معلومة

4.10: 9. 10- الفيروسات القهقرية - فيروسات الحمض النووي الريبي مزدوجة الشريطة - علم الأحياء

4.10: 9. 10- الفيروسات القهقرية - فيروسات الحمض النووي الريبي مزدوجة الشريطة - علم الأحياء


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

4.10: 9. 10- الفيروسات القهقرية- فيروسات الحمض النووي الريبي المزدوج الشريطة

يكشف بحث جديد لماذا قد يكون اختبار بعض المرضى إيجابيًا لـ COVID-19 بعد فترة طويلة من الشفاء

صورة لخلايا سرطان الرئة المصابة بفيروس SARS-CoV-2. يمثل اللون الأزرق الحمض النووي ، بينما يُظهر اللون الأخضر بروتين السارس-CoV-2 النوكليوكابسيد ، ويمثل اللون الأحمر الحمض النووي الريبي مزدوج الشريطة ، والذي يحدث عندما يكرر الفيروس جينومه. تشير دراسة جديدة من مختبر Jaenisch إلى أنه يمكن نسخ بعض الحمض النووي الريبي الفيروسي وإدخاله في الجينوم البشري ، وهو ما قد يفسر سبب استمرار اختبار بعض المرضى لفيروس COVID-19 حتى بعد الشفاء. الائتمان Alexsia Richards / معهد وايتهيد

في الأشهر الأولى من وباء COVID-19 ، بدأ العاملون في مجال الرعاية الصحية الذين يحللون نتائج الاختبارات بملاحظة شيء غريب: المرضى الذين تعافوا بالفعل من COVID-19 سيختبرون أحيانًا بشكل غير مفهوم في اختبار PCR بعد أسابيع أو حتى أشهر.

على الرغم من أن الأشخاص يمكن أن يصابوا بـ COVID-19 للمرة الثانية ، إلا أنه لا يبدو أن هذا هو الحال بالنسبة لهؤلاء المرضى ، لم يتم عزل فيروسات حية من عيناتهم ، ووجدت بعض الدراسات هذه النتائج الإيجابية الكاذبة حتى أثناء احتجاز المشاركين في الحجر الصحي. أيضًا ، تتمتع الرناوات عمومًا بعمر قصير - معظمها تبقى لبضع دقائق فقط - لذلك من غير المحتمل أن تكون الاختبارات الإيجابية نتيجة الرنا المتبقي.

الآن ، قد تقدم ورقة جديدة من مختبر عضو معهد وايتهيد وأستاذ علم الأحياء في معهد ماساتشوستس للتكنولوجيا رودولف يانيش إجابة عن سبب استمرار اختبار بعض المرضى إيجابيًا بعد الشفاء من COVID-19. في الورقة المنشورة على الإنترنت في 6 مايو في وقائع الأكاديمية الوطنية للعلومويظهر يانيش والمتعاونون معه أن التسلسلات الجينية من فيروس RNA SARS-CoV-2 يمكن أن تندمج في جينوم الخلية المضيفة من خلال عملية تسمى النسخ العكسي. يمكن بعد ذلك "قراءة" هذه الأقسام من الجينوم في RNAs ، والتي يمكن أن يتم التقاطها عن طريق اختبار PCR.

SARS-CoV-2 ليس الفيروس الوحيد الذي يندمج في الجينوم البشري. يتكون حوالي ثمانية بالمائة من حمضنا النووي من بقايا فيروسات قديمة. تعتمد بعض الفيروسات ، التي تسمى الفيروسات القهقرية ، على الاندماج في الحمض النووي البشري لتكرار نفسها. يقول Liguo Zhang ، باحث ما بعد الدكتوراة في معهد وايتهيد والمؤلف الأول: "SARS-CoV-2 ليس فيروسًا ارتجاعيًا ، مما يعني أنه لا يحتاج إلى نسخ عكسي لتكرارها". "ومع ذلك ، تم اكتشاف تسلسل فيروسات RNA غير الفيروسية في جينومات العديد من أنواع الفقاريات ، بما في ذلك البشر."

مع وضع هذا في الاعتبار ، بدأ Zhang و Jaenisch في تصميم تجارب لاختبار ما إذا كان هذا التكامل الفيروسي يمكن أن يحدث مع فيروس كورونا الجديد. بمساعدة Alexsia Richards من مختبر Jaenisch ، قام الباحثون بإصابة الخلايا البشرية بالفيروس التاجي في المختبر ثم قاموا بعد يومين بتسلسل الحمض النووي من الخلايا المصابة لمعرفة ما إذا كان يحتوي على آثار من المادة الوراثية للفيروس.

لضمان إمكانية تأكيد نتائجهم بمنهجية مختلفة ، استخدموا ثلاث تقنيات مختلفة لتسلسل الحمض النووي. في جميع العينات ، وجدوا شظايا من مادة وراثية فيروسية (على الرغم من أن الباحثين أكدوا أن أيا من الأجزاء التي تم إدخالها لم تكن كافية لإعادة تكوين فيروس حي).

ثم قام زانغ وجانيش وزملاؤه بفحص الحمض النووي الذي يحيط بالتسلسلات الفيروسية الصغيرة بحثًا عن أدلة على الآلية التي وصلوا بها إلى هناك. في هذه التسلسلات المحيطة ، وجد الباحثون السمة المميزة لميزة وراثية تسمى retrotransposon.

تسمى أحيانًا "الجينات القافزة" ، وهي عبارة عن أجزاء من الحمض النووي يمكن أن تنتقل من منطقة في الجينوم إلى منطقة أخرى. غالبًا ما يتم تنشيطها "للقفز" في ظروف الإجهاد العالي أو أثناء السرطان أو الشيخوخة ، وهي عوامل قوية للتغيير الجيني.

يُطلق على الينقولات الشائعة في الجينوم البشري LINE1 retrotransposon ، والتي تتكون من مزيج قوي من آلات قطع الحمض النووي والنسخة العكسية ، وهو إنزيم ينتج جزيئات الحمض النووي من قالب RNA (مثل RNA لـ SARS-CoV-2 ).

يقول يانيش: "هناك بصمة واضحة جدًا لتكامل LINE1". "عند تقاطع التسلسل الفيروسي مع الحمض النووي الخلوي ، فإنه يصنع 20 زوجًا قاعديًا مزدوجًا."

إلى جانب التكرار ، هناك ميزة أخرى كدليل على التكامل بوساطة LINE1 وهي تسلسل التعرف على نوكلياز LINE1. حدد الباحثون هذه الميزات في ما يقرب من 70 في المائة من الحمض النووي الذي يحتوي على تسلسلات فيروسية ، ولكن ليس كلها ، مما يشير إلى أن الحمض النووي الريبي الفيروسي قد يتكامل في الحمض النووي الخلوي عبر آليات متعددة.

لفحص التكامل الفيروسي خارج المختبر ، حلل الباحثون مجموعات البيانات المنشورة لنصوص الحمض النووي الريبي من أنواع مختلفة من العينات ، بما في ذلك عينات مرضى COVID-19. باستخدام مجموعات البيانات هذه ، تمكن Zhang و Jaenisch من حساب جزء الجينات التي تم نسخها في خلايا هؤلاء المرضى والتي تحتوي على تسلسلات فيروسية يمكن اشتقاقها من نسخ فيروسية متكاملة. اختلفت النسبة المئوية من عينة إلى أخرى ، ولكن بالنسبة للبعض ، يبدو أن جزءًا كبيرًا نسبيًا من النسخ الفيروسية قد تم نسخه من مادة وراثية فيروسية مدمجة في الجينوم.

تم نشر مسودة سابقة للورقة مع هذه النتيجة عبر الإنترنت على خادم ما قبل الطباعة bioRxiv. ومع ذلك ، كشفت الأبحاث الحديثة أن بعض القراءات الخلوية الفيروسية على الأقل يمكن أن تكون نتاجًا للقطع الأثرية المضللة لطريقة تسلسل الحمض النووي الريبي. في هذه الورقة ، تمكن الباحثون من القضاء على هذه القطع الأثرية التي كان من الممكن أن تحجب النتائج.

بدلاً من مجرد تسجيل النصوص التي تحتوي على مادة فيروسية ، نظر الباحثون في الاتجاه الذي تمت فيه قراءة النصوص. إذا كانت القراءات الفيروسية ناتجة عن فيروسات حية أو رنا فيروسي موجود في الخلية ، فإن الباحثين يتوقعون أن معظم النسخ الفيروسية قد تمت قراءتها في الاتجاه الصحيح للتسلسلات المعنية في الخلايا المصابة بشدة في الثقافة ، أكثر من 99 في المئة في الاتجاه الصحيح. إذا كانت النسخ ناتجة عن تكامل فيروسي عشوائي في الجينوم ، فسيكون هناك ما يقرب من 50-50 انقسامًا - كان من الممكن قراءة نصف النصوص للأمام ، والنصف الآخر عكسيًا ، بالنسبة إلى الجينات المضيفة. يقول تشانغ: "هذا ما رأيناه في بعض عينات المرضى". "إنه يشير إلى أن الكثير من الحمض النووي الريبي الفيروسي في بعض العينات يمكن نسخه من تسلسلات متكاملة."

نظرًا لأن مجموعة البيانات التي استخدموها كانت صغيرة جدًا ، يؤكد جانيش أن هناك حاجة إلى مزيد من المعلومات لتحديد مدى شيوع هذه الظاهرة في الحياة الواقعية وما قد تعنيه لصحة الإنسان.

من الممكن أن عددًا قليلاً جدًا من الخلايا البشرية يختبر أي نوع من التكامل الفيروسي على الإطلاق. في حالة فيروس RNA آخر يندمج في جينوم الخلية المضيفة ، احتوى جزء فقط من نسبة مئوية من الخلايا المصابة (بين .001 و .01) على DNA فيروسي متكامل. بالنسبة لـ SARS-CoV-2 ، لا يزال تواتر الاندماج بين البشر غير معروف. يقول يانيش: "جزء الخلايا الذي يتكامل مع قد يكون صغيرًا جدًا". "ولكن حتى لو كان ذلك نادرًا ، هناك أكثر من 140 مليون شخص مصاب بالفعل ، أليس كذلك؟"

في المستقبل ، يخطط Jaenisch و Zhang للتحقيق فيما إذا كانت أجزاء من المادة الوراثية SARS-CoV-2 يمكن تحويلها إلى بروتينات بواسطة الخلية. يقول تشانغ: "إذا فعلوا ذلك ، وأثاروا استجابات مناعية ، فقد يوفر ذلك حماية مستمرة ضد الفيروس".

يأملون أيضًا في التحقيق فيما إذا كانت هذه الأقسام المتكاملة من الحمض النووي يمكن أن تكون مسؤولة جزئيًا عن بعض عواقب المناعة الذاتية طويلة المدى التي يعاني منها بعض مرضى COVID-19. يقول يانيش: "في هذه المرحلة ، لا يسعنا إلا التكهن". "ولكن هناك شيء واحد نعتقد أنه يمكننا تفسيره هو لماذا يكون بعض المرضى إيجابيين على المدى الطويل في تفاعل البوليميراز المتسلسل."


مواضيع الاهتمام

مصدر القلق الرئيسي هو طفرات الحمض النووي الريبي ، والتي يمكن أن تعطل الأداء الطبيعي للحمض النووي الريبي وتسبب أمراضًا قد تهدد الحياة. يمكن أن تكون أخطاء الحمض النووي الريبي ناتجة عن عيوب في مركب البروتين النووي الريبي ، أو الحمض النووي الريبي نفسه ، أو بروتينات ربط الحمض النووي الريبي ، أو أي عوامل تجميع الحمض النووي الريبي. الحثل العضلي هو مرض عصبي عضلي ناتج عن تكرار نيوكليوتيد CTG على جين DMPK مما يؤدي إلى اكتساب وظيفة الحمض النووي الريبي الممرضة. ضمور. [4] & # x000a0 تشمل الأمراض الأخرى التي تسببها طفرات الحمض النووي الريبي متلازمة برادر ويلي ، وسرطان البروستاتا ، ومتلازمة إكس الهش ، والتصلب الجانبي الضموري. & # x000a0

معدلات الطفرات في فيروسات الحمض النووي الريبي التي تسبب أمراضًا مختلفة للإنسان مرتفعة للغاية. يمكن أن يكون أعلى بمليون مرة من معدل الطفرة لدى مضيفيهم [5]. تفسر هذه الزيادة تطورها السريع وقدرتها على إنتاج متغيرات أحدث ذات عدوى أعلى أو مقاومة متزايدة للمضادات الحيوية. نظرًا لأن هذه الطفرات وراثية ، فإنها توفر عنق الزجاجة لتطوير الأدوية أو اللقاحات لمكافحة العدوى الفيروسية. تعد عدوى فيروس نقص المناعة البشرية مثالاً على ظهور العديد من السلالات المقاومة للأدوية ، حيث تتكاثر الفيروسات وتسبب مرضًا شديدًا حتى في وجود الأدوية.

بالإضافة إلى ذلك ، يمكن لفيروسات الحمض النووي الريبي أيضًا إعادة الاتحاد وإعادة الترتيب مع الحمض النووي والحمض النووي الريبي من المضيف أو سلالات فيروسية أخرى ، مما قد ينتج عنه سلالة جديدة. تتمتع فيروسات الإنفلونزا بقدرة عالية جدًا على إعادة التصنيف ، على سبيل المثال ، سلالة إنفلونزا H1N1 المعاد تجميعها مع شرائح الحمض النووي الريبي من فيروسات الطيور والبشر والخنازير لتوليد سلالة H1N1 & # x000a0 التي تسببت في وباء في عام 2009. [7]


يلتقط البحث فيروس RNA مزدوج الشريطة أثناء عملية النسخ

وجد الباحثون بقيادة Hong Zhou (أعلى اليسار) أن فيروس dsRNA يستخدم بروتينات على سطحه لاستشعار بيئته وأنه عندما تكون الظروف مثالية ، تقوم هذه البروتينات بتشغيل المفتاح داخل الفيروس.

في دراسات منفصلة نشرت في المجلات المحكمة eLife و طبيعة سجية، كشف العلماء في معهد California NanoSystems Institute في جامعة كاليفورنيا في لوس أنجلوس عن التركيب الذري ثلاثي الأبعاد لفيروس RNA مزدوج الشريطة أو dsRNA. يوضح البحث لأول مرة كيف تشعر الفيروسات بالظروف البيئية داخل الخلية المضيفة لتحفيز النسخ ، ويقدم النتائج الرئيسية حول كيفية تنظيم جينوم الحمض النووي الريبي داخل الفيروس وآلية الحمض النووي الريبي للتكرار الذاتي.

اكتشف الباحثون أيضًا مفتاح التبديل النانوي البيولوجي الذي يقوم بتشغيل النسخ - العملية التي يتكرر بها الحمض النووي الريبي ذاتيًا - وقارنوا بنية المفتاح في حالتي "إيقاف التشغيل" و "التشغيل" لتحديد سبب تنشيط الظروف البيئية له.

إنهم يعرفون الآن أن فيروس dsRNA يستخدم البروتينات الموجودة على سطحه لاستشعار بيئته وأنه عندما تكون الظروف مثالية ، فإن تلك البروتينات تقوم بتشغيل المفتاح داخل الفيروس من خلال مسار تحويل الإشارة. هذا ينشط نسخ الحمض النووي الريبي.

قاد البحث Hong Zhou ، أستاذ علم الأحياء الدقيقة وعلم المناعة وعلم الوراثة الجزيئي ومدير هيئة التدريس في مركز التصوير الإلكتروني لآلات النانو في جامعة كاليفورنيا في لوس أنجلوس. في كلتا الدراستين ، حلل الباحثون فيروس تعدد التعرق السيتوبلازمي ، أو CPV ، الذي يصيب الحشرات. قال تشو إن الفريق ركز على الأنظمة الفولت ضوئية المركزة لأنه أبسط فيروسات الحمض النووي الريبي.

قال تشو: "عندما جاء الحمض النووي الريبي قبل الحمض النووي ، يمكن لدراسات كهذه أن تلقي الضوء على أسئلة أساسية حول المراحل الأولى من التطور ، مثل كيف ومتى يتم تكرار الحمض النووي الريبي لأول مرة". "ولأن الأنظمة الفولت ضوئية المركزة يمكنها نسخ ونسخ الحمض النووي الريبي الخاص به داخل الفيروس السليم وفي غياب الخلايا ، فإنه يوفر أداة رائعة لفحص نسخ الحمض النووي الريبي في العمل وعلى المستوى الذري."

الدراسات هي تتويج للبحث الذي بدأه تشو مع زملائه في التسعينيات ، عندما كانت المجاهر الإلكترونية أقل قوة بكثير مما هي عليه اليوم.

فيروسات RNA مزدوجة الشريطة هي أكبر عائلة من الفيروسات (تشمل الفيروسات القهقرية وفيروسات الورم الحليمي البشري). أحد فيروسات الحمض النووي الريبي المعروف هو فيروس الروتا ، الذي يسبب الإسهال لدى البشر ويقتل كل عام نصف مليون شخص حول العالم ، معظمهم من الأطفال في البلدان النامية.

يعطي تفسير علماء جامعة كاليفورنيا للعملية التي من خلالها يتكاثر الحمض الريبي النووي الريبي - والظروف التي يحدث فيها - العلماء أهدافًا لعقاقير جديدة يمكن تطويرها لمكافحة فيروسات الرنا المزدوج الجديلة.

يصعب على العلماء رؤية المجمعات البيولوجية ذات المقياس النانوي مثل الفيروسات بسبب صغر حجمها. لوضع أبعادها في السياق: الفرق في الحجم بين جسيم الفيروس وكرة القدم هو تقريبًا نفس الفرق بين كرة القدم وكوكب الأرض.

أجريت كلتا الدراستين باستخدام مجهر إلكتروني تيتان كريوس من جامعة كاليفورنيا في لوس أنجلوس ، وهو آلة متطورة للغاية يتم فيها حفظ العينات البيولوجية المجمدة في حالتها الأصلية. مكّنت التطورات الحديثة في المجهر الإلكتروني بالتبريد العلماء من بناء - بتفاصيل غير مسبوقة على المستوى الذري - صور ثلاثية الأبعاد قادرة على الكشف عن الكيمياء التي تحكم تجميع المجمعات البيولوجية.

تفعيل النسخ

ال eLife وجدت الدراسة أن جزيءًا صغيرًا يسمى S-adenosyl-L-methionine ، أو SAM ، يمكنه تنشيط النسخ عن طريق الارتباط ببروتين برج على غلاف الفيروس.

اكتشف الباحثون لأول مرة أنه عندما يرتبط SAM بمنطقة واحدة من بروتين البرج ، فإنه يغير غلاف الفيروس ، مما يمكّن منطقة أخرى من بروتين البرج من ربط جزيء صغير يسمى ATP وتفكيكه. تتسبب الطاقة المنبعثة من تكسير ATP في مزيد من التغييرات في الغلاف الذي ينشط نسخ الحمض النووي الريبي.

كان المؤلف الرئيسي للدراسة Xuekui Yu ، عالم مشروع UCLA في علم الأحياء الدقيقة وعلم المناعة وعلم الوراثة الجزيئي.

تنظيم الجينوم لل dsRNA

في ال طبيعة سجية في الدراسة ، صور الباحثون تنظيم جينوم الرنا المزدوج الجديلة والبروتينات داخل الفيروس. ثم التقطوا صورًا لعملية النسخ بمقارنة الهيكل قبله وبعده.

قال Xing Zhang ، المؤلف الرئيسي للدراسة والمدير العلمي لمركز التصوير الإلكتروني لآلات النانو التابع لجامعة كاليفورنيا في لوس أنجلوس ، إن الفيروسات "ذكية" - يبدو أنها تعرف كيفية تجنب التكاثر عندما لا تكون منتجة لأنها لن تنشط ما لم تكن جميع الظروف الرئيسية موجودة خارج غلاف الفيروس. عندما يبدأ النسخ ، يتم إطلاق أجزاء من الحمض النووي الريبي الناشئ في البيئة الداخلية للخلية ، حيث تحزم نفسها في أغلفة بروتينية لصنع فيروسات جديدة. تخرج هذه الفيروسات الجديدة من الخلية وتنتشر في خلايا أخرى وتبدأ العملية برمتها مرة أخرى.

Xuekui Yu et al. يتوسط ATPase المفترض نسخ الحمض النووي الريبي (RNA) وتغطية فيروس dsRNA ، eLife (2015). DOI: 10.7554 / eLife.07901


تفادي المناعة المعتمدة على RLR - MAVS

جميع مسببات الأمراض الفيروسية الناجحة لديها استراتيجيات فعالة لتفادي أو تثبيط تنشيط PRR داخل الخلايا. في هذا القسم ، نناقش الاستراتيجيات الجزيئية التي تستخدمها الفيروسات لمنع تنشيط RLRs و MAVS. تمنع العديد من الفيروسات أيضًا الاستجابات المناعية الفطرية من خلال استهداف جزيئات المصب التي يتم مشاركتها بين RLRs و PRRs الأخرى ، مثل TBK1 و IRF3 و IRF7 و NF-B ، أو أنها تمنع إشارات مستقبلات IFNα / أو وظيفة بروتينات معينة مضادة للفيروسات. ومع ذلك ، فإن هذه الاستراتيجيات خارج نطاق هذه المراجعة وقد تمت مناقشتها على نطاق واسع في أماكن أخرى 51،52.

عزل أو تعديل روابط الحمض النووي الريبي الفيروسي. تتكاثر معظم فيروسات RNA في السيتوبلازم حيث توجد RLRs أيضًا وموقعها جيدًا للكشف عن الحمض النووي الريبي الأجنبي. طورت عدة فيروسات طرقًا لعزل جينوماتها للهروب من المراقبة بواسطة RLRs (الشكل 3). تتمثل الإستراتيجية الرئيسية التي تستخدمها الفيروسات لمنع RLRs من الوصول إلى الحمض النووي الريبي الفيروسي في تحفيز تكوين مقصورات تكرار محددة محصورة بواسطة الأغشية الخلوية ، أو التكاثر على العضيات ، مثل الشبكة الإندوبلازمية وجهاز جولجي والميتوكوندريا. على سبيل المثال ، DENV ، وهو فيروس فلافيف ينقله البعوض ويسبب حمى الضنك وحمى الضنك النزفية الأكثر شدة ، يتكاثر في الأغشية الملتفة للشبكة الإندوبلازمية ، والتي تخفي بكفاءة الحمض النووي الريبي dsRNA من العصارة الخلوية ، وبالتالي تمنع تنشيط RLRs. على النقيض من ذلك ، فشل JEV ، وهو فيروس فلافي مرتبط ، في إخفاء الحمض النووي الريبي (dsRNA) ويحفز بشكل ملحوظ إنتاج النوع الأول IFNs 53. على عكس أعضاء فلافيفيريدي الأسرة ومعظم فيروسات RNA الأخرى ، فيروسات الأنفلونزا A (IAVs) ، المسؤولة عن تفشي الأنفلونزا الموسمية ، لها دورات حياة غير نمطية وتتكاثر في النواة لتجنب استشعار الحمض النووي الريبي الفيروسي بواسطة RLRs في السيتوبلازم. في الواقع ، يحتوي IAV على ثمانية أجزاء من جينوم RNA والتي من شأنها أن تحفز بشكل فعال تنشيط RIG-I إذا وجدت بكميات كبيرة في السيتوبلازم. بالإضافة إلى ذلك ، طورت IAV استراتيجية لتجنب التعرف على الحمض النووي الريبي الفيروسي أثناء العبور القصير للفيروس عبر السيتوبلازم بعد دخول الفيروس. لقد ثبت أنه في بعض سلالات IAV ، تمنع الوحدة الفرعية للبوليميراز الفيروسي PB2 التعرف على RIG-I بوساطة RNAs الجينومية الواردة ، والتي يتم تغليفها بواسطة البروتينات النووية (NPs). يحتوي PB2 في سلالات IAV المتكيفة مع الثدييات على بقايا ليسين في الموضع 627 وله تقارب متزايد لـ NP ، وهذا التغليف الضيق للجينوم الفيروسي يعيق ارتباط RIG-I. وبالمثل ، تستخدم فيروسات أخرى بروتينات فيروسية أو بروتينات مضيفة "تحمي" الحمض النووي الريبي الفيروسي من RLRs. على سبيل المثال ، البروتين الفيروسي 35 (VP35) من EBOV وفيروس ماربورغ ، والبروتين غير الهيكلي 1 (NS1) من IAV وبروتين E3 من فيروس اللقاح يرتبط بـ dsRNA الفيروسي لتجنب اكتشافه بواسطة RIG-I 54،55،56،57 ، 58،59 ، في حين أن الفيروس المخلوي التنفسي (RSV) ، عضو في الفيروسات المخاطية التي يمكن أن تسبب عدوى شديدة في الجهاز التنفسي خاصة عند الأطفال ، تستخدم البروتين الخلوي المرتبط بالحمض النووي الريبي La لمنع RIG-I من الارتباط بالزعيم الفيروسي RNA 60. أخيرًا ، ثبت أن بروتين C من النوع الأول لفيروس الإنفلونزا البشري (HPIV1) يحد من تراكم الرنا المزدوج الجديلة السيتوبلازمية لمنع تنشيط MDA5 والتعبير عن النوع الأول من جينات IFN 61.

تم تجهيز معظم مسببات الأمراض الفيروسية الناجحة بإستراتيجيات فعالة للتهرب أو تثبيط تنشيط مستقبلات التعرف على الأنماط داخل الخلايا (PRRs) ، مثل بروتين الجين الأول المحفز بحمض الريتينويك (RIG-I) أو البروتين المرتبط بتمايز الورم الميلانيني 5 (MDA5) ، أو تفعيل محول إشارة الميتوكوندريا المضاد للفيروسات (MAVS). لمنع تنشيط RIG-I ، يمكن للفوسفاتازات الفيروسية معالجة جزء 5-ثلاثي الفوسفات في الحمض النووي الريبي الفيروسي ، أو النيوكليازات الفيروسية ، مثل البروتين النووي (NP) لفيروس لاسا ، يمكنها هضم الحمض النووي الريبي مزدوج الشريطة (dsRNA).علاوة على ذلك ، البروتينات الفيروسية ، مثل البروتين الفيروسي 35 (VP35) من EBOV ، أو البروتين غير الهيكلي 1 (NS1) أو PB2 من فيروس الأنفلونزا A (IAV) وبروتين E3 من فيروس اللقاح ، أو البروتينات المضيفة (مثل La) ترتبط إلى الحمض النووي الريبي الفيروسي لمنع التعرف على الأنماط الجزيئية المرتبطة بمسببات الأمراض (PAMPs) بواسطة RIG-I. تتلاعب العديد من الفيروسات بتعديلات ما بعد الترجمة المحددة لـ RIG-I و / أو MDA5 ، وبالتالي تحجب قدراتها على إرسال الإشارات. على سبيل المثال ، تمنع الفيروسات التواجد في كل مكان المرتبط بـ Lys63 لـ RIG-I عن طريق ترميز إنزيمات deubiquitylating الفيروسية (DUBs). إن NS1 من IAV ومركب الأنزيم البروتيني NS3-NS4A من فيروس التهاب الكبد C (HCV) يعادي ليغازات E3 الخلوية ، وبروتين الحافز الثلاثي 25 (TRIM25) و / أو Riplet ، وبالتالي يمنع أيضًا تكاثر RIG-I في كل مكان وبالتالي تنشيطه. علاوة على ذلك ، يرتبط RNA (sfRNA) من فيروس حمى الضنك (DENV) بـ TRIM25 لمنع إشارات RIG-I المستمرة. لقمع تنشيط MDA5 ، تمنع بروتينات V من فيروس الحصبة (MeV) وفيروس Nipah (NiV) نزع فسفرة MDA5 بوساطة PP1α أو PP1γ ، مما يحافظ عليه في حالته المعطلة الفسفرة ، بينما البروتين V من فيروس نظيرة الإنفلونزا 5 (PIV5) يحجب نشاط ATPase لـ MDA5. علاوة على ذلك ، يستهدف VP35 من EBOV و NS1 من IAV وبروتين 4a من فيروس كورونا لمتلازمة الشرق الأوسط التنفسية (MERS-CoV) منشط البروتين كيناز R (PACT) لمقاومة RIG-I. يستهدف بروتين NS3 من DENV عامل التهريب 14-3-3ɛ لمنع انتقال RIG-I إلى MAVS في الميتوكوندريا. تقوم العديد من الفيروسات بترميز البروتياز (Pro) لتقسيم RIG-I و MDA5 و / أو MAVS. ينتقل PB1-F2 من IAV إلى مساحة الغشاء الداخلي للميتوكوندريا لتسريع تجزئة الميتوكوندريا. فيروسات أخرى تخرب مسارات التحلل الخلوي لتثبيط الإشارات المعتمدة على RLR-MAVS. على وجه التحديد ، يعزز بروتين X من فيروس التهاب الكبد B (HBV) وبروتين 9b من فيروس كورونا المرتبط بمتلازمة الالتهاب الرئوي الحاد (SARS) (SARS-CoV) انتشارًا واسعًا وتدهورًا لـ MAVS. BDV ، فيروس مرض بورنا CCHFV ، فيروس الحمى النزفية في القرم والكونغو CVB3 ، فيروس كوكساكي B3 EV71 ، الفيروس المعوي 71 HAV ، فيروس التهاب الكبد A K63-Ub ، Lys63-Ubiquitylation P ، الفوسفات RSV ، الفيروس المخلوي التنفسي Ub ، ubiquitin.

نظرًا لأن RLRs تتعرف على وجه التحديد على ميزات معينة للأحماض النووية الفيروسية (المربع 2) ، فإن العديد من الفيروسات تعدل جينوماتها لمنع اكتشافها أو إعاقة تنشيطها. أعضاء بونيافيريدي ، مثل فيروس Hantaan ، وفيروس حمى القرم والكونغو النزفية (CCHFV) ، وكذلك فيروس مرض بورنا (BDV) في Bornaviridae الأسرة ، ترميز الفوسفاتازات لمعالجة مجموعة 5-ثلاثي الفوسفات على جينوماتها إلى 5-أحادي الفوسفات للهروب من المراقبة بواسطة RIG-I 62،63. تحتوي فيروسات الأرينا ، مثل فيروس جونين ، الذي يمكن أن يسبب حمى نزفية لدى البشر ، مجموعة 5-ثلاثي الفوسفات في جينوماتها ، ولكن مع تراكب نيوكليوتيد غير نمطي 5 غير متزاوج ، والذي لا يؤدي إلى إنتاج النوع I IFNs 64. ميكانيكيًا ، 5′-triphosphate dsRNA مع نتوء نيوكليوتيد يرتبط بـ RIG-I دون التسبب في تنشيطه ، وبالتالي يعمل بمثابة شرك RNA 65. طور فيروس Lassa إستراتيجية فريدة أخرى حيث يتبنى النصف C-terminal من بروتينه النووي (NP) طية ثلاثية الأبعاد مشابهة لعائلة DEDD الفائقة من نوكليازات خارجية وله نشاط أصيل للنوكلياز الخارجي 3′-5′. يمكّن هذا النشاط NP من فيروس Lassa من هضم dsRNA المجاني ، مما يمنع تنشيط RIG-I 66،67.

التلاعب في التعديل اللاحق للترجمة لـ RLRs و MAVS. في السنوات الأخيرة ، أصبح من الواضح أن مسار إشارات RLR يتم تنظيمه بشكل معقد من خلال تعديلات ما بعد الترجمة - الانتشار الشامل وفسفرة السيرين / الثريونين على وجه الخصوص - من RLR وجزيئات الإشارة النهائية. نظرًا لأن التواجد في كل مكان المرتبط بـ Lys63 لـ RIG-I يعد خطوة حاسمة لتنشيطه ، فليس من المستغرب أن تستهدف عدة فيروسات هذا النوع من الانتشار في كل مكان لتثبيط إشارات RIG-I (الشكل 3). تستهدف بعض الفيروسات مباشرة E3 ubiquitin ligases الخلوية المسؤولة عن الانتشار في كل مكان لـ RIG-I. على سبيل المثال ، تتفاعل بروتينات NS1 للعديد من سلالات IAV بشكل مباشر مع TRIM25 من خلال مجال الملف الملفوف الخاص بها ، مما يثبط قلة القلة المتجانسة لـ TRIM25 ، وهو أمر حاسم لنشاطه الأنزيمي لإرفاق بوليوبيكويتين المرتبط بـ Lys63 بـ Lys172 في بطاقات RIG أنا 68. يمكن لبروتينات NS1 لبعض سلالات IAV أيضًا الارتباط بـ Riplet ، مما يثبط تعدد الذرات المرتبط بـ Lys63 لـ RIG-I في مجال C-terminal 69 الخاص به. وبالمثل ، فإن مركب البروتياز NS3-NS4A من HCV يشق Riplet لمنع Lys63-ubiquitylation لـ RIG-I 23. فيروسات أخرى - فيروسات الحمض النووي الريبي وفيروسات الحمض النووي - تزيل بشكل مباشر الانتشار الشامل المرتبط بـ Lys63 لـ RIG-I من خلال DUBs المشفر بالفيروس ، مثل ORF64 من KSHV ، البروتياز الشبيه بالباباين (PLP) من متلازمة الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة (سارس) - المرتبط فيروس كورونا (SARS-CoV) ، بروتيناز الرائد (L pro) من فيروس مرض الحمى القلاعية (FMDV) و ورم المبيض (OTU) - نوع DUBs من الفيروسات الشريانية والفيروسات nairovirus 70،71،72،73. علاوة على ذلك ، يمكن للفيروسات أن تثبط الانتشار الشامل المرتبط بـ Lys63 لـ RIG-I بشكل مستقل عن تفاعلات البروتين والبروتين ، عن طريق تعديل وفرة الرنا الميكروي الخلوي أو من خلال تفاعلات البروتين RNA. على سبيل المثال ، بروتين 3C من الفيروس المعوي 71 (EV71) ، وهو عضو في Picornaviridae الأسرة التي تسبب أمراض اليد والقدم والفم ، وأحيانًا أمراض الجهاز العصبي المركزي الشديدة ، تقلل من تنظيم microRNA miR-526a المضيف لزيادة التعبير عن إنزيم DUB الخلوي CYLD ، وبالتالي تثبيط تنشيط RIG-I 74. في الآونة الأخيرة ، ثبت أن الحمض النووي الريبي الوبائي (sfRNA) من سلالة وبائية من DENV تم عزله في بورتوريكو يرتبط بـ TRIM25 بطريقة محددة التسلسل ويمنع إزالة التكاثر 75 ، والذي ثبت أنه مهم للاستمرار 76- مهاجر.

تُبقي فسفرة مخلفات السيرين أو الثريونين RIG-I و MDA5 غير نشطين في حالة عدم وجود عدوى ، في حين أن توظيف PP1α أو PP1γ وإزالة الفسفرة لعلامات فسفرة معينة في RLRs أمران حاسمان لتنشيط المناعة الفطري بعد العدوى الفيروسية. فيروس الحصبة (MeV) ، وهو فيروس موربيلي في الشرق الأوسط الفيروسات المخاطية تستخدم العائلة ، بروتينها V غير الهيكلي لربط وعزل PP1α و PP1γ من MDA5 ، وهي آلية تعتمد على وجود نموذج ربط PP1 محدد في منطقة الذيل C الطرفية للبروتين الفيروسي 77. فيروس نيباه (NiV) ، وهو فيروس مرتبط لوحظ أنه يسبب التهاب الدماغ وأمراض الجهاز التنفسي أثناء تفشي المرض في جنوب آسيا وجنوب شرق آسيا ، قادر أيضًا على استهداف PP1α و PP1γ ومن المحتمل أن تكون فيروسات باراميكسوفيروس أخرى قد طورت PP1- مماثل. استراتيجية معادية. يتم إزالة الفسفرة من بروتينات V لـ MeV و NiV عن طريق PP1α أو PP1γ ، مما يشير إلى أن هذه البروتينات الفيروسية قد تعمل كركائز خادعة بدلاً من ذلك ، ومن الممكن أن يؤدي نزع الفسفرة عن بروتينات V بواسطة PP1α أو PP1γ إلى تعزيز وظائف أخرى من البروتينات V التي يمكن أن تكون مفيدة لتكاثر الفيروس و / أو التسبب في الأمراض التي يسببها الفيروس. بالإضافة إلى ذلك ، طور MeV آلية مستقلة عن البروتين V لتثبيط نزع الفسفرة لكل من RIG-I و MDA5 بواسطة PP1α أو PP1γ في الخلايا المتغصنة. على وجه التحديد ، يرتبط MeV ببروتين CLR الخاص بالخلايا المتغصنة وغير المنتزع ICAM3 (DC-SIGN المعروف أيضًا باسم CD209) ، ويؤدي إلى تنشيطه. ثم تقوم إشارات DC-SIGN بتنشيط كيناز RAF1 ، والذي ينظم بشكل سلبي نشاط PP1α و PP1γ ويمنع نزع الفسفرة لكل من RIG-I و MDA5 (المرجع 78).

انقسام أو تدهور RLRs و MAVS. تتمثل إحدى أكثر الطرق فعالية لمنع إشارات PRR في التخلص من المستشعر أو أحد المكونات الرئيسية لمسار الإشارة الخاص به. على هذا النحو ، تقوم العديد من الفيروسات بتشفير البروتياز الفيروسي الذي يشق RLRs مباشرة (الشكل 3). إن البروتياز 3C لكل من فيروس شلل الأطفال و EV71 يشق RIG-I ، في حين أن البروتياز 2A pro من EV71 يشق MDA5 (المرجعان 79 ، 80). نظرًا لأن MAVS أمر بالغ الأهمية لكل من الإشارات RIG-I بوساطة و MDA5 ، فليس من المستغرب أن يستهدف العديد من البروتياز الفيروسي ويقطع MAVS ، مثل 3C pro من فيروس التهاب الكبد A (HAV) ، 2A pro من EV71 ، NS3-NS4A من HCV و GB virus B و 2A pro و 3C pro من rhinovirus و 3C pro من coxsackievirus B3 (CVB3) 80،81،82،83،84،85. على النقيض من ذلك ، يستخدم IAV آلية غير حال للبروتين لتحطيم MAVS. على وجه التحديد ، PB1-F2 من IAV ، وهو بروتين ملحق صغير يساهم في الإمراضية الفيروسية ، ينتقل إلى مساحة الغشاء الداخلي للميتوكوندريا لتقليل إمكانات الغشاء الداخلي ، مما يسرع تفتيت الميتوكوندريا وبالتالي يمنع إشارات MAVS 86. علاوة على ذلك ، يرتبط PB1-F2 بمنطقة الغشاء في MAVS لمنع تحريض إنتاج IFN 87.

هناك إستراتيجية أخرى تستخدمها الفيروسات لتقليل وفرة RLRs و MAVS وهي تخريب مسارات التدهور الخلوي. البروتين X لفيروس التهاب الكبد B (HBV) ، وهو فيروس DNA في الولايات المتحدة Hepadnaviridae الأسرة التي تنتج أيضًا أنواعًا من الحمض النووي الريبي خلال دورة حياتها ، وترتبط بـ MAVS وتعزز تدهورها من خلال انتشار Lys136 في كل مكان ، ومع ذلك ، فإن هوية الإنزيم الخلوي في كل مكان المتورط غير معروف 88. تؤدي الإصابة بفيروس شلل الأطفال إلى انشقاق MDA5 بشكل مستقل عن البروتياز الفيروسي 2A pro و 3C pro. بدلاً من ذلك ، يحدث انقسام MDA5 بطريقة تعتمد على البروتيازوم وتعتمد على كاسباس 89. علاوة على ذلك ، تؤدي الإصابة بـ MeV إلى الالتهام الذاتي الانتقائي لتحطيم الميتوكوندريا ، وهي عملية تسمى ميتوفاجي ، والتي تقلل من وفرة MAVS 90. لقد طور SARS-CoV ، الذي يسبب متلازمة الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة ، استراتيجية يتم فيها توطين بروتين 9b في الميتوكوندريا ويخرب البروتين المتفاعل 4 (AIP4) E3 الخلوي ليغاز أتروفين -1 (AIP4) لتحطيم MAVS 91. أظهرت دراسة أخرى أن بروتينات NS1 و NS2 من RSV تؤدي إلى التحلل المعتمد على البروتياز لـ RIG-I والعديد من الجزيئات المناعية الأخرى ، ولكن ليس MAVS ، من خلال تجميع مجمع تحلل كبير على الميتوكوندريا 92. في الآونة الأخيرة ، تم اقتراح آلية جديدة لـ DENV و WNV حيث ترتبط بروتينات قفيصتها بعامل التولد الحيوي البيروكسيسومي 19 (PEX19) ، مما يؤدي إلى انخفاض في عدد البيروكسيسومات في الخلية وبالتالي يعيق إنتاج MAVS المعتمد على MAVS. النوع الثالث IFNs 93. ومع ذلك ، لا تزال هناك حاجة إلى مزيد من الدراسات لتوضيح التفاصيل الآلية.

عزل أو إعادة توطين RLRs. للحفاظ على MDA5 معزولًا وفي حالة غير نشطة ، ترتبط البروتينات V للعديد من فيروسات الباراميكس ، بما في ذلك فيروس نظير الإنفلونزا 5 (PIV5) ، مباشرة بمجال الهليكاز لـ MDA5 لمنع نشاط ATPase الخاص به 6،94،95،96 (الشكل 3) . VP35 من EBOV ، NS1 من IAV ، والبروتين 4a من فيروس كورونا المتلازمة التنفسية للشرق الأوسط (MERS) (MERS-CoV) يستهدف PACT ، والذي يثبط تنشيط RIG-I (وربما MDA5) وبالتالي يمنع إنتاج IFNs 97 ، 98،99. بالإضافة إلى ذلك ، يرتبط بروتين الغشاء (M) من SARS-CoV ، وبروتين Z من فيروسات arenavirus ، والبروتين السكري (G) من الفيروس الميتابينوموفيروس البشري (hMPV) بـ RIG-I لعزله من جزيئات الإشارات النهائية 100101102103.

بعد التعرف على روابط الحمض النووي الريبي في العصارة الخلوية ، يحتاج RIG-I و MDA5 إلى الانتقال إلى عضيات مؤهلة للإشارة ، مثل الميتوكوندريا ، و MAMs ، والبيروكسيسومات ، التي يتم توطين MAVS عليها. في الآونة الأخيرة ، تبين أن بروتين NS3 الخاص بـ DENV يرتبط ببروتين Chaperone الذي يستهدف الميتوكوندريا 14-3-3ɛ لمنع انتقال RIG-I إلى الميتوكوندريا التي تحتوي على MAVS 104. من المثير للاهتمام ، أن NS3 يستخدم عزرًا محميًا للغاية من الفسفوم 64 RXEP 67 ، والذي يشبه النموذج الكنسي المحتوي على السيرين أو المحتوي على ثريونين لبروتينات الربط الخلوية 14-3-3 ، للتفاعل مع 14-3-3ɛ وإضعاف RIG-I تنشيط الإشارات والمناعة. يتم إعاقة بروتين DENV المؤتلف الذي يشفر بروتين NS3 الطافر الذي يعاني من نقص في الارتباط 14-3-3ɛ في معاداة RIG-I ويؤدي إلى زيادة إنتاج IFNβ والسيتوكينات المؤيدة للالتهابات و ISGs ، مقارنةً بـ DENV من النوع البري. تسبب DENV المتحولة أيضًا في تنشيط أقوى للخلايا التائية. ومن المثير للاهتمام ، على النقيض من مركب البروتياز NS3-NS4A المرتبط بـ HCV ، والذي يشق MAVS لمنع إشارات RIG-I ، فإن NS2B-NS3 من DENV يعادي الإشارات المعتمدة على RIG-I بطريقة مستقلة عن تحلل البروتين.

هناك إستراتيجية أخرى تستخدمها الفيروسات لعزل RLRs وهي إعادة توطينها في مواقع خلوية أخرى ، غالبًا ما تكون الهياكل التي يسببها الفيروس. يرتبط البروتين النووي (N) الخاص بـ RSV بـ MDA5 ويعيد تحديد موقعه (وكذلك MAVS) إلى أجسام تضمين فيروسية كبيرة 105 ، في حين أن البروتين غير الهيكلي في الجزء الصغير (NS) من الحمى الشديدة مع فيروس متلازمة نقص الصفيحات (SFTSV) ، وهو مؤخرًا وصف الفيروس الوريدي في بونيافيريدي ، يعيد تحديد موقع RIG-I ومنشطه المنبع TRIM25 إلى هياكل تشبه الإندوسوم السيتوبلازمي ، والتي يحدث تكوينها عن طريق الإصابة بـ SFTSV 106. علاوة على ذلك ، فإن حبيبات الإجهاد عبارة عن أجسام هيولي تم اقتراحها لتعمل كمنصات مضادة للفيروسات لإشارات RLR ، و 3 C pro لفيروس شلل الأطفال وفيروس التهاب عضلة القلب (EMCV) يشق البروتين الخلوي RAS GTPase المنشط للبروتين المرتبط 1 (G3BP1) للوقاية تشكيل حبيبات الإجهاد المحتوية على RLR 107108.

أخيرًا ، نظرًا لأن بروتينات NLR تلعب أيضًا دورًا رئيسيًا في استشعار الفيروس ، فقد طورت العديد من الفيروسات بدورها آليات لمواجهة مسارات الإشارات التي تتوسطها NLR (المربع 3).

المربع 3: التهرب الفيروسي من المناعة المعتمدة على NLR

تستهدف العديد من الفيروسات التنشيط الذي يتوسطه NLR للمستقبلات الالتهابية. يمنع البروتين غير الهيكلي 1 (NS1) من فيروس الأنفلونزا A (IAV) إنتاج إنترلوكين -1 (IL-1β) و IL-18 أثناء الإصابة ، على الرغم من أن التفاصيل الجزيئية تظل بعيدة المنال. تحفز طفرة IAV مع حذف جزئي لمجال ربط الحمض النووي الريبي الأميني الطرفي لـ NS1 إنتاج IL-1β و IL-18 ، مما يشير إلى أن هذا المجال مسؤول عن استعداء تنشيط caspase 1. علاوة على ذلك ، PB1-F2 من IAV ينتقل إلى مساحة الغشاء الداخلي للميتوكوندريا لتقليل إمكانات غشاء الميتوكوندريا وتسريع تفتيت الميتوكوندريا ، وبالتالي منع تنشيط كل من NOD- و LRR- و pyrin المحتوي على المجال 3 (NLRP3) الجين الملتهب والجين المحفز بحمض الريتينويك -I بروتين (RIG-I) - بروتين تأشير ميتوكوندريا مضاد للفيروسات (MAVS) يشير 86. يتفاعل بروتين V لفيروس الحصبة (MeV) مع NLRP3 ويعيد تحديد موقعه في المنطقة المحيطة بالنواة بعد تنشيط الجسيم الملتهب ، وبالتالي يمنع إفراز IL-1β 160. يرتبط بروتين M13L لفيروس الورم المخاطي وبروتين vPOP لفيروس الورم الليفي Shope بالبروتين الشبيه بالبروتين المرتبط بالبروتين المحول ويستهدفهما والذي يحتوي على بطاقة (ASC) لمنع تنشيط caspase 1 (المراجع 161،162). أخيرًا ، يتفاعل بروتين F1L من فيروس اللقاح وبروتين ORF63 لفيروس الهربس المرتبط بساركوما كابوزي (KSHV) مع NLRP1 لتثبيط تنشيط الجسيم الملتهب 163،164 ، على الرغم من أنه من غير الواضح ما إذا كان NLRP1 متورط بشكل مباشر في استشعار الحمض النووي. ومن المثير للاهتمام أن بروتين ORF63 الخاص بـ KSHV هو متماثل فيروسي لـ NLRP1 وهو قادر على التفاعل مع NLRP1 و NLRP3 والبروتين 2 المحتوي على مجال قليل القوام المرتبط بالنيوكليوتيدات (NOD2) ، مما يشير إلى عداء واسع النطاق لـ NLRs الخلوية.


أمثلة

أكثر الفيروسات القهقرية المعروفة التي تصيب البشر هي فيروس نقص المناعة البشرية. ومع ذلك ، هناك العديد من الفيروسات القهقرية البشرية الأخرى. وتشمل هذه الفيروسات اللمفاوية التائية البشرية 1 (HTLV-1). يرتبط HTLV-1 ببعض أنواع اللوكيميا والخلايا اللمفاوية التائية. هناك العديد من الفيروسات القهقرية الإضافية التي تم تحديدها على أنها تصيب الأنواع الأخرى.

يعد علاج فيروس نقص المناعة البشرية أحد الأسباب التي جعلت الناس أكثر دراية بمفهوم الفيروسات القهقرية. تشكل مثبطات إنزيم المنتسخة العكسية بعض الفئات المعروفة لعقاقير فيروس نقص المناعة البشرية.

تمنع مثبطات إنزيم المنتسخة العكسية فيروس نقص المناعة البشرية من الاندماج في جينوم الخلية المضيفة. وهذا بدوره يمنع الخلية من نسخ الفيروس ويبطئ تقدم العدوى. ومع ذلك ، هناك مشاكل متزايدة في مقاومة العديد من الأدوية في هذه الفئات.

تُستخدم الفيروسات القهقرية أحيانًا أيضًا كطرق لإيصال الجينات أثناء العلاج الجيني. وذلك لأن هذه الفيروسات سهلة التعديل ودمجها بسهولة في الجينوم المضيف.

وهذا يعني ، من الناحية النظرية ، أنه يمكن استخدامها لجعل الآلية الخلوية تصنع البروتينات بطريقة مستمرة. على سبيل المثال ، استخدم العلماء الفيروسات القهقرية لمساعدة الفئران المصابة بداء السكري على صنع الأنسولين الخاص بها.


النتائج

يتم إحداث IL-10 استجابةً لـ dsRNA& # x02014 تم العثور على عدد من الفيروسات لتكون محفزات قوية لـ IL-10 (20 & # x0201324). لاستكشاف هذه الظاهرة ، تمت معالجة خلايا البلاعم المشتقة من الطحال (SMs) باستخدام الموافقة المسبقة عن علم لمحاكاة الرنا المزدوج الجديلة وسيطة للتكاثر الفيروسي. تم استخدام الحمض النووي الريبي من الخلايا المعالجة بالموافقة المسبقة عن علم من أجل PCR الكمي في الوقت الحقيقي. وجد أن IL-10 mRNA مستحث بشدة (الشكل 1أ ). بشكل مناسب ، تم تحفيز بروتين IL-10 أيضًا في الخلايا ، مع بلوغ المستويات في وسط المزرعة ذروتها عند 8 ساعات (الشكل 1).ب ). نظرًا لأنه ثبت سابقًا أن LPS يحفز IL-10 ، فقد تم استخدام هذا العلاج لتأكيد أن خط خلية SM يستجيب بشكل مناسب (الشكل 1).ج ). تُظهر البيانات أن التحريض المبلغ عنه لـ IL-10 عن طريق العدوى الفيروسية ، على الأقل جزئيًا ، عبر استجابة الرنا المزدوج الجديلة (dsRNA).

يتم إحداث IL-10 بواسطة الرنا المزدوج الجديلة (dsRNA). تم قياس مستويات IL-10 في خلايا SM التي تمت معالجتها باستخدام صورة مقلدة لـ dsRNA pIC (50 & # x003bcg / ml) للفترات الزمنية المحددة. أ، تم استخراج إجمالي الحمض النووي الريبي وتحليله بواسطة PCR الكمي في الوقت الحقيقي لقياس تحريض نسخة IL-10. ب، تم تحليل طاف الخلية بواسطة ELISA لقياس تحريض بروتين IL-10. ج، عولجت خلايا SM باستخدام LPS (10 نانوغرام / مل) للفترات الزمنية المحددة ، وتم تحليل طاف الخلية بواسطة ELISA لمستويات IL-10.

JNK و NF-& # x003baب ينظم الحث IL-10& # x02014 لتحديد العوامل الأساسية التي تتوسط تحريض IL-10 ، تم استكشاف مسارات الإشارات التي ينظمها الرنا المزدوج الجديلة. تم الإبلاغ عن أعضاء عائلة MAP kinase مع NF - & # x003baB لتنظيم تحريض IL-10 في الضامة استجابةً لـ LPS (8 ، 26 ، 34).لتقييم دور هذه البروتينات في تحريض IL-10 بوساطة dsRNA ، عولجت خلايا SM بالمثبطات الكيميائية ، SP600125 ، PD98059 ، SB203580 ، أو BAY-11-7085 ، لقياس مدى تورط JNK ، Erk1 / 2 و p38 و NF - & # x003baB (على التوالي). تم حظر تحريض كل من IL-10 mRNA والبروتين بشكل كبير استجابة للموافقة المسبقة عن علم فقط في وجود مثبط JNK و IKK (الشكل 2 ، أ و ب ).

يتطلب تحريض IL-10 بوساطة dsRNA JNK و NF - & # x003baB. أ، تم التحقق من هوية بروتينات تحويل الإشارة التي تنظم تحريض IL-10 من خلال المعالجة المسبقة لخلايا SM لمدة ساعة واحدة مع المثبطات SP600125 (SP 10 & # x003bc m) ، PD98059 (PD 20 & # x003bc m) ، SB203580 ( SB 4 & # x003bc m) ، أو BAY-11-7085 (BAY-11 5 & # x003bc m) ، أو كعنصر تحكم في المذيب (DMSO) ، أو غير معالج (NT) ، قبل التحفيز باستخدام الموافقة المسبقة عن علم (50 & # x003bcg / مل) لمدة 16 ساعة. ثم تم قياس مستويات IL-10 بواسطة ELISA. ب، تم قياس مستويات IL-10 mRNA بواسطة PCR الكمي في الوقت الفعلي بعد ساعة واحدة من المعالجة المسبقة لخلايا SM مع SP600125 (10 & # x003bc m) و BAY-11-7085 (5 & # x003bc m) متبوعًا بالتحفيز باستخدام الموافقة المسبقة عن علم ( 50 & # x003bcg / ml) لمدة 3 و 6 ساعات. ج، تم تقييم الحث بوساطة dsRNA لـ IL-10 باستخدام بناء مراسل luciferase اليراع الموجه بواسطة جزء مروج الفئران IL-10 & # x020131538 إلى +65 (pGL3B-IL-10-LUC). تم نقل بنية المراسل بشكل عابر إلى خلايا RAW264.7 مع بنيات تعبر عن GFP (eGFP) ، سلبية سائدة (dn) JNK1 و c-Jun و ATF2 أو I & # x003baB & # x003b1 super-repressor (dn JNK ، I & # x003baB & # x003b1SR ، dn cJUN ، dn ATF2 ، على التوالي). بعد تعداء ، الضوابط غير المعالجة (NT) مع الخلايا المعالجة بالموافقة المسبقة عن علم (50 & # x003bcg / مل) لمدة 16 ساعة. تم قياس نشاط المروج IL-10 بمقايسة لوسيفيراز. تم إجراء التجربة في ثلاث نسخ.

تم فحص دور NF - & # x003baB و JNK في تحريض IL-10 المنظم بواسطة الموافقة المسبقة عن علم من خلال مقايسة مراسل المروج. تم نقل JNK1 السالب المهيمن أو I & # x003baB & # x003b1 super-repressor (I & # x003baB & # x003b1-SR) إلى خط خلية البلاعم الفأري ، RAW 264.7 ، معربًا عن مروج الفئران IL-10 (& # x020131538 / + 65) بناء مراسل لوسيفيراز ، ومن ثم تعامل مع الموافقة المسبقة عن علم. كما هو موضح بالنسبة لـ IL-10 mRNA الداخلي والبروتين ، تم تحفيز محفز IL-10 بأكثر من 3 أضعاف استجابةً للموافقة المسبقة عن علم (الشكل 2).ج ). تم تقليل تحريض المروج بشكل كبير بواسطة التركيبات السالبة JNK1 و I & # x003baB & # x003b1-SR. في المقابل ، فإن التركيبات السلبية السائدة c-Jun و ATF2 لم تغير من تنشيط مروج IL-10.

NF-& # x003baB ينظم مروج IL-10 عبر موقع ملزم القاصي الجديد& # x02014 تم التحقق من تورط NF - & # x003baB في تحريض IL-10 بوساطة dsRNA باستخدام اختبار نقل الحركة الكهربي مع lysates من خلايا SM التي تعبر عن I & # x003baB & # x003b1-SR. أظهر علاج خلايا SM مع الموافقة المسبقة عن علم نشاط ارتباط الحمض النووي NF - & # x003baB مهم (الشكل 3أ ). قارنت علاجات التحكم بين علاجات TNF & # x003b1 و IL-1 & # x003b2. بشكل مناسب ، تم تقليل نشاط ربط الحمض النووي NF - & # x003baB بشكل كبير في الخلايا التي تعبر عن I & # x003baB & # x003b1-SR. وفقًا لذلك ، تم تقليل تحريض IL-10 بمقدار 3 أضعاف استجابة للموافقة المسبقة عن علم في الخلايا التي تعبر عن I & # x003baB & # x003b1-SR مقارنة بخلايا التحكم التي تعبر عن GFP (الشكل 3).ب ).

NF بوساطة dsRNA - & # x003baB- التنظيم المعتمد على IL-10 في موقع بعيد جديد على محفز الجينات. أ، التنشيط المباشر لـ NF - & # x003baB تم قياسه بواسطة EMSA في lysates الخلية الكاملة (20 & # x003bcg) من خلايا SM التي تعبر بشكل ثابت عن I & # x003baB & # x003b1-SR أو GFP. لم يتم علاج الخلايا (ج) ، أو التحفيز باستخدام الموافقة المسبقة عن علم (50 & # x003bcg / مل) ، وكعناصر تحكم TNF & # x003b1 (25 نانوغرام / مل) ، أو IL-1 & # x003b2 (5 نانوغرام / مل) لمدة 30 دقيقة. ب، تم التحقق من دور NF - & # x003baB في تحريض dsRNA لـ IL-10 من خلال مقارنة مستويات بروتين IL-10 في المواد الطافية من خلايا SM إما التي تعبر بشكل ثابت عن I & # x003baB & # x003b1-super-repressor (أنا& # x003baب& # x003b1-ريال سعودى) أو ، كعنصر تحكم ، GFP (على سبيل المثالGFP) ، إما غير معالج أو معالج بالموافقة المسبقة عن علم (50 & # x003bcg / مل) لمدة 16 ساعة. ج، تم قياس ارتباط NF - & # x003baB بعناصر محددة داخل مروج IL-10 من خلال تحليل ChIP. تم تحصين مجمعات البروتين بمضاد p65 ، أو الأجسام المضادة لـ p50 من محللات SM الخلوية إما غير المعالجة أو المحفزة باستخدام الموافقة المسبقة عن علم (50 & # x003bcg / مل) لمدة 6 ساعات. تم تضخيم منطقتين من مروج IL-10 ، المناطق المحيطة & # x0201359 / & # x0201339 و & # x02013861 / & # x02013851 ، من الحمض النووي الذي تم الحصول عليه من رقاقة. كتضخيم تحكم إيجابي للمناطق المحيطة بالمروج & # x003b1-amylase ، يظهر باستخدام إدخال DNA قبل ChIP (مدخل). تم اختبار خصوصية مقايسة ChIP باستخدام الأرانب IgG. د، تم قياس الفرق في NF - & # x003baB الارتباط بالمواقع القريبة (& # x0201359 / & # x0201339) أو المواقع البعيدة (& # x02013861 / & # x02013851) في مروج IL-10 بواسطة PCR الكمي. تم تطبيع الإجراءات إلى نقطة الصفر الزمنية لكل موقع. ه، تم اختبار وظيفة كل موقع ربط NF - & # x003baB داخل مروج IL-10 الفئران عن طريق ترنسفكأيشن عابر لخلايا RAW264.7 مع pGL3B-IL-10-LUC التي كانت إما من النوع البري (IL-10) ، متحولة في الموقع البعيد (& # x003baB & # x02013861) ، أو الموقع القريب (& # x003baB & # x0201359) ، وفي كلا الموقعين (& # x003baB & # x02013861 / & # x0201359).

للتحقق من ارتباط NF - & # x003baB على وجه التحديد بمروج IL-10 ، تم إجراء اختبار ChIP. تم تحفيز خلايا SM باستخدام الموافقة المسبقة عن علم لمدة 6 ساعات وتم إجراء ChIP باستخدام أجسام مضادة لـ p65 و p50. حدد تحليل تسلسل المروج IL-10 الفئران (باستخدام برنامج TESS) موقع ربط NF مفترض & # x003baB بين النيوكليوتيدات & # x02013861 / & # x02013851 (نسبة إلى موقع بدء النسخ). هذا الموقع ، مع موقع ثانٍ تم الإبلاغ عنه مسبقًا في & # x0201359 / & # x0201339 ضمن مروج IL-10 (26) ، تم استجوابه. تين. 3ج يؤكد أن NF - & # x003baB يرتبط بمروج IL-10 الفئران ويحدد المنطقة البعيدة & # x02013861 / & # x02013851 ، باعتبارها الحافز التنظيمي ذي الصلة الذي يتوسط الاستجابة للموافقة المسبقة عن علم. تم تأكيد زيادة الارتباط بموقع NF البعيد - & # x003baB في مروج IL-10 بواسطة PCR الكمي (الشكل 3)د ). على الرغم من أن أهمية موقع NF - & # x003baB لا يمكن تقييمها بدقة إلا في سياق الكروماتين الخلوي ، فقد أكدنا وظيفة الموقع البعيد في سياق مروج خارجي باستخدام مروج IL-10 (& # x020131538 / + 65) اختبار المراسل الذي تم فيه تحور المواقع القريبة والبعيدة ، بشكل منفصل ومجتمعي ، لمنع ربط NF & # x003baB (الشكل 3)ه ). توضح البيانات أن JNK و NF - & # x003baB هما المنظمان الرئيسيان للتحريض بوساطة dsRNA لـ IL-10 في خلايا SM و RAW 264.7.

يعتمد تحريض IL-10 بوساطة dsRNA على PKR& # x02014 نظرًا لأن PKR متورط في مسارات الإشارات التي يتم تشغيلها بواسطة dsRNA ، وكذلك LPS في خلايا البلاعم ، ويُقال إنه يقوم بتنشيط كل من JNK و NF - & # x003baB (4 ، 35) ، تم التحقيق في دور في تحريض IL-10. تمت مقارنة الاستجابة للموافقة المسبقة عن علم بين خلايا wt و pkr-ko SM (المميزة في الشكل 4أ والشكل التكميلي S2) عن طريق قياس مستويات IL-10 في طاف الثقافة مع ELISA. بشكل ملحوظ ، تم فقد تحريض IL-10 بوساطة الموافقة المسبقة عن علم تمامًا في خلايا pkr-ko (الشكل 4).ب ). أثبت علاج Wt SMs بمثبط كيميائي لـ PKR أو 2-aminopurine أو RNAi الذي يستهدف PKR ثم العلاج بـ LPS (10 نانوغرام / مل) أن الاختلاف الملحوظ بين خطوط الخلايا بالوزن و pkr-ko كان بالكامل بسبب الوراثة. حذف pkr (الشكل التكميلي S3).

تم أيضًا قياس اعتماد PKR على تحريض IL-10 بوساطة dsRNA في BMM الأولي المعزول من الفئران بالوزن أو pkr-null. دعم الملاحظة باستخدام SMs ، وجد أن تحريض IL-10 mRNA أعلى بمقدار 4 أضعاف في وزن BMM مقارنة مع pkr-ko BMM بعد 4 ساعات من علاج الموافقة المسبقة عن علم (الشكل 4).ج ). ومن المثير للاهتمام ، أنه تم تصحيح هذا العيب إلى حد كبير في BMM في نقاط زمنية لاحقة (البيانات غير معروضة).

لتأكيد أهمية PKR في استجابة IL-10 في استجابة الإجهاد ذات الصلة بيولوجيًا ، أصيبت خلايا wt و pkr-ko SM بفيروس سينداي ، وتم قياس مستويات IL-10 في طاف الخلية بواسطة ELISA. كما هو موضح في الموافقة المسبقة عن علم ، تم تحفيز IL-10 بشدة بواسطة فيروس Sendai فقط في خلايا وزن SM (الشكل 4).د ).

تتنبأ البيانات السابقة بأن PKR يتوسط تحريض IL-10 عبر تنشيط JNK و NF - & # x003baB. لتأكيد ذلك ، قمنا بفحص حالة تنشيط خلايا JNK و NF - & # x003baBinwtand pkr-ko SM. تمشيا مع الملاحظات السابقة ، انخفض تنشيط JNK في خلايا pkr-ko SM ، كما تم قياسه من خلال مستويات البروتين الفسفوري الذي اكتشفه التحليل الغربي (الشكل 4).ه ). وبالمثل ، كان نشاط NF - & # x003baB ضعيفًا بشدة في pkr-ko مقارنة بخلايا الوزن المعالجة بالموافقة المسبقة عن علم ، والتي تم قياسها بواسطة EMSA (الشكل 4).F ). تُظهر البيانات أن PKR أمر بالغ الأهمية في مسار إشارات dsRNA المؤدي إلى إنتاج IL-10 في خلايا SM ، وهو منبع إلى JNK و NF - & # x003baB.

تنشيط STAT3 ردا على الرنا المزدوج الجديلة يعتمد على PKR& # x02014A نتيجة تحريض IL-10 هي التنشيط اللاحق لـ STAT3 (36). لقياس تأثير المصب لتحريض IL-10 بعد علاج الموافقة المسبقة عن علم ، ولتأكيد دور PKR في هذا المسار ، قمنا بفحص تنشيط STAT3 استجابةً للموافقة المسبقة عن علم في خلايا wt و pkr-ko SM. بشكل ملحوظ ، لوحظ تنشيط STAT3 ، الذي تم قياسه عن طريق الفسفرة لبقايا التيروزين في الموضع 705 ، حصريًا في الوزن وليس في خلايا pkr-ko SM عند علاج الموافقة المسبقة عن علم (الشكل 5)أ ). بشكل مناسب ، جسم مضاد معادل لتنشيط STAT3 المستأصل IL-10 (الشكل 5ب ). كما هو متوقع من نتائجنا السابقة ، قللت مثبطات JNK و NF - & # x003baB (SP600125 و BAY-11-7085) بشكل كبير من تنشيط STAT3 بوساطة الموافقة المسبقة عن علم (الشكل 5).ج ). علاوة على ذلك ، لم تتأثر الفسفرة STAT3 بمثبطات كينازات Erk1 / 2 و p38 MAP.

ينشط PKR STAT3 من خلال إنتاج IL-10 بشكل مستقل عن IFN. أ، تم قياس تنشيط STAT3 في خلايا wt و pkr-ko SM المعالجة بالموافقة المسبقة عن علم بواسطة تحليل لطخة غربية باستخدام جسم مضاد phospho-Y705-STAT3. تم قياس إجمالي مستوى STAT3 للتحقق من التحميل المتساوي. ب، تم تخفيف تنشيط STAT3 في وزن SM المحتضن بجسم مضاد معادل IL-10 (IL-10 Ab ، 20 & # x003bcg / ml) لمدة ساعة واحدة قبل التحفيز باستخدام الموافقة المسبقة عن علم لمدة 6 ساعات. ج، دور JNK و NF - & # x003baB في dsRNA بوساطة ، تم تأكيد تحريض IL-10 وتفعيل STAT3 التالي من خلال المعالجة المسبقة لخلايا SM مع DMSO ، أو المثبطات SP600125 (SP 10 & # x003bc m) ، PD98059 (PD 20 & # x003bc m) ، SB203580 (SB 4 & # x003bc m) ، و BAY-11-7085 (BAY 5 & # x003bc m) لمدة ساعة واحدة قبل التحفيز باستخدام الموافقة المسبقة عن علم (50 & # x003bcg / مل) لمدة 6 ساعات ، متبوعًا بتحليل اللطخة الغربية باستخدام phospho-Y705-STAT3 ومجموع الأجسام المضادة STAT3. د، تم قياس تحريض البروتين p56 المحرض على IFN بواسطة لطخة غربية من lysates من خلايا wt و pkr-ko SM المعالجة بـ pIC (50 & # x003bcg / ml) للأوقات المحددة. & # x003b2-Actin تم قياسها للتحقق من التحميل المتساوي. ه، تم تقييم دور استجابة IFN في إشارات IL-10 من خلال احتضان خلايا SM بالوزن مع تحكم IgG أو جسم مضاد معادل IFN & # x003b2 (12.5 & # x003bcg) لمدة ساعة واحدة قبل التحفيز باستخدام الموافقة المسبقة عن علم لمدة 6 و 8 ساعات. تم فحص محللات الخلية بواسطة لطخة غربية لقياس تنشيط STAT3 باستخدام phospho-Y705 STAT3 وإجمالي الأجسام المضادة STAT3. تم قياس قمع استجابة IFN من خلال التحقيق في مستويات p56.

تم الإبلاغ عن أن الحث بوساطة LPS لـ IL-10 يعتمد على تحريض IFN & # x003b2 (37). لقد ثبت أن PKR ينظم تحريض IFN & # x003b2 ، عبر NF - & # x003baB و IRF1 في الخلايا الليفية الجنينية للفأر (38). ومع ذلك ، فقد أكدت التقارير الأحدث على دور TLR3 و RIG-I في إنتاج النوع الأول من الإنترفينات IFN استجابةً للعدوى الفيروسية (39 ، 40). سعينا لتقدير مساهمة PKR من خلال مراقبة تحريض p56 ، وهو منتج جيني راسخ يحفزه IFN ، باستخدام خلايا wt و pkr-ko SM. تم تقليل تحريض p56 بشكل ملحوظ في غياب PKR (الشكل 5د ) ، مما يعني أن PKR مطلوب للتحريض الكامل لـ IFN. لقياس متطلبات IFNs في الحث بوساطة dsRNA لـ IL-10 ، تمت معالجة خلايا SM بجسم مضاد معادل لـ IFN & # x003b2 أو ، كعنصر تحكم ، جسم مضاد IgG ، قبل الموافقة المسبقة عن علم. لم يقلل هذا العلاج بشكل ملحوظ من إنتاج IL-10 (لم تظهر البيانات) ولم يؤثر على فسفرة STAT3 (الشكل 5).ه ). بشكل مناسب ، تم حظر التضخيم المعتمد على IFN لـ p56. وبالتالي فإن تحريض IL-10 بوساطة PKR وتنشيط STAT3 مستقلان إلى حد كبير عن إنتاج IFN & # x003b2 في خلايا SM.


شكر وتقدير

نود أن نشكر مولي جيل هاميل ، ماجدالينا جوتز ، ستين لينارسون ، كريس دوز ، فلورنس كاماس وبريان كولين على توفير الكواشف القيمة والمدخلات على المخطوطة. كما نشكر إم. بيرسون فيجاردن ، يو. يارل ، وأ. هامربيرغ على المساعدة التقنية. نحن ممتنون لجميع أعضاء مختبر جاكوبسون. تم دعم العمل بمنح من مجلس البحوث السويدي (2018-02694 ، JJ & 2018-03017 ، PJ) ، مؤسسة الدماغ السويدية (FO2019-0098 ، JJ) ، Cancerfonden (190326 ، JJ) ، Barncancerfonden (PR2017-0053 ، JJ) ، Formas (2018-01008 ، PJ) ومبادرة الحكومة السويدية لمجالات البحث الاستراتيجي (MultiPark & ​​StemTherapy).


جزء يشبه MicroRNA تم ترميزه بواسطة فيروس الإيبولا (EBOV)

EBOV هو فيروس RNA سلبي الشريطة يتكاثر في السيتوبلازم ويؤدي إلى حمى نزفية شديدة [55]. يُذكر أن EBOV يمكنه ترميز جزء يشبه ميرنا لتدمير الدفاعات المناعية للمضيف [56 ، 57]. Chen et al. [58] يتكهن بثلاثة ما قبل ميرنا بواسطة تسلسل EBOV / Yambuku-Mayinga ويحافظ على واحد قبل ميرنا بعد المحاذاة مع 125 جينوم EBOV ، ثم ينشئ هذا pre-miRNA تسلسل ميرنا ناضج واحد ، miR-VP-3p. اكتشف المزيد من الأبحاث أن الجزء الشبيه بـ miRNA موجود في مصل مرضى مرض فيروس الإيبولا (EVD) عن طريق النشاف الشمالي و qRT-PCR واستنساخ / تسلسل TA. من المثير للاهتمام أن العواقب اللاحقة تكتشف أن هذا الجزء الشبيه بالـ miRNA موجود خلال المرحلة الحادة ولكن ليس أثناء مرحلة التعافي في مصل المرضى إيجابيين EBOV. مع أهمية إكلينيكية كبيرة ، يمكن اكتشاف هذا الجزء الشبيه بالـ miRNA قبل اكتشاف الحمض النووي الريبي الجيني للإيبولا ، مما قد يحسن تشخيص مرض فيروس الإيبولا.


Breitbart، M. & amp Rohwer، F. هنا فيروس ، يوجد فيروس ، نفس الفيروس في كل مكان؟ اتجاهات ميكروبيول. 13, 278–284 (2005).

Koonin، E. V.، Senkevich، T.G & amp Dolja، V. V. عالم الفيروسات القديم وتطور الخلايا. بيول. مباشر 1, 29 (2006).

Forterre، P. & amp Prangishvili، D. أصل الفيروسات. الدقة. ميكروبيول. 160, 466–472 (2009).

Katzourakis، A. & amp Gifford، R.J. العناصر الفيروسية الذاتية في جينومات الحيوانات. بلوس جينيت. 6، e1001191 (2010). تقدم هذه الورقة منهجية في السيليكو تعدين العناصر الفيروسية الذاتية في جينومات الحيوانات (التي كانت متوفرة في ذلك الوقت) ، مما يكشف عن إمكانية توطين جميع الأنواع الرئيسية من فيروسات حقيقية النواة.

باتيل ، إم آر ، إميرمان ، إم آند مالك ، إتش إس. علم الحفريات القديمة - أشباح وهدايا الفيروسات في الماضي. بالعملة. رأي. فيرول. 1, 304–309 (2011).

Kidwell، M.G & amp Lisch، D.R Perspective: العناصر القابلة للنقل والحمض النووي الطفيلي وتطور الجينوم. تطور 55, 1–24 (2001).

Levin، H. L. & amp Moran، J. V. التفاعلات الديناميكية بين العناصر القابلة للنقل ومضيفيهم. القس الطبيعة جينيه. 12, 615–627 (2011).

Iskra-Caruana، M. L.، Baurens، F. C.، Gayral، P. & amp Chabannes، M.. التفاعل بين النبات والفيروسات المكون من أربعة شركاء: يمكن أن يأتي الأعداء أيضًا من الداخل. مول. تفاعل ميكروب النبات. 23, 1394–1402 (2010).

Koonin و E. V. و Mushegian و A.R و Ryabov و E. V. جي الجنرال فيرول. 72, 2895–2903 (1991).

Malik، H. S.، Henikoff، S. & amp Eickbush، T.H. مهيأ للعدوى: الأصول التطورية للقدرات المعدية للفيروسات القهقرية اللافقارية. الدقة الجينوم. 10, 1307–1318 (2000). جنبًا إلى جنب مع المرجع 45 ، فإن هذه الدراسة تطمس الحدود بين الينقولات العكسية والفيروسات القهقرية وتقترح استمرارية تطورية بين الاثنين.

Staginnus ، C. & amp Richert-Pöggeler ، K.R. الفيروسات القهقرية الذاتية: مسافرون ذو وجهين في جينوم النبات. اتجاهات نباتية. 11, 485–491 (2006).

Lockhart ، B. E. ، Menke ، J. ، Dahal ، G. & amp Olszewski ، N. E. التوصيف والتحليل الجيني لفيروس تطهير الوريد التبغي ، وهو فيروس قهقري للنبات ينتقل عموديًا ويتعلق بالتسلسلات المدمجة في جينوم المضيف. جي الجنرال فيرول. 81, 1579–1585 (2000).

Gayral، P. et al. واحد فيروس خط الموز حدث التكامل في جينوم الموز كأصل للفيروس القهقري الداخلي المعدي. J. فيرول. 82, 6697–6710 (2008).

هولمز ، إي سي تطور العناصر الفيروسية الذاتية. ميكروب مضيف الخلية 10, 368–377 (2011).

جيوكينج ، م.ب.وآخرون. ينتج عن إعادة تركيب الينقولات العكسية وفيروس الحمض النووي الريبي الخارجي تكامل (كدنا) غير الفيروسي. علم 323, 393–396 (2009).

Taylor، D.J & amp Bruenn، J. تطور جينات فطرية جديدة من فيروسات الحمض النووي الريبي غير الفيروسية. بيول بيول. 7, 88 (2009).

هوري ، إم وآخرون. عناصر فيروس RNA الذاتية غير الفيروسية في جينومات الثدييات. طبيعة سجية 463, 84–87 (2010). كان هذا أحد التقارير الأولى عن حالات العدوى الفيروسية غير الفيروسية في جينومات الثدييات وإثباتًا تجريبيًا أن الحمض النووي لفيروس مرض بورنا يمكن أن يندمج تلقائيًا في جينوم الخلايا البشرية المصابة.

Bill، C.A & amp Summers، J. تعد الفواصل المزدوجة للحمض النووي الجينومي أهدافًا لتكامل الحمض النووي الفيروسي. بروك. ناتل أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية 101, 11135–11140 (2004).

Gilbert، C. & amp Feschotte، C. تقوم الحفريات الجينومية بمعايرة التطور طويل الأمد لفيروسات الكبد. بلوس بيول. 8، e1000495 (2010). تقدم هذه الورقة توضيحًا واضحًا للتناقض بين المعدلات التطورية قصيرة الأجل وطويلة الأجل لعائلة الفيروس.

Belyi، V. A.، Levine، A. J. & amp Skalka، A. M. متواليات من فيروسات DNA أسلاف أحادية السلسلة في جينومات الفقاريات: parvoviridae و circoviridae عمرها أكثر من 40 إلى 50 مليون سنة. J. فيرول. 84, 12458–12462 (2010).

Belyi، V.A، Levine، A. J. & amp Skalka، A.M. بلوس باثوج. 6، e1001030 (2010).

Krupovic، M. & amp Bamford، D.H. تطور الفيروس: إلى أي مدى يمتد النسب الفيروسي مزدوج البرميل؟ الطبيعة القس. ميكروبيول. 6, 941–948 (2008).

Pybus، O.G & amp Rambaut، A. التحليل التطوري لديناميكيات الأمراض المعدية الفيروسية. القس الطبيعة جينيه. 10, 540–550 (2009).

هولمز ، إي سي التاريخ التطوري وجغرافيا علم الفيروسات البشرية. Annu. القس ميكروبيول. 62, 307–328 (2008). يوفر المراجعان أعلاه مراجعة ممتازة للمفاهيم والأساليب المستخدمة لتحديد الديناميات الوبائية للفيروسات ذات الصلة سريريًا.

فيرث ، سي ، تشارلستون ، إم إيه ، دافي ، إس ، شابيرو ، بي آند هولمز ، إي سي نظرة ثاقبة في التاريخ التطوري لممرض حيواني ناشئ: فيروس سير الخنازير 2. J. فيرول. 83, 12813–12821 (2009).

Orito ، إي وآخرون. تطور مستقل عن المضيف وتصنيف وراثي لعائلة فيروس الكبد بناءً على تسلسل النيوكليوتيدات. بروك. ناتل أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية. 86, 7059–7062 (1989).

Katzourakis، A.، Gifford، R.J، Tristem، M.، Gilbert، M.T & amp Pybus، O.G Macroevolution of complex retroviruses. علم 325, 1512 (2009).

Keckesova، Z.، Ylinen، L.M، Towers، G. J.، Gifford، R. J. & amp Katzourakis، A.Lepus europaeus) يكشف عن عمر لا يقل عن 12 مليون سنة للفيروسات lagomorph lentiviruses. علم الفيروسات 384, 7–11 (2009).

Cui ، J. & amp Holmes ، E.C. الفيروسات البطيئة الذاتية في جينوم النمس. J. فيرول. 86, 3383–3385 (2012).

Duffy، S.، Shackelton، L.A & amp Holmes، E.C. معدلات التغير التطوري في الفيروسات: الأنماط والمحددات. القس الطبيعة جينيه. 9, 267–276 (2008).

Lefeuvre ، P. وآخرون. النطاق الزمني التطوري للفيروسات البولية: دليل من التسلسلات المتكاملة في نيكوتيانا الجينوم. بلوس واحد 6، e19193 (2011).

Ho ، S. Y. وآخرون. معدلات التطور الجزيئي المعتمدة على الوقت. مول. ايكول. 20, 3087–3101 (2011).

Gibbs ، A. J. ، Fargette ، D. ، García-Arenal ، F. & amp Gibbs ، M. J. Time - البعد الناشئ لدراسات فيروس النبات. جي الجنرال فيرول. 91, 13–22 (2010).

Wertheim، J. O. & amp Kosakovsky Pond، S.L. يمكن أن يؤدي اختيار التنقية إلى حجب العصر القديم للأنساب الفيروسية. مول. بيول. Evol. 28, 3355–3365 (2011).

دريك ، جيه دبليو ، تشارلزورث ، بي ، تشارلزورث ، دي وأمبير كرو جي إف معدلات الطفرات العفوية. علم الوراثة 148, 1667–1686 (1998).

Gifford، R. & amp Tristem، M. تطور وتوزيع وتنوع الفيروسات القهقرية الذاتية. جينات الفيروس. 26, 291–315 (2003).

Jern، P. & amp Coffin، J.M. تأثيرات الفيروسات القهقرية على وظيفة جينوم المضيف. Annu. القس جينيه. 42, 709–732 (2008).

Thomas، J.H & amp Schneider، S. Coevolution of retroelements and tandem zinc finger genes. الدقة الجينوم. 21, 1800–1812 (2011). تشير هذه الورقة إلى وجود ارتباط مذهل في عدد وظهور جينات KRAB-ZNF و ERVs ضمن مجموعة واسعة من جينومات الفقاريات.

Rowe ، H. M. & amp Trono ، D. التحكم الديناميكي في الفيروسات القهقرية الذاتية أثناء التطور. علم الفيروسات 411, 273–287 (2011).

تيرنر ، جي وآخرون. تعدد الأشكال الإدراجي للفيروسات القهقرية الذاتية كاملة الطول في البشر. بالعملة. بيول. 11, 1531–1535 (2001).

كيد ، ج م وآخرون. يكشف مورد تسلسل التباين الهيكلي للجينوم البشري عن رؤى حول آليات الطفرات. زنزانة 143, 837–847 (2010).

جها ، إيه آر وآخرون. كان الفيروس الارتجاعي الداخلي البشري K106 (HERV-K106) معديًا بعد ظهور الإنسان الحديث تشريحيًا. بلوس واحد 6، e20234 (2011).

Beck، C.R، Garcia-Perez، J.L، Badge، R.M & amp Moran، J. V. LINE-1 العناصر في التباين الهيكلي والمرض. Annu. القس الجينوميات همهمة. جينيه. 12, 187–215 (2011).

Maksakova، I. A. et al. عناصر الفيروسات القهقرية ومضيفوها: الطفرات الإدراجية في خط جرثومة الفأر. بلوس جينيت. 2، e2 (2006).

ريبت ، د. وآخرون. سلف مُعدٍ لـ IAP retrotransposon الفئران: ظهور طفيلي وراثي داخل الخلايا من فيروس قهقري قديم. الدقة الجينوم. 18, 597–609 (2008). انظر الملخص للمرجع 10.

Zhang، Y.، Maksakova، I. A.، Gagnier، L.، van de Lagemaat، L.N & amp Mager، D. بلوس جينيت. 4، e1000007 (2008).

Yalcin ، B. وآخرون. التوصيف القائم على التسلسل للتنوع الهيكلي في جينوم الماوس. طبيعة سجية. 477, 326–329 (2011).

وانج واي وآخرون. تساهم عائلة الفيروسات القهقرية الذاتية الجديدة النشطة في تقلب الجينوم في سلالات الجرذان الفطرية. الدقة الجينوم. 20, 19–27 (2010).

هيوز ، ج.ف. & أمبير ؛ كوفين ، ج.م.دليل على إعادة ترتيب الجينوم بوساطة الفيروسات القهقرية الذاتية البشرية أثناء تطور الرئيسيات. طبيعة الجينات. 29, 487–489 (2001).

صن ، سي وآخرون. حذف عامل فقد النطاف A (AZFa) من كروموسوم Y البشري الناجم عن إعادة التركيب بين فيروسات HERV15 الأولية. همم. مول. جينيه. 9, 2291–2296 (2000).

سانشيز فالي ، إيه وآخرون. إعادة ترتيب الجينوم بوساطة HERV لـ EYA1 في فرد مصاب بمتلازمة فرعي-أذني-كلوي. أكون. جيه ميد. جينيه. 152 أ, 2854–2860 (2010).

توملينس ، إس إيه وآخرون. تخلق فئات مميزة من إعادة ترتيب الكروموسومات اندماج جيني ETS السرطاني في سرطان البروستاتا. طبيعة سجية 448, 595–599 (2007).

كوهين ، سي جيه ، لوك ، دبليو إم آند ماجر ، دي إل. الجين 448, 105–114 (2009).

Maksakova ، I. A. ، Mager ، D.L & amp Reiss ، D. الحفاظ على العناصر الداخلية النشطة الشبيهة بالفيروسات القهقرية قيد الفحص: المنظور اللاجيني. زنزانة. مول. علوم الحياة. 65, 3329–3347 (2008).

Zhang، Y.، Romanish، M. T. & amp Mager، D.L توزيع العناصر القابلة للنقل تكشف عن مناطق خطرة في إنترونات الثدييات. PLoS Comput. بيول. 7، e1002046 (2011).

ماكفارلان ، ت.س وآخرون. يتم قمع الفيروسات القهقرية الذاتية والجينات المجاورة بشكل متناسق بواسطة LSD1 / KDM1A. تطوير الجينات. 25, 594–607 (2011). يوفر هذا عرضًا واضحًا لكيفية اختيار الآلية اللاجينية التي تقمع تعبير ERV للتحكم المنسق في التعبير الجيني المضيف المجاور في التطور المبكر للثدييات.

لامبريخت ، ب. وآخرون. يؤدي إلغاء التكرار الداخلي الطويل إلى تنشيط الجين الورمي الأولي CSF1R في سرطان الغدد الليمفاوية البشري. نيتشر ميد. 16, 571–579 (2010).

سيفارث ، دبليو وآخرون. تحليل شامل للنشاط النسخي للفيروسات القهقرية الذاتية البشرية في الأنسجة البشرية باستخدام ميكروأري خاص بالفيروسات القهقرية. J. فيرول. 79, 341–352 (2005).

فولكنر ، جي جي نسخة الترانسبوزون المنظمة للخلايا الثديية. طبيعة الجينات. 41, 563–571 (2009).

Beyer، U.، Moll-Rocek، J.، Moll، U. M. & amp Dobbelstein، M. يقود الفيروس القهقري الداخلي المنشأ الأشكال الإسوية p63 غير المعروفة حتى الآن في السلالة الجرثومية للذكور من البشر والقردة العليا. بروك. ناتل أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية 108, 3624–3629 (2011).

van de Lagemaat، L.N، Landry، J.R، Mager، D.L & amp Medstrand، P. تعزز العناصر القابلة للتحويل في الثدييات التباين التنظيمي وتنويع الجينات ذات الوظائف المتخصصة. اتجاهات الجينات. 19, 530–536 (2003).

Conley ، A. B. ، Piriyapongsa ، J. & amp Jordan ، I.K Retroviral المروجين في الجينوم البشري. المعلوماتية الحيوية 24, 1563–1567 (2008). توفر المراجع 59 و 61 و 62 دليلًا مقنعًا على نسخة مكثفة ومنظمة بإحكام ومشتقة من فيروس ERV في الثدييات.

بيستون ، إيه إي وآخرون. تنظم retrotransposons جينات المضيف في بويضات الفأر وأجنة ما قبل الزرع. ديف. زنزانة 7, 597–606 (2004).

كونلي ، أ.ب. ، ميلر ، دبليو جيه & أمبير جوردان ، آي كيه هيومان رابطة الدول المستقلة نصوص مضادات المعنى الطبيعية التي بدأتها عناصر قابلة للتحويل. اتجاهات الجينات. 24, 53–56 (2008).

Zappulla ، D.C & amp Cech ، T. R. RNA كسقالة مرنة للبروتينات: خميرة تيلوميراز وما بعدها. كولد سبرينج حرب. سيمب. كمية. بيول. 71, 217–224 (2006).

Mattick، J. S.، Taft، R. J. & amp Faulkner، G.J. نظرة عالمية للمعلومات الجينومية - تجاوز الجين والمنظم الرئيسي. اتجاهات الجينات. 26, 21–28 (2010).

Guttman، M. & amp Rinn، J. L. المبادئ التنظيمية المعيارية للـ RNAs الكبيرة غير المشفرة. طبيعة سجية 482, 339–346 (2012).

Britten ، R.J & amp Davidson ، E.H. التنظيم الجيني للخلايا العليا: نظرية. علم 165, 349–357 (1969).

العناصر القابلة للتحويل وتطور الشبكات التنظيمية. القس الطبيعة جينيه. 9, 397–405 (2008).

لينش ، في.جيه ، لوكلير ، آر دي ، ماي ، جي أند واجنر ، جي بي ، إعادة توصيل شبكات تنظيم الجينات بوساطة ترانسبوسون ساهم في تطور الحمل في الثدييات. طبيعة الجينات. 43, 1154–1159 (2011).

وانج ، ت. وآخرون. تشكل الفيروسات القهقرية الداخلية الخاصة بالأنواع شبكة النسخ لبروتين مثبط الورم البشري p53. بروك. ناتل أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية 104, 18613–18618 (2007).

بيلي ، في.أيه وآخرون. نشأة عائلة الجينات p53 وتطورها. كولد سبرينج حرب. وجهة نظر. بيول. 2، a001198 (2010).

كونارسو ، ج. وآخرون. أعادت العناصر القابلة للتحويل توصيل الشبكة التنظيمية الأساسية للخلايا الجذعية الجنينية البشرية. طبيعة الجينات. 42, 631–634 (2010).

شي ، د. وآخرون. شبكات تنظيم الجينات القابلة لإعادة الاستخدام في التطور الجنيني قبل الانغراس لثلاثة أنواع من الثدييات. الدقة الجينوم. 20, 804–815 (2010). تُظهر المراجع 71 و 73 و 74 كيف أن مواقع ربط عامل النسخ المتناثرة بواسطة ERV تقوم بتوصيل شبكات تنظيم جينات واسعة النطاق بطريقة خاصة بالنسب.

Bannert، N. & amp Kurth، R. Retroelements والجينوم البشري: وجهات نظر جديدة حول علاقة قديمة. بروك. ناتل أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية 101, 14572–14579 (2004).

Perron، H. & amp Lang، A. يربط الفيروس القهقري الداخلي البشري بين الجينات والبيئة في التصلب المتعدد والأمراض متعددة العوامل. كلين. القس الحساسية Immunol. 39, 51–61 (2010).

Kurth، R. & amp Bannert، N. الآثار المفيدة والضارة للفيروسات القهقرية الذاتية للإنسان. كثافة العمليات J. السرطان 126, 306–314 (2010).

Waterland، R.A & amp Jirtle، R. L. العناصر القابلة للتحويل: أهداف للتأثيرات التغذوية المبكرة على تنظيم الجينات اللاجينية. مول. زنزانة. بيول. 23, 5293–5300 (2003).

كونتريراس غاليندو ، آر إيه وآخرون. توصيف العناصر الفيروسية الذاتية البشرية في دم الأفراد المصابين بفيروس نقص المناعة البشرية -1. J. فيرول. 86, 262–276 (2012).

ستوفر ، واي وآخرون. المستضد الداخلي المنشأ الناجم عن الإنترفيرون ألفا. نموذج يربط بين البيئة والمناعة الذاتية. حصانة 15, 591–601 (2001).

Arnaud، F.، Varela، M.، Spencer، T.E & amp Palmarini، M. زنزانة. مول. علوم الحياة. 65, 3422–3432 (2008).

Spencer، T. E.، Mura، M.، Gray، C. A.، Griebel، P. J. & amp Palmarini، M. J. فيرول. 77, 749–753 (2003).

مورا ، م وآخرون. التداخل الفيروسي المتأخر الناجم عن هفوة عابرة للسيطرة لفيروس قهقري داخلي. بروك. ناتل أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية 101, 11117–11122 (2004).

Yan ، Y. ، Buckler-White ، A. ، Wollenberg ، K. & amp Kozak ، C. A. الأصل ، الوظيفة المضادة للفيروسات ودليل على الاختيار الإيجابي لجين تقييد الفيروسات القهقرية Fv1 في الجنس المصحف. بروك. ناتل أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية 106, 3259–3263 (2009).

هيلديتش ، ل. وآخرون. يوجه التجميع المطلوب لبروتين قفيصة فيروس سرطان الدم المورين على الأنابيب النانوية الدهنية ارتباطًا محددًا بواسطة عامل التقييد ، Fv1. بروك. ناتل أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية 108, 5771–5776 (2011).

أرنو وآخرون. نموذج للتطور المشترك بين مضيف الفيروس: تكيفات مضادة متسلسلة بين الفيروسات القهقرية الداخلية والخارجية. بلوس باثوج. 3، e170 (2007). تقدم هذه الورقة توصيفًا شاملاً للأحداث المختلفة التي وقعت خلال سباق التسلح الجزيئي بين فيروسات بيتار قهقرية محلية المنشأ ونظيراتها الخارجية في الأغنام.

مالك ، H. S. & amp Henikoff ، S. اختيار إيجابي من قزحية، وهو جين مضيف مشتق من الغلاف الفيروسي في ذبابة الفاكهة سوداء البطن. بلوس جينيت. 1، هـ 44 (2005).

Taylor، D.J، Dittmar، K.، Ballinger، M.J & amp Bruenn، J.A. BMC Evol. بيول. 11, 336 (2011).

ليو ، هـ وآخرون. الانتشار الواسع لفيروسات densoviruses و parvoviruses في الجينوم الحيواني والبشري. J. فيرول. 85, 9863–9876 (2011).

Kobayashi، Y.، Horie، M.، Tomonaga، K. & amp Suzuki، Y. لا يوجد دليل على الانتقاء الطبيعي لعناصر البروتين النووي التي تشبه بورنا الذاتية بعد تباين قرود العالم القديم والعالم الجديد. بلوس واحد 6، e24403 (2011).

فورت ، ب وآخرون. متواليات الفيروسة الرحمية الأحفورية المدمجة في جينومات المفصليات: تطور الجنين ، والتطور ، والوظائف المحتملة. مول. بيول. Evol. 29, 381–390 (2012).

Rawn، S.M & amp Cross، J.C. تطور وتنظيم ووظيفة الجينات الخاصة بالمشيمة. Annu. القس الخلية ديف. بيول. 24, 159–181 (2008).

Blikstad، V.، Benachenhou، F.، Sperber، G.O. & amp Blomberg، J. زنزانة. مول. علوم الحياة. 65, 3348–3365 (2008).

دوبريسوار ، إيه وآخرون. تُظهِر فئران سينسيتين- A الخاسرة الدور الحاسم في وضع الجين المغلفي المشتق من الفيروسات القهقرية ، والمشتق من الفيروسات القهقرية. بروك. ناتل أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية 106, 12127–12132 (2009).

دوبريسوار ، إيه وآخرون. مطلوب زوج من جينات سينسيتين المغلف الفيروسي المختلط لتشكيل الأرومة الغاذية المشيمية المشيمية ذات الطبقتين. بروك. ناتل أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية 108، e1164-e1173 (2011). يوفر المراجعان أعلاه دليلًا وراثيًا على دور أساسي لاثنين الحسد - سينسيتينات الفئران في تكوين المشيمة.

دنلاب ، كاي وآخرون. تنظم الفيروسات القهقرية الذاتية نمو المشيمة وتمايزها حول الغرس. بروك. ناتل أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية 103, 14390–14395 (2006).

Flegel، T.W. فرضية المناعة الوراثية المضادة للفيروسات في القشريات والحشرات. بيول. مباشر 4, 32 (2009).

Harms ، M.J & amp Thornton ، J.W. تحليل بنية البروتين ووظيفته باستخدام إعادة بناء جينات الأجداد. بالعملة. رأي. هيكل. بيول. 20, 360–366 (2010).

Katzourakis، A.، Tristem، M.، Pybus، O.G & amp Gifford، R.J. اكتشاف وتحليل أول فيروس بطيء داخلي. بروك. ناتل أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية 104, 6261–6265 (2007).

جيفورد ، آر جيه وآخرون. فيروس بطيء داخلي انتقالي من جينوم الرئيسيات القاعدية وآثاره على تطور الفيروس البطيء. بروك. ناتل أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية 105, 20362–20367 (2008).

Sharp، P. M.، Bailes، E.، Stevenson، M.، Emerman، M. & amp Hahn، B. H. Gene اكتساب في HIV و SIV. طبيعة سجية 383, 586–587 (1996).

Hu ، J. et al. توصيف ومقارنة فيروس نقص المناعة القردي المأشوب من الحفر (Mandrillus leucophaeus) وماندريل (ماندريلوس أبو الهول) يعزل. J. فيرول. 77, 4867–4880 (2003).

Tristem، M.، Purvis، A. & amp Quicke، D.L. التاريخ التطوري المعقد للرئيسيات lentiviral vpr الجينات. علم الفيروسات 240, 232–237 (1998).

Gilbert C. ، Maxfield ، D.G ، Goodman ، S.M & amp Feschotte ، C. تسلل السلالة الجرثومية الموازية لفيروس lentivirus في اثنين من الليمور الملغاشي. بلوس جينيت. 5، e1000425 (2009).

Dangel، A.W، Baker، B. J.، Mendoza، A.R & amp Yu، C. Y. Complement component ج 4 الجين intron 9 كعلامة تطور نسبي للقرود: التكرارات الطرفية الطويلة للفيروس القهقري الداخلي ERV-K (C4) هي ساعة جزيئية للتطور. علم الوراثة المناعية 42, 41–52 (1995).

Kijima، T. E. & amp Innan، H. حول تقدير وقت إدخال العناصر القابلة لإعادة النقل LTR. مول. بيول. Evol. 27, 896–904 (2010).

Martins، H. & amp Villesen، P. تقدير وقت تكامل محسن للفيروسات القهقرية الذاتية مع بيانات النشوء والتطور. بلوس واحد 6، e14745 (2011).

Wolf، D. & amp Goff، S. P. تستخدم الخلايا الجذعية الجنينية ZFP809 لإسكات الحمض النووي الفيروسي. طبيعة سجية 458, 1201–1204 (2009).

Leung، D.C & amp Lorincz، M.C. إسكات الفيروسات القهقرية الذاتية: متى ولماذا تسود علامات الهيستون؟ اتجاهات Biochem. علوم. 16 ديسمبر 2011 (دوى: 10.1016 / j.tibs.2011.11.006).

رو ، هـ.م وآخرون. يتحكم KAP1 في الفيروسات القهقرية الذاتية في الخلايا الجذعية الجنينية. طبيعة سجية 463, 237–240 (2010).

ماتسوي ، ت. وآخرون. يتطلب إسكات الخلايا الجذعية الجنينية هيستون ميثيل ترانسفيراز إسيت. طبيعة سجية 464, 927–931 (2010). تكشف المراجع 108-111 النقاب عن المكونات والمبادئ الأساسية لنظام تم اكتشافه مؤخرًا لإسكات الفيروسات الأولية في الخلايا الجذعية الجنينية للثدييات.

Nowick ، ​​K. ، Hamilton ، A. T. ، Zhang ، H. & amp Stubbs ، L. يقترح الاختلاف السريع في التسلسل والتعبير اختيار وظيفة جديدة في جينات KRAB-ZNF الخاصة بالرئيسيات. مول. بيول. Evol. 27, 2606–2617 (2010).

Dewannieux، M. et al. تحديد سلف معدي لعناصر رجعية داخلية بشرية HERV-K متعددة النسخ. الدقة الجينوم. 16, 1548–1556 (2006).

Lee، Y.N & amp Bieniasz، P. D. إعادة تكوين فيروس قهقري داخلي المنشأ معدي. بلوس باثوج. 3، e10 (2007). المراجع أعلاه يعيدان تكوين سلف معدي لفيروس قهقري داخلي المنشأ.

Perez-Caballero، D.، Soll، S.J & amp Bieniasz، P. D. دليل لتقييد فيروسات قهقرية قديمة من الرئيسيات بواسطة APOBEC3 وليس بروتينات TRIM5α. بلوس باثوج. 4، e1000181 (2008).

كايزر ، إس إم ، مالك ، إتش إس وأمبرمان ، إم تقييد فيروس قهقري منقرض بواسطة البروتين المضاد للفيروسات TRIM5α البشري. علم. 316, 1756–1758 (2007).

سوير ، إس إل ، إميرمان ، إم ومالك ، إتش إس. التطور التكيفي القديم لإنزيم الرئيسيات المضاد للفيروسات لتحرير الحمض النووي APOBEC3G. بلوس بيول. 2، e275 (2004).

رام ، ن وآخرون. طيف فريد من نشاط TRIM5α النشط ضد الفيروسات القهقرية الخارجية والداخلية. J. فيرول. 85, 4173–4183 (2011).

Soll ، S. J. ، Neil ، S. J. & amp Bieniasz ، P. D. تحديد مستقبل لفيروس منقرض. بروك. ناتل أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية 107, 19496–19501 (2010).

غولدستون ، دي سي وآخرون. يكشف التحليل البنيوي والوظيفي للفيروسات البطيئة عصور ما قبل التاريخ عن واجهة جزيئية قديمة. ميكروب مضيف الخلية 8, 248–259 (2010).

Wolf، D. & amp Goff، S. P. عوامل تقييد المضيف التي تمنع تكاثر الفيروسات القهقرية. Annu. القس جينيه. 42, 143–163 (2008).

سوير ، S. L. ، Wu ، L. I. ، Emerman ، M. & amp Malik ، H. S. الاختيار الإيجابي من الرئيسيات TRIM5α يحدد مجال تقييد الفيروسات القهقرية الخاصة بالأنواع الحرجة. بروك. ناتل أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية 102, 2832–2837 (2005). تقدم هذه الدراسة عرضًا حيًا لقوة تحليل التسلسل التطوري لإلقاء نظرة ثاقبة حاسمة على تفاعل عوامل تقييد المضيف مع أهدافهم الفيروسية.

Kerns، J. A.، Emerman، M. & amp Malik، H. S. الاختيار الإيجابي وزيادة النشاط المضاد للفيروسات المرتبط بالشكل الإسوي المحتوي على PARP للبروتين المضاد للفيروسات بأصابع الزنك البشرية. بلوس جينيت. 4، e21 (2008).

لين ، سي إل وآخرون. عدوى فيروس Hz-1 المستمرة في خلايا الحشرات: دليل على إدخال الحمض النووي الفيروسي في الكروموسومات المضيفة والعدوى الفيروسية في حالة كامنة. J. فيرول. 73, 128–139 (1999).

آرباكل ، جيه إتش وآخرون. يتكامل جينوم فيروس الهربس البشري الكامن 6A بشكل خاص في تيلوميرات الكروموسومات البشرية في الجسم الحي و في المختبر. بروك. ناتل أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية 107, 5563–5568 (2010).

Morissette، G. & amp Flamand، L. الهربس والتكامل الكروموسومي. J. فيرول. 84, 12100–12109 (2010).

Bézier، A.، Herbinière، J.، Lanzrein، B. & amp Drezen، J.M Polydnavirus الوجه المخفي: الجينات المنتجة لجزيئات الفيروس من الدبابير الطفيلية. J. اللافتري. باتول. 101, 194–203 (2009).

Delaroque، N.، Maier، I.، Knippers، R. & amp Mueller، D.G. تكامل الفيروس المستمر في جينوم مضيفه الطحالب ، Ectocarpus siliculosus (Phaeophyceae). جي الجنرال فيرول. 80, 1367–1370 (1999).

كوك ، ج م وآخرون. ال إكتوكاربوس الجينوم والتطور المستقل لتعدد الخلايا في الطحالب البنية. طبيعة سجية 465, 617–621 (2010).

ليو ، هـ وآخرون. نقل الجينات الأفقي على نطاق واسع من فيروسات DNA الدائرية أحادية السلسلة إلى جينومات حقيقية النواة. BMC Evol. بيول. 11, 276 (2011).

Bejarano، E.R، Khashoggi، A.، Witty، M. & amp Lichtenstein، C. دمج التكرارات المتعددة للحمض النووي الفيروسي في الجينوم النووي للتبغ أثناء التطور. بروك. ناتل أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية 93, 759–764 (1996).

آشبي ، إم ك وآخرون. يرتبط تحليل نسخ متعددة من DNA geminiviral في جينوم أربعة ارتباطًا وثيقًا نيكوتيانا تقترح الأنواع حدث تكامل فريد. مصنع. مول. بيول. 35, 313–321 (1997).

Kapoor، A.، Simmonds، P. & amp Lipkin، W. I. اكتشاف وتوصيف فيروسات بارفو الذاتية للثدييات. J. فيرول. 84, 12628–12635 (2010).

تانغ ، ك.اف ، وأمبير لايتنر ، د.التتابعات المعدية ذات الصلة بفيروس نقص الجلد وتكوين الدم (IHHNV) في جينوم جمبري النمر الأسود Penaeus monodon من افريقيا واستراليا. دقة الفيروس. 118, 185–191 (2006).

ليو ، هـ وآخرون. نقل الجينات الأفقي على نطاق واسع من فيروسات RNA مزدوجة الشريطة إلى الجينومات النووية حقيقية النواة. J. فيرول. 84, 11876–11887 (2010).

فرانك ، إيه سي وأمب وولف ، ك.ه.التقاط تطوري للحمض النووي الفيروسي والبلازميد بواسطة كروموسومات الخميرة النووية. حقيقيات النوى. زنزانة 8, 1521–1531 (2009).

Maori، E.، Tanne، E. & amp Sela، I. تبادل التسلسل المتبادل بين الفيروسات غير الرجعية والمضيفين مما يؤدي إلى ظهور أنماط ظاهرية جديدة للمضيف. علم الفيروسات 362, 342–349 (2007).

كروشو ، إس وآخرون. تستمر تسلسلات فيروسات الحمض النووي الريبي المرتبطة بفيروس الفلافيف في شكل DNA مدمج في جينوم الزاعجة النيابة. البعوض. جي الجنرال فيرول. 85, 1971–1980 (2004).

Roiz، D.، Vázquez، A.، Seco، M. P.، Tenorio، A. & amp Rizzoli، A. الزاعجة البيضاء (Diptera: Culicidae) في شمال إيطاليا. فيرول. ج. 6, 93 (2009).

Tanne، E. & amp Sela، I. حدوث تسلسل DNA لفيروس RNA غير رجعي في جينوم النبات المضيف وتعبيرها: دليل على إعادة التركيب بين الحمض النووي الريبي الفيروسي والمضيف. علم الفيروسات 332, 614–622 (2005).

Taylor، D.J، Leach، R.W & amp Bruenn، J. Filoviruses قديمة ومتكاملة في جينومات الثدييات. BMC Evol. بيول. 10, 193 (2010).

Blond ، J.L et al. يتم التعبير عن البروتين السكري المغلف للفيروس القهقري الداخلي البشري HERV-W في المشيمة البشرية ويدمج الخلايا التي تعبر عن مستقبلات الفيروسات القهقرية من النوع D للثدييات. J. فيرول. 74, 3321–3329 (2000).

مي ، إس وآخرون. Syncytin هو بروتين مغلف فيروسات قهقرية أسير يشارك في تكوين المشيمة البشرية. طبيعة سجية 403, 785–789 (2000).

Blaise، S.، de Parseval، N.، Bénit، L. & amp Heidmann، T. بروك. ناتل أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية 100, 13013–13018 (2003).

Heidmann، O.، Vernochet، C.، Dupressoir، A. & amp Heidmann، T. ريتروفيرولوجي 6, 107 (2009).

كورنيليس ، جي وآخرون. التقاط الأسلاف لـ syncytin-Car1 ، وهو جين مغلف داخلي المنشأ للفيروسات القهقرية ينشأ في المشيمة ويتم حفظه في Carnivora. بروك. ناتل أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية 109، e432-e441 (2012).

Blaise، S.، de Parseval، N. & amp Heidmann، T. ريتروفيرولوجي 2, 19 (2005).

Best، S.، Le Tissier، P.، Towers، G. & amp Stoye، J. P. الاستنساخ الموضعي لجين تقييد الفيروسات القهقرية للفأر Fv1. طبيعة سجية 382, 826–829 (1996).

Marco، A. & amp Marín، I. CGIN1: مساهمة رجعية في جينومات الثدييات. مول. بيول. Evol. 26, 2167–2170 (2009).

Lung، O. & amp Blissard، G.W. خلوي ذبابة الفاكهة سوداء البطن بروتين مشابه لبروتينات الاندماج المغلف Baculovirus F. J. فيرول. 79, 7979–7989 (2005).


شاهد الفيديو: تكاثر الفيروسات (شهر نوفمبر 2022).