخلية على الكيتين أو السليلوز الفطري.

5. لا تحدث الهياكل المتحركة في دورة الحياة.

6. في الخميرة ، يحدث التكاثر اللاجنسي من خلال التبرعم والانشطار. تم العثور على مرحلة Oidia ، على غرار الخميرة. في بعض الفطريات الزائدة الأخرى أيضًا.

7. في معظم حالات الفطريات اللاجنسيّة ، يكون الأسلوب الشائع للتكاثر اللاجنسي من خلال تكوين الكونيديا (المفرد - كونيديوم). Conidia عبارة عن ميتوسبورات فطرية غير متحركة يتم إنتاجها خارجيًا من أطراف وجوانب خيوط تسمى conidiophores.

غالبًا ما يتم تلوين Conidia باللون البني أو الأخضر أو ​​الأزرق أو الوردي. أنها توفر اللون للفطر. النمو المخضر والمزرق على الخبز والحمضيات والجلد القديم يرجع إلى العفن الذي ينتمي إلى الفطريات الزائدة مثل البنسليوم ، الرشاشيات.

8. قد تكون Conidiophores متفرعة أو غير متفرعة ، مبعثرة أو مجمعة لتشكيل هياكل مثل acervulus ، synnema ، sporodochium ، إلخ.

9. يحدث التكاثر الجنسي من خلال اندماج الخلايا الجنسية ، والخلايا الجسدية ، والاتصال المشيجي بين antheridium و ascogonium ، والزواج الذاتي.

10. يحدث الإخصاب على مرحلتين ، Plasmogamy و karyogamy. تأخر Karyogamy بعد plasmogamy. تظهر مرحلة انتقالية جديدة في دورة الحياة. يطلق عليه dikaryophase. تسمى خلايا dikaryophase الخلايا ثنائية النواة. كل خلية تمتلك نواتين (n + n).

11. بعض الخلايا ثنائية النواة تعمل كخلايا أم أسكوس. هذا الأخير بمثابة مقاعد كل من karyogamy والانقسام الاختزالي. هذا يحول الخلايا إلى أسكي (المفرد- أسكوس).

12. Ascus هو كيس sporangial غريب إلى ascomycetes. يتم إنتاج 4-8 أبواغ أحادية العددية تسمى أسكوسبورات داخليًا في كل أسكوس. في معظم الحالات ، ينتمي نصف عدد الأبواغ الأسكوية إلى نوع تزاوج واحد بينما ينتمي النصف الآخر إلى نوع التزاوج الثاني.

13. قد يحدث أسكي بحرية أو يتجمع مع فطر ثنائي النواة لتشكيل فركتات تسمى أسكاربس. Ascocarps هي من أنواع عديدة: تشبه الكوب (apothecium ، على سبيل المثال ، Peziza) ، على شكل قارورة (perithecium على سبيل المثال ، Neurospora) ، ممدود بشق (hysterothecium) أو مغلق (cleistothecium على سبيل المثال ، Penicillium). فركتات بعض الفطريات الزائدة صالحة للأكل وتعتبر من الأطعمة الشهية ، على سبيل المثال ، موريلز ، الكمأة.

الخمائر عبارة عن مجموعة من الفطريات غير الفطرية أو الكاذبة الكاذبة التي تتكاثر لاجنسيًا عن طريق التبرعم أو الانشطار وحيث لا يتم تنظيم أسكي في أسكاربس.

اعتمادًا على طريقة التكاثر اللاجنسي ، تكون الخمائر من ثلاثة أنواع - الخمائر الناشئة على سبيل المثال السكريات) ، الخمائر الانشطارية (على سبيل المثال ، السكيزوساكارومايس) والخمائر الهالوبي (كلاهما في مهدها وانشطارها ، على سبيل المثال ، السكاروميكويدس). تسمى الخمائر التي يُعرف فيها تكوين الأسكوس باسم الخميرة الحقيقية.

الأشكال ذات الصلة التي تشبه الخمائر في معظم السمات والخجل ولكن حيث لا يتم الإبلاغ عن تكوين أسكوس تسمى الخمائر الكاذبة ، على سبيل المثال ، المبيضات ، الفطريات ، والمكورات الخفية. خلاف ذلك يتم تضمينها بين deuteromycetes.

في ظل الظروف اللاهوائية ، يتم تحويل السكريات المحصنة بالخميرة إلى مشروبات كحولية ، مثل البيرة والنبيذ وعصير التفاح والمقبلات. يتم تركيزهم بشكل أكبر لإنتاج الروم والويسكي. الخميرة الشائعة المستخدمة في صناعة التخمير هي خميرة الخميرة (خميرة البيرة أو خميرة بيكر) و S. ellipsoidens (خميرة النبيذ) ،

يتم تلقيح الدقيق المعجن بـ Saccha & shyromyces cerevisiae (خميرة الخباز). ينتج ثاني أكسيد الكربون والكحول. الاثنان يتبخران وخجلان أثناء الخبز ، مما يجعل العجين طريًا وإسفنجيًا ،

يتم حصاد الخميرة المستخدمة في صناعة التخمير بانتظام واستخدامها كغذاء غني بالفيتامينات ،

تستخدم الخميرة في علاج حبوب الكاكاو ،

كونها رخوة ، تهاجم الخمائر المواد الغذائية المختلفة بما في ذلك منتجات الطماطم والأطعمة التي تحتوي على حمض اللاكتيك والمشروبات الغازية ،

بعض الخميرة تقلل من إنتاجية صناعة الحرير بمهاجمة ديدان القز ،

تهاجم أنواع النيماتوسبورا القطن والطماطم والفاصوليا ،

تسبب المبيضات البيضاء مرض القلاع والتهاب الأعضاء التناسلية. المكورات المستخفية الحديثة تهاجم الجهاز العصبي وتنتج الآفات والتهاب السحايا وأورام المخ. تنتج Torula عقيدات جلدية وآفات من الأحشاء.

إنه قالب مدخن أخضر شائع لا يلوث فقط ثقافات Labo & shyratory (ومن ثم أعشاب المختبر) ولكن أيضًا العديد من المواد الغذائية بما في ذلك الخبز والزبدة والجبن والعصائر والمربى والهلام والمنسوجات والسلع الجلدية. يسبب تعفن التمور والتين والرمان والسيجار والتبغ.

بعض أنواع داء الرشاشيات الرئوي والتهابات الأذن تسببها أنواع الرشاشيات. التخمير الناتج عن الرشاشيات ينتج الكحول (ساكي اليابان) وحمض الستريك وحمض الغلوكونيك والجليسرول والفيتامينات المعقدة والإنزيمات والمضادات الحيوية.

ينتج P. chrysogenum البنسلين المضاد الحيوي. كان الأخير هو أول مضاد حيوي تجاري. تم الحصول عليه سابقًا من P. notatum. ينتج P. griseofulvum عقار غريزيوفولفين المضاد للفطريات.

يعمل الفطر في إنضاج الجبن (أصناف الكاممبير والروكفور) وإنتاج الأحماض العضوية. الفطر معروف بخجل أنه يفسد الطعام ، والحمضيات ، والتفاح ، والعنب ، والورق ، والخشب ، والنباتات. العفن الأزرق والأخضر الذي يظهر على ثمار cit & shyrus هو Penicillium.

4. نيوروسبورا (قالب الخبز الوردي):

غالبًا ما يتم استخدام N. crassa في الدراسات التي أجريت في علم الوراثة التجريبي. غالبًا ما يطلق عليه "دروسو وشيفيلا من مملكة النبات".

ينتج الفطر البياض الدقيقي (مرض فطري يؤدي فيه العامل الممرض إلى طلاء مسحوق على سطح العائل) ، على سبيل المثال ، Erysiphe graminicola (E. graminis ، على الحبوب مثل القمح والشعير) ، E. polygoni (على البقوليات مثل البازلاء) .

تنتج Claviceps purpurea شقران الجاودار والحبوب الأخرى التي يصاب فيها الأذنين بتصلب الفطر. ينتج عن تناول الحبوب المصابة الإرغوتية. الإرغوتيزم نوعان ، غرغرينا وتشنجي. تحتوي التصلب على عدد من القلويات ، وأهمها حمض الليسرجيك.

يستخدم Ergot كدواء للسيطرة على الصداع النصفي وتضخم غدد البروستاتا ونزيف الرحم بعد الولادة. هذه الأيام حمض الليسرجيك يتم استخلاصه مسبقًا من خلال نشاط التخمير لـ C. paspali. LSD ، مهلوس ، هو حمض دي-ليسرجيك ثنائي إيثيل أميد -15.

يسبب S. fruticola العفن البني من الخوخ ، البرقوق والكمثرى.

أسكارب هو على شكل كوب ، على سبيل المثال ، بيزا.

Morels are ascomycetes with edible ascocarps that have fleshy sponge-like conical cap or pileus and a stalk like stipe, e.g., Morchella esculenta (vern. Gucchi), M. crassipes, M. deliciosia.

They are edible ascomycetes with tuber-like subterranean ascocarps that are often dug out with the help of trained dogs and pigs, e.g., Tuber uncinatum, T. aestivum.

Basidiomycetes – The Club Fungi:

1. Basidiomycetes (Gk. basidium- small base, mykes- fungus) are the most advanced and most commonly seen fungi as their fructifications are often large and conspicuous, e.g., mushrooms (gill fungi), toadstools, puff balls, bracket fungi, etc.

2. The class contains about 25,000 species.

3. Basidiomycetes are among the best decomposers of wood. Only a few insects can compete with basidiomycetes in decomposing hard woods and woody structures of trees. Basidiomycetes are able to decompose both cellulose and lignin. Lignin is not metabolised by most other fungi and even bacteria.

For decomposing wood, these fungi secrete cellulose and lignin digesting enzymes. The enzymes create spaces in the wood for hyphae to pass inwardly. It is because of this that we sometimes observe toadstools and mushrooms to come out of wooden structures. Ganoderma species causes decay of wood even of standing trees.

4. Motile structures or cells are absent.

5. Mycelia are of two types, primary and secondary. Primary mycelium contains monokaryotic cells, that is, cells with single haploid nuclei (n).

6. Monokaryotic phase or primary mycelium may multiply by oidia, conidia-like spores and pycniospores. Dikaryotic mycelium does not multiply by asexual spores.

7. There is often differentiation of two mating types, (+) and (-).

8. Sexual reproduction does not involve sex organs. Instead plasmogamy (fusion of protoplasts without fusion of their nuclei) occurs by fusion between basidiospores and other monokaryotic spores, between a spore or spermatium and a hypha or between two hyphal cells of primary mycelia.

9. Karyogamy is delayed for long. The intervening phase is called dikaryophase. It produces a new mycelium called secondary mycelium which is dikaryotic (n+n).

10. Secondary mycelium is long lived. It consists of profusely branched septate hyphae.

11. Septa possess dolipores or central pores with barrel-shaped outgrowths.

12. Hook-shaped outgrowths are found on the sides of septa. They are called clamp connections. Clamp connections are meant for proper distribution of dikaryons at the time of cell division.

13. Secondary mycelium can perennate in the soil or wood by means of sclerotia (often rounded or ellipsoid firm masses of hyphae) or rhizomorphs (root-like aggregation of hyphae with well defined apical meristems).

14. Dikaryophase or secondary mycelium may multiply by different types of spores— chlamydospores, aecidiospores, uredospores, teleutospores, etc.

15. Karyogamy and meiosis occur in club-shaped structures known as basidia (singu­lar— basidium). The name of the class is based after them. A basidium may be aseptate (holobasidium) or septate vertically or transversely (phragmobasidium).

16. A basidium commonly produces four meiospores or basidiospores exogenously at the tips of fine outgrowths called sterigmata.

17. The fungi may or may not produce fructifications called basidiocarps. The basidiocarps vary from microscopic forms to large macroscopic structures. Some puff balls and brackets can be over 50 cm in diameter.

They are characterised by the formation of rusty pustules containing the spores. A basidiocarp is absent, (i) Puccinia graminis tritici — black rust of wheat, (ii) Puccinia glumarum — yellow rust of wheat, (iii) Hemileia vastatrix — leaf rust of coffee.

They produce thick-walled black-coloured resting spores called smut spores (= teleutospores = chlamydospores). Smuts are of two types, covered and loose. In covered smuts the spore mass remains within the host till the latter is set free, e.g. Ustilago maydis (smut of corn), Tilletia tritici (bunt or stinking smut of wheat). In loose smut the spores are exposed while attached to the host, e.g. Ustilago tritici (loose smut of wheat).

They are edible and nonedible agaric ales which possess umbrella like basidiocarp the edible mushrooms generally possess coloured basidiospores. Common examples are Agaricus campestris, Agaricus brunnescens (= A. bisporus), Volvariella volvacea (Paddy Straw Mushroom), Lentinus edodes (Shiitake Mushroom).

Toadstools are nonedible, often poisonous mushrooms which generally have white spores. Amanita caesarea (Caesaer’s Mushroom) was used in poisoning Roman emperor Caesar. The other toadstools are Amanita phalloides (Death Cap) and A. muscaria (Fly Agaric).

5. Bracket Fungi (Shelf Fungi):

The basidiocarps or fructifica­tions appear on tree trunks, logs, lumber, etc. just as brackets or shelves, e.g. Fomes applanatus (peren­nial), Polyporus sulphureus (annual).

The basidiocarp is a stalked rounded structure which on ripening sends out puffs of spores. The fructification may grow above or below the substratum. Puffballs are odoriferous. They are edible in the young state, e.g. Lycoperdon oblongisporum, L. giganteum.

7. Armillariella (= Armillana):

A. mellea (Honey Mushroom) is an edible mushroom which is a serious root parasite of both hardwoods and conifers. The fungus sends rhizomorphs into the phloem of the host and hence block the food supply.

Psilocybe mexicana (Sacred Mushroom) has hallucinating properties similar to LSD. It is used by Mexican Indians for certain religious ceremonies.

Deuteromycetes – The Fungi Imperfecti:

Some of the important points of Deuteromycetes are listed below:

1. Deuteromycetes is an artificial class of fungi which has been created to include all those fungi in which sexual stage is either absent or not known.

2. Some of the deuteromycetes are unicellular like yeasts. They are often studied along with the latter.

3. The mycelium is usually septate. Coenocytic forms are not known. Clamp connec­tions, typical of basidiomycetes, are absent.

4. Asexual reproduction often occurs by conidia along with some other types of spores. In some cases even asexual spores are absent.

5. It is believed that most members of deuteromycetes are actually ascomycetes in which sexual reproduction is either absent or yet to be discovered.

Colletotrichum falcatum produces red rot of sugarcane which is conspicuous on leaf midribs as well as in canes. It reduces juice content of canes and brings about withering of leaves. The fungus develops sickle-shaped conidia. The perfect stage is Glomerella tucumanensis.

2. Helminthosporium (Fig. 2.52):

Helminthosporium oryzae causes leaf spot disease of rice commonly called sesame or brown leaf spot of rice. It caused Bengal fam­ine of 1942-43 and similar conditions in Krishna-Godavari area in 1989-1990. The perfect stage of the fungus is Cochliobolus miyabeanus. The conidia are 5-10 septate.

Alternaria sotani causes early blight of Potato and Tomato. The leaves develop small oval brown spots with concentric rings. The leaves as well as the branches wither and fall down. The conidia are beaked bottle-like multi-septate with a number of transverse and a few longitudinal septa.

Circu­lar necrotic dark brown or blackish leaf spots develop in groundnut due to Cercospora (e.g. C. personata). The conidia are septate and filamentous. The perfect stage is Mycosphaerella (e.g., M. berkeleyii).

Many economically important plants (e.g., Potato, Tomato, Cotton, Banana, Flax, Pigeon Pea) show sudden signs of wilting due to blockage of tracheary elements by growth of fungus Fusarium especially F. oxysporum. The fungus shows three types of spores — chlamydospores, micro conidia and macro conidia.

They were first discovered in the ex­tracts of Fusarium moniliformae growing on rice (bakane or foolish disease of rice). The perfect stage of fungus is Gibberella fujikuroi. Gibberellins are natural plant growth hormones.

7. Trichoderma (Fig. 2.53).

It is a soil fungus used in biological control of other fungi as it produces allelochemics against them. If the fungus happens to pass into human alimentary canal it produces leucopenia called alimentary canal aleukia.


Zoology is the discipline responsible for the study of animal life as a whole, focusing on their development, behavior and physiology. Take a look at all the careers there are in Zoology if you're interested in this field. To name a few, here are some branches of this field:

  • Entomology
  • Herpetology
  • علم الأسماك
  • علم الثدييات
  • علم الطيور
  • Nothology
  • Primatology
  • Veterinary science

Ø The intentional use of fermentation technology for the large scale production of microbial biomass or metabolites is called industrial fermentation.

Ø Fermented products have immense use in food, medicine and other industries.

Ø Modern industrial fermentation units use genetically engineered microbes for the rapid production of desired metabolites.


الحمض النووي الريبي التنظيمي الصغير

بمجرد مغادرة mRNA للنواة ، قد تتم ترجمتها أو لا تتم ترجمتها عدة مرات لإنتاج البروتينات. محددان رئيسيان لمقدار البروتين الذي يتكون من mRNA هما & # 8220lifespan & # 8221 (المدة التي يطفو فيها في العصارة الخلوية) ومدى سهولة ارتباط آلية الترجمة ، مثل الريبوسوم به.

فئة من المنظمين تم اكتشافها مؤخرًا ، تسمى RNAs التنظيمية الصغيرة ، يمكنها التحكم في عمر الرنا المرسال والترجمة. دعونا & # 8217s نرى كيف يعمل هذا.

ميكرو آر إن إيه

microRNAs (miRNAs) كانت من بين أول الحمض النووي الريبي التنظيمي الصغير الذي تم اكتشافه. يتم نسخ الميرنا أولاً على أنه جزيء طويل من الحمض النووي الريبي ، والذي يشكل أزواجًا قاعدية مع نفسه وينطوي على شكل دبوس شعر. بعد ذلك ، يتم تقطيع دبوس الشعر بواسطة الإنزيمات ، مما يؤدي إلى إطلاق جزء صغير مزدوج تقطعت به السبل من حوالي 20 نيوكليوتيد. أحد الخيوط الموجودة في هذه القطعة هو الميرنا الناضج ، والذي يرتبط ببروتين معين لصنع مركب بروتين RNA.

الشكل 2. الصورة معدلة من التكاثر الحيوي & # 8220miRNA ، & # 8221 بواسطة Narayanese (CC BY-SA 3.0). الصورة المعدلة مرخصة بموجب ترخيص CC BY-SA 3.0.

يوجه miRNA مركب البروتين إلى جزيئات & # 8220matching & # 8221 mRNA (تلك التي تشكل أزواجًا قاعدية مع mRNA). عندما يرتبط مركب بروتين RNA:

  • إذا تطابق الحمض النووي الريبي مع هدفه تمامًا ، فإن الإنزيم الموجود في مركب بروتين الحمض النووي الريبي يقطع الحمض النووي الريبي إلى النصف ، مما يؤدي إلى انهياره.
  • إذا كان لدى ميرنا وهدفه بعض حالات عدم التطابق ، فقد يرتبط مركب بروتين الحمض النووي الريبي بدلاً من ذلك بـ mRNA ويمنعه من الترجمة.

ليست هذه هي الطرق الوحيدة التي تمنع بها الجزيئات المجهرية التعبير عن أهدافها ، ولا يزال العلماء يبحثون في طرق عملها العديدة. [1]


شاهد الفيديو: التركيب الكيميائي للبروتينات: البنية الأولية والثانوية والثالثية والرابعية للبروتين (ديسمبر 2022).