معلومة

API لأسماء الجينات حسب الموقع

API لأسماء الجينات حسب الموقع


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

هل هناك أي واجهة برمجة تطبيقات يمكنني من خلالها إدخال موقع الكروموسوم وستزودنا بأسماء الجينات ، على سبيل المثال إدخال chr: 1 الموقع 154714693: 154754070 وسيعيد قائمة بأسماء الجينات أو المعرف داخل هذه المنطقة؟


باستخدام R biomaRt يمكنك استعادتها.

مكتبة (biomaRt)

ensembl = useMart ("ensembl"، مجموعة البيانات = "hsapiens_gene_ensembl")

قائمة التصفية <- قائمة ("1: 154714693: 154754070"، "ترميز البروتين")

الجينات <- getBM (السمات = c ('hgnc_symbol' ، 'chromosome_name' ، 'start_position' ، 'end_position') ، المرشحات = c ("chromosomal_region" ، "biotype") ، القيم = قائمة التصفية ، mart = ensembl)

الجينات
hgnc_symbol chromosome_name start_position end_position 1
KCNN3 1 154697455 154870280


NCBI كواجهة برمجة تطبيقات تسمى "E-utilities" (انظر المقدمة القصيرة) التي تسمح بالوصول إلى جميع قواعد البيانات الخاصة بهم تقريبًا. من الصعب بعض الشيء أن تعتاد عليها (وفي بعض الأحيان تريد معرفات غبية - حتى متوقفة - كمدخلات) ، ولكن لديها الكثير من القوة ، هناك مكتبات لهذا في biopython & bioperl (على ما أعتقد) ، قد يكون لدى R واحدة أيضًا . من الممكن تحديد نوع البحث الذي تريده بالضبط باستخدام طريقة "efetch" وإعادة كتابة "جدول الميزات" (أو ربما سجل xml الكامل) بالإضافة إلى seq start and stop (تحتاج إلى الحصول على تسلسل chromsome one مثل معرف قريع).

شيء آخر استخدمته هو جداول شرح الجينوم من NCBI. إنهم موجودون على خادم FTP (حيث يبدو أن الهيكل في حالة تغير مستمر ، لذلك من الصعب العثور عليه مرة أخرى) ، لكنهم يسردون جميع التعليقات التوضيحية لتجميع جينوم معين ويتم فرزهم حسب الموضع ، بحيث يمكنك البحث عنها بسهولة باستخدام برنامج نصي - إذا كنت تبحث عن وظائف متعددة ، فقد يكون هذا أسرع ثم يمر عبر واجهة برمجة تطبيقات عبر الإنترنت (يبدو أن هذا المجلد يحتوي على ملفات متعددة ، إذا كنت تريد إلقاء نظرة عليه).


يمكنك استخدام واجهة برمجة تطبيقات Ensembl REST. هذه هي طريقة عمل الاستعلامات المتداخلة: https://rest.ensembl.org/documentation/info/overlap_region

استعلامك كمثال: https://rest.ensembl.org/overlap/region/human/1:154714693:154754070؟feature=gene؛content-type=application/json


API لأسماء الجينات حسب الموقع - علم الأحياء

ترقيات النظام قيد التقدم. لن تكون bioDBnet متاحة حتى تكتمل هذه الترقيات.
نتوقع العودة بحلول الظهيرة بتوقيت شرق الولايات المتحدة.
-->
bioDBnet: db2db

قاعدة بيانات لتحويلات قاعدة البيانات

يسمح db2db بتحويل المعرفات من قاعدة بيانات واحدة إلى معرفات قاعدة البيانات الأخرى أو التعليقات التوضيحية. لاستخدام db2db ، حدد نوع إدخال البيانات الخاصة بك ، وتغيير نوع الإدخال يؤدي تلقائيًا إلى تغيير خيارات الإخراج إلى تلك المحددة للإدخال المحدد. ثم حدد نوعًا واحدًا أو أكثر من أنواع الإخراج وأضف المعرفات الخاصة بك في مربع قائمة المعرفات. قم بتعيين إزالة القيم المكررة على "لا" إذا كنت لا تريد إزالة التكرارات. يؤدي النقر فوق إرسال ثم إرجاع جدول بمدخلاتك المطابقة لجميع المخرجات المحددة بالترتيب المحدد كما تم إدخالها. يمكن أن تقتصر النتائج على تصنيف معين عن طريق إدخال معرف التصنيف الخاص به. سيختلف الأداء بشكل كبير حسب عدد المخرجات والخيارات المحددة. يجب أن تكتمل التحويلات إلى ناتج واحد مع الخيارات الافتراضية في بضع ثوانٍ


طقم الاختبار

تتيح مجموعة الاختبار الاختبارات التالية:

  1. ONPG: اختبار إنزيم β-galactosidase عن طريق التحلل المائي للركيزة o-nitrophenyl-b-D-galactopyranoside
  2. ADH: نزع الكربوكسيل من حمض الأرجينين الأميني بواسطة ثنائي هيدرولاز أرجينين
  3. LDC: نزع الكربوكسيل من الحمض الأميني ليسين بواسطة ليسين ديكاربوكسيلاز
  4. ODC: نزع الكربوكسيل من الحمض الأميني أورنيثين بواسطة أورنيثين ديكاربوكسيلاز
  5. CIT: استخدام السترات كمصدر فقط للكربون
  6. H2S: إنتاج كبريتيد الهيدروجين
  7. اليوريا: اختبار إنزيم اليورياز
  8. TDA (Tryptophan deaminase): الكشف عن إنزيم tryptophan deaminase: كاشف- كلوريد الحديديك.
  9. IND: إندول اختبار إنتاج الإندول من التربتوفان بواسطة إنزيم التربتوفاناز. الكاشف- يتم الكشف عن الإندول عن طريق إضافة كاشف Kovac.
  10. نائب الرئيس: اختبار Voges-Proskauer للكشف عن الأسيتوين (أسيتيل ميثيل كاربينول) الناتج عن تخمير الجلوكوز بواسطة البكتيريا باستخدام مسار البوتيلين جلايكول
  11. جل: اختبار لإنتاج إنزيم الجيلاتيناز الذي يسيل الجيلاتين
  12. GLU: تخمر الجلوكوز (سكر سداسي)
  13. رجل: تخمير المانوز (سكر سداسي)
  14. انا لا: تخمر الإينوزيتول (كحول دوري)
  15. SOR: تخمير السوربيتول (سكر كحول)
  16. RHA: تخمر رامنوز (ميثيل بنتوز سكر)
  17. كيس: تخمير السكروز (ديساكهاريد)
  18. MEL: تخمر مليبيوز (ديساكهاريد)
  19. إيمي: تخمر أميجدالين (جليكوسيد)
  20. ARA: تخمير أرابينوز (سكر بنتوز)

تنسيق ملف نصي بسيط لتبادل البيانات

لتمكين تبادل البيانات باستخدام نموذج XGAP ، قمنا بإنتاج تنسيق ملف نصي بسيط (XGAP-TAB) استنادًا إلى الخبرة التي تستخدم لتنسيقات البيانات ، يجب إنشاء ملفات البيانات بسهولة باستخدام أدوات Excel ومحرر النصوص البسيطة وتشبه إلى حد كبير الممارسات الحالية. يتم اشتقاق هذا التنسيق تلقائيًا من النموذج بطلب تشغيل جميع التعليقات التوضيحية التحقيقات, البروتوكولات, الصفات, المواضيع، وملحقاتها ، كملفات نصية محددة (ملف واحد لكل نوع بيانات) مع أعمدة تطابق الخصائص الموضحة في نموذج الكائن وكل صف يصف مثيل بيانات واحد. اختياريا ، مجموعات من عناصر البيانات يمكن أيضًا تنسيقها كمصفوفات نصية منفصلة مع مطابقة أسماء الصفوف والأعمدة لها في ملف سمة و موضوعات التعليقات التوضيحية ، ومع كل قيمة مصفوفة تطابق واحدة داتايليمينت. يتم بعد ذلك سرد أبعاد كل مصفوفة بيانات بصف في التعليقات التوضيحية الموجودة في البيانات.

يوضح الشكل 2 تحقيقًا واحدًا في تنسيق البيانات الجدولية XGAP مع ملف نصي محدد واحد لكل نوع بيانات - أي أن هناك ملفات باسم "probe.txt" و "فرد. txt" ، مع كل صف يصف مسبار ميكروأري أو فرد ، على التوالي - وملف مصفوفة نصية لكل مجموعة من ملفات عناصر البيانات - أي أن هناك ملفات باسم "data / expressions.txt" و "data / genotypes.txt". يتم بعد ذلك وصف خصائص كل مصفوفة بيانات في ملف "data.txt" أي ، بالنسبة إلى "data / expressions.txt" ، يوجد صف في "data.txt" يشير إلى أن أعمدتها تشير إلى "ملف فردي. txt" ، أن صفوفه تشير إلى "probe.txt" وأن قيمه "عشرية". يمكن الاحتفاظ بمجموعات البيانات الأولية ومجموعات البيانات بتنسيقات أخرى في دليل يسمى "أصلي".

تنسيق ملف نصي بسيط. يمكن تخزين التحقيق الكامل باستخدام ملفات نصية جدولة سهلة الإنشاء للتعليقات التوضيحية أو ملفات نصية على شكل مصفوفة للبيانات الخام والمعالجة. يرتبط كل ملف "تعليق توضيحي" بنوع بيانات واحد في نموذج الكائن الموضح في الشكل 1 - على سبيل المثال ، الصفوف في الملف "probe.txt" ستحتوي على الأعمدة المسماة في نوع البيانات "دقق". يحتوي كل ملف "بيانات" على عناصر بيانات وله أسماء صفوف وأسماء أعمدة تشير إلى ملفات التعليقات التوضيحية - على سبيل المثال ، قد يشير "genotypes.txt" إلى أسماء "marker.txt" كأسماء صفوف وأسماء "Individual.txt" كأسماء أعمدة . إذا كان ذلك مناسبًا ، يمكن وصف القيم الثابتة في ملف خصائص ثابتة مثل "الأنواع_الاسم".

بعد إثبات قيمته في العديد من المشاريع المسجلة الملكية ، تتوفر الآن مجموعة متزايدة من مجموعات البيانات العامة على [48] توضح استخدام XGAP-TAB [8 ، 11 ، 13 ، 14 ، 49 ، 50].


تفاصيل الدورة الأخرى

الوقت المقدر للإكمال

هذه الدورة قابلة للمقارنة بفصل دراسي واحد من مقرر علم الأحياء للتعليم العام في كلية المجتمع.

تاريخ آخر تحديث

المؤلف والاعتمادات الأخرى

تم بناء أجزاء من هذه الدورة التدريبية على المواد التي تم تطويرها وتقديمها بسخاء من قبل كلية جامعة ميريلاند ، والتي تم توفيرها بإذن بموجب ترخيص CC-BY-NClicense. تمت الإشارة إلى الاستخدام المباشر لأنشطة وعناصر إعلامية محددة خلال الدورة التدريبية.

فريق التطوير

دائمًا ما يكون التطوير والتحسين المستمر لدورة OLI جهدًا تعاونيًا مبنيًا على وقت وموهبة والتزام العديد من الأفراد. دورة علم الأحياء OLI هذه ليست استثناء.

مؤلفو الدورة: الانتماء
آنا ماري بارال جامعة وطنية
بيث كاربنتر جامعة كلية جامعة ميريلاند
أنيا جودمان جامعة ولاية كاليفورنيا بوليتكنيك
جون هوكسترا كلية المجتمع هارتلاند
بريان كرام كلية مجتمع الأمير جورج
ديبرا ماكلولين جامعة كلية جامعة ميريلاند
ويندي ريجز كلية ريدوود المجتمعية
قاعدة جوردون جامعة كارنيجي ميلون
سوزان واكيم كلية مجتمع بوت
كاثي وارنر جامعة كلية جامعة ميريلاند
المساهمون الآخرون: الانتماء
ديانا باجزك جامعة كارنيجي ميلون
نورمان بيير جامعة كارنيجي ميلون
مايكل براون جامعة كارنيجي ميلون
رينيه فيشر جامعة كارنيجي ميلون
جيم غرينو جامعة كارنيجي ميلون
ميشيل مايرز محرر
كانديس أورسيتي جامعة كلية جامعة ميريلاند
ساندي رايزور جامعة كارنيجي ميلون
روبن سيرليس أدينيجان جامعة كلية جامعة ميريلاند
كيريس سيموندز جامعة كلية جامعة ميريلاند
شيريل تمبلتون جامعة كارنيجي ميلون
دانيال ويليامز جامعة ولاية ونستون سالم

رخصة

/>
هذا العمل مرخص بموجب رخصة المشاع الإبداعي Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.


API لأسماء الجينات حسب الموقع - علم الأحياء

8 ساعات بسبب الصيانة في مركز البيانات الخاص بنا. يمكن أن يكون هذا الفاصل الزمني أقصر اعتمادًا على تقدم العمل. نحن نعتذر عن أي شيء غير مناسب. *** --> *** سيتم إيقاف DAVID من الساعة 5 مساءً بتوقيت شرق الولايات المتحدة يوم الجمعة 6/24/2011 إلى الساعة 3 مساءً بتوقيت شرق الولايات المتحدة يوم الأحد 6/26/2011 بسبب الصيانة في مركز البيانات الخاص بنا. يمكن أن يكون هذا الفاصل الزمني أقصر اعتمادًا على تقدم العمل. نحن نعتذر عن أي شيء غير مناسب. *** --> *** نقبل حاليًا مستخدمي الإصدار التجريبي لخدمة الويب DAVID الجديدة التي تتيح الوصول إلى DAVID من لغات برمجة مختلفة. يرجى الاتصال بنا للحصول على الوصول. *** --> *** تم تغيير تعيين رمز الجينات لتحميل القائمة وتحويلها. يرجى الاطلاع على إعلان منتدى DAVID للحصول على التفاصيل. --> *** الإعلان عن خدمة ويب DAVID الجديدة التي تتيح الوصول إلى DAVID من لغات برمجة مختلفة. مزيد من المعلومات. *** --> *** سيتم إيقاف DAVID 6.8 للصيانة يوم الخميس الموافق 23/2/2016 من الساعة 9 صباحًا حتى 1 مساءً بتوقيت شرق الولايات المتحدة *** -->
*** مرحبًا بك في DAVID 6.8 ***
*** إذا كنت تبحث عن DAVID 6.7 ، فيرجى زيارة موقع التطوير الخاص بنا. ***
-->
*** مرحبًا بك في DAVID 6.8 مع قاعدة المعرفة المحدثة (مزيد من المعلومات). ***
*** إذا كنت تبحث عن DAVID 6.7 ، فيرجى زيارة موقع التطوير الخاص بنا. ***
-->
*** مرحبًا بك في DAVID 6.8 مع قاعدة المعرفة المحدثة (مزيد من المعلومات). ***
*** خادم DAVID 6.7 معطل حاليًا للصيانة. ***
--> *** يرجى القراءة: نظرًا لصيانة مركز البيانات ، سيكون DAVID غير متصل من الجمعة 17 يونيو @ 4 مساءً بتوقيت شرق الولايات المتحدة حتى يوم الأحد ، 19 يونيو مع إمكانية إعادة الاتصال بالإنترنت في وقت أقرب. *** -->


العقيدة المركزية: يشفر الحمض النووي RNA و RNA البروتين

تصف العقيدة المركزية تدفق المعلومات الجينية من الحمض النووي إلى الحمض النووي الريبي إلى البروتين.

أهداف التعلم

لنتذكر العقيدة المركزية في علم الأحياء

الماخذ الرئيسية

النقاط الرئيسية

  • يتدهور الكود الجيني لأن 64 كودونًا تشفر 22 حمضًا أمينيًا فقط.
  • الكود الجيني عالمي لأنه هو نفسه بين جميع الكائنات الحية.
  • النسخ المتماثل هو عملية نسخ جزيء الحمض النووي.
  • النسخ هو عملية تحويل تسلسل معين من الحمض النووي إلى الحمض النووي الريبي.
  • الترجمة هي العملية التي يقوم فيها الريبوسوم بفك تشفير الرنا المرسال إلى بروتين.

الشروط الاساسية

  • كودون: تسلسل من ثلاثة نيوكليوتيدات متجاورة ، والتي تشفر حمض أميني معين أثناء تخليق البروتين أو ترجمته
  • الريبوسوم: مجمعات البروتين / الرنا المرسال الموجودة في جميع الخلايا التي تشارك في إنتاج البروتينات عن طريق ترجمة الرنا المرسال
  • تتدهور: التكرار في الشفرة الوراثية (أكثر من كودون واحد لكل حمض أميني)

الكود الجيني منحط وعالمي

يتدهور الكود الجيني حيث يوجد 64 ثلاثي نيوكليوتيد محتمل (4 3) ، وهو أكثر بكثير من عدد الأحماض الأمينية. تسمى هذه النوكليوتيدات الثلاثية الكودونات التي تطلب إضافة حمض أميني معين إلى سلسلة عديد الببتيد. واحد وستون من الكودونات ترميز عشرين حمضًا أمينيًا مختلفًا. يمكن ترميز معظم هذه الأحماض الأمينية بأكثر من كودون واحد. تنهي ثلاثة من الكودونات الـ 64 تخليق البروتين وتحرر البولي ببتيد من آلية الترجمة. تسمى هذه الثلاثة توائم رموز التوقف. يُستخدم كود الإيقاف UGA أحيانًا لتشفير الحمض الأميني الحادي والعشرين المسمى selenocysteine ​​(Sec) ، ولكن فقط إذا كان mRNA يحتوي أيضًا على تسلسل محدد من النيوكليوتيدات يسمى تسلسل إدراج السيلينوستئين (SECIS). أحيانًا يتم استخدام كود الإيقاف UAG بواسطة عدد قليل من الكائنات الحية الدقيقة لتشفير الحمض الأميني الثاني والعشرين المسمى pyrrolysine (Pyl). يحتوي كودون AUG أيضًا على وظيفة خاصة. بالإضافة إلى تحديد ميثيونين الأحماض الأمينية ، فإنه يعمل أيضًا ككودون بدء لبدء الترجمة. يتم تعيين إطار القراءة للترجمة بواسطة كود بدء AUG.

الكود الجيني عالمي. مع استثناءات قليلة ، تستخدم جميع الأنواع تقريبًا نفس الكود الجيني لتخليق البروتين. تعد الطبيعة العالمية للشفرة الجينية دليلًا قويًا على أن كل أشكال الحياة على الأرض تشترك في أصل مشترك.

الكودونات والشفرة الجينية العالمية.: الشفرة الوراثية لترجمة كل ثلاثي نيوكليوتيد (كودون) في mRNA إلى حمض أميني أو إشارة إنهاء ترجمة.

العقيدة المركزية: DNA يشفر RNA ، RNA يشفر البروتين

العقيدة المركزية: يتم نسخ التعليمات الخاصة بالحمض النووي على الحمض النووي الريبي الرسول. الريبوسومات قادرة على قراءة المعلومات الجينية المنقوشة على خيط من الحمض النووي الريبي المرسال واستخدام هذه المعلومات لربط الأحماض الأمينية معًا في بروتين.

تصف العقيدة المركزية للبيولوجيا الجزيئية تدفق المعلومات الجينية في الخلايا من الحمض النووي إلى الحمض النووي الريبي المرسال (mRNA) إلى البروتين. تنص على أن الجينات تحدد تسلسل جزيئات الرنا المرسال ، والتي بدورها تحدد تسلسل البروتينات. نظرًا لأن المعلومات المخزنة في الحمض النووي هي مركزية جدًا للوظيفة الخلوية ، فإن الخلية تحافظ على الحمض النووي المحمي وتنسخه في شكل RNA. يضيف الإنزيم نيوكليوتيدًا واحدًا إلى خيط الرنا المرسال لكل نيوكليوتيد يقرأه في خيط الحمض النووي. تعتبر ترجمة هذه المعلومات إلى بروتين أكثر تعقيدًا لأن ثلاثة نيوكليوتيدات من الرنا المرسال تتوافق مع حمض أميني واحد في تسلسل متعدد الببتيد.

النسخ: DNA إلى RNA

النسخ هو عملية إنشاء نسخة تكميلية من الحمض النووي الريبي لسلسلة من الحمض النووي. كل من RNA و DNA عبارة عن أحماض نووية ، تستخدم أزواج قاعدية من النيوكليوتيدات كلغة تكميلية يمكن للإنزيمات تحويلها ذهابًا وإيابًا من DNA إلى RNA. أثناء النسخ ، تتم قراءة تسلسل الحمض النووي بواسطة بوليميراز الحمض النووي الريبي ، والذي ينتج خيطًا مكملًا مضادًا للتوازي. على عكس تكرار الحمض النووي ، ينتج عن النسخ مكمل الحمض النووي الريبي الذي يحل محل RNA uracil (U) في جميع الحالات التي يحدث فيها ثايمين DNA (T). النسخ هو الخطوة الأولى في التعبير الجيني. يُطلق على امتداد الحمض النووي المنسوخ إلى جزيء RNA اسم نسخة. تُستخدم بعض النصوص كرنا RNA هيكلي أو تنظيمي ، بينما يشفر البعض الآخر بروتينًا واحدًا أو أكثر. إذا كان الجين المنسوخ يشفر بروتينًا ، فإن نتيجة النسخ هي messenger RNA (mRNA) ، والذي سيتم استخدامه بعد ذلك لإنشاء هذا البروتين في عملية الترجمة.

ترجمة: RNA إلى بروتين

الترجمة هي العملية التي يتم من خلالها فك شفرة mRNA وترجمتها لإنتاج تسلسل متعدد الببتيد ، والمعروف باسم البروتين. يتم توجيه طريقة تصنيع البروتينات هذه بواسطة الرنا المرسال ويتم تحقيقها بمساعدة الريبوسوم ، وهو مركب كبير من الرنا الريباسي (الرنا الريباسي) والبروتينات. في الترجمة ، تقوم الخلية بفك تشفير الرسالة الوراثية mRNA & # 8217s وتجمع سلسلة البولي ببتيد الجديدة تمامًا. يقوم نقل RNA أو tRNA بترجمة تسلسل الكودونات على حبلا mRNA. تتمثل الوظيفة الرئيسية لـ tRNA في نقل حمض أميني مجاني من السيتوبلازم إلى الريبوسوم ، حيث يتم ربطه بسلسلة عديد الببتيد المتنامية. تواصل الحمض النووي الريبي إضافة الأحماض الأمينية إلى الطرف المتنامي لسلسلة البولي ببتيد حتى تصل إلى كودون التوقف على الرنا المرسال. ثم يطلق الريبوسوم البروتين الكامل في الخلية.

الحمض النووي للبروتين: يوضح هذا التفاعلي عملية ترجمة شفرة الحمض النووي إلى بروتين من البداية إلى النهاية!


API لأسماء الجينات حسب الموقع - علم الأحياء

8 ساعات بسبب الصيانة في مركز البيانات الخاص بنا. يمكن أن يكون هذا الفاصل الزمني أقصر اعتمادًا على تقدم العمل. نحن نعتذر عن أي شيء غير مناسب. *** --> *** سيتم إيقاف DAVID من الساعة 5 مساءً بتوقيت شرق الولايات المتحدة يوم الجمعة 6/24/2011 إلى الساعة 3 مساءً بتوقيت شرق الولايات المتحدة يوم الأحد 6/26/2011 بسبب الصيانة في مركز البيانات الخاص بنا. يمكن أن يكون هذا الفاصل الزمني أقصر اعتمادًا على تقدم العمل. نحن نعتذر عن أي شيء غير مناسب. *** --> *** نقبل حاليًا مستخدمي الإصدار التجريبي لخدمة الويب DAVID الجديدة التي تتيح الوصول إلى DAVID من لغات برمجة مختلفة. يرجى الاتصال بنا للحصول على الوصول. *** --> *** تم تغيير تعيين رمز الجينات لتحميل القائمة وتحويلها. يرجى الاطلاع على إعلان منتدى DAVID للحصول على التفاصيل. --> *** الإعلان عن خدمة ويب DAVID الجديدة التي تتيح الوصول إلى DAVID من لغات برمجة مختلفة. مزيد من المعلومات. *** --> *** سيتم إيقاف DAVID 6.8 للصيانة يوم الخميس الموافق 23/2/2016 من الساعة 9 صباحًا حتى 1 مساءً بتوقيت شرق الولايات المتحدة *** -->
*** مرحبًا بك في DAVID 6.8 ***
*** إذا كنت تبحث عن DAVID 6.7 ، فيرجى زيارة موقع التطوير الخاص بنا. ***
-->
*** مرحبًا بك في DAVID 6.8 مع قاعدة المعرفة المحدثة (مزيد من المعلومات). ***
*** إذا كنت تبحث عن DAVID 6.7 ، فيرجى زيارة موقع التطوير الخاص بنا. ***
-->
*** مرحبًا بك في DAVID 6.8 مع قاعدة المعرفة المحدثة (مزيد من المعلومات). ***
*** خادم DAVID 6.7 معطل حاليًا للصيانة. ***
--> *** يرجى القراءة: نظرًا لصيانة مركز البيانات ، سيكون DAVID غير متصل من الجمعة 17 يونيو @ 4 مساءً بتوقيت شرق الولايات المتحدة حتى يوم الأحد ، 19 يونيو مع إمكانية إعادة الاتصال بالإنترنت في وقت أقرب. *** -->


ما هو الجديد!

تم نشر ورقة طرق التفاعلات

تم نشر ورقة جديدة حول طرق تحديد تفاعلات البروتين في رباعي الغشاء. بروتوكول البروتينات الوظيفية لتحديد شركاء التفاعل في رباعي الغشاء الحراري. مبروك للمؤلفين!

العدد الخاص من الكائنات الدقيقة (ISSN 2076-2607): Ciliates ككائنات نموذجية: من "omics" إلى علم الوراثة والبيئة والإشارات

هذا العدد الخاص مفتوح للإبلاغ عن جميع الدراسات حول الشركات العملاقة ككائنات نموذجية ، وتسعى إلى فهم علم الوراثة ، وبيولوجيا الخلية ، والكيمياء الحيوية ، والتطور ، والتكيف البيئي ، والآليات المعقدة لأنظمة الإشارات ، من الجينات المعنية إلى التغييرات في التعبير الجيني أثناء استجابة الخلية ، ومن بنية وتطور جزيئات الإشارة إلى حركة الغشاء في الخلايا. الموعد النهائي للتقديم هو 31 ديسمبر 2021. نحن نتطلع إلى تلقي مساهماتكم. الأستاذة الدكتورة كريستينا ميسيلي الأستاذة الدكتورة أدريانا فاليسي ضيف التحرير الدكتور رونالد إدوارد بيرلمان محرر مشارك

رباعي الغشاء ثيرموفيلا اكتمل الجينوم النووي الكبير بالكامل

لقد تلقينا تحديثًا لـ رباعي الغشاء ثيرموفيلا تسلسل الجينوم من الباحثين في جامعة المحيط الصينية. تم تحديث صفحات الجينات وخادم بلاست ومتصفح الجينوم وفقًا لذلك لعرض هذه البيانات الجديدة. مبروك للفريق المشارك في هذا الجهد!

تم نشر منشور يشرح التسلسلات والميزات الجديدة:
الجينوم الماكرو النووي المكتمل لنموذج تيترايمينا ثيرموفيلا وتطبيقاته في تحليل الجينوم وتحليلات عدد النسخ.
شينج واي ، دوان إل ، تشينج تي ، تشياو واي ، ستوفر إن إيه ، جاو إس.
Sci China Life Sci. علوم الحياة في الصين. 202010.1007 / s11427-020-1689-4. دوى: 10.1007 / s11427-020-1689-4

نشرت مراجعة البروتيوميات

مراجعة نتائج البروتينات النووية الموصوفة ل رباعي الغشاء ثيرموفيلا بواسطة Saettone وآخرون. تم نشره في المجلة الجينات. مبروك للمؤلفين!

حصاد بيانات التنظيم

حاصد البيانات للتنظيم المشترك (CDH) هو أداة برمجية تسمح بالتجميع السريع لبيانات التعليقات التوضيحية لجينات رباعية الغشاء المنظمة بشكل مشترك. شكرًا لـ Lev Tsypin و Aaron Turkewitz للمساهمة في هذا البرنامج القيم للمجتمع. راجع منشورهم The Co-Regulation Data Harvester: أتمتة الشرح الجيني بدءًا من قاعدة بيانات النسخ في المجلة Software X.

2018 اجتماع البيولوجيا الجزيئية Ciliate GSA

زملائي الأعزاء ، يسرنا أن نعلن عن اجتماع علم الأحياء الجزيئي Ciliate 2018 GSA الذي سيعقد 17-22 يوليو 2018 في الجامعة الأمريكية في واشنطن العاصمة. سيكون بوريس ستريبن (UPENN) المتحدث الرئيسي. نأمل أن تنضم إلينا في هذا الاجتماع التفاعلي والجذاب الذي يغطي سلسلة واسعة من الموضوعات في البيولوجيا الجزيئية الهدبية. الرحلات إلى واشنطن العاصمة مريحة (مطار رونالد ريغان الوطني (DCA) ومطار واشنطن دالاس الدولي (IAD) ومطار بالتيمور / واشنطن الدولي (BWI)). يرجى وضع علامة على التقويمات الخاصة بك. نراكم في العاصمة! اللجنة المنظمة لـ GSA CMB 2018 ، تشاد بيرسون ، نعومي ستوفر ومارتن سيمون

صدر فيديو بحثي Ciliate

تم نشر بنية الجينوم النووي الدقيقة

مقالة هيكل جينوم السلالة الجرثومية لرباعية الغشاء الحراري والعلاقة مع الجينوم الجسدي المعاد ترتيبها على نطاق واسع تم نشرها بواسطة هاميلتون وآخرون. في مجلة eLife. تتوفر بيانات التسلسل من هذه الورقة في TGD تحت البادئة "2016_mic". تمت إضافة التسلسلات إلى GBrowse وكخيار على خادم BLAST. مبروك للمؤلفين!

غداء ASCB Ciliate

سيعقد غداء Ciliate في اجتماع ASCB لعام 2015 في سان دييغو في 15 ديسمبر. يرجى الاتصال بمارك وايني (mark.winey (في) colorado.edu) إذا كنت تخطط لحضور هذا الحدث.

مؤتمر علم الأحياء الجزيئي Ciliate 2016

سيعقد مؤتمر علم الأحياء الجزيئي Ciliate 2016 الصيف المقبل في سياق مثير جديد نسميه مؤتمر علم الوراثة الرائع تمامًا (TAGC) الذي سيتحد للمرة الأولى ، حيث يتم تشغيل معظم اجتماعات الكائنات الحية التي ترعاها GSA في مكان واحد بشكل متزامن. هذا هو الاجتماع الهدبي لعام 2016 ، ولكنه أكثر من ذلك بكثير!

سيعقد الاجتماع في أورلاندو بولاية فلوريدا في الفترة من 13 إلى 17 يوليو في أورلاندو وورلد سنتر ماريوت ، والذي يوفر بيئة شبيهة بالحرم الجامعي لشبكات لا مثيل لها. ستجد في أورلاندو أسعارًا مذهلة للغرف ورحلات طيران محلية ودولية وفيرة وغير مكلفة. لقد اخترنا هذا المكان الذي يمكنه استيعاب هذا الاجتماع الرائع مع الحفاظ على تكاليف المشاركة منخفضة قدر الإمكان.

بالإضافة إلى العمل المثير في كل كائن حي ، ستتاح الفرصة لطلاب الدراسات العليا لاستكشاف اهتمامات ما بعد الدكتوراه في مجالات أخرى ، وستتاح الفرصة لباحثين ما بعد الدكتوراة للتواصل مع أعضاء هيئة التدريس من المؤسسات الأخرى ، وسيستمتع الجميع بمجموعة واسعة من المنظور لم يسبق له مثيل. ممكن في أي اجتماع يركز على نموذج الكائن الحي. لذا احضر شورتاتك ، وستراتك ، وشبشبك وقابلنا في أورلاندو في شهر يوليو.

منظم ، مؤتمر البيولوجيا الجزيئية 2016 Ciliates

مؤتمر علم الأحياء الجزيئي Ciliate 2015

سيعقد مؤتمر علم الأحياء الجزيئي Ciliate لعام 2015 في جامعة كاميرينو (كاميرينو ، إيطاليا) في الفترة من 10 يوليو إلى 16 يوليو 2015. يمكن العثور على معلومات حول موقع الاجتماع والبرنامج الأولي على موقع المؤتمر على الويب.

تم تحديث نماذج الجينات

تم تحديث نماذج الجينات في قاعدة البيانات الخاصة بنا لتتناسب مع التعليق التوضيحي لعام 2014 الصادر عن JCVI. خلال الأسابيع المقبلة ، سنضيف مجالًا جديدًا ، ومتماثلًا ، و GO ، وتعليقات توضيحية وظيفية أخرى إلى موقع الويب استنادًا إلى النماذج الجديدة. شكرا لكم جميعا على صبركم ونحن نعمل على تحسين الموقع.

Textpresso: البحث عن نص كامل

لقد قمنا بتطبيق Textpresso ، أداة التنقيب عن النصوص الشهيرة التي طورتها Wormbase ، في TGD Wiki. يتيح Textpresso for Tetrahymena البحث في أكثر من 1700 ورقة نصية كاملة باستخدام الكلمات الرئيسية وعمليات البحث الدلالية. سيتم إضافة المزيد من الأوراق إلى المكتبة في المستقبل.

ورشة عمل شرح رباعي الغشاء

يتوفر عدد محدود من الفتحات لحضور ورشة عمل توضيحي لجينوم رباعي الغشاء لمدة 2.5 يوم والتي ستعقد في معهد J. Craig Venter في روكفيل ، ماريلاند (خارج واشنطن العاصمة) في الفترة من 7 إلى 9 يوليو 2014. سيكون الجمهور المستهدف الرئيسي هو أعضاء هيئة التدريس المهتمين بتطبيق أدوات يمكن الوصول إليها عبر الويب للتعليق التوضيحي للجينات الهيكلية والوظيفية ضمن برنامج بحث وتعليم متكامل. هدفنا هو تمكين أعضاء هيئة التدريس والطلاب (الطلاب الجامعيين في المقام الأول) من المساهمة ، بطريقة صغيرة أو كبيرة ، في التحسين المستمر للتعليقات التوضيحية الجينية المتاحة من خلال قاعدة بيانات جينوم رباعي الغشاء. يجب أن تلتزم الكلية بتوفير بعض هذه الفرص على أساس مستمر منتظم ، إما في الفصول (علم الوراثة ، والبيولوجيا الجزيئية ، والمعلوماتية الحيوية ، وبيولوجيا الخلية ، وما إلى ذلك) و / أو من خلال مشاريع بحثية مستقلة. ستغطي ورشة العمل كيفية تقييم الأشكال المختلفة للأدلة لعمل تنبؤات للبنية الجينية باستخدام واجهة WebApollo وكيفية إجراء التخصيصات الوظيفية (أسماء الجينات ، مصطلحات GO ، إلخ) باستخدام معلومات حول مجالات البروتين والتماثل. سنقدم أيضًا أدوات Gbrowse للمقارنة بين الجينومات الكبيرة والنووية الدقيقة والجينومات الكبيرة للنواة من T. thermophila والأنواع ذات الصلة. الخبرة السابقة في شرح الجينوم غير مطلوبة.

يجب أن يخطط المشاركون للوصول في أو قبل يوم الأحد 6 يوليو ومغادرة 9 يوليو في المساء أو بعد ذلك. سيتم تغطية جميع النفقات القياسية من خلال جائزة من مؤسسة العلوم الوطنية لكل عضو هيئة تدريس ، وإذا أمكن ، طالب مرافق (صاعد أو مبتدئ) الذي قد يعمل كمساعد تدريس لواحد أو أكثر من فصول الكلية و / أو كمرشد للطلاب في المختبر. يتم تشجيع أعضاء الأقليات أو أعضاء هيئة التدريس الممثلة تمثيلا ناقصا في المؤسسات التي تخدم هؤلاء السكان بشكل خاص على التقديم.

يرجى توجيه جميع الاستفسارات إلى أحد المنظمين المذكورين أدناه. إذا كنت ترغب في التقديم ، يرجى إرسال اسمك ومعلومات الاتصال الخاصة بك ووصفًا موجزًا ​​لكيفية تحقيق أهدافك البحثية والتعليمية من ورشة العمل إلى Bob Coyne بحلول 25 أبريل.

بوب كوين
rcoyne في jcvi.org

نيك ستوفر
nstover في fsmail.bradley.edu

إميلي وايلي
ewiley في kecksci.claremont.edu

تمت إضافة ثلاثة أنواع جديدة

ثلاثة جينومات جديدة لرباعي الغشاء الرباعي النووي تسلسلها معهد برود (T. malaccensis, T. إليوتي، و T. بورياليس) إلى TGD Wiki. ابحث في هذه التسلسلات في BLAST و GBrowse ، أو قم بتنزيلها من صفحة بيانات الجينوم الخاصة بنا. يمكن الوصول إلى البيانات الأصلية في قاعدة بيانات Broad's Tetrahymena Comparative Database.

تم تحديث إدخالات Pubmed

قام TGD Wiki بتحديث معلومات الاقتباس من Pubmed لتضمين أوراق من العام الماضي. يرجى تخصيص بعض الوقت للتعليق على الجينات المذكورة في هذه المنشورات في قسم المراجع بصفحة الجينات.

امتدت أسماء الجينات إلى أربعة أحرف

للمساعدة في استيعاب مجموعة متنوعة من أسماء الجينات ، قمنا بزيادة عدد الحروف المسموح بها لتشكيل بادئة اسم الجينات بواحد (من ثلاثة إلى أربعة). كانت الأسماء تقتصر في السابق على التنسيق "ABC123". سيتم الآن قبول الأسماء بالتنسيق "ABCD123". يرجى ملاحظة أنه يجب تضمين الحرف الإضافي قبل الأحرف الرقمية بعد الأرقام (على سبيل المثال "ABC123D") غير مقبولة حاليًا. نأمل أن يساعد هذا التعديل على إرشادات تسمية الجينات المنشورة في الدفع لتسمية أكبر عدد ممكن من الجينات بحلول نهاية الشهر.

تجمع SUPRDB الأبحاث غير المنشورة

تم إنشاء قاعدة بيانات أبحاث الطلاب / غير المنشورة (SUPRDB ، في suprdb.org) بواسطة Ciliate.org لقبول البيانات غير المنشورة للمساعدة في شرح جينوم رباعي الغشاء. بدأت SUPRDB كجزء من مشروع Ciliates in the Classroom ، لكننا نشجع المساهمات من جميع أعضاء مجتمع البحث. يمكن إدخال التقارير في شكل علمي قياسي في الموقع. يمكن بعد ذلك استخدام معرّف SUPRDB للتقرير تمامًا مثل معرف Pubmed في أقسام GO Annotations والأدب المرتبط من TGD. فكر في الأمر على أنه Pubmed Central لجميع النتائج غير المنشورة التي توصلنا إليها على مر السنين.

SUPRDB هي أحدث إضافة إلى مجموعة مواقع Ciliate.org ، والتي تتضمن الآن قواعد بيانات الجينوم لـ Tetrahymena (tet.ciliate.org) و Ichthyophthirius (ich.ciliate.org) و Oxytricha (أوكسي. للاشتراك في الوصول للكتابة لأي من هذه المواقع ، اتصل بنا على [email protected]

محرك تسمية الجينات

TGD Wiki و TetRA ، المجلس الاستشاري لبحوث Tetrahymena ، يشجعون جميع أفراد المجتمع على تسمية الجينات في مجال خبرتهم خلال الأسابيع القليلة القادمة. للمساعدة في هذا الجهد ، قمنا بكتابة دليل لتسمية الجينات بناءً على عمليات بحث بلاست بسيطة. المعايير واضحة ومباشرة ويجب أن تسمح لنا بسرعة بتسمية الجينات المحفوظة وعائلات الجينات. يتم نشر دليل تسمية الجينات هذا ضمن قائمة الموارد الخاصة بنا ، أو يمكنك الوصول إليه أدناه.
تسمية الجينات باستخدام بلاست (PDF)

للتذكير ، إذا كنت قد نشرت مقالات بأسماء جينية جديدة ، فيرجى التوقف لحظة لإضافتها إلى TGD Wiki أيضًا. شكرا للمساهمة!

ورقة TGD Wiki الجديدة

تم نشر مقال جديد حول TGD Wiki في Database: The Journal of Biological Databases and Curation. يتمتع!

2013 مؤتمر FASEB Ciliate البيولوجيا الجزيئية

يرجى تحديد التقويم الخاص بك! سيعقد مؤتمر FASEB Ciliate Molecular Biology لعام 2013 في الفترة من 7 إلى 12 يوليو 2013 في منتجع Steamboat Grand Resort (Steamboat Springs ، كولورادو). يمكن العثور على معلومات حول موقع المؤتمر على موقع الويب FASEB.

وظائف الشريط الجانبي

يعرض قسم الأنشطة الحديثة في الشريط الجانبي الأيسر الآن آخر ثلاث صفحات جينية تم تحريرها من قبل أعضاء المجتمع ، بما في ذلك تحديثات أسماء الجينات وتعليقات GO وقائمة الأوراق ذات الصلة. تُظهر الأبحاث الحديثة المقالات الثلاثة الأخيرة المضافة إلى فهرسنا الخاص بأوراق رباعية الغشاء (يتم تنزيلها بانتظام من Pubmed). المؤلفون ، يرجى تخصيص بعض الوقت لربط الأوراق الجديدة بالجينات التي يصفونها.

تم تحديث BLAST

لقد قمنا بتحديث خادم بلاست ومجموعته من مجموعات بيانات التسلسل. برنامج BLAST الجديد قادر على ترجمة تسلسلات الاستعلام وقاعدة البيانات باستخدام مجموعة متنوعة من الرموز الجينية. (يرجى ملاحظة أن رباعي الغشاء يستخدم الكود الجيني "Ciliate Nuclear (6)" لترجمة mRNAs.) أحدث تسلسل (إصدار 2008) البروتين ، CDS ، التجميع ، والتتبع متاح حاليًا للبحث. في الوقت الحالي ، لدينا أيضًا رابط إلى خادم BLAST القديم في ستانفورد ، والذي يحتوي على تسلسلات الإصدار 2004. يرجى إعلامنا إذا وجدت أن خادم BLAST الجديد يفتقر إلى الأدوات أو مجموعات البيانات التي وجدتها مفيدة في الخادم القديم ، والذي سيتم إيقاف تشغيله قريبًا.

روابط لـ TetraFGD

تم تحديث قسم ملف تعريف التعبير في كل صفحة جينية لربطها بقاعدة بيانات الجينوم الوظيفية لرباعي الغشاء المعاد تصميمها. يعرض TetraFGD ملفات تعريف شبكة RNA-seq و microarray و الجينات لـ T. ثيرموفيلا الجينات.

متصفح تسلسل الجينوم الأولي Ich

الشرح الأولي لملف Ichthyophthirius multifiliis الجينوم متاح الآن للتصفح والبحث عن الكلمات الرئيسية في متصفح الجينوم ciliate.org. سنقوم بتحديث الموقع بأسماء ونماذج الجينات الرسمية بمجرد الانتهاء من نشرها. يمكن الوصول إلى متصفح Ich genome مباشرة على http://ciliate.org/gb2/gbrowse/ich.

تم تحديث متصفح الجينوم

تم تحديث متصفح الجينوم إلى GBrowse 2 ويعرض الآن التعليق التوضيحي لـ v.2008 لتسلسل جينوم رباعي الغشاء. سنحتفظ برابط على صفحات الجينات لمتصفح v.2004 حتى نتمكن من إعادة إنشاء المسارات المفيدة المتاحة هناك ، ولكن يرجى ملاحظة أن تسلسلها ونماذجها الجينية قد تكون قديمة. تعرض كل من صفحات الجينات TGD Wiki ومتصفح v.2008 التعليق التوضيحي الحالي لـ T. thermophila.

TGD Wiki تحصل على مظهر جديد!

تم إعادة تصميم موقع TGD Wiki. لا تقلق ، فكل الجينات والأدوات المفضلة لديك لا تزال موجودة - ولكن الآن يجب أن يكون العمل عليها أكثر متعة! شكرًا على هذا التحديث ، انتقل إلى أحدث مبرمج لدينا ، مايك بوين.

مقال على TGD Wiki

عرضت جامعة برادلي TGD Wiki ، وهو مشروع تعاوني بين أقسام علم الأحياء وعلوم الكمبيوتر ، في مقالة إخبارية في Spotlight.

التسجيل مفتوح الآن!

Tetrahymena researchers who wish to contribute to the community annotation effort can now register and begin editing TGD Wiki. Simply send the information requested on the User Registration page to ciliate-curator. Once your lab receives a user name and password, visit the new Wiki Edit Guide to see what kinds of annotations can be made to your favorite Tetrahymena genes.

2011 FASEB Conference

Just announced: The 2011 FASEB Ciliate Molecular Biology Conference will be held at the Orthodox Academy of Crete (Kolymvari, Chania, Greece), from July 11-15, 2011. Details are available here.

References updated

We have loaded citation information from Pubmed for Tetrahymena papers published in the last three years. From this point on, TGD Wiki will be updated regularly to include new papers that become available through Pubmed.

TGD Wiki is now online!

TGD Wiki is the new hub for information about the genes and proteins of Tetrahymena. TGD Wiki currently displays the most recent Tetrahymena gene/protein sequences and functional annotations from TIGR and other sources. In order to keep the information in our database as current as possible, we will soon be inviting the members of the Tetrahymena community to add and update these annotations to reflect published research. Check back here for updates as we continue to develop and improve this website.


شاهد الفيديو: عرض لنتيجتي في موقع الواي فل الجيني 1 (شهر فبراير 2023).