معلومة

1.7: انفجار سطر الأوامر - علم الأحياء

1.7: انفجار سطر الأوامر - علم الأحياء


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

بينما غطت الفصول السابقة تثبيت واستخدام عدد قليل من أدوات المعلوماتية الحيوية كأمثلة للعملية ، هناك أداة واحدة في كل مكان تقريبًا: BLAST ، أو Basic Local Alignment Search Tool.[1]

معطى واحد أو أكثر استفسار التسلسلات (عادةً بتنسيق FASTA) ، يبحث BLAST عن مناطق التسلسل المطابقة بينها وبين ملف موضوعات يضع.

المطابقة القريبة بدرجة كافية بين التكرارات اللاحقة (المشار إليها بأسهم في الشكل أعلاه ، على الرغم من أن المطابقات عادة ما تكون أطول من الموضح هنا) تسمى زوجًا عالي الدرجات (HSP) ، بينما يُقال إن تسلسل الاستعلام نجاح تسلسل مستهدف إذا كانوا يشتركون في واحد أو أكثر من HSPs. ومع ذلك ، في بعض الأحيان ، يتم استخدام مصطلح "نتيجة" بشكل فضفاض ، دون التفريق بين الاثنين. يرتبط كل HSP بـ "bitscore" الذي يعتمد على تشابه التكرارات اللاحقة على النحو الذي تحدده مجموعة معينة من القواعد. لأنه في مجموعات الموضوعات الأكبر من المحتمل العثور على بعض التطابقات الجيدة عن طريق الصدفة ، يرتبط كل HSP أيضًا بـ "ه value ، "يمثل العدد المتوقع من التطابقات التي قد يجدها المرء بالصدفة في مجموعة موضوع بهذا الحجم بهذه الدرجة أو أفضل. على سبيل المثال ، ملف ه تعني القيمة 0.05 أنه يمكننا توقع تطابق بالصدفة في 1 من 20 عملية بحث مماثلة ، بينما ه القيمة 2.0 تعني أنه يمكننا توقع تطابقين بالصدفة لكل بحث مشابه.

لا تعد BLAST أداة واحدة ، ولكنها مجموعة من الأدوات (وتنمو المجموعة على مر السنين مع إضافة المزيد من الميزات والأدوات ذات الصلة). يتم الاحتفاظ بأحدث إصدار من البرنامج ، يسمى BLAST + ، بواسطة المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية (NCBI) ويمكن تنزيله في نماذج ثنائية ومصدر على ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/exe ... انفجار + / أحدث /.

يغطي هذا الفصل لفترة وجيزة فقط تشغيل BLAST على سطر الأوامر بطرق بسيطة. قراءة معلومات المساعدة (على سبيل المثال ، معblastn - مساعدة) ودليل مستخدم تطبيقات سطر أوامر NCBI BLAST على www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1763/ موصى به بشدة. يغطي دليل NCBI عددًا لا بأس به من ميزات BLAST القوية والمفيدة في سطر الأوامر التي لا يغطيها هذا الكتاب.

أنواع الانفجار

يمكن للبرامج في مجموعة BLAST + البحث عن التسلسلات الموجودة في تنسيق البروتين وضدها (كما فعلنا مع مثال HMMER) وفي تنسيق النيوكليوتيدات (A و C و T و G). اعتمادًا على نوع الاستعلام ومجموعات الموضوعات ، يتم استخدام برامج BLAST مختلفة.

بينما يمكن مقارنة تسلسلين من النوكليوتيدات (مقارنات N في الشكل أعلاه) بشكل مباشر (كما قد يتم مقارنة تسلسلين من البروتين ، يمثلهما P) ، عندما نرغب في مقارنة تسلسل النوكليوتيدات بتسلسل البروتين ، نحتاج إلى النظر في أي إطار قراءة من يتوافق تسلسل النوكليوتيدات مع البروتين. البلاستكسوتبلاستنتقوم البرامج بذلك عن طريق تحويل متواليات النوكليوتيدات إلى متواليات بروتينية في جميع إطارات القراءة الستة (ثلاثة على خيط الحمض النووي الأمامي وثلاثة في الخلف) ومقارنتها مع كل منهم. بشكل عام ، ينتج عن مثل هذه البرامج ستة أضعاف العمل الذي يتعين القيام به. الtblastxيقارن البرنامج استعلامات النوكليوتيدات مقابل موضوعات النيوكليوتيدات ، لكنه يفعل ذلك في مساحة البروتين مع جميع التحويلات الستة مقارنة بجميع الاستعلامات الستة على كلا الجانبين.

تشمل أدوات BLAST الأخرى الأكثر غرابةpsiblast، والتي تنتج بحثًا أوليًا وتعديل قواعد التسجيل على أساس النتائج ؛ يتم استخدام قواعد التسجيل المعدلة هذه في بحث ثانٍ ، وعادةً ما يتم العثور على المزيد من التطابقات. تتكرر هذه العملية عدة مرات كما يرغب المستخدم ، مع الكشف عن المزيد من التطابقات المتباينة في التكرارات اللاحقة. الdeltablastيعتبر البرنامج قاعدة بيانات محسوبة مسبقًا لقواعد التسجيل لأنواع مختلفة من التسلسلات الشائعة (المحفوظة). أخيرا،rpsblastيبحث عن تطابقات التسلسل مقابل مجموعات من الملفات الشخصية ، كل منها يمثل مجموعة من التسلسلات (كما في HMMER ، وإن لم يكن مبنيًا على نماذج Markov المخفية).

يشير كل هذا الحديث عن قواعد التسجيل إلى أن قواعد التسجيل المحددة مهمة ، خاصةً عند مقارنة تسلسلين من البروتين. عند مقارنة تسلسلات البروتين من نوعين متشابهين ، على سبيل المثال ، قد نرغب في إعطاء درجة ضعيفة للتطابق غير المحتمل نسبيًا بين فالين غير قطبي (V) مع التيروزين القطبي (Y). ولكن بالنسبة للأنواع غير المتشابهة التي يفصلها زمن تطوري واسع ، قد لا يكون هذا الاختلاف سيئًا بالنسبة إلى الاحتمالات الأخرى. تم تطوير مصفوفات الدرجات التي تمثل مجموعات القواعد هذه بأسماء مثل BLOSUM و PAM باستخدام مجموعة متنوعة من الطرق لالتقاط هذه الاعتبارات. يمكن الاطلاع على مناقشة هذه التفاصيل في المنشورات الأخرى.

يقبل كل برنامج من البرامج المختلفة في مجموعة BLAST عددًا كبيرًا من الخيارات ؛ حاول الجريالانفجار - مساعدةلرؤيتهم من أجلانفجاربرنامج. فيما يلي ملخص لبعض المعلمات الأكثر استخدامًا لهاانفجاروآخرون.:

  • -الاستعلام عن ملف فاستا
    • اسم (أو مسار) الملف بتنسيق FASTA للبحث عنه كتسلسلات استعلام.
  • -الموضوع
    • اسم (أو مسار) الملف بتنسيق FASTA للبحث فيه كتسلسلات للموضوع.
  • - القيمة <الرقم الحقيقي>
    • فقط HSPs مع ه يجب الإبلاغ عن القيم الأصغر من هذا. على سبيل المثال:- القيمة 0.001أو- القيمة 1e-6.
  • -outfmt <صحيح>
    • كيفية تنسيق الإخراج. الافتراضي،0، يوفر ملفًا نصيًا يمكن قراءته (ولكن ليس قابلاً للتحليل برمجيًا). القيم6و7إنتاج صفوف وأعمدة مفصولة بعلامات جدولة في ملف نصي ، بامتداد7توفير سطور تعليق تفسيرية. وبالمثل ، فإن قيمة10ينتج مخرجات مفصولة بفواصل ؛11ينتج تنسيق يمكن تحويله لاحقًا بسرعة إلى أي تنسيق آخر باستخدام برنامج آخر يسمىblast_formatter. خيارات6,7، و10يمكن تكوينه بشكل كبير من حيث الأعمدة المعروضة.
  • -max_target_seqs <صحيح>
    • عندما يكون تنسيق الإخراج6,7، أو10لكل تسلسل استعلام ، قم فقط بالإبلاغ عن HSPs للأفضل<integer>تسلسلات موضوع مختلفة.
  • -max_hsps <صحيح>
    • لكل استعلام / زوج هدف ، قم بالإبلاغ عن الأفضل فقط<integer>الأشخاص ذوو الحساسية العالية.
  • -out <ملف الإخراج>
    • اكتب الإخراج إلى<output file>على عكس الافتراضي للإخراج القياسي.

قواعد بيانات بلاست

لا شك أن القراء المطلعين على بلاست كانوا فضوليين: ليس هناك قواعد بيانات من نوع ما تشارك في عمليات البحث بلاست؟ ليس بالضرورة. كما رأينا ، تكفي ملفات FASTA البسيطة لكل من الاستعلام ومجموعة الموضوع. ومع ذلك ، اتضح أنه من منظور حسابي ، لا يمكن البحث بسهولة عن ملفات FASTA البسيطة. وهكذا يوفر BLAST + أداة تسمىmakeblastdbيقوم بتحويل ملف FASTA للموضوع إلى نسخة مفهرسة وسريعة البحث (ولكن ليست قابلة للقراءة البشرية) من نفس المعلومات ، مخزنة في مجموعة من الملفات ذات الأسماء المتشابهة (غالبًا ما تكون ثلاثة على الأقل تنتهي بـ.دبوس,.psq، و.phrلتسلسل البروتين ، و.nin,.nsq، و.nhrلتسلسل النوكليوتيدات). تمثل هذه المجموعة من الملفات "قاعدة البيانات" ، واسم قاعدة البيانات هو بادئة اسم الملف المشترك لهذه الملفات.

ادارةmakeblastdbفي ملف FASTA بسيط إلى حد ما:makeblastdb -in -out <اسم قاعدة البيانات> -dbtype -title -parse_seqids</code>، أين<code><type></code>هو واحد من<code>حماية</code>أو<code>نوكل</code>، و<code><title></code>هو عنوان يمكن قراءته من قبل الإنسان (يتم إرفاقه بعلامات اقتباس إذا لزم الأمر). ال<code>-فارزة_قراءة</code>تشير العلامة إلى أنه يجب تضمين معرّفات التسلسل من ملف FASTA في قاعدة البيانات بحيث يمكن استخدامها في المخرجات وكذلك بواسطة أدوات أخرى مثل<code>blastdbcmd</code>(مشروح بالاسفل).</p><p>بمجرد إنشاء قاعدة بيانات BLAST ، يمكن استخدام خيارات أخرى مع<code>انفجار</code>وآخرون.:</p><ul><li><code>-db <اسم قاعدة البيانات></code><ul><li>اسم قاعدة البيانات المراد البحث عنها (بدلاً من استخدام<code>-موضوعات</code>).</li></ul></li><li><code>-num_threads <صحيح></code><ul><li>يستخدم<code><integer></code>أنوية وحدة المعالجة المركزية على نظام متعدد النواة ، إذا كانت متوفرة.</li></ul></li></ul><p>عند استخدام ملف<code>-ديسيبل</code>الخيار ، ستبحث أدوات BLAST عن ملفات قاعدة البيانات في ثلاثة مواقع: (1) دليل العمل الحالي ، (2) دليلك الرئيسي ، و (3) المسارات المحددة في<code>$ بلاستدب</code>متغيرات البيئة.</p><p>الأداة<code>blastdbcmd</code>يمكن استخدامها للحصول على معلومات حول قواعد بيانات بلاست - على سبيل المثال ، مع<code>blastdbcmd -db <اسم قاعدة البيانات> -معلومات</code>—يمكن أن تظهر قواعد البيانات في مسار معين باستخدام<code>blastdbcmd- قائمة <مسار></code>(وبالتالي،<code>blastdbcmd -list $ بلاستدب</code>سيعرض قواعد البيانات الموجودة في مسارات البحث الافتراضية). يمكن أيضًا استخدام هذه الأداة لاستخراج تسلسلات أو معلومات عنها من قواعد البيانات بناءً على معلومات مثل المعرفات الواردة في ملفات الإخراج. كما هو الحال دائمًا ، يوصى بشدة بقراءة التعليمات والوثائق الخاصة ببرامج مثل BLAST.</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <h2>تشغيل تفجير ذاتي</h2><p>لاستخدام هذه الأدوات والخيارات المتنوعة ، دعنا نفكر في استخدامها<code>انفجار</code>للبحث عن بروتينات مشابهة في تسلسلها لبروتينات أخرى في إكسوم الخميرة. أولاً ، سنحتاج إلى استخدام<code>wget</code>لتنزيل مجموعة بيانات البروتين (بعد تحديد موقعها على http://yeastgenome.org) ، ثم<code>gzip -d</code>لفك ضغطه ، واصفا إياه <strong><code>orf_trans.fasta</code></strong>.</p><p><img src=""></p><p>من أجل العثور على تسلسلات مشابهة للآخرين ، سنريد ذلك<code>انفجار</code>هذا الملف ضد <em>بحد ذاتها</em>. لذلك ، سنبدأ بإنشاء قاعدة بيانات لهذه التسلسلات.</p><p><img src=""></p><p>نحتاج الآن إلى تحديد الخيارات التي سنستخدمها لـ<code>انفجار</code>. على وجه الخصوص ، هل نريد تحديد عدد HSPs والتسلسلات المستهدفة التي تم الإبلاغ عنها لكل استعلام؟ نظرًا لأننا مهتمون في الغالب بتحديد البروتينات التي تتطابق مع البروتينات الأخرى ، فربما نحتاج فقط إلى الاحتفاظ بضربة واحدة. ولكن من المرجح أن تكون أفضل نتيجة لكل بروتين هي نفسها! لذلك من الأفضل أن نحتفظ بالمركزين الأولين<code>-الحد الأقصى_الهدف 2</code>وفقط أفضل HSP لكل ضربة مع<code>-حد أقصى 1</code>. سنستخدم أيضًا ملف<code>- القيمة 1e-6</code>، وهو قطع شائع الاستخدام.<sup>[2]</sup></p><p>بالنسبة للمخرجات ، سننشئ ناتجًا مفصولاً بعلامات جدولة مع سطور تعليق (<code>- اوتفمت 7</code>) ، وإنشاء أعمدة لمعرف تسلسل الاستعلام ، ومعرف تسلسل الموضوع ، وطول محاذاة HSP ، وهوية النسبة المئوية للمحاذاة ، وطول تسلسل الموضوع ، وطول تسلسل الاستعلام ، ومواضع البداية والنهاية في الاستعلام والموضوع ، و <em>ه </em>القيمة. (الأسماء المشفرة -<code>كسيد</code>,<code>sseqid</code>,<code>الطول</code>، وما إلى ذلك - يمكن العثور عليها عن طريق الجري<code>الانفجار - مساعدة</code>.) أخيرًا ، سنتصل بملف الإخراج <strong><code>yeast_blastp_yeast_top2.txt</code></strong> واستخدام أربعة معالجات لتسريع العملية الحسابية (وهو ما سيساعد حقًا فقط إذا كان الجهاز الذي قمنا بتسجيل الدخول به يحتوي على هذا العدد على الأقل).</p><p><img src=""></p><p>إنها وصية طويلة بالتأكيد! تستغرق هذه العملية عدة دقائق حتى تنتهي ، حتى مع<code>-عدد_خيوط 4</code>محدد. عندما ينتهي ، يمكننا أن نرى مع<code>أقل</code>أن ملف الإخراج يحتوي على الأعمدة التي حددناها تتخللها سطور التعليق المقدمة بواسطة<code>- اوتفمت 7</code>.</p><p><img src=""></p><p>في مقتطف الإخراج أعلاه ، يحتوي YAL0005C على HSP مع نفسه (بشكل طبيعي) ، ولكن أيضًا مع YLL024C. سننظر في التحليلات الأساسية التي تحتوي على هذا النوع من البيانات - الصفوف والأعمدة المخزنة في ملفات نصية ، تتخللها خطوط غريبة - في فصول لاحقة.</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <h2>تمارين</h2><ol><li>إذا لم يكن لديك بالفعل أدوات NCBI Blast + مثبتة ، قم بتثبيتها. بمجرد القيام بذلك ، تحقق من محتويات ملف<code>$ بلاستدب</code>متغيرات البيئة. إذا لم يكن فارغًا ، فاستخدمه<code>blastdbcmd</code>لتحديد ما إذا كانت قاعدة البيانات "nr" متوفرة لديك ، وأي معلومات يمكنك تحديدها عنها (عندما تم تنزيلها ، وعدد التسلسلات الموجودة بها ، وما إلى ذلك)</li><li>قم بإنشاء مجلد جديد في ملف<code>المشاريع</code>مجلد يسمى<code>انفجار</code>. في هذا الدليل ، قم بتنزيل ملف <strong><code>p450s.fasta</code></strong> الملف وإكسوم الخميرة <strong><code>orf_trans.fasta</code></strong> من موقع الكتاب. قم بإنشاء قاعدة بيانات تسمى<code>orf_trans</code>استخدام<code>makeblastdb</code>، والاستخدام<code>انفجار</code>للبحث في<code>p450s.fasta</code>ملف ضدها. عند إجراء البحث ، استخدم ملف <em>ه</em>- قطع لقيمة<code>1e-6</code>، واحتفظ بأهم التسلسلات المستهدفة ، وأنتج ملف إخراج يسمى<code>p450s_blastp_yeast_top1.blast</code>في تنسيق الإخراج<code>11</code>.</li><li>استخدم ال<code>blast_formatter</code>أداة لتحويل تنسيق الإخراج<code>11</code>ملف أعلاه في تنسيق الإخراج<code>6</code>مسمى<code>p450s_blastp_yeast_top1.txt</code>، مع أعمدة لـ: (1) معرف تسلسل الاستعلام ، (2) معرف تسلسل الموضوع ، (3) طول تسلسل الموضوع ، (4) النسبة المئوية للمطابقات المتطابقة ، (5) <em>ه</em> القيمة ، (6) تغطية الاستعلام لكل موضوع ، و (7) عنوان الموضوع. (قد تجد تصفح دليل NCBI BLAST + وإخراج<code>blast_formatter - مساعدة</code>لتكون مفيدة.) الإخراج ، عند عرضها مع<code>أقل -S</code>، يجب أن تبدو شيئا من هذا القبيل:<img src="">ماذا تمثل أعمدة الإخراج المختلفة هذه؟</li><li>الملف <strong><code>yeast_selected_ids.txt</code></strong> يحتوي على عمود من 25 معرفًا تم تحديده على أنه مثير للاهتمام بطريقة ما. يستخدم<code>blastdbcmd</code>لاستخراج سجلات التسلسل هذه فقط من<code>orf_trans</code>قاعدة البيانات كملف FASTA اسمه<code>خميرة</code>. (مرة أخرى ، تصفح دليل BLAST + وإخراج ملفات<code>blastdbcmd- مساعدة</code>سيكون مفيدا.)</li></ol><hr> <br> <h2>الإصدار الحالي - 1.79 - 3 يونيو 2021</h2> <p>تشتمل جميع الإصدارات المدعومة من Python على أداة إدارة حزمة Python ، والتي تتيح التثبيت السهل من سطر الأوامر على جميع الأنظمة الأساسية. محاولة:</p> <p>لتحديث نسخة قديمة من Biopython جرب:</p> <p>سيؤدي هذا إلى إزالة الإصدارات القديمة من Biopython و NumPy قبل تثبيت الإصدارات الحديثة.</p> <p>إذا كنت ترغب في إلغاء تثبيت Biopython:</p> <p>إذا لم تكن النقطة مثبتة بالفعل ، فقد تحتاج إلى تحديث Python ، ولكن حاول أولاً:</p> <p>إذا كنت بحاجة إلى التثبيت ضمن إصدار معين من Python ، فجرّب شيئًا كالتالي:</p> <p>تشغيل <strong>شبابيك</strong>، افتراضيًا ، لا توجد بيثون ونقطة على المسار. يمكنك إعادة تثبيت Python وتحديد هذا الخيار ، أو إعطاء المسار الكامل بدلاً من ذلك. جرب شيئًا كهذا ، اعتمادًا على مكان تثبيت نسختك من Python:</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <h3>حزم أخرى</h3> <p>بينما نوصي عمومًا باستخدام pip لتثبيت Biopython باستخدام حزم العجلات التي نقدمها على PyPI (على النحو الوارد أعلاه) ، هناك أيضًا حزم Biopython لـ Conda و Linux وما إلى ذلك.</p> <h3>التثبيت من المصدر</h3> <p>يتطلب التثبيت من المصدر مترجم C مناسبًا ، على سبيل المثال GCC on <strong>لينكس</strong>و MSVC في <strong>شبابيك</strong>. ل <strong>نظام التشغيل Mac OS X</strong>، أو كما هو معروف الآن ، <strong>macOS</strong>، إذا كنت ترغب في تجميع Biopython من المصدر ، فستحتاج إلى تثبيت أدوات سطر أوامر Apple ، والتي يمكن القيام بها باستخدام الأمر Terminal:</p> <p>سيعرض هذا تثبيت مجموعة تطوير XCode من Apple - يمكنك ذلك ، ولكن ليست هناك حاجة إليه ويشغل مساحة كبيرة على القرص.</p> <p>يمكنك بعد ذلك تنزيل إصدار كود مصدر Biopython وفك ضغطه ، أو الحصول على الكود الخاص بنا من GitHub. ثم اركض:</p> <p>إذا كنت لا تزال عالقًا ، فقم بالتسجيل في قائمة Biopython البريدية واطلب المساعدة هناك.</p> <h3>البرامج المطلوبة</h3> <ul> أو PyPy ، بما في ذلك ملفات رأس تطوير Python مثل python.h <li>مترجم C (في حالة التحويل البرمجي من المصدر) تحتاج إلى مترجم C مدعومًا بواسطة setuptools ، <strong>مجلس التعاون الخليجي</strong> ستعمل بشكل جيد على الأنظمة الأساسية المشابهة لـ UNIX. هذا ليس ضروريًا على Windows في حالة استخدام الحزم المترجمة المتوفرة. في نظام التشغيل Mac OS ، يجب عليك تثبيت أدوات المترجم من Apple كما هو موضح أعلاه. .</li></ul> <h3>برنامج اختياري</h3> <p>تستخدم بعض أجزاء Biopython مكتبات python الإضافية التالية:</p> <ul> - تُستخدم لكود رسومات pdf - تُستخدم في BioSQL مع قاعدة بيانات PostgreSQL - تُستخدم في BioSQL مع قاعدة بيانات MySQL - مكتبة MySQL بديلة تستخدمها BioSQL </ul> <p>بالإضافة إلى ذلك ، يتضمن Biopython رمزًا مجمّعًا لاستدعاء عدد من أدوات سطر أوامر الطرف الثالث بما في ذلك:</p> <ul> - لأداة سطر الأوامر dnal <li>NCBI Standalone BLAST - أداة سطر الأوامر لتشغيل BLAST على جهازك المحلي - أداة سطر الأوامر لبناء محاذاة تسلسل و FDist - أدوات سطر الأوامر لعلم الوراثة السكانية - الكثير من أدوات سطر الأوامر المفيدة.</li></ul> <br> <h2>مجموعات (قوائم غير قابلة للتغيير)</h2> <p>كما هو مذكور أعلاه ، القوائم قابلة للتغيير ، مما يعني أنه يمكن تغييرها بعد إنشائها. في بعض الحالات الخاصة ، من المفيد إنشاء نسخة غير قابلة للتغيير من القائمة ، تسمى "tuple" في Python. مثل القوائم ، يمكن إنشاء المجموعات بطريقتين: باستخدام دالة tuple () (التي تُرجع مجموعة فارغة) أو مباشرة.</p> <p><img loading="lazy" src="//dualjuridik.org/img/biol-2022/5262/image_s650cotYUxtEJoNn7nwVU1.png"></p> <p>تعمل المجموعات مثل القوائم - يمكننا استدعاء len () عليها واستخراج العناصر أو الشرائح باستخدام [] بناء الجملة. لا يمكننا تغيير العناصر أو إزالتها أو إدراجها. [2] </p> <br> <h2>محتويات</h2> <p>يستخدم ملف FASTQ عادةً أربعة أسطر لكل تسلسل.</p> <ul> <li>يبدأ السطر الأول بحرف "@" ويليه معرف تسلسل و <i>اختياري</i> الوصف (مثل سطر عنوان FASTA).</li> <li>السطر 2 هو أحرف التسلسل الأولية.</li> <li>يبدأ السطر 3 بحرف "+" وهو كذلك <i>اختياريا</i> متبوعًا بنفس معرف التسلسل (وأي وصف) مرة أخرى.</li> <li>يشفر السطر 4 قيم الجودة للتسلسل في السطر 2 ، ويجب أن يحتوي على نفس عدد الرموز مثل الأحرف في التسلسل.</li></ul> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>قد يبدو ملف FASTQ الذي يحتوي على تسلسل واحد على النحو التالي:</p> <p>يمتد البايت الذي يمثل الجودة من 0x21 (أدنى جودة "!" في ASCII) إلى 0x7e (أعلى جودة "</p> <p>"في ASCII). فيما يلي أحرف قيمة الجودة بترتيب الجودة المتزايد من اليسار إلى اليمين (ASCII):</p> <p>سمحت ملفات Sanger FASTQ الأصلية أيضًا بلف التسلسل وسلاسل الجودة (تقسيمها على عدة أسطر) ، ولكن هذا غير محبذ بشكل عام [<i> بحاجة لمصدر </i>] لأنه يمكن أن يجعل عملية التحليل معقدة بسبب الاختيار المؤسف لـ "@" و "+" كعلامات (يمكن أن تظهر هذه الأحرف أيضًا في سلسلة الجودة).</p> <h3>تحرير معرفات تسلسل Illumina</h3> <p>تستخدم التسلسلات من برنامج Illumina معرّفًا منهجيًا:</p> <p><table><tbody><tr><th>HWUSI-EAS100R</th> <td>اسم الجهاز الفريد</td></tr><tr><th>6</th> <td>حارة التدفق</td></tr><tr><th>73</th> <td>رقم البلاط داخل حارة التدفق</td></tr><tr><th>941</th> <td>'x' إحداثيات الكتلة داخل البلاط</td></tr><tr><th>1973</th> <td>'y' تنسيق الكتلة داخل البلاط</td></tr><tr><th>#0</th> <td>رقم الفهرس لعينة متعددة الإرسال (0 لعدم وجود فهرسة)</td></tr><tr><th>/1</th> <td>عضو الزوج ، / 1 أو / 2 <i>(يقرأ الطرفان أو الزوجان فقط)</i></td></tr></tbody></table></p> <p>يبدو أن إصدارات خط أنابيب Illumina منذ 1.4 مستخدمة <b>#NNNNNN</b> بدلا من <b>#0</b> لمعرّف تعدد الإرسال ، حيث <b>NNNNNN</b> هو تسلسل علامة تعدد الإرسال.</p> <p>مع Casava 1.8 ، تم تغيير تنسيق السطر "@":</p> <p><table><tbody><tr><th>EAS139</th> <td>اسم الجهاز الفريد</td></tr><tr><th>136</th> <td>معرف التشغيل</td></tr><tr><th>FC706VJ</th> <td>معرف التدفق</td></tr><tr><th>2</th> <td>حارة التدفق</td></tr><tr><th>2104</th> <td>رقم البلاط داخل حارة التدفق</td></tr><tr><th>15343</th> <td>'x' إحداثيات الكتلة داخل البلاط</td></tr><tr><th>197393</th> <td>'y' تنسيق الكتلة داخل البلاط</td></tr><tr><th>1</th> <td>عضو الزوج ، 1 أو 2 <i>(يقرأ الطرفان أو الزوجان فقط)</i></td></tr><tr><th>ص</th> <td>Y إذا تمت تصفية القراءة (لم تنجح) ، N بخلاف ذلك</td></tr><tr><th>18</th> <td>0 في حالة عدم تشغيل أي من بتات التحكم ، وإلا فسيكون عددًا زوجيًا</td></tr><tr><th>ATCACG</th> <td>تسلسل الفهرس</td></tr></tbody></table></p> <p>لاحظ أن الإصدارات الأحدث من برنامج Illumina تُخرج رقم عينة (كما هو مأخوذ من ورقة العينة) بدلاً من تسلسل الفهرس. على سبيل المثال ، قد يظهر العنوان التالي في العينة الأولى من الدُفعة:</p> <h3>تسلسل قراءة NCBI أرشيف التحرير</h3> <p>غالبًا ما تتضمن ملفات FASTQ من أرشيف قراءة تسلسل INSDC وصفًا ، على سبيل المثال</p> <p>في هذا المثال ، يوجد معرف مخصص لـ NCBI ، ويحمل الوصف المعرف الأصلي من Solexa / Illumina (كما هو موضح أعلاه) بالإضافة إلى طول القراءة. تم إجراء التسلسل في وضع النهاية المزدوجة (</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>حجم إدراج 500 نقطة أساس) ، انظر SRR001666.ينتج تنسيق الإخراج الافتراضي لـ fastq-dump نقاطًا كاملة ، تحتوي على أي قراءات فنية وقراءات بيولوجية فردية أو ثنائية النهاية.</p> <p>يتضمن الاستخدام الحديث لـ FASTQ دائمًا تقسيم البقعة إلى قراءات بيولوجية ، كما هو موضح في البيانات الوصفية التي يوفرها المرسل:</p> <p>عندما يكون موجودًا في الأرشيف ، يمكن لـ fastq-dump محاولة استعادة أسماء القراءة إلى التنسيق الأصلي. لا يقوم NCBI بتخزين أسماء القراءة الأصلية افتراضيًا:</p> <p>في المثال أعلاه ، تم استخدام الأسماء الأصلية المقروءة بدلاً من اسم القراءة المنضم. يتم تشغيل عمليات الانضمام NCBI والقراءات التي تحتوي عليها. أسماء القراءة الأصلية ، التي تم تعيينها بواسطة أجهزة التسلسل ، قادرة على العمل كمعرفات فريدة محليًا للقراءة ، ونقل قدر المعلومات تمامًا مثل الرقم التسلسلي. تم تعيين المعرفات أعلاه بطريقة حسابية بناءً على معلومات التشغيل والإحداثيات الهندسية. قامت لوادر SRA المبكرة بتحليل هذه المعرفات وتخزين مكوناتها المتحللة داخليًا. توقف NCBI عن تسجيل أسماء القراءة لأنه يتم تعديلها بشكل متكرر من التنسيق الأصلي للبائعين من أجل ربط بعض المعلومات الإضافية ذات المعنى بخط أنابيب معالجة معين ، وقد تسبب هذا في انتهاكات تنسيق الاسم مما أدى إلى عدد كبير من عمليات الإرسال المرفوضة. بدون مخطط واضح للأسماء المقروءة ، تظل وظيفتها هي معرف القراءة الفريد ، حيث تنقل نفس القدر من المعلومات مثل الرقم التسلسلي للقراءة. اطلع على العديد من مشكلات مجموعة أدوات SRA للحصول على التفاصيل والمناقشات.</p> <p>لاحظ أيضًا أن fastq-dump يحول بيانات FASTQ هذه من ترميز Solexa / Illumina الأصلي إلى معيار Sanger (انظر الترميز أدناه). وذلك لأن SRA يعمل كمستودع لمعلومات NGS ، بدلاً من التنسيق. أدوات التفريغ المختلفة * قادرة على إنتاج البيانات بتنسيقات متعددة من نفس المصدر. لقد تم إملاء متطلبات القيام بذلك من قبل المستخدمين على مدى عدة سنوات ، حيث تأتي غالبية الطلب المبكر من 1000 Genomes Project.</p> <h3>تحرير الجودة</h3> <p>قيمة الجودة <i>س</i> هو تعيين عدد صحيح من <i>ص</i> (على سبيل المثال ، احتمال أن المكالمة الأساسية المقابلة غير صحيحة). تم استخدام معادلتين مختلفتين. الأول هو متغير Sanger القياسي لتقييم موثوقية المكالمة الأساسية ، والمعروفة باسم درجة جودة Phred:</p> <p>استخدم خط أنابيب Solexa (أي البرنامج الذي تم تسليمه مع Illumina Genome Analyzer) في وقت سابق تعيينًا مختلفًا لترميز الاحتمالات <i>ص</i>/(1-<i>ص</i>) بدلاً من الاحتمال <i>ص</i>:</p> <p>على الرغم من أن كلا التعيينات متطابقة بشكل مقارب في قيم الجودة الأعلى ، إلا أنها تختلف عند مستويات الجودة الأقل (أي تقريبًا <i>ص</i> & GT 0.05 ، أو ما يعادله ، <i>س</i> & اللفتنانت 13).</p> <p>في بعض الأحيان ، كان هناك خلاف حول أي رسم خرائط تستخدمه شركة Illumina بالفعل. ينص دليل المستخدم (الملحق ب ، الصفحة 122) للإصدار 1.4 من خط أنابيب Illumina على ما يلي: "يتم تحديد الدرجات على أنها Q = 10 * log10 (p / (1-p)) [<i>كذا</i>] ، حيث p هو احتمال استدعاء أساسي مطابق للقاعدة المعنية ". [2] في وقت لاحق ، يبدو أن هذا الإدخال في الدليل كان خطأ. دليل المستخدم (ما الجديد ، الصفحة 5) للإصدار 1.5 من خط أنابيب Illumina يسرد هذا الوصف بدلاً من ذلك: "تغييرات مهمة في Pipeline v1.3 [<i>كذا</i>]. تم تغيير نظام تسجيل الجودة إلى Phred [أي ، Sanger] نظام تسجيل النقاط ، المشفر على أنه حرف ASCII عن طريق إضافة 64 إلى قيمة Phred. درجة Phred للقاعدة هي: Q phred = - 10 log 10 ⁡ e < displaystyle Q _ < text<phred>> = - 10 سجل _ < نص <10>> ه> ، أين <i>ه</i> هو الاحتمال المقدر لخطأ القاعدة. [3] <p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <h3>تحرير الترميز</h3> <ul> <li>يمكن أن يقوم تنسيق Sanger بترميز درجة جودة Phred من 0 إلى 93 باستخدام ASCII 33 إلى 126 (على الرغم من أنه في بيانات القراءة الأولية نادرًا ما تتجاوز درجة جودة Phred 60 ، يمكن الحصول على درجات أعلى في التجميعات أو قراءة الخرائط). تستخدم أيضًا في تنسيق SAM. [4] مع اقتراب نهاية فبراير 2011 ، ستنتج أحدث نسخة من Illumina (1.8) من خط الأنابيب الخاص بها CASAVA fastq بتنسيق Sanger مباشرةً ، وفقًا للإعلان على منتدى seqanswers.com. [5]</li> <li>تقرأ PacBio HiFi ، والتي يتم تخزينها عادةً بتنسيق SAM / BAM ، استخدم اصطلاح Sanger: يتم ترميز درجات جودة Phred من 0 إلى 93 باستخدام ASCII 33 إلى 126. تستخدم قواعد البيانات الفرعية Raw PacBio نفس الاصطلاح ولكن عادةً ما تعين جودة قاعدة عنصر نائب (Q0 ) لجميع القواعد في القراءة. [6]</li> <li>يمكن أن يقوم تنسيق Solexa / Illumina 1.0 بترميز نقاط جودة Solexa / Illumina من -5 إلى 62 باستخدام ASCII 59 إلى 126 (على الرغم من أنه في بيانات القراءة الأولية يُتوقع الحصول على درجات Solexa من -5 إلى 40 فقط)</li> <li>بدءًا من Illumina 1.3 وقبل الإصدار 1.8 من Illumina ، قام التنسيق بترميز درجة جودة Phred من 0 إلى 62 باستخدام ASCII من 64 إلى 126 (على الرغم من أنه في بيانات القراءة الأولية ، يُتوقع الحصول على درجات Phred من 0 إلى 40 فقط).</li> <li>بدءًا من Illumina 1.5 وقبل Illumina 1.8 ، فإن درجات Phred من 0 إلى 2 لها معنى مختلف قليلاً. لم يعد يتم استخدام القيمتين 0 و 1 ويتم استخدام القيمة 2 ، المشفرة بواسطة ASCII 66 "B" ، أيضًا في نهاية عمليات القراءة باعتبارها <i>اقرأ مؤشر مراقبة الجودة المقطع</i>. [7] ينص دليل Illumina [8] (الصفحة 30) على ما يلي: <i>إذا انتهت القراءة بقطعة ذات جودة منخفضة في الغالب (Q15 أو أقل) ، فسيتم استبدال جميع قيم الجودة في المقطع بقيمة 2 (مشفرة على أنها الحرف B في ترميز نقاط الجودة المستند إلى النص في Illumina). لا يتنبأ مؤشر Q2 هذا بمعدل خطأ محدد ، ولكنه يشير إلى أنه لا ينبغي استخدام جزء نهائي محدد من القراءة في مزيد من التحليلات.</i> أيضًا ، قد تظهر نقاط الجودة المشفرة على أنها الحرف "B" داخليًا داخل القراءات على الأقل في وقت متأخر من إصدار خط الأنابيب 1.6 ، كما هو موضح في المثال التالي:</li></ul> <p>تم اقتراح تفسير بديل لترميز ASCII هذا. [9] أيضًا ، في Illumina يتم تشغيله باستخدام عناصر تحكم PhiX ، لوحظ أن الحرف "B" يمثل "درجة جودة غير معروفة". كان معدل الخطأ في قراءات `` B '' ما يقرب من 3 درجات فيريد أقل من متوسط ​​الدرجة المرصودة لتشغيل معين.</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <ul> <li>بدءًا من الإصدار 1.8 من Illumina ، عادت درجات الجودة أساسًا إلى استخدام تنسيق Sanger (Phred + 33).</li></ul> <p>بالنسبة للقراءات الأولية ، سيعتمد نطاق الدرجات على التكنولوجيا والمتصل الأساسي المستخدم ، ولكن عادةً ما يصل إلى 41 لكيمياء Illumina الحديثة. نظرًا لأن درجة الجودة القصوى التي تمت ملاحظتها كانت 40 فقط في السابق ، فإن العديد من البرامج النصية والأدوات تتعطل عندما تصادف بيانات ذات قيم جودة أكبر من 40. للقراءات التي تمت معالجتها ، قد تكون الدرجات أعلى من ذلك. على سبيل المثال ، تمت ملاحظة قيم الجودة البالغة 45 في القراءات من خدمة تسلسل القراءة الطويلة من Illumina (Moleculo سابقًا).</p> <h3>تحرير مساحة اللون</h3> <p>بالنسبة لبيانات SOLiD ، يكون التسلسل في مساحة اللون ، باستثناء الموضع الأول. قيم الجودة هي تلك الخاصة بتنسيق Sanger. تختلف أدوات المحاذاة في نسختها المفضلة من قيم الجودة: فبعضها يتضمن نقاط جودة (مضبوطة على 0 ، أي "!") للنيوكليوتيدات الرائدة ، والبعض الآخر لا يتضمن ذلك. يتضمن أرشيف قراءة التسلسل نقاط الجودة هذه.</p> <h3>تحرير المحاكاة</h3> <p>تم التعامل مع محاكاة قراءة FASTQ من خلال العديد من الأدوات. [10] [11] يمكن رؤية مقارنة بين هذه الأدوات هنا. [12] </p> <h3>تحرير الضغط</h3> <h4>تعديل الضواغط العامة</h4> <p>تعتبر الأدوات العامة مثل Gzip و bzip2 FASTQ كملف نصي عادي وتؤدي إلى نسب ضغط دون المستوى الأمثل. يقوم أرشيف قراءة تسلسل NCBI بترميز البيانات الوصفية باستخدام مخطط LZ-77. عادةً ما تضغط ضواغط FASTQ العامة على الحقول المميزة (قراءة الأسماء والتسلسلات والتعليقات ودرجات الجودة) في ملف FASTQ بشكل منفصل ، وتشمل هذه الضواغط Genozip و [13] DSRC و DSRC2 و FQC و LFQC و Fqzcomp و Slimfastq.</p> <h4>يقرأ تحرير</h4> <p>يعد وجود جينوم مرجعي مناسبًا لأنه بدلاً من تخزين تسلسلات النيوكليوتيدات نفسها ، يمكن للمرء فقط محاذاة القراءات مع الجينوم المرجعي وتخزين المواضع (المؤشرات) ويمكن بعد ذلك فرز المؤشرات وفقًا لترتيبها في التسلسل المرجعي ومشفرة ، على سبيل المثال ، مع ترميز طول التشغيل. عندما تكون التغطية أو المحتوى المتكرر للجينوم المتسلسل عالية ، فإن هذا يؤدي إلى نسبة ضغط عالية. على عكس تنسيقات SAM / BAM ، لا تحدد ملفات FASTQ جينوم مرجعي. <b>ضواغط FASTQ القائمة على المحاذاة</b> يدعم استخدام إما المقدمة من المستخدم أو <i>من جديد</i> مرجع مُجمَّع: يستخدم LW-FQZip جينومًا مرجعيًا مقدمًا وأداء Quip و Leon و k-Path و KIC <i><b>من جديد</b></i> التجميع باستخدام نهج De Bruijn القائم على الرسم البياني. يمكن لـ Genozip [13] استخدام مرجع اختياريًا إذا قدم المستخدم واحدًا ، والذي قد يكون ملفًا مرجعيًا فرديًا أو متعدد الأنواع.</p> <p>صريح قراءة الخرائط و <i>من جديد</i> عادة ما تكون عملية التجميع بطيئة. <b>إعادة ترتيب ضواغط FASTQ</b> تقرأ المجموعة الأولى التي تشترك في سلاسل فرعية طويلة ثم تقوم بضغط القراءات بشكل مستقل في كل مجموعة بعد إعادة ترتيبها أو تجميعها في contigs أطول ، وربما تحقق أفضل مفاضلة بين وقت التشغيل ومعدل الضغط. SCALCE هي الأداة الأولى من نوعها ، تليها Orcom و Mince. تستخدم BEETL تحويل Burrows – Wheeler المعمم لإعادة ترتيب القراءات ، وتحقق HARC أداءً أفضل مع إعادة الترتيب القائمة على التجزئة. يقوم AssemblTrie بدلاً من ذلك بتجميع القراءات في أشجار مرجعية بأقل عدد إجمالي ممكن من الرموز في المرجع. [14] [15] </p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>المعايير المرجعية لهذه الأدوات متوفرة في. [16] </p> <h4>تحرير قيم الجودة</h4> <p>تمثل قيم الجودة حوالي نصف مساحة القرص المطلوبة بتنسيق FASTQ (قبل الضغط) ، وبالتالي يمكن أن يؤدي ضغط قيم الجودة إلى تقليل متطلبات التخزين بشكل كبير وتسريع عملية تحليل بيانات التسلسل ونقلها. يتم مؤخرًا النظر في كل من الضغط بدون فقدان البيانات وفقدان البيانات في الأدبيات. على سبيل المثال ، تقوم خوارزمية QualComp [17] بتنفيذ ضغط ضياع بمعدل (عدد البتات لكل قيمة جودة) يحدده المستخدم. بناءً على نتائج نظرية تشويه المعدل ، فإنه يخصص عدد البتات لتقليل MSE (متوسط ​​الخطأ التربيعي) بين قيم الجودة الأصلية (غير المضغوطة) والقيم المعاد بناؤها (بعد الضغط). تتضمن الخوارزميات الأخرى لضغط قيم الجودة SCALCE [18] و Fastqz. [19] كلاهما عبارة عن خوارزميات ضغط بلا خسارة توفر نهج تحويل ضياع مضبوط اختياريًا. على سبيل المثال ، يقلل SCALCE حجم الأبجدية بناءً على ملاحظة أن قيم الجودة "المجاورة" متشابهة بشكل عام. للمعيار ، انظر. [20] </p> <p>اعتبارًا من HiSeq 2500 ، توفر Illumina خيارًا لجودة الإخراج التي تم تحبيبها الخشنة في صناديق الجودة. يتم حساب الدرجات التي تم إهمالها مباشرة من جدول نقاط الجودة التجريبية ، والذي يرتبط في حد ذاته بالأجهزة والبرامج والكيمياء التي تم استخدامها أثناء تجربة التسلسل. [21] </p> <p>تستخدم Genozip [13] خوارزمية DomQual الخاصة بها لضغط نقاط الجودة المحظورة ، مثل تلك التي تم إنشاؤها بواسطة Illumina أو بواسطة Genozip الخاصة <i>- الأمثل</i> الخيار الذي يولد حاويات مشابهة لـ Illumina.</p> <h3>تحرير التشفير</h3> <p>تقوم Genozip [13] بتشفير ملفات FASTQ (بالإضافة إلى التنسيقات الجينية الأخرى) ، من خلال تطبيق تشفير AES القياسي بمستوى 256 بت الأكثر أمانًا (<i>--كلمه السر</i> اختيار).</p> <p>تستخدم Cryfa [22] تشفير AES وتتيح ضغط البيانات إلى جانب التشفير. يمكنه أيضًا معالجة ملفات FASTA.</p> <p>لا يوجد امتداد ملف قياسي لملف FASTQ ، ولكن يتم استخدام .fq و. fastq بشكل شائع.</p> <br> <h2>1.7: انفجار سطر الأوامر - علم الأحياء</h2> <p>DGINN: الكشف عن خط أنابيب الابتكارات الجينية</p> <p>DGINN هو خط أنابيب مخصص لاكتشاف الابتكارات الجينية ، بدءًا من التسلسل النووي.</p> <p>يقوم بأتمتة جميع الخطوات الأولية اللازمة للتحليلات التطورية ، بما في ذلك استرجاع المتماثلات ، والتخصيص لمجموعات تقويم العظام ، ومحاذاة الكودون وإعادة بناء سلالة الجينات.</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>يقوم بأتمتة جميع الخطوات الأولية اللازمة للتحليلات التطورية ، بما في ذلك استرجاع المتماثلات ، والتخصيص لمجموعات تقويم العظام ، ومحاذاة الكودون وإعادة بناء سلالة الجينات. بعد الحصول على المحاذاة والتطورات المقابلة ، تم اكتشاف ثلاثة ابتكارات وراثية رئيسية: أحداث الازدواجية ، وأحداث إعادة التركيب ، وتوقيعات الاختيار الإيجابي.</p> <p>تم التحقق من صحة DGINN على تسعة عشر جينًا رئيسيًا لها تاريخ تطوري معروف ، ويمكن الرجوع إلى النتائج على BioRxiv (دوى: https://doi.org/10.1101/2020.02.25.964155). تتوفر نتائج التحقق في المستودع المقابل. يشير إصدار DGINN المستخدم في الورقة إلى الالتزام 5db0253 ويمكن جلبه من خلال:</p> <p>يتوفر عامل الإرساء لكل من الإصدار الورقي والإصدار الحالي من DGINN.</p> <p>يمكن توجيه أي أسئلة أو اقتراحات حول البرنامج إلى lea.picard [at] ens-lyon.fr أو laurent.gueguen [at] univ-lyon1.fr أو lucie.etienne [at] ens-lyon.fr.</p> <p>1 / التبعيات والبرامج الضرورية</p> <ul> <li>البرامج والإصدارات: EMBOSS: 6.6 ، PhyML 3.0 ، PRANK v.170427 ، Treerecs v1.0 ، HYPHY 2.3 ، Bio ++ v.2</li> <li>Python (& gt3.5) والحزم: Biopython ، ete3 ، المجموعات ، التسجيل ، shlex ، نظام التشغيل ، numpy ، scipy ، الطلبات ، الباندا ، الإحصائيات ، الوقت ، إعادة ، مناقشة</li></ul> <p>تتوفر صورة عامل إرساء لتوفير طريقة لاستخدام DGINN دون الحاجة إلى تثبيت أي برنامج باستثناء Docker.</p> <p>لتنزيل إصدار محدد من عامل الإرساء:</p> <p>يجب تشغيل الأمر كما هو ، ويجب أن يعمل على كل من أنظمة Mac و Linux ، بشرط أن ينتمي المستخدم إلى مجموعة "docker" (يرجى الرجوع إلى Docker Documentation للحصول على مساعدة حول تعيين المستخدم كجزء من هذه المجموعة على Linux.)</p> <p>يتم تمرير جميع الوسائط الأخرى تمامًا كما لو تم تشغيل DGINN من خلال سطر الأوامر مباشرةً من البرنامج النصي (مثل -p parameters.txt / راجع القسم التالي). ومع ذلك ، فإن أحد الاختلافات الرئيسية هو أنه يجب الإشارة إلى جميع الملفات باسمها في ملف المعلمة وأن تكون موجودة داخل دليل العمل ، بينما يمكن الرجوع إليها من خلال مسارها ووضعها في دليل مختلف عند تشغيل إصدار البرنامج النصي.</p> <p>يستخدم DGINN ملف معلمة لتمرير جميع الوسائط اللازمة لبدء تشغيل خط الأنابيب. يتم توفير ملفين كمثالين في دليل الأمثلة:</p> <ol> <li>واحد يقوم بتنفيذ الخطوات 1-7 (انظر نظرة عامة) من CDS للجين المعني للكشف عن إعادة التركيب (parameters.txt)</li> <li>واحد يؤدي الخطوة 8 لاكتشاف الاختيار الإيجابي (parameters_possel.txt)</li></ol> <p>هذا هو الاستخدام الموصى به لـ DGINN ، بحيث يمكن موازاة التحليلات الخاصة بالتحديد الإيجابي على جميع المحاذاة بدلاً من القيام بها بالتتابع.</p> <p>يرجى العلم أن اسم تسلسل فاستا <strong>و</strong> يجب أن يتبع اسم الاستعلام التنسيق speSpe_GENE_Id (على سبيل المثال: homSap_MX1_CCDS13673 ، macMul_APOBEC3G_NM_001198693).</p> <table> <thead> <tr><th>خطوة</th> <th>الملف (الملفات) الضرورية</th> <th>صيغة</th></tr> <tbody> <tr><td>انفجار</td> <td>CDS للجين المعني</td> <td>فاستا</td></tr> <tr><td>الانضمام</td> <td>قائمة نتائج الانفجار</td> <td>تنسيق جدول NCBI (tsv)</td></tr> <tr><td>فاستا</td> <td>قائمة معرفات الانضمام (واحد / سطر)</td> <td>رسالة قصيرة</td></tr> <tr><td>orf</td> <td>تسلسل مرنا من تقويم العظام</td> <td>فاستا</td></tr> <tr><td>انتقام</td> <td>تسلسل CDS لأخصائيي تقويم العظام</td> <td>فاستا</td></tr> <tr><td>شجرة</td> <td>(كودون) محاذاة تقويم العظام</td> <td>فاستا</td></tr> <tr><td>الازدواجية</td> <td>(كودون) المحاذاة ، شجرة الجينات</td> <td>فاستا ، نيويك</td></tr> <tr><td>إعادة التركيب</td> <td>(كودون) المحاذاة</td> <td>فاستا</td></tr> <tr><td>اختيار إيجابي</td> <td>محاذاة الكودون ، شجرة الجينات</td> <td>Fasta ، شجرة الجينات</td></tr></tbody> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> </thead></table> <p>يجب احترام ترتيب الملفات واتباع الترتيب الموضح في هذا الجدول.</p> <p>على الرغم من أن محاذاة الكودون ليست ضرورية من الناحية الفنية لخطوات phyml والنسخ وإعادة التركيب ، إلا أنها للاختيار الإيجابي. وبالتالي ، من المحتمل أن يؤدي البدء في الخطوات السابقة للاختيار الإيجابي مع محاذاة غير كودون إلى فشل في خطوة الاختيار الإيجابي.</p> <p>تتضمن DGINN برامج مختلفة للتحقق من الاختيار الإيجابي:</p> <ul> <li>BUSTED (Murrel et al. ، البيولوجيا الجزيئية والتطور ، 2015) من Hyphy</li> <li>MEME (Murrel et al.، PLoS Genetics، 2012) من Hyphy</li> <li>كود PAML (يانغ ، البيولوجيا الجزيئية والتطور ، 2007) لنماذج الموقع M0 و M1 و M2 و M7 و M8</li> <li>BIO ++ (Guéguen et al.، Molecular Biology and Evolution، 2013) لنماذج المواقع M0 و M1 و M2 و M7 و M8</li> <li>BIO ++ لنموذج واحد لكل فرع (OPB) (مشابه لنموذج PAML codeml FreeRatio) لاختبار الاختيار الإيجابي على الفروع</li></ul> <p>يتم تحديد معلمات الطرق الثلاثة الأولى تلقائيًا في DGINN.</p> <p>بالنسبة إلى BIO ++ ، يمكن إنشاء ملفات المعلمات تلقائيًا بواسطة DGINN ، ولكن يمكن للمستخدم أيضًا توفير ملفات المعلمات الخاصة به إذا كان يرغب في تعديل المعلمات بشكل أكبر. يمكن أيضًا استخدام خيار OPB لتحليلات مختلفة باستخدام Bio ++ لأن نتائجه لا تؤثر على أي خطوة لاحقة. يتم توفير أمثلة لملفات المعلمات الخاصة باحتمالات bppml و bppmixed (لنماذج الموقع) في أمثلة / ، بالإضافة إلى ملف معلمات لتشغيل نموذج واحد لكل فرع.</p> <p>يتم تشجيع المستخدمين الذين يرغبون في إجراء أسرع فحص ممكن على الجينات التي تهمهم على تشغيل نماذج موقع BIO ++ فقط ، حيث تشير نتائج التحقق الخاصة بنا إلى تقديمهم أفضل حل وسط للنتائج القوية وأوقات تشغيل أقصر.</p> <p>في مجلد الأمثلة ، يتم توفير ملفي معلمات.</p> <p>ملاحظة: يجب تحديث هذه الملفات بالمسارات المطلقة للملفات المشار إليها بدلاً من اسمها فقط عند استخدام DGINN من خلال سطر الأوامر وليس من خلال عامل الإرساء.</p> <p>python3 DGINN.py -p parameters.txt</p> <p>سيتم تشغيل خطوات DGINN من 1 إلى 7 على ex_CCDS.fasta من خلال:</p> <ul> <li>استرجاع متماثلات الأنواع الرئيسية في NCBI <em>لا</em> قاعدة البيانات</li> <li>الكشف عن الازدواجية وتعيين مجموعات تقويم العظام لما لا يقل عن 8 أنواع بناءً على ex_spTree.tree</li> <li>الكشف عن أحداث إعادة التركيب</li></ul> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>python3 DGINN.py -p parameters_possel.txt</p> <p>سيتم إطلاق DGINN الخطوة 8 على ex_aln.fasta و ex_genetree.tree بواسطة:</p> <ul> <li>البحث عن اختيار إيجابي للجين باستخدام BUSTED</li> <li>البحث عن مواقع ضمن التحديد الإيجابي العرضي باستخدام MEME</li> <li>البحث عن مواقع تحت الاختيار الإيجابي باستخدام الموديلات M0-NS و M1-NS و M2-NS و M7-NS و M8-NS من BIO ++</li> <li>البحث عن مواقع تحت الاختيار الإيجابي باستخدام الموديلات M0 و M1 و M2 و M7 و M8 من كودمل PAML</li> <li>البحث عن فروع تحت الاختيار الإيجابي باستخدام ++ BIO</li></ul> <p>تم التحقق من صحة DGINN على تسعة عشر جينًا رئيسيًا لها تاريخ تطوري معروف ، ويمكن الرجوع إلى النتائج على BioRxiv (دوى: https://doi.org/10.1101/2020.02.25.964155). تتوفر نتائج التحقق في المستودع المقابل.</p> <p>في المجلد إلخ ، يتم تضمين برنامج نصي بعنوان CCDSquery.py. يسمح هذا البرنامج النصي للمستخدم بتنزيل تسلسلات CCDS للجينات البشرية ، من خلال توفير الملف المنسق بشكل صحيح الذي تم الحصول عليه من خلال HGNC. يجب أن يحتوي هذا الملف على الأقل على عمود بعنوان "الرمز المعتمد" وعمود آخر بعنوان "انضمام CCDS".</p> <p>يمكن أيضًا العثور على برنامج نصي آخر يسمى parseResults.py في المجلد etc.</p> <p>يتكون ملف الإدخال من عمودين مفصولين بعلامات جدولة: يشير الأول إلى المسار الكامل للأدلة التي تحتوي على نتائج الاختيار الإيجابية (الدليل الذي يحتوي على الدلائل الفرعية التي تم ضبطها ، و bpp_site ، و paml_site ، وما إلى ذلك) ، والثاني هو المسار الكامل إلى المحاذاة التي أجريت عليها تلك التحليلات.</p> <p>على سبيل المثال: / PATH / TO / GENENAME_sequences_filtered_longestORFs_mafft_mincov_prank_results_TIMESTAMP1 / Positive_selection_results_TIMESTAMP2 /PATH/TO/GENENAME_sequences_filtered_longestORFs_maffran_min.cov.</p> <p>سينتج البرنامج النصي 3 ملفات مختلفة:</p> <ol> <li>ملخص النتائج (جين واحد في كل سطر)</li> <li>النسب المئوية للتغطية في كل موضع لكل محاذاة (ملاحظة: يُنصح بعدم تعديل هذا الملف بأي صفة لضمان التمثيل المرئي المناسب للنتائج)</li> <li>الاحتمالات المحسوبة بواسطة Bio ++ (Bpp) و PAML codeml لكل جين.</li></ol> <p>يمكن استخدام ملفات الإخراج المختلفة التي تم الحصول عليها باستخدام هذا البرنامج النصي لإنشاء أرقام مشابهة لتلك المعروضة في ورقة DGINN من خلال تطبيق Shiny ، والتي يمكن العثور عليها في المستودع المقابل.</p> <br> <h2>1.7: انفجار سطر الأوامر - علم الأحياء</h2> <p>جهات الاتصال لمستودع Github لـ BRAKER على https://github.com/Gaius-Augustus/BRAKER:</p> <p>كاتارينا جيه هوف ، جامعة غرايفسفالد ، ألمانيا ، katharina.hoff@uni-greifswald.de ، +49 3834420 4624</p> <p>كاتارينا ج.هوف أ ، ب ، سيمون لانج أ ، ألكسندر لومسادزي ج ، توماس برونا ج ، مارك بورودوفسكي ج ، د ، هـ ، ماريو ستانك أ ، ب </p> <p><b>[أ]</b> جامعة غرايفسفالد ، معهد الرياضيات وعلوم الكمبيوتر ، والثر-راثيناو-شارع. 47 ، 17489 غرايفسفالد ، ألمانيا</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p><b>[ب]</b> جامعة جرايفسفالد ، مركز علم الجينوم الوظيفي للميكروبات ، Felix-Hausdorff-Str. 8 ، 17489 غرايفسفالد ، ألمانيا</p> <p><b>[ج]</b> جورجيا للتكنولوجيا وجامعة إيموري قسم والاس إتش كولتر للهندسة الطبية الحيوية ، 30332 أتلانتا ، الولايات المتحدة الأمريكية</p> <p><b>[د]</b> كلية العلوم والهندسة الحاسوبية ، 30332 أتلانتا ، الولايات المتحدة الأمريكية</p> <p><b>[هـ]</b> معهد موسكو للفيزياء والتكنولوجيا ، منطقة موسكو 141701 ، دولجوبرودني ، روسيا</p> <p><img loading="lazy" src="//dualjuridik.org/img/biol-2022/5262/image_p9B4QkVtrL6RD.png"><img loading="lazy" src="//dualjuridik.org/img/biol-2022/5262/image_onvb0cQGt9Hw8ZpI3oh3.png"><img loading="lazy" src="//dualjuridik.org/img/biol-2022/5262/image_LmihFkBpvqn247nDc.png"></p> <p>الشكل 1: مؤلفو BRAKER الحاليون ، من اليسار إلى اليمين: ماريو ستانك ، ألكسندر لومسادزي ، كاثرينا جيه هوف ، توماس برونا ، ومارك بورودوفسكي.</p> <p>تم دعم تطوير BRAKER من قبل المعاهد الوطنية للصحة (NIH) [GM128145 إلى M.B. و م.</p> <p>يتوفر محدد النص لـ BRAKER (TSEBRA) على https://github.com/Gaius-Augustus/TSEBRA.</p> <p>يتطلب العدد المتزايد بسرعة من الجينومات المتسلسلة طرقًا مؤتمتة بالكامل لتوضيح بنية الجينات الدقيقة. مع وضع هذا الهدف في الاعتبار ، قمنا بتطوير BRAKER1 R1 R0 ، وهو مزيج من GeneMark-ET R2 و AUGUSTUS R3 ، R4 ، يستخدم بيانات الجينوم و RNA-Seq لإنشاء تعليقات توضيحية كاملة لبنية الجين في الجينوم الجديد تلقائيًا.</p> <p>ومع ذلك ، فإن جودة بيانات RNA-Seq المتاحة للتعليق على جينوم جديد متغيرة ، وفي بعض الحالات ، لا تتوفر بيانات RNA-Seq على الإطلاق.</p> <p>BRAKER2 هو امتداد لـ BRAKER1 يسمح لـ <strong>تدريب مؤتمت بالكامل</strong> من أدوات التنبؤ الجيني GeneMark-EX R14 و R15 و R17 و F1 و AUGUSTUS من RNA-Seq و / أو معلومات تجانس البروتين ، والتي تدمج الأدلة الخارجية من RNA-Seq ومعلومات تجانس البروتين في <strong>تنبؤ</strong>.</p> <p>على عكس الطرق الأخرى المتاحة التي تعتمد على معلومات تماثل البروتين ، يصل BRAKER2 إلى دقة عالية في التنبؤ بالجينات حتى في حالة عدم وجود تعليق توضيحي للأنواع وثيقة الصلة جدًا وفي غياب بيانات RNA-Seq.</p> <p>في دليل المستخدم هذا ، سنشير إلى BRAKER1 و BRAKER2 بكل بساطة <strong>الكسارة</strong> لأنهم نفذوا بنفس البرنامج النصي (braker.pl).</p> <p>مفاتيح التنبؤ الجيني الناجح</p> <p>استخدم مجموعة جينوم عالية الجودة. إذا كان لديك عدد كبير من السقالات القصيرة جدًا في تجميع الجينوم الخاص بك ، فمن المحتمل أن تزيد هذه السقالات القصيرة من وقت التشغيل بشكل كبير ولكنها لن تزيد من دقة التنبؤ.</p> <p>استخدم أسماء سقالات بسيطة في ملف الجينوم (على سبيل المثال ، سيعمل gtcontig1 بشكل أفضل من & gtcontig1my الأنواع المخصصة ذات الاسم وظيفة مفترضة / المزيد / معلومات / والكثير من الأحرف الخاصة٪ & amp! * () <>). اجعل أسماء السقالات في جميع ملفات fasta الخاصة بك بسيطة قبل تشغيل أي برنامج محاذاة.</p> <p>من أجل التنبؤ بالجينات بدقة في جينوم جديد ، يجب إخفاء الجينوم للتكرار. سيؤدي ذلك إلى تجنب التنبؤ بتراكيب الجينات الإيجابية الخاطئة في المناطق المتكررة والمنخفضة التعقيد. يعد الإخفاء المتكرر ضروريًا أيضًا لتعيين بيانات RNA-Seq إلى الجينوم باستخدام بعض الأدوات (يتجاهل رسامو خرائط RNA-Seq الآخرون ، مثل HISAT2 ، معلومات التقنيع). في حالة GeneMark-EX و AUGUSTUS ، يؤدي القناع الناعم (أي وضع مناطق التكرار في أحرف صغيرة وجميع المناطق الأخرى بأحرف كبيرة) إلى نتائج أفضل من القناع الثابت (أي استبدال الأحرف في المناطق المتكررة بالحرف N للنيوكليوتيدات غير المعروفة). إذا كان الجينوم مقنعًا ، فاستخدم علم braker.pl.</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>تحتوي العديد من الجينومات على هياكل جينية يمكن التنبؤ بها بدقة باستخدام المعلمات القياسية لـ GeneMark-EX و AUGUSTUS داخل BRAKER. ومع ذلك ، فإن بعض الجينومات لها ميزات خاصة بالكليد ، مثل نموذج نقطة فرع خاصة في الفطريات ، أو أنماط موقع لصق غير قياسية. يرجى قراءة قسم الخيارات [الخيارات] لتحديد ما إذا كان أي من الخيارات المخصصة قد يحسن دقة التنبؤ الجيني في جينوم الأنواع المستهدفة.</p> <p>تحقق دائمًا من نتائج التنبؤ الجيني قبل الاستخدام الإضافي! يمكنك على سبيل المثال استخدام متصفح الجينوم للفحص البصري لنماذج الجينات في سياق بيانات الأدلة الخارجية. يدعم BRAKER إنشاء محاور بيانات المسار لمتصفح UCSC Genome مع MakeHub لهذا الغرض.</p> <p>نظرة عامة على أوضاع تشغيل BRAKER</p> <p>يتميز BRAKER بشكل أساسي ببيانات أدلة خارجية غير خاضعة للرقابة (RNA-Seq و / أو معلومات محاذاة تقطيع البروتين) المدعومة بتدريب GeneMark-EX [F1] والتدريب اللاحق لـ AUGUSTUS مع تكامل الأدلة الخارجية في خطوة التنبؤ الجيني النهائية. ومع ذلك ، يوجد الآن عدد من خطوط الأنابيب الإضافية المضمنة في BRAKER. في ما يلي ، نقدم نظرة عامة على ملفات الإدخال وخطوط الأنابيب المحتملة:</p> <ul> <li>ملف الجينوم فقط. في هذا الوضع ، يتم تدريب GeneMark-ES على تسلسل الجينوم وحده. يتم اختيار الجينات الطويلة التي تنبأ بها GeneMark-ES لتدريب AUGUSTUS. التوقعات النهائية من قبل AUGUSTUS هي <em>البداية</em>. من المحتمل أن ينتج عن هذا النهج دقة تنبؤ أقل من جميع خطوط الأنابيب الموصوفة هنا. (انظر الشكل 2) ،</li></ul> <p><img loading="lazy" src="//dualjuridik.org/img/biol-2022/5262/image_ncpbHGirXW0FfKgDoAOGyu.png"></p> <p>الشكل 2: خط أنابيب BRAKER A: تدريب GeneMark-ES على بيانات الجينوم ، فقط <em>البداية</em> التنبؤ الجيني مع AUGUSTUS</p> <ul> <li>ملف الجينوم و RNA-Seq من نفس النوع (انظر الشكل 3) هذا النهج مناسب لمكتبات RNA-Seq ذات القراءة القصيرة مع تغطية جيدة للنسخة ، <strong>الأهمية:</strong> يتطلب هذا النهج أن يتم تغطية كل intron بالعديد من المحاذاة ، أي أنه لا يعمل مع تعيينات النسخ المجمعة. من حيث المبدأ ، قد تؤدي أيضًا محاذاة بيانات RNA-Seq للقراءة الطويلة إلى بيانات كافية لتشغيل BRAKER ، ولكن فقط إذا تم تسلسل كل نسخة سيتم إدخالها في التدريب ومحاذاة الجينوم عدة مرات. يرجى العلم أنه في الوقت الحالي ، لا يدعم BRAKER رسميًا دمج بيانات RNA-Seq طويلة القراءة ، حتى الآن.</li></ul> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p><img loading="lazy" src="//dualjuridik.org/img/biol-2022/5262/image_PB7MFzezyU28mtkgqI7y.png"></p> <p>الشكل 3: خط أنابيب BRAKER B: تدريب GeneMark-ET مدعومًا بمعلومات المحاذاة المقسمة RNA-Seq ، والتنبؤ مع AUGUSTUS باستخدام نفس معلومات المحاذاة المقسمة.</p> <ul> <li>ملف الجينوم وقاعدة بيانات البروتينات التي قد تكون من <strong>غير معروف</strong> المسافة التطورية للأنواع المستهدفة (انظر الشكل 4) هذا النهج مناسب بشكل خاص إذا لم تتوفر بيانات RNA-Seq. ستعمل هذه الطريقة بشكل أفضل مع البروتينات من الأنواع القريبة نوعًا ما من الأنواع المستهدفة ، ولكن الدقة ستنخفض قليلاً فقط إذا كانت البروتينات المرجعية أكثر بعدًا عن الأنواع المستهدفة. <strong>الأهمية:</strong> يتطلب هذا النهج قاعدة بيانات لعائلات البروتين ، أي يجب أن يتواجد العديد من ممثلي كل عائلة بروتينية في قاعدة البيانات. تم اختبار BRAKER مع OrthoDB R19 بنجاح. يتوفر خط أنابيب تعيين البروتين ProtHint R18 لإنشاء التلميحات المطلوبة لـ BRAKER للتنزيل على https://github.com/gatech-genemark/ProtHint ، ويتم توثيق الإرشادات الخاصة بكيفية تحضير بروتينات إدخال OrthoDB على https: // github. كوم / gatech-genemark / ProtHint # إعداد قاعدة بيانات البروتين. يمكنك إضافة بروتينات من نوع وثيق الصلة إلى ملف OrthoDB fasta من أجل دمج أدلة إضافية في التنبؤ الجيني.</li></ul> <p><img loading="lazy" src="//dualjuridik.org/img/biol-2022/5262/image_QGg2EgrqUsmdavPzVd6Fds9W.png"></p> <p>الشكل 4: خط أنابيب BRAKER C: تدريب GeneMark-EP + على محاذاة تقطيع البروتين ، وبدء وإيقاف المعلومات ، والتنبؤ مع AUGUSTUS بنفس المعلومات ، بالإضافة إلى تلميحات CDSpart المتسلسلة. يمكن أن تكون البروتينات المستخدمة هنا على مسافة تطورية من الكائن المستهدف.</p> <ul> <li>ملف الجينوم و RNA-Seq من نفس النوع ، والبروتينات التي قد تكون من <strong>غير معروف</strong> المسافة التطورية للأنواع المستهدفة (انظر الشكل 5) <strong>الأهمية:</strong> يتطلب هذا النهج قاعدة بيانات لعائلات البروتين ، أي يجب أن يتواجد العديد من ممثلي كل عائلة بروتينية في قاعدة البيانات ، على سبيل المثال OrthoDB مناسب. (يمكنك إضافة بروتينات من نوع وثيق الصلة إلى ملف OrthoDB fasta من أجل دمج أدلة إضافية في التنبؤ الجيني.)</li></ul> <p><img loading="lazy" src="//dualjuridik.org/img/biol-2022/5262/image_83zotw6zjCwlxutv7D1w6sl.png"></p> <p>الشكل 5: خط أنابيب BRAKER D: تدريب GeneMark-ETP + بدعم من معلومات محاذاة RNA-Seq ومعلومات من البروتينات (يمكن أن تكون البروتينات من أي مسافة تطورية). يرجى العلم أن GeneMark-ETP + لا يزال قيد التطوير ، ويمكن لـ BRAKER حاليًا تنفيذ مقدمة من الإصدار الناضج. يتم التعامل مع الإنترونات المدعومة بكل من RNA-Seq ومعلومات محاذاة البروتين على أنها "إنترونات إيجابية حقيقية" ، ويتم فرض تنبؤاتها في الهياكل الجينية بواسطة GeneMark-ETP + و AUGUSTUS. <strong>الأهمية:</strong> ليس من الأفضل دائمًا استخدام كل الأدلة! حتى الآن ، وجدنا أن هذا النهج يعمل جيدًا مع الجينومات الكبيرة ، لكن الدقة في الجينومات الصغيرة والمتوسطة الحجم غير مستقرة. يرجى إلقاء نظرة على الملصق من PAG 2020 قبل تشغيل خط الأنابيب هذا.</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <ul> <li>ملف الجينوم وملفه ببروتينات ذات مسافة تطورية قصيرة (انظر الشكل 6) هذا النهج مناسب إذا كانت بيانات RNA-Seq غير متوفرة وإذا كانت الأنواع المرجعية مرتبطة ارتباطًا وثيقًا. <em><em>ملحوظة</em>:</em> تم إهمال خط الأنابيب هذا لأن خط الأنابيب C يمكنه أيضًا استخدام بروتينات من الأنواع وثيقة الصلة بالإضافة إلى OrthoDB.</li></ul> <p><img loading="lazy" src="//dualjuridik.org/img/biol-2022/5262/image_c8ocb9q8nXQGO0.png"></p> <p>الشكل 6: خط أنابيب إضافي ب: تدريب AUGUSTUS على أساس معلومات المحاذاة المقسمة من بروتينات من أنواع مرتبطة ارتباطًا وثيقًا بالجينوم المستهدف.</p> <ul> <li>ملف الجينوم و RNA-Seq والبروتينات ذات المسافة التطورية القصيرة (انظر الشكلين 6 و 7). في كلتا الحالتين ، يتم تدريب GeneMark-ET مدعومًا ببيانات RNA-Seq ، ويتم استخدام تنبؤات الجينات الناتجة لتدريب AUGUSTUS. في النهج أ) ، يتم استخدام معلومات محاذاة البروتين في خطوة التنبؤ الجيني مع AUGUSTUS ، فقط. في النهج C) ، يتم استخدام بيانات محاذاة تقسم البروتين لاستكمال مجموعة التدريب لـ AUGUSTUS. يعتبر النهج الأخير مناسبًا بشكل خاص إذا كانت بيانات RNA-Seq لا تنتج عددًا كبيرًا بما فيه الكفاية من هياكل الجينات التدريبية لـ AUGUSTUS ، وإذا كانت الأنواع شديدة الارتباط والمرفقة بالفعل متاحة. <em><em>ملحوظة</em>:</em> تم إهمال خط الأنابيب هذا لأن خط الأنابيب D يمكنه أيضًا استخدام بروتينات من الأنواع وثيقة الصلة بالإضافة إلى OrthoDB.</li></ul> <p><img loading="lazy" src="//dualjuridik.org/img/biol-2022/5262/image_9zialfldascz4UYds7.png"></p> <p>الشكل 7: خط الأنابيب الإضافي أ: تدريب GeneMark-ET مدعومًا بمعلومات المحاذاة المقسمة من RNA-Seq ، والتنبؤ مع AUGUSTUS مع معلومات المحاذاة المقسمة من بيانات RNA-Seq ومع ميزات الجينات التي تحددها المحاذاة من بروتينات من الأنواع وثيقة الصلة جدًا بالهدف الجينوم. <em><em>ملحوظة</em>:</em> تم إهمال خط الأنابيب هذا لأن خط الأنابيب C يمكنه أيضًا استخدام بروتينات من الأنواع وثيقة الصلة بالإضافة إلى OrthoDB.</p> <p><img loading="lazy" src="//dualjuridik.org/img/biol-2022/5262/image_mw43DyzpDX46l3g9wo19N.png"></p> <p>الشكل 8: خط الأنابيب الإضافي C: تدريب GeneMark-ET على أساس معلومات المحاذاة المقسمة RNA-Seq ، وتدريب AUGUSTUS على مجموعة من هياكل الجينات التدريبية المجمعة من هياكل الجينات المدعومة من RNA-Seq التي تنبأ بها GeneMark-ET والمحاذاة المقسمة لبروتينات من الأنواع وثيقة الصلة. <em><em>ملحوظة</em>:</em> تم إهمال خط الأنابيب هذا لأن خط الأنابيب D يمكنه أيضًا استخدام بروتينات من الأنواع وثيقة الصلة بالإضافة إلى OrthoDB.</p> <p>إصدارات البرامج المدعومة</p> <p>في وقت الإصدار ، تم اختبار إصدار BRAKER هذا باستخدام:</p> <p>تبعيات خط أنابيب Perl</p> <p>يتطلب تشغيل BRAKER نظام Linux مع bash و Perl. علاوة على ذلك ، يتطلب BRAKER تثبيت وحدات CPAN-Perl التالية:</p> <p>بالنسبة لـ ProtHint ، المستخدم عند توفير مدخلات البروتين ، قم أيضًا بتثبيت:</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>على Ubuntu ، على سبيل المثال ، قم بتثبيت الوحدات النمطية باستخدام CPANminus F4: sudo cpanm Module :: Name ، على سبيل المثال تجزئة sudo cpanm :: دمج.</p> <p>يستخدم BRAKER أيضًا وحدة HelpMod.pm لوحدة Perl غير المتوفرة على CPAN. هذه الوحدة هي جزء من إصدار BRAKER ولا تتطلب تثبيتًا منفصلاً.</p> <p>إذا لم يكن لديك أذونات الجذر على جهاز Linux ، فحاول إعداد ملف <strong>اناكوندا</strong> (https://www.anaconda.com/distribution/) البيئة على النحو التالي:</p> <p>بعد ذلك قم بتثبيت BRAKER والبرامج الأخرى "كالمعتاد" أثناء تواجدك في بيئة Conda الخاصة بك. <strong>ملحوظة:</strong> هناك حزمة boconda braker ، وحزمة bioconda augustus. هم يعملون. لكنهم عادة ما يكونون متخلفين عن رمز التطوير لكلتا الأداتين على جيثب. لذلك نوصي بالتثبيت اليدوي واستخدام أحدث المصادر.</p> <p>BRAKER عبارة عن مجموعة من نصوص Perl و Python ووحدة Perl. النص الرئيسي الذي سيتم استدعاؤه لتشغيل BRAKER هو braker.pl. مكونات Perl و Python الإضافية هي:</p> <p>يجب أن تكون جميع البرامج النصية (الملفات التي تنتهي بـ * .pl و * .py) التي تعد جزءًا من BRAKER قابلة للتنفيذ من أجل تشغيل BRAKER. يجب أن يكون هذا هو الحال بالفعل إذا قمت بتنزيل BRAKER من GitHub. قد يتم الكتابة فوق قابلية التنفيذ إذا كنت على سبيل المثال نقل BRAKER على عصا USB إلى كمبيوتر آخر. للتحقق مما إذا كانت الملفات المطلوبة قابلة للتنفيذ ، قم بتشغيل الأمر التالي في الدليل الذي يحتوي على البرامج النصية لـ BRAKER Perl:</p> <p>يجب أن يكون الإخراج مشابهًا لما يلي:</p> <p>من المهم أن يكون x in -rwxr-xr-x موجودًا لكل نص برمجي. إذا لم يكن الأمر كذلك ، فقم بتشغيل</p> <p>من أجل تغيير سمات الملف.</p> <p>قد تجد أنه من المفيد إضافة الدليل الذي توجد فيه البرامج النصية لـ BRAKER perl إلى متغير البيئة $ PATH. لجلسة bash واحدة ، أدخل:</p> <p>لجعل تعديل $ PATH هذا متاحًا لجميع جلسات bash ، أضف الأسطر أعلاه إلى برنامج نصي لبدء التشغيل (على سبيل المثال</p> <p>تبعيات برامج المعلوماتية الحيوية</p> <p>يستدعي BRAKER العديد من أدوات برامج المعلوماتية الحيوية التي ليست جزءًا من BRAKER. بعض الأدوات إلزامية ، أي أن BRAKER لن تعمل على الإطلاق إذا لم تكن هذه الأدوات موجودة في نظامك. الأدوات الأخرى اختيارية. الرجاء تثبيت جميع الأدوات المطلوبة لتشغيل BRAKER في الوضع الذي تختاره.</p> <p>قم بتنزيل GeneMark-EX F1 من خيار http://exon.gatech.edu/GeneMark/license_download.cgi (خيار GeneMark-ES / ET / EP). قم بفك وتثبيت GeneMark-EX كما هو موضح في ملف README الخاص بـ GeneMark-EX.</p> <p>إذا كان موجودًا بالفعل في المتغير $ PATH الخاص بك ، فسيقوم BRAKER بتخمين موقع gmes_petap.pl تلقائيًا. بخلاف ذلك ، يمكن لـ BRAKER العثور على ملفات GeneMark-EX التنفيذية إما عن طريق تحديد موقعها في متغير البيئة GENEMARK_PATH ، أو عن طريق أخذ وسيطة سطر الأوامر (--GENEMARK_PATH = / your_path_to_GeneMark-EX /).</p> <p>لتعيين متغير البيئة لجلسة Bash الحالية ، اكتب:</p> <p>أضف الأسطر أعلاه إلى برنامج نصي لبدء التشغيل (على سبيل المثال</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>/.bashrc) لإتاحته لجميع جلسات bash. F5 </p> <p><strong>الأهمية:</strong> لن يعمل GeneMark-EX إلا ​​في حالة وجود ملف مفتاح صالح في الدليل الرئيسي الخاص بك. ستنتهي صلاحية ملف المفتاح بعد 200 يوم ، مما يعني أنه يجب عليك تنزيل إصدار GeneMark-EX جديد وملف مفتاح جديد بعد 200 يوم. يتم تنزيل ملف المفتاح بتنسيق gm_key.gz. قم بفك ضغط ملف المفتاح ونقله إلى ملف مخفي <strong>في دليل منزلك</strong> على النحو التالي:</p> <p>يتم تكوين نصوص Perl داخل GeneMark-EX باستخدام موقع Perl الافتراضي في / usr / bin / perl.</p> <p>إذا كنت تقوم بتشغيل GeneMark-EX في بيئة Anaconda (أو تريد استخدام Perl من المتغير $ PATH لأي سبب آخر) ، فقم بتعديل shebang لجميع نصوص GeneMark-EX باستخدام الأمر التالي الموجود داخل مجلد GeneMark-EX:</p> <p>يمكنك التحقق مما إذا كان GeneMark-EX مثبتًا بشكل صحيح عن طريق تشغيل check_install.bash و / أو تنفيذ أمثلة في دليل اختبارات GeneMark-E.</p> <p>قم بتنزيل AUGUSTUS من فرعها الرئيسي على https://github.com/Gaius-Augustus/Augustus. قم بفك ضغط AUGUSTUS وتثبيت AUGUSTUS وفقًا لـ AUGUSTUS README.TXT. <em><strong>لا تستخدم إصدارات AUGUSTUS القديمة من مصادر أخرى ، على سبيل المثال حزمة دبيان أو حزمة Bioconda! يعتمد BRAKER بشكل كبير بشكل خاص على دليل Augustus / scripts المحدّث ، وغالبًا ما تتخلف المصادر الأخرى.</strong></em></p> <p>يجب عليك تجميع AUGUSTUS على نظامك الخاص لتجنب المشاكل مع إصدارات المكتبات التي يستخدمها AUGUSTUS. يتم توفير إرشادات التجميع في ملف AUGUSTUS README.TXT (Augustus / README.txt).</p> <p>يتكون AUGUSTUS من augustus ، وأداة التنبؤ الجيني ، وأدوات C ++ الإضافية الموجودة في Augustus / auxprogs و Perl scripts الموجودة في Augustus / scripts. يجب أن تكون البرامج النصية لـ Perl قابلة للتنفيذ (انظر التعليمات في قسم مكونات BRAKER.</p> <p>أداة C ++ bam2hints عنصر أساسي في BRAKER عند تشغيله باستخدام RNA-Seq. توجد المصادر في Augustus / auxprogs / bam2hints. تأكد من قيامك بتجميع ملفات bam2hints على نظامك (يجب تجميعها تلقائيًا عند تجميع AUGUSTUS ، ولكن في حالة وجود مشاكل مع bam2hints ، يرجى قراءة تعليمات استكشاف الأخطاء وإصلاحها في Augustus / auxprogs / bam2hints / README).</p> <p>نظرًا لأن BRAKER عبارة عن خط أنابيب يقوم بتدريب AUGUSTUS ، أي يكتب ملفات معلمات محددة للأنواع ، يحتاج BRAKER إلى وصول كتابي إلى دليل التكوين الخاص بـ AUGUSTUS الذي يحتوي على مثل هذه الملفات (Augustus / config /). إذا قمت بتثبيت AUGUSTUS عالميًا على نظامك ، فلن يكون مجلد التكوين قابلاً للكتابة من قبل جميع المستخدمين. إما أن تجعل الدليل الذي يوجد به التكوين قابلاً للكتابة بشكل متكرر لمستخدمي AUGUSTUS ، أو انسخ المجلد config / (بشكل متكرر) إلى موقع يمتلك فيه المستخدمون إذنًا بالكتابة.</p> <p>سيحدد AUGUSTUS موقع مجلد التكوين من خلال البحث عن متغير بيئة $ AUGUSTUS_CONFIG_PATH. إذا لم يتم تعيين متغير البيئة $ AUGUSTUS_CONFIG_PATH ، فسيقوم BRAKER بالبحث في المسار ../config بالنسبة إلى الدليل الذي يعثر فيه على ملف AUGUSTUS القابل للتنفيذ. بدلاً من ذلك ، يمكنك توفير المتغير كوسيطة سطر أوامر لـ BRAKER (--AUGUSTUS_CONFIG_PATH = / your_path_to_AUGUSTUS / Augustus / config /). نوصي بتصدير المتغير على سبيل المثال لجلسة bash الحالية:</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>لجعل المتغير متاحًا لجميع جلسات Bash ، أضف السطر أعلاه إلى برنامج نصي لبدء التشغيل ، على سبيل المثال</p> <p>يتوقع BRAKER دليل التكوين الكامل لـ AUGUSTUS عند $ AUGUSTUS_CONFIG_PATH ، أي أنواع المجلدات الفرعية بمحتوياتها (عامة على الأقل) وخارجية! لن يعمل توفير مجلد قابل للكتابة ولكنه فارغ بسعر $ AUGUSTUS_CONFIG_PATH مع BRAKER.إذا كنت بحاجة إلى فصل ملف augustus الثنائي عن $ AUGUSTUS_CONFIG_PATH ، فنحن نوصيك بنسخ محتويات التكوين غير القابلة للكتابة بشكل متكرر إلى موقع قابل للكتابة.</p> <p>إذا كان لديك تثبيت على مستوى النظام لـ AUGUSTUS في / usr / bin / augustus ، فستجد نسخة غير قابلة للكتابة من التكوين في / usr / bin / augustus_config /. المجلد / home / yours / قابل للكتابة عليك. انسخ باستخدام الأمر التالي (وقم أيضًا بتعيين المتغيرات المطلوبة في ذلك الوقت):</p> <p>تتيح إضافة أدلة من ثنائيات AUGUSTUS والبرامج النصية إلى متغير $ PATH الخاص بك لنظامك تحديد موقع هذه الأدوات تلقائيًا. ليس من متطلبات تشغيل BRAKER القيام بذلك ، لأن BRAKER سيحاول تخمينها من موقع متغير بيئة آخر ($ AUGUSTUS_CONFIG_PATH) ، أو يمكن توفير كلا المجلدين كوسائط سطر أوامر إلى braker.pl ، لكننا نوصي بذلك قم بإضافتها إلى متغير $ PATH الخاص بك. لجلسة bash الحالية ، اكتب:</p> <p>لجميع جلسات BASH الخاصة بك ، أضف الأسطر أعلاه إلى برنامج نصي لبدء التشغيل (على سبيل المثال</p> <p>في Ubuntu ، عادةً ما يتم تثبيت Python3 افتراضيًا ، وستكون python3 في المتغير $ PATH ، افتراضيًا ، وسيقوم BRAKER بتحديد موقعه تلقائيًا. ومع ذلك ، لديك خيار تحديد موقع python3 الثنائي بطريقتين أخريين:</p> <p>تصدير متغير بيئة $ PYTHON3_PATH ، على سبيل المثال في الخاص بك</p> <p>حدد خيار سطر الأوامر --PYTHON3_PATH = / path / to / python3 / to braker.pl.</p> <p>قم بتنزيل BAMTOOLS (مثل git clone https://github.com/pezmaster31/bamtools.git). قم بتثبيت BAMTOOLS عن طريق كتابة ما يلي في غلافك:</p> <p>إذا كان بالفعل في المتغير $ PATH الخاص بك ، فسيقوم BRAKER بالعثور على bamtools تلقائيًا. خلاف ذلك ، يمكن لـ BRAKER تحديد موقع bamtools الثنائي إما باستخدام متغير البيئة $ BAMTOOLS_PATH ، أو عن طريق أخذ وسيطة سطر الأوامر (--BAMTOOLS_PATH = / your_path_to_bamtools / bin / F6). من أجل ضبط متغير البيئة على سبيل المثال لجلسة bash الحالية ، اكتب:</p> <p>أضف السطر أعلاه إلى برنامج نصي لبدء التشغيل (على سبيل المثال</p> <p>/.bashrc) لتعيين متغير البيئة لجميع جلسات bash.</p> <p>يمكنك استخدام NCBI BLAST + أو DIAMOND لإزالة جينات التدريب الزائدة عن الحاجة. أنت لا تحتاج إلى كلتا الأداتين. إذا كان DIAMOND موجودًا ، فسيتم تفضيله لأنه أسرع بكثير.</p> <p>الحصول على الماس وتفريغ عبوته على النحو التالي:</p> <p>إذا كان بالفعل في المتغير $ PATH الخاص بك ، فسيقوم BRAKER بالعثور على الماس تلقائيًا. بخلاف ذلك ، يمكن لـ BRAKER تحديد موقع ثنائي الماس إما باستخدام متغير البيئة $ DIAMOND_PATH ، أو عن طريق أخذ وسيطة سطر الأوامر (--DIAMOND_PATH = / your_path_to_diamond). من أجل ضبط متغير البيئة على سبيل المثال لجلسة bash الحالية ، اكتب:</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>أضف السطر أعلاه إلى برنامج نصي لبدء التشغيل (على سبيل المثال</p> <p>/.bashrc) لتعيين متغير البيئة لجميع جلسات bash.</p> <p>إذا قررت استخدام BLAST + ، فقم بتثبيت NCBI BLAST + باستخدام sudo apt-get install ncbi-blast +.</p> <p>إذا كان بالفعل في المتغير $ PATH الخاص بك ، فسيقوم BRAKER بالعثور على blastp تلقائيًا. خلاف ذلك ، يمكن لـ BRAKER تحديد موقع ثنائي blastp إما باستخدام متغير بيئة $ BLAST_PATH ، أو عن طريق أخذ وسيطة سطر أوامر (--BLAST_PATH = / your_path_to_blast /). من أجل ضبط متغير البيئة على سبيل المثال لجلسة bash الحالية ، اكتب:</p> <p>أضف السطر أعلاه إلى برنامج نصي لبدء التشغيل (على سبيل المثال</p> <p>/.bashrc) لتعيين متغير البيئة لجميع جلسات bash.</p> <p>ProtHint هو خط أنابيب لتوليد تلميحات لـ GeneMark-EX و AUGUSTUS من البروتينات من أي مسافة تطورية. إذا تم إعطاء تسلسل البروتين عند الإدخال ، يقوم BRAKER بتشغيل ProtHint تلقائيًا. بدلاً من ذلك ، يمكن تنفيذ ProtHint كخطوة منفصلة أثناء إعداد البيانات. يتوفر ProtHint من https://github.com/gatech-genemark/ProtHint. التنزيل على النحو التالي:</p> <p>لدى ProtHint متطلبات برامج خاصة بها. بالإضافة إلى وحدات Perl المطلوبة من قبل BRAKER ، فإنها تحتاج</p> <p>يمكنك بسهولة التحقق من تثبيت ProtHint عن طريق إجراء الاختبار في https://github.com/gatech-genemark/ProtHint/tree/master/example.</p> <p>يتطلب ProtHint وجود DIAMOND و Spaln ، وكلاهما يأتي مع تركيب ProtHint. سيتم بالفعل تلبية متطلبات ProtHint الخاصة بـ GeneMark-ES إذا قمت بتثبيت تبعيات BRAKER أعلاه. لمزيد من إرشادات التثبيت ، يرجى مراجعة https://github.com/gatech-genemark/ProtHint.</p> <p>إذا كان بالفعل في المتغير $ PATH الخاص بك ، فسوف يجد BRAKER prothint.py تلقائيًا. خلاف ذلك ، سيحاول BRAKER تحديد موقع prothint.py القابل للتنفيذ باستخدام متغير البيئة $ PROTHINT_PATH. بدلاً من ذلك ، يمكن توفير هذا كوسيطة سطر أوامر - PROTHINT_PATH = / your / path / to / ProtHint / bin.</p> <p>Samtools غير مطلوب لتشغيل BRAKER إذا تم تنسيق جميع ملفاتك بشكل صحيح (على سبيل المثال ، يجب أن تحتوي جميع التسلسلات على أسماء fasta قصيرة وفريدة من نوعها). إذا لم تكن متأكدًا من تنسيق جميع ملفاتك بشكل صحيح ، فقد يكون من المفيد تثبيت Samtools لأن BRAKER يمكنه تلقائيًا إصلاح بعض مشكلات التنسيق باستخدام Samtools.</p> <p>كشرط أساسي لـ Samtools ، قم بتنزيل وتثبيت htslib (على سبيل المثال git clone https://github.com/samtools/htslib.git ، اتبع وثائق htslib للتثبيت).</p> <p>قم بتنزيل Samtools وتثبيته (على سبيل المثال git clone git: //github.com/samtools/samtools.git) ، ثم اتبع وثائق Samtools للتثبيت).</p> <p>إذا كان بالفعل في المتغير $ PATH الخاص بك ، فسيقوم BRAKER بالعثور على samtools تلقائيًا. خلاف ذلك ، يمكن لـ BRAKER العثور على Samtools إما عن طريق أخذ وسيطة سطر الأوامر (--SAMTOOLS_PATH = / your_path_to_samtools /) ، أو باستخدام متغير بيئة $ SAMTOOLS_PATH. لتصدير المتغير على سبيل المثال لجلسة bash الحالية ، اكتب:</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>أضف السطر أعلاه إلى برنامج نصي لبدء التشغيل (على سبيل المثال</p> <p>/.bashrc) لتعيين متغير البيئة لجميع جلسات bash.</p> <p>إذا تم تثبيت Biopython ، يمكن لـ BRAKER إنشاء ملفات FASTA بتسلسلات ترميز وتسلسلات بروتينية تنبأ بها AUGUSTUS وإنشاء محاور بيانات المسار لتصور تشغيل BRAKER باستخدام MakeHub R16. هذه خطوات اختيارية. يمكن تعطيل الأول باستخدام علامة سطر الأوامر --skipGetAnnoFromFasta ، ويمكن تنشيط الثاني باستخدام خيارات سطر الأوامر --makehub --email=your@mail.de ، لا يلزم استخدام Biopython إذا لم يكن أيًا من هذه الخطوات الاختيارية يجب أن يتم تنفيذها.</p> <p>على Ubuntu ، قم بتثبيت مدير حزمة Python3 باستخدام:</p> <p>ثم قم بتثبيت Biopython باستخدام:</p> <p>مطلوب cdbfasta و cdbyank بواسطة BRAKER لتصحيح جينات AUGUSTUS مع أكواد إيقاف الإطار (أكواد الإيقاف المقسمة) باستخدام البرنامج النصي AUGUSTUS fix_in_frame_stop_codon_genes.py. يمكن تخطي هذا باستخدام --skip_fixing_broken_genes.</p> <p>على Ubuntu ، قم بتثبيت cdbfasta باستخدام:</p> <p>بالنسبة للأنظمة الأخرى ، يمكنك على سبيل المثال الحصول على cdbfasta من https://github.com/gpertea/cdbfasta ، على سبيل المثال:</p> <p>في Ubuntu ، سيكون cdbfasta و cdbyank ضمن متغير PATH $ بعد التثبيت ، وسيقوم BRAKER بتحديد موقعهما تلقائيًا. ومع ذلك ، لديك خيار تحديد الموقع الثنائي cdbfasta و cdbyank بطريقتين أخريين:</p> <p><ol> تصدير متغير بيئة $ CDBTOOLS_PATH ، على سبيل المثال في الخاص بك<p></ol> <p><strong>ملحوظة:</strong> تم إيقاف دعم GenomeThreader داخل BRAKER.</p> <p>هذه الأداة مطلوبة ، فقط ، إذا كنت ترغب في تشغيل محاذاة البروتين إلى الجينوم باستخدام BRAKER باستخدام GenomeThreader. هذا نهج مناسب فقط في حالة توفر أنواع مشروحة ذات مسافة تطورية قصيرة من الجينوم المستهدف. قم بتنزيل GenomeThreader من http://genomethreader.org/. فك وتثبيتها وفقًا لـ gth / README.</p> <p>سيحاول BRAKER تحديد موقع GenomeThreader القابل للتنفيذ باستخدام متغير البيئة $ ALIGNMENT_TOOL_PATH. بدلاً من ذلك ، يمكن توفير هذا كوسيطة سطر أوامر (--ALIGNMENT_TOOL_PATH = / your / path / to / gth).</p> <p><strong>ملحوظة:</strong> تم إيقاف دعم Spaln المستقل (خارج ProtHint) داخل BRAKER.</p> <p>هذه الأداة مطلوبة إذا قمت بتشغيل ProtHint أو إذا كنت ترغب في تشغيل محاذاة البروتين إلى الجينوم باستخدام BRAKER باستخدام Spaln خارج ProtHint. يعد استخدام Spaln خارج ProtHint أسلوبًا مناسبًا فقط في حالة توفر أنواع مشروحة ذات مسافة تطورية قصيرة إلى الجينوم المستهدف. نوصي بتشغيل Spaln من خلال ProtHint لـ BRAKER. يحضر ProtHint ثنائي Spaln. إذا لم يعمل ذلك على نظامك ، فقم بتنزيل Spaln من https://github.com/ogotoh/spaln. قم بفك العبوة وتثبيتها وفقًا لـ spaln / doc / SpalnReadMe22.pdf.</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>سيحاول BRAKER تحديد موقع Spaln القابل للتنفيذ باستخدام متغير البيئة $ ALIGNMENT_TOOL_PATH. بدلاً من ذلك ، يمكن توفير هذا كوسيطة لسطر الأوامر (--ALIGNMENT_TOOL_PATH = / your / path / to / spaln).</p> <p><strong>ملحوظة:</strong> تم إيقاف دعم Exonerate داخل BRAKER.</p> <p>هذه الأداة مطلوبة ، فقط ، إذا كنت ترغب في تشغيل محاذاة البروتين إلى الجينوم باستخدام BRAKER باستخدام Exonerate. هذا نهج مناسب فقط في حالة توفر أنواع مشروحة ذات مسافة تطورية قصيرة من الجينوم المستهدف. (نوصي باستخدام GenomeThreader instad من Exonerate لأن Exonerate أبطأ نسبيًا ولها خصوصية أقل من GenomeThreader.) قم بتنزيل Exonerate من https://github.com/nathanweeks/exonerate. فك وتركيب وفقا للتبرئة / README. (على Ubuntu ، قم بالتنزيل والتثبيت عن طريق كتابة sudo apt-get install exonerate.)</p> <p>سيحاول BRAKER تحديد موقع Exonerate القابل للتنفيذ باستخدام متغير بيئة $ ALIGNMENT_TOOL_PATH. بدلاً من ذلك ، يمكن توفير هذا كوسيطة سطر أوامر (--ALIGNMENT_TOOL_PATH = / your / path / to / exonerate).</p> <p>هذه الأداة مطلوبة فقط إذا كنت تريد إما إضافة UTR (من بيانات RNA-Seq) إلى الجينات المتوقعة أو إذا كنت ترغب في تدريب معلمات UTR لـ AUGUSTUS والتنبؤ بالجينات باستخدام UTRs. في أي حال ، يتطلب GUSHR إدخال بيانات RNA-Seq.</p> <p>يتوفر GUSHR للتنزيل على https://github.com/Gaius-Augustus/GUSHR. احصل عليه عن طريق كتابة:</p> <p>ينفذ GUSHR ملف جرة GeMoMa R19 ، R20 ، R21 ، ويتطلب ملف jar هذا Java 1.8. على Ubuntu ، يمكنك تثبيت Java 1.8 باستخدام الأمر التالي:</p> <p>إذا كان لديك العديد من إصدارات java مثبتة على نظامك ، فتأكد من تمكين 1.8 قبل تشغيل BRAKER مع java عن طريق التشغيل</p> <p>واختيار الإصدار الصحيح.</p> <p>إذا قمت بالتبديل --UTR = on ، فسيطلب bamToWig.py الأدوات التالية التي يمكن تنزيلها من http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe:</p> <p>يعد تثبيت هذه الأدوات اختياريًا في $ PATH. إذا لم تقم بذلك ، وقمت بالتبديل --UTR = on ، فسيقوم bamToWig.py تلقائيًا بتنزيلها في دليل العمل.</p> <p>إذا كنت ترغب في إنشاء مركز بيانات المسار تلقائيًا لتشغيل BRAKER ، فإن برنامج MakeHub ، المتوفر على https://github.com/Gaius-Augustus/MakeHub مطلوب. قم بتنزيل البرنامج (إما عن طريق تشغيل git clone https://github.com/Gaius-Augustus/MakeHub.git ، أو باختيار إصدار من https://github.com/Gaius-Augustus/MakeHub/releases. استخراج الإصدار الحزمة إذا قمت بتنزيل إصدار (مثل فك ضغط MakeHub.zip أو tar -zxvf MakeHub.tar.gz.</p> <p>سيحاول BRAKER تحديد موقع البرنامج النصي make_hub.py باستخدام متغير البيئة $ MAKEHUB_PATH. بدلاً من ذلك ، يمكن توفير هذا كوسيطة سطر أوامر (--MAKEHUB_PATH = / your / path / to / MakeHub /). يمكن لـ BRAKER أيضًا محاولة تخمين موقع MakeHub على نظامك.</p> <p>أوضاع خطوط أنابيب BRAKER مختلفة</p> <p>فيما يلي ، نصف استدعاءات BRAKER "النموذجية" لأنواع بيانات الإدخال المختلفة. بشكل عام ، نوصي بتشغيل BRAKER على التسلسلات الجينومية التي تم إخفاء قناعها من أجل التكرارات. إذا كان الجينوم الخاص بك مقنعًا ، فقم بتضمين علامة --softmasking في مكالمة BRAKER!</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>هذا النهج مناسب لجينومات الأنواع التي تتوفر لها مكتبات RNA-Seq مع تغطية جيدة للنسخة. خط الأنابيب موضح في الشكل 2.</p> <p>يمكن لـ BRAKER إما استخراج معلومات المحاذاة المقسمة لـ RNA-Seq من ملفات bam ، أو يمكنه استخدام هذه المعلومات المستخرجة مباشرةً.</p> <p>لتشغيل BRAKER ببيانات RNA-Seq المقدمة كملف (ملفات) bam (في حالة وجود ملفات متعددة ، افصل بينها بفاصلة) ، قم بتشغيل:</p> <p>لتشغيل BRAKER باستخدام معلومات المحاذاة المقسمة لـ RNA-Seq التي تم استخلاصها بالفعل ، قم بتشغيل:</p> <p>يجب أن يكون تنسيق ملف التلميحات على النحو التالي (ملف منفصل بجداول):</p> <p>المصدر b2h في العمود الثاني وعلامة المصدر src = E في العمود الأخير ضروريان لـ BRAKER لتحديد ما إذا كان قد تم إنشاء تلميح من بيانات RNA-Seq.</p> <p>BRAKER مع بروتينات من أي مسافة تطورية</p> <p>هذا النهج مناسب لجينومات الأنواع التي لا تتوفر لها مكتبات RNA-Seq. يجب استخدام قاعدة بيانات كبيرة من البروتينات (مع إمكانية تطورية أطول للأنواع المستهدفة) في هذه الحالة. هذا الوضع موضح في الشكل 9.</p> <p><img loading="lazy" src="//dualjuridik.org/img/biol-2022/5262/image_0RAXBlDnzh3z5v.png"></p> <p>الشكل 9: BRAKER مع بروتينات من أي مسافة تطورية. تُستخدم خطوط أنابيب تعيين البروتين ProtHint لتوليد تلميحات البروتين. يحدد ProtHint تلقائيًا المحاذاة من الأقارب ، وأيها من الأقارب البعيدين إلى حد ما.</p> <p>لتشغيل BRAKER في هذا الوضع ، اكتب:</p> <p>نوصي باستخدام OrthoDB كأساس للبروتينات. تم توثيق التعليمات الخاصة بكيفية تحضير مدخلات بروتينات OrthoDB هنا: https://github.com/gatech-genemark/ProtHint#protein-database-preparation.</p> <p>يمكنك بالطبع إضافة تسلسلات بروتينية إضافية إلى هذا الملف ، أو محاولة استخدام قاعدة بيانات مختلفة تمامًا. ستحتاج أي قاعدة بيانات إلى عدة ممثلين لكل بروتين.</p> <p>بدلاً من تشغيل BRAKER لـ ProtHint ، يمكنك أيضًا بدء تشغيل BRAKER بتلميحات تم إنتاجها بالفعل بواسطة ProtHint ، من خلال توفير إخراج prothint_augustus.gff الخاص بـ ProtHint:</p> <p>يبدو تنسيق prothint_augustus.gff في هذا الوضع كما يلي:</p> <p>سيتم فرض توقع جميع التلميحات باستخدام src = M. تعتبر التلميحات باستخدام src = C "دليلًا متسلسلًا" ، أي لن يتم دمجها إلا إذا أمكن دمج جميع أعضاء المجموعة (grp =.) في نسخة واحدة. تحتوي جميع التلميحات الأخرى على src = P في العمود الأخير. الميزات المدعومة في العمود 3 هي intron و start و stop و CDSpart.</p> <p>التدريب والتنبؤ بـ UTRs ، وتكامل معلومات التغطية</p> <p>إذا تم توفير بيانات RNA-Seq (وفقط RNA-Seq) إلى BRAKER كملف bam ، وإذا كان الجينوم مقنعًا للتكرار ، فيمكن لـ BRAKER تلقائيًا تدريب معلمات UTR لـ AUGUSTUS. بعد التدريب الناجح لمعلمات UTR ، سيتنبأ BRAKER تلقائيًا بالجينات بما في ذلك معلومات التغطية من بيانات RNA-Seq. مثال على المكالمة:</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>هذه الميزة تجريبية!</p> <p>- UTR = on حاليًا غير متوافق مع bamToWig.py كما تم إصداره في AUGUSTUS 3.3.3 ، فهو يتطلب إصدار كود التطوير الحالي من مستودع جيثب (git clone https://github.com/Gaius-Augustus/Augustus.git) .</p> <p>- UTR = تشغيل يزيد من استهلاك الذاكرة لـ AUGUSTUS. راقب المهام بعناية إذا كان جهازك قريبًا من الحد الأقصى لذاكرة الوصول العشوائي بدون - UTR = قيد التشغيل! سيؤدي تقليل عدد النوى أيضًا إلى تقليل استهلاك ذاكرة الوصول العشوائي.</p> <p>يعمل تنبؤ UTR أحيانًا على تحسين دقة التنبؤ بتسلسل التشفير ، ولكن ليس دائمًا. إذا جربت هذه الميزة ، قارن النتائج بعناية مع أو بدون معلمات UTR ، بعد ذلك (على سبيل المثال في متصفح الجينوم UCSC).</p> <p>محاذاة RNA-Seq الذين تقطعت بهم السبل</p> <p>لتشغيل BRAKER بدون معلمات UTR ، ليس من المهم جدًا ما إذا كانت بيانات RNA-Seq قد تم إنشاؤها بواسطة ملف <em>تقطعت</em> البروتوكول (لأن المحاذاة المقسمة "تقطعت بهم السبل بشكل مصطنع" عن طريق التحقق من نمط موقع لصق). ومع ذلك ، بالنسبة للتدريب والتنبؤ بـ UTR ، قد توفر المكتبات التي تقطعت بها السبل معلومات ذات قيمة لـ BRAKER.</p> <p>بعد محاذاة مكتبات RNA-Seq التي تقطعت بها السبل ، افصل إدخالات ملف bam الناتجة إلى ملفين: أحدهما لتعيينات حبلا زائد ، والآخر لتعيينات ناقص حبلا. اتصل بـ BRAKER على النحو التالي:</p> <p>يمكنك أيضًا تضمين ملفات bam من مكتبات غير محدودة. لن تُستخدم هذه الملفات في إنشاء أمثلة للتدريب على UTR ، ولكن سيتم تضمينها في خطوة التنبؤ الجيني النهائية كمعلومات تغطية غير محدودة ، على سبيل المثال استدعاء:</p> <p><strong>تحذير:</strong> هذه الميزة تجريبية ولديها حاليًا أولوية منخفضة في قائمة الصيانة لدينا!</p> <p>BRAKER مع بروتينات ذات مسافة تطورية قصيرة</p> <p>هذا خط أنابيب مهمل كان قبل النهج الوحيد المناسب إذا كانت بيانات RNA-Seq لأنواع الجينوم المستهدف غير متوفرة وإذا كان هناك أنواع مرجعية مشروحة جيدًا وذات صلة وثيقة جدًا ولا تريد استخدام هذا النهج للبروتينات من أي مسافة تطورية (حيث لم نكن في ذلك الوقت متأكدين من كيفية أدائها على البروتينات ذات المسافة التطورية القصيرة).</p> <p>لتشغيل BRAKER في هذا الوضع ، اكتب:</p> <p>من الممكن إنشاء محاذاة البروتين خارجيًا ، قبل تشغيل BRAKER نفسه. الأمر المتوافق لتشغيل GenomeThreader قبل تشغيل BRAKER هو:</p> <p>لاستخدام ملفات المحاذاة المنشأة خارجيًا ، قم بتشغيل:</p> <p>من الممكن أيضًا تشغيل BRAKER في هذا الوضع باستخدام ملف تلميحات معدة بالفعل. في هذه الحالة ، قم بتشغيل:</p> <p>يجب أن يبدو تنسيق ملف التلميحات كما يلي:</p> <p>الميزات المدعومة في العمود 3 هي intron و CDSpart و start و stop.</p> <p>BRAKER مع RNA-Seq وبيانات البروتين</p> <p>على الرغم من أن BRAKER يدعم الجمع بين بيانات RNA-Seq وبيانات البروتين داخل خط أنابيب BRAKER ، فإننا نوصي بشدة بتشغيل BRAKER مرتين (1x مع RNA-Seq فقط ، 1x مع بيانات البروتين فقط) ثم دمج نتائج كلا التشغيلين مع TSEBRA ، محدد النص لـ BRAKER (https://github.com/Gaius-Augustus/TSEBRA). يمكنك العثور على مزيد من المعلومات حول TSEBRA على https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.06.07.447316v1</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>في ما يلي ، نصف أنه من الممكن دمج كلا مصدري البيانات مع BRAKER ، وحده ، من أجل الاكتمال.</p> <p>الوضع الأصلي لتشغيل BRAKER مع RNA-Seq وبيانات البروتين هو --etpmode. سيؤدي هذا إلى استدعاء GeneMark-ETP (والذي يتوفر حاليًا فقط كإصدار سابق لأوانه باستخدام الحالة الحالية GeneMark-ES / ET / EP / EP + ، ومن المتوقع حدوث تحسينات قريبًا) ، والتي ستستخدم RNA-Seq وتلميحات البروتين للتدريب GeneMark-ETP. يتم فرض التلميحات التي تدعمها كل من المصادر والبروتينات ذات الجودة العالية بشكل خاص في التنبؤ الجيني باستخدام GeneMark-ETP. بعد ذلك ، يتم تدريب AUGUSTUS على تنبؤات GeneMark-ETP ويتم توقع الجينات ذات التلميحات بواسطة AUGUSTUS. لاستدعاء خط الأنابيب في هذا الوضع ، قم بتشغيل:</p> <p>يمكنك أو بالطبع استبدال ملف تلميحات rnaseq.gff بملف BAM ، على سبيل المثال --bam = ranseq.bam.</p> <p>بالإضافة إلى ذلك ، يمكن تنفيذ خطوط الأنابيب التالية بواسطة BRAKER (خطوط الأنابيب المهملة):</p> <p>إضافة بيانات البروتين ذات المسافة التطورية القصيرة إلى خطوة التنبؤ الجيني</p> <p>تمديد مجموعة الجينات التدريبية ببروتينات ذات مسافة تطورية قصيرة</p> <p>إضافة بيانات البروتين ذات المسافة التطورية القصيرة إلى خطوة التنبؤ الجيني</p> <p>خط الأنابيب هذا موضح في الشكل 7.</p> <p>بشكل عام ، أضف الخيارات</p> <p>إلى مكالمة BRAKER الموصوفة في قسم BRAKER ببيانات RNA-Seq. حدد أداة محاذاة بروتين واحدة من GenomeThreader (gth ، موصى به) ، Spaln (spaln) أو Exonerate (exonerate).بالطبع ، يمكنك أيضًا تحديد معلومات البروتين كملفات محاذاة البروتين أو ملفات تلميحات كما هو موضح في قسم BRAKER ببروتينات ذات مسافة تطورية قصيرة). قد ينتج عن ذلك مكالمة مشابهة لـ:</p> <p>تمديد مجموعة الجينات التدريبية ببروتينات ذات مسافة تطورية قصيرة</p> <p>إذا كان عدد الهياكل الجينية التدريبية التي تم تحديدها بواسطة بيانات RNA-Seq ، فقط ، يبدو صغيرًا جدًا ، يمكنك إضافة هياكل جينية تدريبية تم إنشاؤها بواسطة محاذاة البروتين مع GenomeThreader إلى مجموعة جينات التدريب. خط الأنابيب هذا موضح في الشكل 8.</p> <p>بشكل عام ، أضف الخيارات</p> <p>إلى مكالمة BRAKER الموصوفة في قسم BRAKER ببيانات RNA-Seq. قد ينتج عن ذلك مكالمة مشابهة لـ:</p> <p>وصف خيارات سطر أوامر BRAKER المحددة</p> <p>يرجى تشغيل braker.pl --help للحصول على قائمة كاملة بالخيارات.</p> <p>قم بتشغيل BRAKER في وضع EP ، أي ببروتينات من أي مسافة تطورية كما تمت معالجتها بواسطة ProtHint داخل BRAKER. يتم تشغيل هذا الوضع افتراضيًا عند اكتشاف إدخال البروتين فقط. يجب أن تقدم مع --prot_seq = orthodb.fa أو تلميحات البروتين - تلميحات = prothint_augustus.gff.</p> <p>قم بتشغيل BRAKER في وضع ETP ، أي باستخدام بروتينات من أي مسافة تطورية تتم معالجتها بواسطة ProtHint ، وباستخدام بيانات RNA-Seq. يجب تزويده بـ prot_seq = orthodb.fa و --bam = rnaseq.bam. بدلاً من ذلك ، يمكن توفير تلميحات RNA-Seq والبروتينات كتلميحات معالجة باستخدام - تلميحات opiton. يرجى التفكير في استخدام TSEBRA (https://github.com/Gaius-Augustus/TSEBRA) بدلاً من BRAKER في وضع ETP.</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>حساب AUGUSTUS <em>البداية</em> تنبؤات بالإضافة إلى تنبؤات AUGUSTUS مع تلميحات (ملفات إخراج إضافية: augustus.ab_initio. *. قد يكون هذا مفيدًا لتقدير جودة معلمات الجينات التدريبية عند فحص التنبؤات في المستعرض.</p> <p>واحد أو أكثر من وسيطات سطر الأوامر لتمريرها إلى AUGUSTUS ، إذا تم تقديم عدة وسيطات ، فافصل بينها بمسافة بيضاء ، أي "--first_arg = sth --second_arg = sth". قد يكون هذا مفيدًا إذا كنت تعلم أن التنبؤ الجيني في الأنواع الخاصة بك يستفيد من حجة AUGUSTUS معينة أثناء خطوة التنبؤ.</p> <p>يحدد الحد الأقصى لعدد النوى التي يمكن استخدامها أثناء الحساب. يجب على BRAKER تشغيل بعض الخطوات على نواة واحدة ، بينما يمكن للبعض الآخر الاستفادة من نوى متعددة. إذا كنت تستخدم أكثر من 8 نوى ، فلن يؤدي ذلك إلى تسريع جميع الخطوات المتوازية ، على وجه الخصوص ، فإن الوقت المستغرق لـ optimize_augustus.pl لن يستخدم أكثر من 8 مراكز. ومع ذلك ، إذا كنت لا تمانع في أن تكون بعض النوى خاملة ، فإن استخدام أكثر من 8 نوى سيؤدي إلى تسريع الخطوات الأخرى.</p> <p>خيار GeneMark-EX: تشغيل الخوارزمية بنموذج نقطة الفرع. استخدم هذا الخيار إذا كان الجينوم هو أحد الفطريات.</p> <p>خيار Softmasking لملفات الجينوم المقنعة اللينة. (معطل افتراضيًا.)</p> <p>استخدم ملفات التكوين والمعلمات الحالية إذا كانت موجودة لـ "الأنواع" ستحل محل المعلمات الأصلية إذا قام BRAKER بإجراء تدريب AUGUSTUS.</p> <p>تنفيذ تدريب CRF لـ AUGUSTUS يتم الاحتفاظ بالمعلمات الناتجة فقط للتنبؤات النهائية إذا كانت تظهر دقة أعلى من معلمات HMM. هذا يزيد من وقت التشغيل!</p> <p>غيّر المعلمة $ lambda $ لتوزيع Poisson المستخدم لاختزال جينات التدريب وفقًا لعدد الإنترونات الخاصة بهم (فقط الجينات التي تحتوي على ما يصل إلى 5 إنترونات يتم تصغير حجمها). القيمة الافتراضية هي $ lambda = 2 دولار. قد ترغب في ضبطه على 0 للكائنات الحية التي تحتوي بشكل أساسي على جينات أحادية exon. (بشكل عام ، تساهم جينات exon المفردة بقيمة أقل في زيادة معلمات AUGUSTUS مقارنة بالجينات التي تحتوي على العديد من exons.)</p> <p>قم بإنشاء أمثلة تدريب UTR لـ AUGUSTUS من معلومات تغطية RNA-Seq ، وقم بتدريب معلمات AUGUSTUS UTR وتوقع الجينات باستخدام AUGUSTUS و UTRs ، بما في ذلك معلومات التغطية لـ RNA-Seq كدليل. تعمل هذه العلامة فقط في حالة تمكين --softmasking أيضًا. <em>هذه ميزة تجريبية!</em></p> <p>إذا أجريت تشغيل BRAKER بدون --UTR = on ، فيمكنك إضافة تدريب معلمة UTR والتنبؤ بالجينات باستخدام معلمات UTR (وتلميحات RNA-Seq فقط) باستخدام الأمر التالي:</p> <p>قم بتعديل augustus.hints.gtf للإشارة إلى تنبؤات AUGUSTUS مع تلميحات من تشغيل BRAKER السابق ، قم بتعديل قيمة flaning_DNA إلى المنطقة المحيطة من ملف سجل تشغيل BRAKER السابق ، قم بتعديل بعض_new_working_directory إلى الموقع حيث يجب على BRAKER تخزين نتائج تعديل تشغيل BRAKER الإضافي بعض الأنواع لاسم الأنواع المستخدمة في تشغيل BRAKER السابق.</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>أضف UTRs من معلومات RNA-Seq المتقاربة إلى تنبؤات AUGUSTUS الجينية باستخدام GUSHR. لم يتم إجراء أي تدريب على معلمات UTR ولم يتم إجراء التنبؤ الجيني باستخدام معلمات UTR.</p> <p>إذا أجريت تشغيل BRAKER بدون --addUTR = on ، فيمكنك إضافة نتائج UTRs لتشغيل BRAKER سابق باستخدام الأمر التالي:</p> <p>قم بتعديل augustus.hints.gtf للإشارة إلى تنبؤات AUGUSTUS مع تلميحات من تشغيل BRAKER السابق ، قم بتعديل دليل some_new_working_directory إلى الموقع الذي يجب أن يقوم فيه BRAKER بتخزين نتائج BRAKER الإضافية لن يؤدي هذا التشغيل إلى تعديل معلمات AUGUSTUS. نوصي بتحديد الأنواع الأصلية للتشغيل الأصلي باستخدام --species = somespecies. خلاف ذلك ، سيقوم BRAKER بإنشاء دليل معلمات الأنواع غير الضرورية Sp_ *.</p> <p>إذا تم تمكين --UTR = on ، فيمكن توفير ملفات bam المفصولة عن حبلا مع --bam = plus.bam، minus.bam. في هذه الحالة ، - stranded =. يجب أن تمسك خيوط ملفات bam (+ لـ plus strand ، - لـ minus strand ،. for unstranded). لاحظ أنه سيتم استخدام البيانات غير المقيدة في خطوة التنبؤ الجيني ، فقط إذا كانت المعلمة --stranded =. تم تعيينه. <em>هذه ميزة تجريبية! لا تستفيد GUSHR حاليًا من البيانات العالقة.</em></p> <p>إذا تم توفير --makehub و --email=your@mail.de (مع عنوان بريدك الإلكتروني الصالح) ، فسيتم إنشاء مركز بيانات المسار لتصور النتائج باستخدام مستعرض UCSC Genome باستخدام MakeHub (https: // github. com / Gaius-Augustus / MakeHub).</p> <p>بشكل افتراضي ، يستخدم GeneMark-EX احتمال 0.001 للتنبؤ بنمط موقع لصق المانحين GC (بدلاً من GT). قد يكون من المنطقي زيادة هذه القيمة للأنواع حيث يكون موقع لصق المانحين هذا أكثر شيوعًا. على سبيل المثال ، في الأنواع <em>إميليانيا هكسليي</em>، حوالي 50٪ من مواقع لصق المانحين لها نمط GC (https://media.nature.com/original/nature-assets/nature/journal/v499/n7457/extref/nature12221-s2.pdf ، الصفحة 5).</p> <p>يُنتج BRAKER العديد من ملفات الإخراج المهمة في دليل العمل.</p> <p>augustus.hints.gtf: الجينات التي تنبأ بها AUGUSTUS مع تلميحات من أدلة خارجية معينة. سيكون هذا الملف مفقودًا إذا تم تشغيل BRAKER باستخدام الخيار --esmode.</p> <p>augustus.hints_utr.gtf: قد يحتوي هذا الملف على محتويات مختلفة اعتمادًا على كيفية استدعاء BRAKER:</p> <p>إذا قمت بتشغيل BRAKER مع --UTR = on ، فسيحتوي هذا الملف على الجينات التي تنبأ بها AUGUSTUS مع معلمات UTR ومعلومات التغطية من بيانات RNA-Seq بتنسيق GTF.</p> <p>إذا قمت بتشغيل BRAKER مع --addUTR = on ، فسيحتوي هذا الملف على الجينات التي تنبأ بها AUGUSTUS بدون معلمات UTR وبدون معلومات التغطية من بيانات RNA-Seq. بدلاً من ذلك ، سيتم توسيع تنبؤات AUGUSTUS الجينية مع التلميحات بواسطة UTRs فقط إذا سمحت تغطية RNA-Seq بذلك (على سبيل المثال ، لم يتم إجراء تدريب أو تشغيل AUGUSTUS منفصل ، تتم إضافة UTRs فقط من تشغيل GUSHR). الجينات الموجودة في تنسيق GTF.</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>سيكون هذا الملف موجودًا فقط إذا تم تنفيذ BRAKER بالخيارات - UTR = on أو --addUTR = on وملف RNA-Seq BAM.</p> <p>augustus.ab_initio.gtf: الجينات التي تنبأ بها AUGUSTUS بتنسيق <em>البداية</em> الوضع بتنسيق GTF. سيكون الملف موجودًا دائمًا إذا تم تشغيل AUGUSTUS مع الخيار --esmode. خلاف ذلك ، سيكون موجودًا فقط إذا تم تشغيل BRAKER مع الخيار --AUGUSTUS_ab_initio.</p> <p>augustus.ab_initio_utr.gtf: قد يحتوي هذا الملف على تنبؤات جينية باستخدام UTRs إذا قمت بتشغيل BRAKER مع --UTR = on.</p> <p>سيكون هذا الملف موجودًا فقط إذا تم تنفيذ BRAKER بالخيارات - UTR = on أو --addUTR = on وملف RNA-Seq BAM ، ومع الخيار --AUGUSTUS_ab_initio.</p> <p>GeneMark-E * / genemark.gtf: الجينات التي تنبأ بها GeneMark-ES / ET / EP / EP + بتنسيق GTF. سيكون هذا الملف مفقودًا إذا تم تنفيذ BRAKER ببروتينات متجانسة قريبة والخيار --trainFromGth.</p> <p>braker.gtf: اتحاد augustus.hints.gtf وتنبؤات GeneMark-EX الموثوقة (الجينات المدعومة بالكامل بالأدلة الخارجية). في --esmode ، هذا هو اتحاد augustus.ab_initio.gtf وجميع جينات GeneMark-ES. وبالتالي ، فإن هذه المجموعة أكثر حساسية بشكل عام (يتم توقع المزيد من الجينات بشكل صحيح) ويمكن أن تكون أقل تحديدًا (يمكن أن تكون هناك تنبؤات إيجابية خاطئة أكثر).</p> <p>hintsfile.gff: بيانات الأدلة الخارجية المستخرجة من RNAseq.bam و / أو بيانات البروتين.</p> <p>قد تكون ملفات إخراج AUGUSTUS موجودة بنهايات الأسماء والتنسيقات التالية:</p> <p>يتم إنتاج تنسيق GTF دائمًا.</p> <p>يتم إنتاج تنسيق GFF3 إذا تم تحديد العلامة gff3 لـ BRAKER.</p> <p>يتم إنتاج تسلسلات الترميز بتنسيق FASTA إذا لم يتم تعيين العلم --skipGetAnnoFromFasta.</p> <p>يتم إنتاج ملفات تسلسل البروتين بتنسيق FASTA إذا لم يتم تعيين العلم --skipGetAnnoFromFasta.</p> <p>للحصول على تفاصيل حول تنسيق gtf ، راجع http://www.sanger.ac.uk/Software/formats/GFF/. يحتوي ملف تنسيق GTF على سطر واحد لكل exon متوقع. مثال:</p> <p>تحتوي الأعمدة (الحقول) على:</p> <p>إذا تم استخدام الخيار --makehub وكان MakeHub متاحًا على نظامك ، فسيتم إنشاء دليل محور يبدأ بالاسم hub_. انسخ هذا الدليل إلى خادم ويب يمكن الوصول إليه بشكل عام. يوجد ملف hub.txt في الدليل. قم بتوفير رابط هذا الملف إلى مستعرض الجينوم UCSC لتصور النتائج.</p> <p>تم تضمين مجموعة بيانات غير كاملة في الدليل BRAKER / مثال. لإكمال مجموعة البيانات ، يرجى تنزيل ملف محاذاة RNA-Seq (134 ميجابايت) باستخدام wget:</p> <p>في حال واجهتك مشكلة في الوصول إلى هذا الملف ، فهناك أيضًا نسخة متاحة من خادم آخر:</p> <p>لم يتم تجميع مجموعة البيانات النموذجية من أجل تحقيق دقة التنبؤ المثلى ، ولكن من أجل اختبار مكونات خطوط الأنابيب بسرعة. المجموعة الفرعية الصغيرة من الجينوم المستخدم في أمثلة الاختبار هذه ليست طويلة بما يكفي لتدريب BRAKER للعمل بشكل جيد.</p> <p>تتوافق البيانات مع آخر 1،000،000 نيوكليوتيدات من <em>نبات الأرابيدوبسيس thaliana</em>كروموسوم Chr5 ، مقسم إلى 8 كونتيجات صناعية.</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>تم الحصول على محاذاة RNA-Seq بواسطة VARUS.</p> <p>تسلسل البروتين هو مجموعة فرعية من بروتينات نبات OrthoDB v10.</p> <ul> <li>genome.fa - ملف الجينوم بتنسيق Fasta</li> <li>RNAseq.bam - ملف محاذاة RNA-Seq بتنسيق bam (هذا الملف ليس جزءًا من هذا المستودع ، يجب تنزيله بشكل منفصل عن http://topaz.gatech.edu/GeneMark/Braker/RNAseq.bam)</li> <li>تلميحات RNAseq - تلميحات RNA-Seq (يمكن استخدامها بدلاً من RNAseq.bam كمدخل RNA-Seq إلى BRAKER)</li> <li>protein.fa - تسلسل البروتين في شكل فاستا</li></ul> <p>تفترض الأوامر الموضحة أدناه أنك قمت بتكوين جميع المسارات إلى الأدوات عن طريق تصدير متغيرات bash أو أن لديك الأدوات اللازمة في $ PATH.</p> <p>تحتوي مجموعة البيانات النموذجية أيضًا على اختبارات البرامج النصية / test * .sh التي ستنفذ الأوامر المدرجة أدناه لاختبار BRAKER مع مثال مجموعة البيانات. يمكنك العثور على أمثلة لنتائج AUGUSTUS و GeneMark-EX في نتائج المجلد / الاختبار *. اعلم أن BRAKER يحتوي على عدة أجزاء حيث يتم استخدام متغيرات عشوائية ، أي أن النتائج التي تحصل عليها عند إجراء الاختبارات قد لا تكون متطابقة تمامًا. لمقارنة نتائج اختبارك بالنتائج المرجعية ، يمكنك استخدام البرنامج النصي قارن_intervals_exact.pl على النحو التالي:</p> <p>تستخدم العديد من الاختبارات الخيار --gm_max_intergenic 10000 لجعل الاختبار يعمل بشكل أسرع. لا يوصى باستخدام هذا الخيار في عمليات تشغيل BRAKER الحقيقية ، فزيادة السرعة التي يتم تحقيقها عن طريق ضبط هذا الخيار لا تكاد تذكر في الجينومات كاملة الحجم.</p> <p>نعطي تقديرات وقت التشغيل المستمدة من الحوسبة على <em>Intel (R) Xeon (R) CPU E5530 @ 2.40 جيجاهرتز</em>.</p> <p>اختبار BRAKER ببيانات RNA-Seq</p> <p>سيقوم الأمر التالي بتشغيل خط الأنابيب وفقًا للشكل 3:</p> <p>تم تنفيذ هذا الاختبار في test1.sh ، ووقت التشغيل المتوقع هو</p> <p>اختبار BRAKER ببروتينات من أي مسافة تطورية</p> <p>سيقوم الأمر التالي بتشغيل خط الأنابيب وفقًا للشكل 4:</p> <p>تم تنفيذ هذا الاختبار في test2.sh ، وقت التشغيل المتوقع هو</p> <p>اختبار BRAKER ببروتينات من أي مسافة تطورية و RNA-Seq</p> <p>يرجى التفكير في استخدام TSEBRA بدلاً من تشغيل BRAKER مع كل من RNA-Seq وبيانات البروتين: https://github.com/Gaius-Augustus/TSEBRA</p> <p>سيقوم الأمر التالي بتشغيل خط أنابيب يقوم أولاً بتدريب GeneMark-ETP مع تلميحات البروتين و RNA-Seq ثم يقوم بعد ذلك بتدريب AUGUSTUS على أساس تنبؤات GeneMark-ETP. يتم إجراء تنبؤات AUGUSTUS أيضًا مع تلميحات من كلا المصدرين ، انظر الشكل 5:</p> <p>تم تنفيذ هذا الاختبار في test3.sh ، ووقت التشغيل المتوقع هو</p> <p>يمكنك إضافة UTRs من بيانات RNA-Seq (بدون تدريب AUGUSTUS) إلى نتائج تشغيل BRAKER في وضع ETP بالطريقة التالية:</p> <p>يتم تنفيذ هذا في test3_add_utrs.sh ، وقت التشغيل المتوقع هو</p> <p>اختبار BRAKER ببروتينات متجانسة قريبة</p> <p>سيقوم الأمر التالي بتشغيل خط الأنابيب وفقًا للشكل 6:</p> <p>تم تنفيذ هذا الاختبار في test4.sh ، وقت التشغيل المتوقع هو</p> <p>7 دقائق. يرجع سبب وقت التشغيل السريع لهذا الاختبار في الغالب إلى توليد عدد منخفض من جينات التدريب. لاحظ أن هذا النهج لا يتناسب بشكل جيد مع زيادة حجم الجينوم وعدد البروتينات في قاعدة بيانات البروتين. سيكون وقت التشغيل على الجينوم الكامل أبطأ بكثير من الأمر المستخدم في test2.sh.</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>اختبار BRAKER ببروتينات التماثل القريب وبيانات RNA-Seq (التدريب المدعوم من RNA-Seq)</p> <p>يرجى التفكير في استخدام TSBERA بدلاً من تشغيل BRAKER مع البروتينات وبيانات RNA-Seq في نفس الوقت: https://github.com/Gaius-Augustus/TSEBRA</p> <p>سيقوم الأمر التالي بتشغيل خط الأنابيب وفقًا للشكل 7:</p> <p>تم تنفيذ هذا الاختبار في test5.sh ، ووقت التشغيل المتوقع هو</p> <p>اختبار BRAKER ببروتينات التماثل القريب وبيانات RNA-Seq (RNA-Seq والتدريب المدعوم بالبروتين)</p> <p>يرجى التفكير في استخدام TSBERA بدلاً من تشغيل BRAKER مع البروتينات وبيانات RNA-Seq في نفس الوقت: https://github.com/Gaius-Augustus/TSEBRA</p> <p>سيقوم الأمر التالي بتشغيل خط الأنابيب وفقًا للشكل 8:</p> <p>تم تنفيذ هذا الاختبار في test6.sh ، ووقت التشغيل المتوقع هو</p> <p>اختبار BRAKER مع معلمات مدربة مسبقًا</p> <p>يمكن تخطي خطوة التدريب لجميع خطوط الأنابيب باستخدام الخيار --skipAllTraining. هذا يعني أنه سيتم تنفيذ تنبؤات AUGUSTUS فقط ، باستخدام معلمات مدربة مسبقًا وموجودة بالفعل. على سبيل المثال ، يمكنك التنبؤ بالجينات باستخدام الأمر:</p> <p>تم تنفيذ هذا الاختبار في test7.sh ، وقت التشغيل المتوقع هو</p> <p>اختبار BRAKER مع تسلسل الجينوم</p> <p>سيقوم الأمر التالي بتشغيل خط الأنابيب بدون دليل خارجي:</p> <p>تم تنفيذ هذا الاختبار في test8.sh ، وقت التشغيل المتوقع هو</p> <p>اختبار BRAKER ببيانات RNA-Seq و- UTR = on</p> <p>سيقوم الأمر التالي بتشغيل BRAKER مع تدريب معلمات UTR من بيانات تغطية RNA-Seq:</p> <p>تم تنفيذ هذا الاختبار في test9.sh ، وقت التشغيل المتوقع هو</p> <p>اختبار BRAKER ببيانات RNA-Seq و --addUTR = on</p> <p>سيضيف الأمر التالي UTRs إلى augustus.hints.gtf من بيانات تغطية RNA-Seq:</p> <p>تم تنفيذ هذا الاختبار في test10.sh ، ووقت التشغيل المتوقع</p> <p>بدء تشغيل BRAKER على أساس تشغيل BRAKER الموجود سابقًا</p> <p>لا توجد حاليًا طريقة نظيفة لإعادة تشغيل تشغيل BRAKER الفاشل (بعد حل بعض المشكلات). ومع ذلك ، من الممكن بدء تشغيل BRAKER جديد بناءً على نتائج تشغيل سابق - بالنظر إلى أن التشغيل القديم أنتج النتائج الوسيطة المطلوبة. سنشير فيما يلي إلى دليل العمل القديم ذي المتغير $ <braker_old>، وإلى دليل عمل BRAKER الجديد باستخدام $ <braker_new>. سيشير الملف what-to-cite.txt دائمًا فقط إلى البرنامج الذي تم استدعاؤه بالفعل بواسطة تشغيل معين. قد تضطر إلى دمج محتويات $<braker_new>/what-to-cite.txt باستخدام $<braker_old>/what-to-cite.txt لإعداد منشور. يوضح الشكل التالي النقاط التي قد يتم فيها اعتراض تشغيل BRAKER.<p> <p><img loading="lazy" src="//dualjuridik.org/img/biol-2022/5262/image_aTmkirq078Noqn62j.png"></p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>الشكل 10: نقاط لاعتراض تشغيل BRAKER وإعادة استخدام النتائج الوسيطة في تشغيل BRAKER جديد.</p> <p>الخيار 1: بدء تشغيل BRAKER بملف (ملفات) تلميحات موجودة قبل التدريب</p> <p>إذا كان لديك حق الوصول إلى إخراج BRAKER موجود يحتوي على ملفات تلميحات تم إنشاؤها من بيانات خارجية ، مثل RNA-Seq أو تسلسل البروتين ، فيمكنك إعادة تدوير ملفات التلميحات هذه في تشغيل BRAKER جديد. أيضًا ، يمكن استخدام تلميحات من تشغيل ProtHint منفصل مباشرةً في BRAKER.</p> <p>يمكن إعطاء التلميحات لـ BRAKER بـ --hints $<braker_old>/hintsfile.gff الخيار. هذا موضح في ملفات الاختبار test1_restart1.sh و test2_restart1.sh و test3_restart1.sh و test5_restart1.sh و test7_restart1.sh. لا يمكن إعادة تشغيل الأوضاع الأخرى (التي كان هذا الاختبار مفقودًا لها) بهذه الطريقة.<p> <p>الخيار 2: بدء تشغيل BRAKER بعد انتهاء GeneMark-EX ، قبل تدريب AUGUSTUS</p> <p>يمكن إعطاء نتيجة GeneMark إلى BRAKER باستخدام --geneMarkGtf $<braker_old>/GeneMark-EX/genemark.gtf الخيار. هذا موضح في ملفات الاختبار test1_restart2.sh و test2_restart2.sh و test3_restart2.sh و test5_restart2.sh و test8_restart2.sh. لا يمكن إعادة تشغيل الأوضاع الأخرى (التي كان هذا الاختبار مفقودًا لها) بهذه الطريقة.<p> <p>الخيار 3: بدء تشغيل BRAKER بعد تدريب AUGUSTUS</p> <p>يمكن تمرير معلمات الأنواع المدربة لـ AGUSTUS بخيارات --skipAllTraining و --النوع $ typeName. تم توضيح ذلك في ملفات الاختبار * _restart3.sh.</p> <p>قبل الإبلاغ عن الأخطاء ، يرجى التحقق من أنك تستخدم أحدث إصدارات GeneMark-EX و AUGUSTUS و BRAKER. تحقق أيضًا من قائمة المشكلات الشائعة وقائمة المشكلات على GitHub قبل الإبلاغ عن الأخطاء. نحن نراقب المشكلات المفتوحة على GitHub. في بعض الأحيان ، يتعذر علينا مساعدتك على الفور ، لكننا نحاول جاهدين حل مشاكلك.</p> <p>معلومات جديرة بالذكر في تقرير الخطأ الخاص بك:</p> <p>تحقق من braker / yourSpecies / braker.log في أي خطوة تحطمت braker.pl.</p> <p>هناك عدد من الملفات الأخرى التي قد تكون ذات أهمية ، اعتمادًا على مكان حدوث المشكلة في خط الأنابيب. لن تكون بعض الملفات التالية موجودة إذا لم تحتوي على أي أخطاء.</p> <p>braker / yourSpecies / errors / bam2hints. *. stderr - سيعطي تفاصيل عن تعطل bam2hints (خطوة لتحويل ملف bam إلى ملف intron gff)</p> <p>braker / yourSpecies / hintsfile.gff - هل هذا الملف فارغ؟ إذا كانت الإجابة بنعم ، حدث خطأ ما أثناء إنشاء التلميحات - هل يحتوي هذا الملف على تلميحات من المصدر "b2h" ومن النوع "intron"؟ إذا لم يكن الأمر كذلك: فلن يتمكن GeneMark-ET من التنفيذ بشكل صحيح. على العكس من ذلك ، لن يتمكن GeneMark-EP + من التنفيذ بشكل صحيح إذا كانت التلميحات من المصدر "ProtHint" مفقودة.</p> <p>braker / yourSpecies / (align_gthalign_exoneratealign_spaln) / * err - أخطاء تم الإبلاغ عنها بواسطة أدوات المحاذاة gth / exonerate / spaln</p> <p>braker / yourSpecies / errors / GeneMark-<et,ep>.stderr - الأخطاء التي أبلغ عنها GeneMark-ET / EP +<p> <p>الفرامل / الخاص بك / GeneMark-<et,ep>/genemark.gtf - هل هذا الملف فارغ؟ إذا كانت الإجابة بنعم ، فقد حدث خطأ ما أثناء تنفيذ GeneMark-ET / EP +<p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>الفرامل / الخاص بك / GeneMark-<et,ep>/genemark.f.good.gtf - هل هذا الملف فارغ؟ إذا كانت الإجابة بنعم ، فقد حدث خطأ ما أثناء تصفية جينات GeneMark-ET / EP + لتدريب AUGUSTUS<p> <p>braker / yourSpecies / genbank.good.gb - جرب "grep -c LOCUS genbank.good.gb" لتحديد عدد جينات التدريب لتدريب AUGUSTUS ، يجب ألا يكون منخفضًا</p> <p>braker / yourSpecies / errors / firstetraining.stderr - يحتوي على أخطاء من التكرار الأول لتدريب AUGUSTUS</p> <p>braker / yourSpecies / errors / secondetraining.stderr - يحتوي على أخطاء من التكرار الثاني لتدريب AUGUSTUS</p> <p>braker / yourSpecies / errors / optimize_augustus.stderr - يحتوي على أخطاء optimize_augustus.pl (مجموعة تدريب إضافية لـ AUGUSTUS)</p> <p>braker / yourSpecies / errors / augustus * .stderr - تحتوي على أخطاء تنفيذ AUGUSTUS</p> <p>braker / yourSpecies / startAlign.stderr - إذا قدمت ملف بروتين Fasta وخيار --prg ولم يكن هذا الملف فارغًا ، حدث خطأ ما أثناء محاذاة البروتين</p> <p>braker / yourSpecies / startAlign.stdout - قد يعطي أدلة على النقطة التي حدث فيها خطأ في محاذاة البروتين</p> <p><em>يشكو BRAKER من أن ملف RNA-Seq لا يتوافق مع ملف الجينوم المقدم ، لكنني متأكد من أن الملفات تتوافق مع بعضها البعض!</em></p> <p>يرجى التحقق من رؤوس ملف الجينوم FASTA. إذا كانت الرؤوس طويلة وتحتوي على مسافات بيضاء ، فستقوم بعض أدوات محاذاة RNA-Seq باقتطاع أسماء التسلسلات في ملف BAM. هذا يؤدي إلى خطأ في BRAKER. الحل: تقصير / تبسيط رؤوس FASTA في ملف الجينوم قبل تشغيل محاذاة RNA-Seq و BRAKER.</p> <p><em>هناك روابط مكررة في ملف train.gb (بعد استخدام GenomeThreader)!</em></p> <p>تنشأ هذه المشكلة في حالة استخدام إصدارات قديمة من AUGUSTUS و BRAKER. الحل: يرجى تحديث AUGUSTUS و BRAKER من جيثب (https://github.com/Gaius-Augustus/Augustus ، https://github.com/Gaius-Augustus/BRAKER).</p> <p>(أ) يتطلب GeneMark ملف مفتاح مخفي صالح في الدليل الرئيسي الخاص بك (</p> <p>/.gm_key). تنتهي صلاحية الملف بعد 200 يوم. يرجى التحقق مما إذا كان لديك ملف مفتاح صالح قبل الإبلاغ عن مشكلة بهذا الشأن. أيضًا ، قد يصدر BRAKER تحذيرًا من احتمال فشل GeneMark بسبب الأدلة الخارجية المحدودة. إذا رأيت هذا التحذير ، فالرجاء عدم فتح مشكلة ولكن جرب نهجًا مختلفًا لتوضيح الجينوم الخاص بك. على سبيل المثال ، يمكنك إضافة المزيد من بيانات الأدلة ، يمكنك تجربة نهج خط أنابيب تعيين البروتين ، يمكنك محاولة تشغيل --esmode بدون دليل خارجي ،.</p> <p>(ب) لا يستخدم GeneMark افتراضيًا سوى contigs أطول من 50 ألفًا للتدريب. إذا كان لديك تجميع مجزأ للغاية ، فقد يؤدي ذلك إلى "عدم وجود بيانات" للتدريب. يمكنك تجاوز الحد الأدنى للطول الافتراضي عن طريق ضبط وسيطة BRAKER --min_contig = 10000.</p> <p>(ج) راجع "فشل تنفيذ [شيء ما]" أدناه.</p> <p><em>[شيء ما] فشل في تنفيذه!</em></p> <p>عند توفير مسارات لبرنامج BRAKER ، يرجى استخدام مسارات مطلقة غير مختصرة. على سبيل المثال ، قد يواجه BRAKER مشاكل مع --SAMTOOLS_PATH =. / samtools / أو --SAMTOOLS_PATH =</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>/ samtools /. الرجاء استخدام SAMTOOLS_PATH = / full / Absolute / path / to / samtools / ، بدلاً من ذلك. ينطبق هذا على جميع مواصفات المسار كخيارات سطر أوامر لـ braker.pl. لن تتسبب المسارات النسبية والمسارات المطلقة في حدوث مشكلات إذا قمت بتصدير متغير bash ، بدلاً من ذلك ، أو إذا قمت بإلحاق موقع الأدوات بمتغير $ PATH.</p> <p><em>لا يمكن لـ BRAKER العثور على برنامج Augustus النصي XYZ.</em></p> <p>قم بتحديث Augustus من github باستخدام git clone https://github.com/Gaius-Augustus/Augustus.git. لا تستخدم أغسطس من مصادر أخرى. تعتمد BRAKER بشكل كبير على أغسطس الحديث. إصدارات Augustus نادرًا ما تحدث ، تحديثات مجلد البرامج النصية لـ Augustus تحدث بشكل متكرر إلى حد ما.</p> <p><em>هل تعتمد براكر على Python3؟</em></p> <p>نعم هو كذلك. نصوص Python المستخدمة بواسطة BRAKER غير متوافقة مع Python2.</p> <p><em>لماذا يتنبأ براكر بجينات أكثر مما توقعت؟</em></p> <p>إذا لم يتم إخفاء العناصر القابلة للنقل (أو ما شابه ذلك) بشكل مناسب ، يميل AUGUSTUS إلى التنبؤ بهذه العناصر كجينات ترميز البروتين. هذا يمكن أن يؤدي إلى عدد كبير من الجينات. يمكنك التحقق مما إذا كان هذا هو الحال بالنسبة لمشروعك عن طريق BLASTing (أو DIAMONDing) تسلسلات البروتين المتوقعة ضد نفسها (الكل مقابل الكل) وإحصاء عدد البروتينات التي تحتوي على عدد كبير من التطابقات عالية الجودة. يمكنك استخدام ناتج هذا التحليل لتقسيم مجموعة الجينات الخاصة بك إلى مجموعتين: جينات تشفير البروتين التي تريد العثور عليها والعناصر المتكررة التي تم توقعها بشكل إضافي.</p> <p><em>أنا أدير BRAKER في Anaconda وفشل شيء ما.</em></p> <p>قم بتحديث AUGUSTUS و BRAKER من github باستخدام git clone https://github.com/Gaius-Augustus/Augustus.git و git clone https://github.com/Gaius-Augustus/BRAKER.git. يعد تركيب Anaconda رائعًا ، لكنه يعتمد على إصدارات AUGUSTUS و BRAKER - والتي غالبًا ما تكون متخلفة عن الركب. يُرجى استخدام كود GitHub الحالي بدلاً من ذلك.</p> <p>نقلاً عن BRAKER والبرامج التي دعاها BRAKER</p> <p>نظرًا لأن BRAKER عبارة عن خط أنابيب يستدعي العديد من أدوات المعلوماتية الحيوية ، فإن نشر النتائج التي تم الحصول عليها بواسطة BRAKER لا يتطلب الاستشهاد بـ BRAKER فحسب ، بل يتطلب أيضًا الاستشهاد بالأدوات التي يطلق عليها BRAKER. سيقوم BRAKER بإخراج ملف what-to-cite.txt في دليل عمل BRAKER ، لإعلامك بالمصادر الدقيقة التي تنطبق على التشغيل الخاص بك.</p> <p>Bruna، T.، Hoff، K.J.، Lomsadze، A.، Stanke، M.، & amp Borodovsky، M. (2021). BRAKER2: تعليق توضيحي لجينوم حقيقيات النوى التلقائي باستخدام GeneMark-EP + و AUGUSTUS مدعوم بقاعدة بيانات البروتين. NAR Genomics and Bioinformatics 3 (1): lqaa108، doi: 10.1093 / nargab / lqaa108.</p> <p>هوف ، KJ ، Lomsadze ، A. ، Borodovsky ، M. and Stanke ، M. (2019). شرح الجينوم الكامل مع BRAKER. طرق Mol Biol. 1962: 65-95 ، دوى: 10.1007 / 978-1-4939-9173-0_5.</p> <p>هوف ، KJ ، Lange ، S. ، Lomsadze ، A. ، Borodovsky ، M. and Stanke ، M. (2016). BRAKER1: شرح الجينوم المستند إلى RNA-Seq غير الخاضع للرقابة باستخدام GeneMark-ET و AUGUSTUS. المعلوماتية الحيوية ، 32 (5): 767-769.</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>Stanke ، M. ، Diekhans ، M. ، Baertsch ، R. and Haussler ، D. (2008). استخدام محاذاة (كدنا) أصلية ومعينة بشكل اصطناعي لتحسين اكتشاف الجين الجديد. المعلوماتية الحيوية ، دوى: 10.1093 / المعلوماتية الحيوية / btn013.</p> <p>ستانك. M. ، Schöffmann ، O. ، Morgenstern ، B. and Waack ، S. (2006). التنبؤ الجيني في حقيقيات النوى مع نموذج ماركوف المخفي المعمم الذي يستخدم تلميحات من مصادر خارجية. المعلوماتية الحيوية BMC 7 ، 62.</p> <p>إذا تم إجراء أي نوع من تدريب AUGUSTUS بواسطة BRAKER ، فتحقق بعناية مما إذا كنت قد قمت بتكوين BRAKER لاستخدام NCBI BLAST أو DIAMOND. تم استخدام واحد منهم لتصفية الهياكل الجينية التدريبية الزائدة عن الحاجة.</p> <p>إذا استخدمت NCBI BLAST ، فيرجى الاستشهاد بما يلي:</p> <p>ألتشول ، إيه إف ، جيش ، دبليو ، ميلر ، دبليو ، مايرز ، إي دبليو وليبمان ، دي جي. (1990). أداة بحث محلية أساسية للمحاذاة. J Mol Biol. 215: 403-410.</p> <p>كاماتشو ، سي ، كولوريس ، جي ، أفاجيان ، في ، ما ، إن ، بابادوبولوس ، جي ، بيلر ، ك. (2009). Blast +: الهندسة المعمارية والتطبيقات. المعلوماتية الحيوية BMC ، 10 (1): 421.</p> <p>إذا استخدمت DIAMOND ، فيرجى الاستشهاد بما يلي:</p> <ul> <li>Buchfink ، B. ، Xie ، C. ، Huson ، DH (2015). محاذاة بروتينية سريعة وحساسة باستخدام DIAMOND. طرق الطبيعة 12: 59-60.</li></ul> <p>إذا تم تنفيذ BRAKER بملف جينوم ولا يوجد دليل خارجي ، فاستشهد بذلك ، فعندئذٍ تم استخدام GeneMark-ES ، استشهد:</p> <p>Lomsadze، A.، Ter-Hovhannisyan، V.، Chernoff، Y.O. وبورودوفسكي ، م. (2005). تحديد الجينات في جينومات حقيقية النواة الجديدة عن طريق خوارزمية التدريب الذاتي. بحوث الأحماض النووية ، 33 (20): 6494-6506.</p> <p>Ter-Hovhannisyan، V.، Lomsadze، A.، Chernoff، Y.O. وبورودوفسكي ، م. (2008). التنبؤ الجيني في الجينومات الفطرية الجديدة باستخدام خوارزمية ab initio مع تدريب غير خاضع للإشراف. بحث الجينوم ، صفحات gr - 081612 ، 2008.</p> <p>إذا تم تشغيل BRAKER ببروتينات من أي مسافة نسجية (--epmode أو --etpmode) ، فيرجى الاستشهاد بجميع الأدوات التي يستخدمها خط أنابيب ProtHint لإنشاء تلميحات:</p> <p>Bruna، T.، Lomsadze، A.، & amp Borodovsky، M. (2020). GeneMark-EP +: التنبؤ بالجينات حقيقية النواة مع التدريب الذاتي في فضاء الجينات والبروتينات. NAR الجينوم والمعلوماتية الحيوية ، 2 (2) ، lqaa026.</p> <p>Buchfink ، B. ، Xie ، C. ، Huson ، DH (2015). محاذاة بروتينية سريعة وحساسة باستخدام DIAMOND. طرق الطبيعة 12: 59-60.</p> <p>Lomsadze، A.، Ter-Hovhannisyan، V.، Chernoff، Y.O. وبورودوفسكي ، م. (2005). تحديد الجينات في جينومات حقيقية النواة الجديدة عن طريق خوارزمية التدريب الذاتي. بحوث الأحماض النووية ، 33 (20): 6494-6506.</p> <p>إيواتا ، هـ ، وجوتو ، أو. (2012). مقارنة برامج المحاذاة المقسمة بما في ذلك Spaln2 ، وهو إصدار موسع من Spaln يتضمن ميزات إضافية خاصة بالأنواع. أبحاث الأحماض النووية، 40 (20)، e161-e161.</p> <p>جوتو ، أو. ، موريتا ، إم ، نيلسون ، دي آر (2014). تقييم وصقل تنبؤ بنية الجينات حقيقية النواة من خلال محاذاة تسلسل البروتين المتعدد الذي يدرك بنية الجينات. المعلوماتية الحيوية BMC، 15 (1) ، 189.</p> <p>إذا تم تنفيذ BRAKER باستخدام محاذاة RNA-Seq بتنسيق bam ، فعندئذٍ تم استخدام SAMtools ، استشهد:</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>Li، H.، Handsaker، B.، Wysoker، A.، Fennell، T.، Ruan، J.، Homer، N.، Marth، G.، Abecasis، G.، Durbin، R. 1000 Genome Project Data Processing Subgroup (2009). تنسيق محاذاة التسلسل / الخريطة وأدوات SAMtools. المعلوماتية الحيوية ، 25 (16): 2078-9.</p> <p>بارنيت ، دي دبليو ، جاريسون ، إي كيه ، كوينلان ، إيه آر ، سترومبرج ، إم بي. ومارث ج. (2011). BamTools: واجهة برمجة تطبيقات C ++ ومجموعة أدوات لتحليل وإدارة ملفات BAM. المعلوماتية الحيوية ، 27 (12): 1691-2</p> <p>إذا استخدم BRAKER محاذاة RNA-Seq لتوليد مجموعة جينات تدريب ، فاستشهد بـ GeneMark-ET:</p> <ul> <li>Lomsadze ، A. ، Paul D.B. ، and Mark B. (2014) دمج Rna-Seq المعين يقرأ في التدريب التلقائي لخوارزمية اكتشاف الجينات حقيقية النواة. أبحاث الأحماض النووية 42 (15): e119 - e119</li></ul> <p>إذا تم تنفيذ BRAKER ببروتينات من الأنواع وثيقة الصلة ، فاستشهد بـ GenomeThreader:</p> <p>إذا دعا BRAKER MakeHub لإنشاء مركز بيانات المسار لتصور نتائج BRAKER باستخدام متصفح UCSC Genome ، فاستشهد بما يلي:</p> <ul> <li>هوف ، ك. (2019) MakeHub: توليد مؤتمت بالكامل من UCSC Genome Browser Hubs. علم الجينوم والبروتيوميات والمعلوماتية الحيوية ، في الصحافة 2020 ، طبع أولي على bioarXive ، دوى: https://doi.org/10.1101/550145.</li></ul> <p>إذا دعا BRAKER GUSHR لتوليد UTRs ، فاستشهد بما يلي:</p> <p>Keilwagen، J.، Hartung، F.، Grau، J. (2019) GeMoMa: التنبؤ الجيني القائم على التماثل باستخدام حفظ موقع intron وبيانات RNA-seq. طرق Mol Biol. 1962: 161-177 ، دوى: 10.1007 / 978-1-4939-9173-0_9.</p> <p>Keilwagen، J.، Wenk، M.، Erickson، J.L.، Schattat، M.H.، Grau، J.، Hartung F. (2016) استخدام الحفاظ على موقع intron للتنبؤ الجيني القائم على التماثل. بحوث الأحماض النووية ، 44 (9): e89.</p> <p>Keilwagen، J.، Hartung، F.، Paulini، M.، Twardziok، S.O.، Grau، J. (2018) دمج بيانات RNA-seq والتنبؤ الجيني القائم على التماثل للنباتات والحيوانات والفطريات. المعلوماتية الحيوية BMC ، 19 (1): 189.</p> <p>جميع الكود المصدري ، على سبيل المثال scripts / *. pl أو scripts / *. py ، تخضع للترخيص الفني (انظر http://www.opensource.org/licenses/artistic-license.php).</p> <p><b>[F1]</b> EX = ES / ET / EP / ETP ، كلها متاحة للتنزيل تحت الاسم <em>GeneMark-ES / ET / EP</em> ↩ </p> <p><b>[F2]</b> يرجى استخدام أحدث إصدار من الفرع الرئيسي لـ AUGUSTUS الموزع من قبل المطورين الأصليين ، وهو متاح من github على https://github.com/Gaius-Augustus/Augustus. تم الإبلاغ عن مشكلات من المستخدمين الذين حاولوا تشغيل BRAKER مع إصدارات AUGUSTUS التي تحتفظ بها جهات خارجية ، مثل Bioconda. ↩ </p> <p><b>[F3]</b> لم يتم اختباره في هذا الإصدار ، نوصي باستخدام GenomeThreader ، بدلاً من ذلك ↩ </p> <p><b>[F4]</b> التثبيت باستخدام sudo apt-get install cpanminus ↩ </p> <p><b>[F5]</b> GeneMark-EX ليس أداة إلزامية إذا تم تدريب AUGUSTUS من مجموعة GenomeThreader مع الخيار --trainFromGth. ↩ </p> <p><b>[F6]</b> الثنائي قد على سبيل المثال يقيم في bamtools / build / src / toolkit ↩ </p> <p><b>[R0]</b> توماس برونا ، كاتارينا جيه هوف ، ألكسندر لومسادزي ، ماريو ستانك ومارك بوردفسكي. 2021. "BRAKER2: شرح تلقائي للجينوم حقيقي النواة باستخدام GeneMark-EP + و AUGUSTUS مدعوم بقاعدة بيانات بروتينية." <em>NAR علم الجينوم والمعلوماتية الحيوية</em> 3 (1): lqaa108. ↩ </p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p><b>[R1]</b> هوف ، كاثرينا جيه ، سيمون لانج ، ألكسندر لومسادزي ، مارك بورودوفسكي ، وماريو ستانك. 2015. "BRAKER1: شرح الجينوم المستند إلى Rna-Seq غير الخاضع للإشراف مع Genemark-et and Augustus." <em>المعلوماتية الحيوية</em> 32 (5). مطبعة جامعة أكسفورد: 767–69. ↩ </p> <p><b>[R2]</b> Lomsadze ، الكسندر ، بول دي بيرنز ، ومارك بورودوفسكي. 2014. "دمج Rna-Seq المعين يقرأ في التدريب التلقائي لخوارزمية اكتشاف الجينات حقيقية النواة." <em>بحوث الأحماض النووية</em> 42 (15). مطبعة جامعة أكسفورد: e119 - e119. ↩ </p> <p><b>[R3]</b> ستانك وماريو ومارك ديخان وروبرت بيرتش وديفيد هوسلر. 2008. "استخدام محاذاة cDNA الأصلية والمعينة بشكل تركيبي لتحسين اكتشاف الجينات في نوفو." <em>المعلوماتية الحيوية</em> 24 (5). مطبعة جامعة أكسفورد: 637-44. ↩ </p> <p><b>[R4]</b> ستانك ، ماريو ، أوليفر شوفمان ، بوركهارد مورجينسترن ، وستيفان واك. 2006. "توقع الجينات في حقيقيات النوى مع نموذج ماركوف المخفي المعمم الذي يستخدم تلميحات من مصادر خارجية." <em>المعلوماتية الحيوية BMC</em> 7 (1). مركز بيوميد: 62. ↩ </p> <p><b>[R5]</b> بارنيت وديريك دبليو وإريك ك جاريسون وآرون آر كوينلان ومايكل بي سترومبرج وجابور تي مارث. 2011. "BamTools: A C ++ Api and Toolkit لتحليل وإدارة ملفات Bam." <em>المعلوماتية الحيوية</em> 27 (12). مطبعة جامعة أكسفورد: 1691-2. ↩ </p> <p><b>[R6]</b> لي ، وهنغ ، وهاندساكر ، وبوب ، وأليك ويسوكر ، وتيم فينيل ، وجوي روان ، ونيلس هومر ، وجابور مارث ، وجونكالو أبيكاسيس ، وريتشارد دوربين. 2009. "محاذاة التسلسل / تنسيق الخريطة و Samtools." <em>المعلوماتية الحيوية</em> 25 (16). مطبعة جامعة أكسفورد: 2078–209. ↩ </p> <p><b>[R7]</b> Gremme، G. 2013. "توقع بنية الجينات الحسابية." أطروحة دكتوراه ، جامعة هامبورغ. ↩ </p> <p><b>[R8]</b> جوتو ، أوسامو. 2008 أ. "طريقة فعالة ودقيقة للمساحة لرسم خرائط ومحاذاة تسلسل cDNA مع التسلسل الجيني." <em>بحوث الأحماض النووية</em> 36 (8). مطبعة جامعة أكسفورد: 2630-8. ↩ </p> <p><b>[R9]</b> إيواتا وهيرواكي وأوسامو جوتو. 2012. "المقارنة المعيارية لبرامج المحاذاة المقسمة بما في ذلك Spaln2 ، وهو إصدار موسع من Spaln يتضمن ميزات إضافية خاصة بالأنواع." <em>بحوث الأحماض النووية</em> 40 (20). مطبعة جامعة أكسفورد: e161 - e161. ↩ </p> <p><b>[R10]</b> أوسامو جوتو. 2008 ب. "رسم الخرائط والمحاذاة المباشرة لتسلسلات البروتين في التسلسل الجيني." <em>المعلوماتية الحيوية</em> 24 (21). مطبعة جامعة أكسفورد: 2438-44. ↩ </p> <p><b>[R11]</b> سلاتر ، جاي سانت سي ، وإيوان بيرني. 2005. "الجيل الآلي للاستدلالات لمقارنة التسلسل البيولوجي." <em>المعلوماتية الحيوية BMC</em> 6 (1). مركز بيوميد: 31. ↩ </p> <p><b>[R12]</b> ألتشول ، إس إف ، دبليو جيش ، دبليو ميلر ، إي دبليو مايرز ، ودي جي. ليبمان. 1990. "أداة بحث المحاذاة المحلية الأساسية." <em>مجلة البيولوجيا الجزيئية</em> 215:403--10. ↩ </p> <p><b>[R13]</b> كاماتشو ، كريستيام ، وآخرون. 2009. "بلاست +: الهندسة المعمارية والتطبيقات." <em>المعلوماتية الحيوية BMC</em> 1(1): 421. ↩ </p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p><b>[R14]</b> Lomsadze، A.، V. Ter-Hovhannisyan، Y.O. تشيرنوف وم. 2005. "تحديد الجينات في جينومات حقيقية النواة الجديدة عن طريق خوارزمية التدريب الذاتي." <em>بحوث الأحماض النووية</em> 33 (20): 6494-6506. دوى: 10.1093 / nar / gki937. ↩ </p> <p><b>[R15]</b> Ter-Hovhannisyan و Vardges و Alexandre Lomsadze و Yury O Chernoff و Mark Borodovsky. 2008. "توقع الجينات في الجينومات الفطرية الجديدة باستخدام خوارزمية Ab Initio مع تدريب غير خاضع للإشراف." <em>أبحاث الجينوم</em>. مختبر كولد سبرينج هاربور ، غرام - 081612. ↩ </p> <p><b>[R16]</b> هوف ، ك. 2019. MakeHub: توليد مؤتمت بالكامل لمراكز تجميع مستعرض الجينوم UCSC. <em>علم الجينوم والبروتيوميات والمعلوماتية الحيوية</em>، تحت الطبع ، طبع أولي على bioarXive ، دوى: https://doi.org/10.1101/550145. ↩ </p> <p><b>[R17]</b> Bruna، T.، Lomsadze، A.، & amp Borodovsky، M. 2020. GeneMark-EP +: التنبؤ بالجينات حقيقية النواة مع التدريب الذاتي في فضاء الجينات والبروتينات. NAR الجينوم والمعلوماتية الحيوية ، 2 (2) ، lqaa026. دوى: https://doi.org/10.1093/nargab/lqaa026. ↩ </p> <p><b>[R18]</b> Kriventseva، EV، Kuznetsov، D.، Tegenfeldt، F.، Manni، M.، Dias، R.، Simão، FA، and Zdobnov، EM 2019. OrthoDB v10: أخذ عينات من تنوع الحيوانات والنباتات والفطريات والحيوانات الأولية والبكتيرية والجينومات الفيروسية للتعليقات التوضيحية التطورية والوظيفية لأخصائيي تقويم العظام. بحوث الأحماض النووية، 47 (D1)، D807-D811. ↩ </p> <p><b>[R19]</b> Keilwagen، J.، Hartung، F.، Grau، J. (2019) GeMoMa: التنبؤ الجيني القائم على التماثل باستخدام حفظ موقع intron وبيانات RNA-seq. طرق Mol Biol. 1962: 161-177 ، دوى: 10.1007 / 978-1-4939-9173-0_9. ↩ </p> <p><b>[R20]</b> Keilwagen، J.، Wenk، M.، Erickson، J.L.، Schattat، M.H.، Grau، J.، Hartung F. (2016) استخدام الحفاظ على موقع intron للتنبؤ الجيني القائم على التماثل. بحوث الأحماض النووية ، 44 (9): e89. ↩ </p> <p><b>[R21]</b> Keilwagen، J.، Hartung، F.، Paulini، M.، Twardziok، S.O.، Grau، J. (2018) دمج بيانات RNA-seq والتنبؤ الجيني القائم على التماثل للنباتات والحيوانات والفطريات. المعلوماتية الحيوية BMC ، 19 (1): 189. ↩ </p> <br> <h2>الإصدارات القديمة</h2> <p>تتطلب الإصدارات الأخيرة من Biopython استخدام NumPy (وليس رقميًا):</p> <ul> 15 ميجا بايت - المصدر Tarball 16 ميجا بايت - ملف مضغوط المصدر </ul><ul> 15 ميجا بايت - مصدر Tarball 16 ميجا بايت - ملف مضغوط المصدر 2 ميجا بايت - مثبت Windows .exe 32 بت لـ Python 2.7 و NumPy 1.11.0 2 ميجا بايت - مثبت Windows .msi 32 بت لـ Python 2.7 و NumPy 1.11.0 2 ميجا بايت - مثبت Windows .exe 32 بت لـ Python 3.3 و NumPy 1.10.2 2Mb - 32 بت Windows .msi Installer لـ Python 3.3 و NumPy 1.10.2 2Mb - 32 بت Windows .exe Installer لـ Python 3.4 و NumPy 1.11.0 2Mb - 32 بت Windows .msi Installer for Python 3.4 و NumPy 1.11.0 3Mb - 32 بت Windows .exe Installer لـ Python 3.5 و NumPy 1.11.1 3Mb - 32 بت Windows .msi Installer لـ Python 3.5 و NumPy 1.11.1 2Mb - 32 بت Windows .exe Installer لـ Python 3.6 و NumPy 1.11.3 2 ميجا بايت - مثبت Windows .msi 32 بت لـ Python 3.6 و NumPy 1.11.3 </ul> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <ul> 14 ميجا بايت - مصدر Tarball 15 ميجا بايت - ملف مضغوط المصدر 2 ميجا بايت - مثبت Windows .exe 32 بت لـ Python 2.6 و NumPy 1.8.2 2 ميجا بايت - مثبت Windows .exe 32 بت لـ Python 2.7 و NumPy 1.11.0 2 ميجا بايت - مثبت Windows .msi 32 بت لـ Python 2.7 و NumPy 1.11.0 2Mb - 32 بت Windows .exe Installer لـ Python 3.3 و NumPy 1.10.2 2Mb - 32 بت Windows .msi Installer لـ Python 3.3 و NumPy 1.10.2 2Mb - 32 بت Windows .exe Installer for Python 3.4 و NumPy 1.11.0 2 ميجا بايت - مثبت Windows .msi 32 بت لـ Python 3.4 و NumPy 1.11.0 2 ميجا بايت - 32 بت Windows .exe Installer لـ Python 3.5 و NumPy 1.11.1 2 ميجا بايت - Windows .msi Installer لـ Python 3.5 و NumPy 1.11.1 </ul><ul> 14 ميجا بايت - مصدر Tarball 15 ميجا بايت - ملف مضغوط المصدر 2 ميجا بايت - مثبت Windows .exe 32 بت لـ Python 2.6 و NumPy 1.8.2 2 ميجا بايت - مثبت Windows .msi 32 بت لـ Python 2.6 و NumPy 1.8.2 2 ميجا بايت - مثبت Windows 32 بت لـ Python 2.7 و NumPy 1.9.1 2 ميجا بايت - 32 بت Windows .exe Installer لـ Python 2.7 و NumPy 1.9.1 2 ميجا بايت - 32 بت Windows .exe Installer لـ Python 3.3 و NumPy 1.9.1 2 ميجا بايت - 32 بت Windows .exe Installer لـ Python 3.3 و NumPy 1.9.1 2 ميجا بايت - مثبت Windows .exe 32 بت لـ Python 3.4 و NumPy 1.9.1 2 ميجا بايت - 32 بت Windows .msi Installer لـ Python 3.4 و NumPy 1.9.1 2 ميجا بايت - Windows .exe Installer لـ Python 3.4 و NumPy 1.9.3 2 ميجابايت - مثبت Windows .msi 32 بت لـ Python 3.4 و NumPy 1.9.3 </ul><ul> 14 ميجا بايت - مصدر Tarball 15 ميجا بايت - ملف مضغوط المصدر 2 ميجا بايت - مثبت Windows .exe 32 بت لـ Python 2.6 و NumPy 1.8.2 2 ميجا بايت - مثبت Windows. exe 32 بت لـ Python 2.7 و NumPy 1.9.1 2 ميجا بايت - مثبت Windows 32 بت لـ Python 3.3 و NumPy 1.9.1 2 ميجا بايت - 32 بت Windows .exe Installer لـ Python 3.4 و NumPy 1.9.1 2 ميجا بايت - 32 بت Windows .exe Installer لـ Python 3.5 2 ميجا بايت - 32 بت Windows .msi Installer for Python 3.5 </ul><ul> 13 ميجا بايت - مصدر Tarball 14 ميجا بايت - ملف مضغوط المصدر 2 ميجا بايت - مثبت Windows 32 بت لـ Python 2.6 و NumPy 1.8.2 2 ميجا بايت - مثبت Windows 32 بت لـ Python 2.7 و NumPy 1.9.1 2 ميجا بايت - مثبت Windows 32 بت لـ Python 3.3 و NumPy 1.9. 1 2 ميجا بايت - مثبت Windows 32 بت لـ Python 3.4 و NumPy 1.9.1 </ul><ul> 12 ميجا بايت - مصدر Tarball 13 ميجا بايت - ملف مضغوط المصدر 2 ميجا بايت - مثبت Windows 32 بت لـ Python 2.6 و NumPy 1.8.1 2 ميجا بايت - مثبت Windows 32 بت لـ Python 2.7 و NumPy 1.8.1 2 ميجا بايت - مثبت Windows 32 بت لـ Python 3.3 و NumPy 1.8. 1 2 ميجا بايت - مثبت Windows 32 بت لـ Python 3.4 و NumPy 1.8.1 </ul><ul> 11 ميجا بايت - مصدر Tarball 12 ميجا بايت - ملف مضغوط المصدر 2 ميجا بايت - مثبت Windows 32 بت لـ Python 2.6 و NumPy 1.7 2 ميجا بايت - مثبت Windows 32 بت لـ Python 2.7 و NumPy 1.7 2 ميجا بايت - مثبت Windows 32 بت لـ Python 3.3 و NumPy 1.7 </ul><ul> 11،123 كيلو بايت - مصدر Tarball 12،111 كيلو بايت - ملف مضغوط المصدر 1،877 كيلو بايت - مثبت Windows 32 بت لـ Python 2.6 و NumPy 1.7 2،003 كيلو بايت - مثبت Windows 32 بت لـ Python 2.7 و NumPy 1.7 2،005 كيلو بايت - مثبت Windows 32 بت لـ Python 3.3 و NumPy 1.7 </ul><ul> 11،123 كيلو بايت - مصدر Tarball 12،111 كيلو بايت - ملف مضغوط المصدر 1،852 كيلو بايت - مثبت Windows 32 بت لـ Python 2.5 و NumPy 1.1 1،877 كيلو بايت - مثبت Windows 32 بت لـ Python 2.6 و NumPy 1.3 2،003 كيلو بايت - مثبت Windows 32 بت لـ Python 2.7 و NumPy 1.5 2،005 كيلو بايت - مثبت Windows 32 بت لـ Python 3.3 و NumPy 1.7 </ul> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <ul> 10،658 كيلو بايت - المصدر Tarball (<em>إصدار بيتا</em>، 15 يوليو 2013) 11،607 كيلو بايت - ملف مضغوط المصدر 1،661 كيلو بايت - برنامج Windows Installer 32 بت لـ Python 2.5 و NumPy 1.1 1،686 كيلو بايت - مثبت Windows 32 بت لـ Python 2.6 و NumPy 1.3 1،813 كيلو بايت - مثبت Windows 32 بت لـ Python 2.7 و NumPy 1.5 1،814 كيلو بايت - مثبت Windows 32 بت لـ Python 3.3 و NumPy 1.7 </ul><ul> 10،311 كيلو بايت - المصدر Tarball (5 فبراير 2013) 11،198 كيلو بايت - ملف مضغوط المصدر 1،612 كيلو بايت - 32 بت Windows Installer لـ Python 2.5 و NumPy 1.1 1،637 كيلو بايت - مثبت Windows 32 بت لـ Python 2.6 و NumPy 1.3 1،764 كيلو بايت - 32 بت Windows Installer لـ Python 2.7 و NumPy 1.5 1،757 Kb - 32 بت Windows Installer لـ Python 3.2 و NumPy 1.5 (<em>بيتا</em> حالة الاختبار) 1،750 كيلو بايت - 32 بت Windows Installer لـ Python 3.3 و NumPy 1.7 (<em>بيتا</em> حالة الاختبار) </ul><ul> 9،280 كيلو بايت - Source Tarball (25 يونيو 2012) 10،051 كيلو بايت - ملف مضغوط المصدر 1،469 كيلو بايت - 32 بت Windows Installer لـ Python 2.5 و NumPy 1.1 1،492 كيلو بايت - مثبت Windows 32 بت لـ Python 2.6 و NumPy 1.3 1،1618 كيلو بايت - 32 بت Windows مثبت لـ Python 2.7 و NumPy 1.5 1.611 كيلو بايت - 32 بت Windows Installer لـ Python 3.2 و NumPy 1.5 (<em>بيتا</em> حالة الاختبار) </ul><ul> 8،377 كيلوبايت - Source Tarball (24 فبراير 2012) 9،127 Kb - Source Zip File 1،440 Kb - 32 بت Windows Installer for Python 2.5 and NumPy 1.1 1،463 Kb - 32 bit Windows Installer for Python 2.6 and NumPy 1.3 1،590 Kb - 32 bit Windows Installer for Python 2.7 و NumPy 1.5 </ul><ul> 7،847 كيلوبايت - Source Tarball (18 أغسطس 2011) 8،474 Kb - Source Zip File 1،427 Kb - 32 بت Windows Installer لـ Python 2.4 (الذي لم نعد ندعمه رسميًا) و NumPy 1.1 1،428 Kb - مثبت Windows 32 بت لـ Python 2.5 و NumPy 1.1 1،450 كيلو بايت - مثبت Windows 32 بت لـ Python 2.6 و NumPy 1.3 1،577 كيلو بايت - 32 بت Windows Installer لـ Python 2.7 و NumPy 1.5 </ul><ul> 6،783 كيلوبايت - Source Tarball (2 أبريل 2011) 7،446 Kb - Source Zip File 1،405 Kb - 32 بت Windows Installer لـ Python 2.4 (الذي لم نعد ندعمه رسميًا) و NumPy 1.1 1،405 Kb - مثبت Windows 32 بت لـ Python 2.5 و NumPy 1.1 1،428 كيلوبايت - مثبت Windows 32 بت لـ Python 2.6 و NumPy 1.3 1،555 Kb - 32 بت Windows Installer لـ Python 2.7 و NumPy 1.5 </ul><ul> 6،778 كيلوبايت - Source Tarball (26 نوفمبر 2010) 7،347 Kb - Source Zip File 1،429 Kb - 32 بت Windows Installer for Python 2.4 and NumPy 1.1 1،429 Kb - 32 bit Windows Installer for Python 2.5 and NumPy 1.1 1،451 Kb - 32 bit Windows Installer for Python 2.6 و NumPy 1.3 1،578 Kb - 32 بت Windows Installer لـ Python 2.7 و NumPy 1.5 </ul><ul> 6،493 كيلوبايت - Source Tarball (31 أغسطس 2010) 7،058 Kb - Source Zip File 1،448 Kb - 32 بت Windows Installer لـ Python 2.4 و NumPy 1.1 1،449 Kb - 32 bit Windows Installer for Python 2.5 و NumPy 1.1 1،471 Kb - 32 بت Windows Installer لـ Python 2.6 و NumPy 1.3 1،598 Kb - 32 بت Windows Installer لـ Python 2.7 و NumPy 1.5 </ul> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <ul> 6،428 كيلو بايت - Source Tarball (18 أغسطس 2010) 6،996 كيلو بايت - ملف مضغوط المصدر 1،451 كيلو بايت - 32 بت Windows Installer لـ Python 2.4 و NumPy 1.1 1،451 كيلو بايت - مثبت Windows 32 بت لـ Python 2.5 و NumPy 1.1 1،474 كيلو بايت - 32 بت Windows Installer لـ Python 2.6 و NumPy 1.3 </ul><ul> 6،295 كيلو بايت - Source Tarball (20 مايو 2010) 6،859 كيلو بايت - ملف مضغوط المصدر 1،434 كيلو بايت - 32 بت Windows Installer لـ Python 2.4 و NumPy 1.1 1،434 كيلو بايت - مثبت Windows 32 بت لـ Python 2.5 و NumPy 1.1 1،457 كيلو بايت - 32 بت Windows Installer لـ Python 2.6 و NumPy 1.3 </ul><ul> 6،554 كيلوبايت - Source Tarball (2 أبريل 2010) 7،118 Kb - Source Zip File 1،426 Kb - 32 bit Windows Installer for Python 2.4 and NumPy 1.1 1،427 Kb - 32 bit Windows Installer for Python 2.5 and NumPy 1.1 1،456 Kb - 32 bit Windows Installer لـ Python 2.6 و NumPy 1.3 </ul><ul> 4،185 كيلوبايت - Source Tarball (15 ديسمبر 2009) 4652 كيلوبايت - ملف مضغوط المصدر 1129 كيلوبايت - 32 بت Windows Installer لـ Python 2.4 و NumPy 1.1 1،130 Kb - 32 بت Windows Installer لـ Python 2.5 و NumPy 1.1 1،155 Kb - 32 بت Windows Installer لـ Python 2.6 و NumPy 1.3 </ul><ul> 5،486 كيلوبايت - Source Tarball (22 سبتمبر 2009) 5،930 Kb - Source Zip File 1،107 Kb - 32 بت Windows Installer لـ Python 2.4 و NumPy 1.1 1،108 Kb - 32 بت Windows Installer لـ Python 2.5 و NumPy 1.1 1،147 Kb - 32 بت Windows Installer لـ Python 2.6 و NumPy 1.3 </ul><ul> 5،428 كيلو بايت - المصدر Tarball (17 أغسطس 2009) 5922 كيلو بايت - ملف مضغوط المصدر 1166 كيلو بايت - مثبت Windows لـ Python 2.4 و NumPy 1.1 1،167 كيلو بايت - مثبت Windows لـ Python 2.5 و NumPy 1.1 1،206 كيلو بايت - مثبت Windows لـ Python 2.6 و NumPy 1.3 </ul><ul> 5،172 كيلو بايت - المصدر Tarball (23 يونيو 2009) 5،605 كيلو بايت - ملف مضغوط المصدر 1161 كيلو بايت - مثبت Windows لـ Python 2.4 و NumPy 1.1 1،161 كيلو بايت - مثبت Windows لـ Python 2.5 و NumPy 1.1 1،199 كيلو بايت - مثبت Windows لـ Python 2.6 و NumPy 1.3 </ul><ul> 4،550 كيلو بايت - المصدر Tarball (20 أبريل 2009) 4،988 كيلو بايت - ملف مضغوط المصدر 1،228 كيلو بايت - مثبت Windows لـ Python 2.3 و NumPy 1.1 1،232 كيلو بايت - مثبت Windows لـ Python 2.4 و NumPy 1.1 1،232 كيلو بايت - مثبت Windows لـ Python 2.5 و NumPy 1.1 1،270 كيلو بايت - مثبت Windows لـ Python 2.6 و NumPy 1.3 </ul><ul> 4،788 كيلو بايت (3 أبريل 2009) 5250 كيلو بايت 1،226 كيلو بايت - مثبت Windows لـ Python 2.3 و NumPy 1.1 1،230 كيلو بايت - مثبت Windows لـ Python 2.4 و NumPy 1.1 1،230 كيلو بايت - مثبت Windows لـ Python 2.5 و NumPy 1.1 1،268 كيلو بايت - Windows Installer for Python 2.6 و NumPy 1.3 </ul><ul> 4،052 كيلو بايت (21 نوفمبر 2008) 4،498 كيلو بايت 1،111 كيلو بايت - مثبت Windows لـ Python 2.3 و NumPy 1.1 1،115 كيلو بايت - مثبت Windows لـ Python 2.4 و NumPy 1.1 1،115 كيلو بايت - مثبت Windows لـ Python 2.5 و NumPy 1.1 </ul><ul> 4،331 كيلو بايت (7 نوفمبر 2008) 4،780 كيلو بايت 1،109 كيلو بايت - مثبت Windows لـ Python 2.3 و NumPy 1.1 1،113 كيلو بايت - مثبت Windows لـ Python 2.4 و NumPy 1.1 1،114 كيلو بايت - مثبت Windows لـ Python 2.5 و NumPy 1.1 </ul> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <p>يرجى ملاحظة أن Biopython 1.48 وما فوق يتطلب مكتبة رقمية ، وليس NumPy البديل. تتوفر مثبتات Windows لـ Python 2.4 والإصدارات الأقدم من موقع Numerical Python على الويب. يتوفر هنا مثبت Windows لـ Numeric 24.2 لـ Python 2.5:</p> <p>يرجى ملاحظة أن Biopython 1.48 وأقدم استخدم mxTextTools 2.0 في بعض المحلل اللغوي. كان هناك عدد قليل من الاهتزازات مع mxTextTools 3.0 ، لذا من الأفضل تثبيت الإصدار 2.0 من mxTextTools الأقدم.</p> <br> <h2>وظائف الإدخال / الإخراج</h2> <p>تتوفر أغلفة لتنسيقات الملفات المدعومة من المستوى الأعلى للوحدة:</p> <p>مثل SeqIO و AlignIO ، توفر هذه الوحدة أربع وظائف إدخال / إخراج: التحليل () ، والقراءة () ، والكتابة () والتحويل (). تقبل كل وظيفة إما اسم ملف أو مقبض ملف مفتوح ، لذلك يمكن أيضًا تحميل البيانات من الملفات المضغوطة وكائنات StringIO وما إلى ذلك. إذا تم تمرير اسم الملف كسلسلة ، فسيتم إغلاق الملف تلقائيًا عندما تنتهي الوظيفة بخلاف ذلك ، فأنت مسؤول عن إغلاق المقبض بنفسك.</p> <p>الوسيطة الثانية لكل دالة هي التنسيق الهدف. حاليًا ، يتم دعم التنسيقات التالية:</p> <p>راجع صفحة PhyloXML لمزيد من الأمثلة على استخدام كائنات الشجرة.</p> <h3>تحليل ()</h3> <p>قم بتحليل كل شجرة في الملف أو المقبض بشكل متزايد ، مع إعادة مكرر لكائنات الشجرة (على سبيل المثال ، بعض الفئات الفرعية من فئة Bio.Phylo.BaseTree Tree ، اعتمادًا على تنسيق الملف).</p> <p>إذا كانت هناك شجرة واحدة فقط ، فإن الطريقة () التالية على المولد الناتج ستعيدها.</p> <p>لاحظ أن هذا لا يكشف على الفور ما إذا كانت هناك أية أشجار متبقية - إذا كنت تريد التحقق من ذلك ، فاستخدم read () بدلاً من ذلك.</p> <p>تحليل وإرجاع شجرة واحدة بالضبط من الملف أو المقبض المحدد. إذا احتوى الملف على صفر أو عدة أشجار ، فسيتم رفع ValueError. يكون هذا مفيدًا إذا كنت تعرف أن الملف يحتوي على شجرة واحدة فقط ، لتحميل كائن الشجرة هذا مباشرةً بدلاً من التحليل () والتالي () ، وكتفحص أمان للتأكد من أن ملف الإدخال يحتوي في الواقع على شجرة نسج واحدة بالضبط في افضل مستوى.</p> <p>إذا تم تحميل بيانات الشجرة الخاصة بك بالفعل كسلسلة Python ، فيمكنك تحليلها بمساعدة StringIO (في مكتبة Python القياسية):</p> <p>يمكن أيضًا استخدام وظائف الإدخال / الإخراج الأخرى مع StringIO.</p> <p>(نصيحة عامة: إذا كتبت إلى كائن StringIO وأردت إعادة قراءة المحتويات ، فستحتاج إلى استدعاء طريقة البحث (0) لإعادة المقبض إلى بداية بيانات StringIO - مثل فتح مقبض الملف. انظر أمثلة على ذلك في اختبارات الوحدة لـ Phylo في كود مصدر Biopython.</p> <h3>اكتب()</h3> <p>اكتب تسلسلًا من كائنات الشجرة إلى الملف أو المقبض المحدد. تمرير كائن شجرة واحد بدلاً من قائمة أو قابل للتكرار سيعمل أيضًا (انظر ، Phylo سهل الاستخدام).</p> <h3>يتحول()</h3> <p>بالنظر إلى ملفين (أو مقابض) وتنسيقين ، يدعم كلاهما Bio.Phylo ، قم بتحويل الملف الأول من التنسيق الأول إلى التنسيق الثاني ، وكتابة الإخراج إلى الملف الثاني.</p> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <h3>الوحدات الفرعية</h3> <p>داخل وحدة Phylo ، يوجد محللون وكتاب لتنسيقات ملفات محددة ، والتي تتوافق مع واجهة برمجة التطبيقات الأساسية ذات المستوى الأعلى وأحيانًا تضيف ميزات إضافية.</p> <p><strong>PhyloXMLIO:</strong> دعم تنسيق phyloXML. راجع صفحة PhyloXML للحصول على التفاصيل.</p> <p><strong>نيكسمليو:</strong> دعم تنسيق NeXML.</p> <p><strong>NewickIO:</strong> منفذ المحلل اللغوي في Bio.Nexus.Trees لدعم تنسيق Newick (المعروف أيضًا باسم New Hampshire) من خلال Phylo API.</p> <p><strong>NexusIO:</strong> أغلفة حول Bio.Nexus لدعم تنسيق شجرة Nexus.</p> <p><strong>CDAOIO:</strong> دعم أسلوب تحليل البيانات المقارنة (CDAO). يتطلب RDFlib.</p> <p>يحتوي تنسيق Nexus في الواقع على العديد من التنسيقات الفرعية لأنواع مختلفة من البيانات لتمثيل الأشجار ، ويوفر Nexus كتلة تحتوي على بعض البيانات الوصفية وشجرة واحدة أو أكثر من أشجار Newick (نوع آخر من كتلة Nexus يمكن أن يمثل محاذاة يتم التعامل معها في AlignIO. لذلك لتحليل ملف Nexus الكامل مع معالجة جميع أنواع الكتل ، استخدم Bio.Nexus مباشرة ، ولاستخراج الأشجار فقط ، استخدم Bio.Phylo.</p> <br> <h2>تطبيق</h2> <p>كانت أهداف التصميم الأساسية لـ NuclearBLAST هي تزويد علماء الأحياء بنظام مركزي حيث يمكن إنشاء نتائج بلاست واسترجاعها بسهولة ، ونظام تخزين قاعدة بيانات علائقية يمكن استخراجها بسهولة من أجل التحليلات المقارنة ، وبرنامج يستفيد من موارد الحوسبة العنقودية لزيادة إنتاجية وظائف التفجير الكبيرة. كان الهدف الثانوي هو تصميم حل مفتوح المصدر ومتاح مجانًا. قادنا هذا إلى استخدام عدد من حزم البرامج مفتوحة المصدر بشكل تفضيلي في تنفيذ NuclearBLAST بما في ذلك BioPerl و Apache و PHP و MySQL بالإضافة إلى استخدام Linux كنظام تشغيل أساسي [2-5].</p> <p>تم اختيار متصفح الويب كواجهة لـ NuclearBLAST نظرًا لأنه يوفر واجهة مستخدم مستقلة على نطاق واسع ويمكن التعرف عليها ومتاحة عالميًا ومنصة مستقلة. يوفر خادم الويب Apache التحكم في الوصول والاتصالات المشفرة إذا رغب المستخدم في تأمين التثبيت. يوفر BioPerl وحدة تحليل لنتائج BLAST التي تم إرجاعها والتي يتم تحميلها بعد ذلك في قاعدة بيانات MySQL. يتم تحميل جميع المعلومات حول عمليات بحث بلاست المطلوبة في قاعدة البيانات ويتم تعقب حالة كل استعلام في وظيفة في قاعدة البيانات. يسمح تصميم البرنامج الخاص بخادم العميل باستخدام العديد من أجهزة الكمبيوتر التي تقوم بإجراء تحليلات بلاست في بيئة مجمعة باستخدام حزمة برامج إدارة المهام مثل PBS (نظام الدُفعات المحمولة) [6]. يمكن تجميع NuclearBLAST مع عدد قليل من أجهزة الكمبيوتر المعملية المستخدمة كعقد عاملة في وقت تعطلها أو بقدر مزرعة حوسبة مخصصة. يتطلب الحد الأدنى من تركيب NuclearBLAST آلة محطة عمل نموذجية تعمل كخادم وعامل.</p> <p>من أجل الحفاظ على قاعدة بيانات MySQL بحجم يمكن التحكم فيه وتقليل البيانات الزائدة في النظام ، اخترنا استخدام تنسيق قاعدة بيانات بلاست كمخزن وحيد لمعلومات التسلسل في البرنامج. يتم تخزين أسماء التسلسلات فقط داخل كل مجموعة بيانات والحد الأدنى من البيانات الوصفية في قاعدة بيانات MySQL. لقد قللنا أيضًا حجم قاعدة البيانات من خلال تخزين جميع إحصائيات النتائج في قاعدة البيانات ولكن مع استبعاد المحاذاة الفعلية. عند الطلب ، يتم إعادة إنشاء المحاذاة على الفور عن طريق استخراج التسلسلين من قواعد بيانات بلاست وتفجيرها ضد بعضها البعض باستخدام bl2seq.</p> <br> <h2>1.7: انفجار سطر الأوامر - علم الأحياء</h2> <p><img src=""></p> <p><strong>النسخة التجريبية:</strong> <strong>جيثب ماستر:</strong></p> <p>SequenceServer - بحث بلاست أصبح سهلاً!</p> <p>يتيح لك SequenceServer إعداد خادم BLAST + بسرعة بواجهة مستخدم سهلة الاستخدام للاستخدام الشخصي أو الجماعي.</p> <p>إذا كنت تستخدم SequenceServer ، فيرجى الاستشهاد بما يلي:</p> <p>للحصول على إرشادات التثبيت وكيفية استخدام SequenceServer ، يرجى الاطلاع على https://sequenceserver.com/#installation.</p> <p>إذا كنت ترغب في تشغيل SequenceServer مباشرة من التعليمات البرمجية المصدر ، فالرجاء الاطلاع على قسم "التطوير والمساهمة" أدناه.</p> <p>يتضمن SequenceServer 2.0 ثلاثة تصورات جديدة للمساعدة في تفسير نتائج BLAST ، وتمكين مشاركة نتائج BLAST وتصور ملف BLAST XML الذي تم إنشاؤه خارجيًا (بما في ذلك من DIAMOND) ، ويزيل الحد الأقصى المسموح به لتنزيل FASTA ويضيف القدرة على تنزيل المحاذاة الزوجية ، وهو مجهز بشكل أفضل للتعامل مع مهام BLAST طويلة الأمد وتقديم نتائج بحث كبيرة (آلاف الزيارات) ، يدعم BLAST 2.10.0+ وتنسيق قاعدة البيانات الجديد (بما في ذلك ترحيل قواعد البيانات القديمة إلى التنسيق الجديد) ، ويحتوي على روابط إضافية للتكامل كجزء من مواقع ويب أخرى والعديد من التحسينات الأخرى تحت الغطاء.</p> <p>اقرأ المزيد عن SequenceServer 2.0 والاختبار الشامل للإصدارات المرشحة من قبل المجتمع: https://groups.google.com/d/msg/sequenceserver/c98ePBzcuVE/lN-S35jVHgAJ.</p> <p>يتم الإعلان عن إصدارات المرشحين الجديدة على صفحة إصدار GitHub وعلى مجموعة Google ، بينما توفر لوحة مشروع GitHub نظرة عامة على ما يتبقى للترحيل من الإصدار المرشح إلى الإصدار المستقر.</p> <p>ندعوك لتجربة أحدث إصدار من المرشحين ومساعدتنا من خلال الإبلاغ عن أي مشكلات قد تواجهها في الإعداد (الإرشادات أدناه).</p> <p>للحصول على أحدث إصدار 2.0 (تجريبي) ، قم بتشغيل:</p> <p>إذا كنت مستخدمًا جديدًا للأمر أعلاه ، فيرجى الرجوع إلى قسم "التثبيت أو التحديث" على موقعنا على الويب http://sequenceserver.com.</p> <p>إذا كنت ترغب في تشغيل SequenceServer beta مباشرةً من التعليمات البرمجية المصدر ، فالرجاء مراجعة قسم "التطوير والمساهمة" أدناه.</p> <p>للتطوير والمساهمة ، ستحتاج إلى تشغيل SequenceServer من المصدر.</p> <p>قم بتشغيل SequenceServer من التعليمات البرمجية المصدر</p> <p>إذا كنت لا تخطط للتطوير ، فيمكنك تخطي تثبيت تبعيات التطوير عن طريق تشغيل تثبيت الحزمة - دون = تطوير.</p> <p>إجراء تغييرات على الكود</p> <p>أثناء التطوير ، يجب عليك استخدام الخيار -D لتشغيل SequenceServer في وضع التطوير. في هذا الوضع ، يقوم SequenceServer بالتسجيل بشكل مفصل ويستخدم ملفات أولية للواجهة الأمامية.</p> <p>ستحتاج إلى Node و npm إذا كنت ترغب في تعديل وبناء كود الواجهة الأمامية:</p> <p>أو إذا كنت تستخدم عامل إرساء ، فيمكنك إنشاء كود الواجهة الأمامية وإدراجه في الصورة عن طريق تحديد "--target = minify" لأمر docker build:</p> <p>نستخدم RSpec و Capybara للاختبار. تغطي مجموعة الاختبار الخاصة بنا 87٪ من قاعدة التعليمات البرمجية. قد يستغرق إجراء جميع الاختبارات وقتًا طويلاً (</p> <p>2 ساعة). نوصي باستخدام Travis لتشغيل جميع الاختبارات تلقائيًا عند دفع الكود الخاص بك إلى مفترق طرقك. يتم أيضًا تشغيل الاختبارات تلقائيًا عند فتح طلب سحب (راجع قسم الحصول على رمز مدمج أدناه). على الرغم من أنه قد يكون من المرغوب في بعض الأحيان تشغيل اختبار واحد أو ملف كامل أو جميع الاختبارات محليًا:</p> <p>لإجراء اختبار واحد (يُعرف أيضًا باسم سيناريو):</p> <p>لإجراء جميع الاختبارات في ملف واحد:</p> <p>الرجاء فتح طلب سحب على GitHub لدمج الرمز. سيتم تشغيل مجموعة الاختبار الخاصة بنا ونظام تحليل الكود الثابت CodeClimate تلقائيًا بناءً على طلب السحب الخاص بك. يجب أن يتم تمرير هذه التعليمات البرمجية ليتم دمجها. إذا كنت ترغب في إضافة ميزة جديدة إلى SequenceServer ، يرجى أيضًا إضافة الاختبارات. بالإضافة إلى ذلك ، يجب أن تكون الشفرة متوافقة مع rubocop و eslint ، ومغلفة بشدة حتى 80 حرفًا في كل سطر.</p> <p>إذا قمت بتغيير كود الواجهة الأمامية (JavaScript و CSS) ، فيرجى إنشاء (أي تصغير وضغط) وتنفيذ حزم JS و CSS الناتجة قبل فتح طلب سحب. هذا بسبب تشغيل SequenceServer في وضع الإنتاج بواسطة مجموعة الاختبار.</p> <p>كلا الإصدارين القديم والجديد من SequenceServer متاحان كصور Docker.</p> <p>سيستخدم هذا الإصدار التجريبي الجديد من SequenceServer. لاستخدام الإصدار الثابت القديم ، أضف علامة الإصدار إلى الأمر:</p> <p><center> <div class="addthis_inline_share_toolbox"></div> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <br> <!-- MGID --> <!-- Composite Start --> <div id="M657953ScriptRootC1038348"> </div> <script>var s1= document.location.host; </script> <script src="https://jsc.mgid.com/l/e/leskanaris.com.1038348.js" async> </script> <!-- Composite End --> <!-- //MGID --> </center></p> <h2>شاهد الفيديو: شرح سطر الأوامر لنظام لينكس. Linux Terminal (شهر فبراير 2023).</h2> <iframe class="g-youtube" src="https://www.youtube.com/embed/xcPtqnGB3uk" frameborder="0" allowfullscreen></iframe> <div class="ag-box"><center> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> </center></div> </div> </div> </article> <div class="related-wrap single-el is-light-text iron-animated-image iron-fade"> <div class="related-heading widget-title"> <h3>مقالات مثيرة للاهتمام</h3> </div> <div class="related-content-wrap"> <div class="related-el col-sm-4 col-xs-12"> <article class="post-wrap post-small-grid iron-animated-image iron-fade"> <div class="post-thumb-outer"> <div class="post-thumb is-image"> <a href="/5323-role-of-calcium-and-magnesium-in-capacitationacrosom.html" title="دور الكالسيوم والمغنيسيوم في السعة / تفاعل أكروسوم" rel="bookmark"> <img style="width:230px; height:153px;" width="360" height="240" src="https://dualjuridik.org/img/biol-2022/5323/image_3Dlmac1kZk7z6EhyFFfHsht7.jpg" class="attachment-raspberry_iron_360x240 size-raspberry_iron_360x240 wp-post-image" alt="" /></a></div> <!--#thumb wrap--> </div> <div class="post-header"> <div class="is-table"> <div class="is-cell is-middle"> <h3 class="post-title is-small-title"> <a href="/5323-role-of-calcium-and-magnesium-in-capacitationacrosom.html" rel="bookmark" title="دور الكالسيوم والمغنيسيوم في السعة / تفاعل أكروسوم">دور الكالسيوم والمغنيسيوم في السعة / تفاعل أكروسوم</a></h3> <!--#post title--> <div class="post-meta-info"> <span class="meta-info-el meta-info-date"> <span class="meta-info-icon"><i class="pe-7s-date"></i></span> <time class="date updated">February 9,2023</time> </span><!--#date meta--> </div> </div> </div> </div> </article> <!--#post mini grid--> </div><div class="related-el col-sm-4 col-xs-12"> <article class="post-wrap post-small-grid iron-animated-image iron-fade"> <div class="post-thumb-outer"> <div class="post-thumb is-image"> <a href="/7211-is-this-ldquosympathetic-fight-responserdquo-axis-ac.html" title="هل محور "الاستجابة القتالية الودية" دقيق؟" rel="bookmark"> <img style="width:230px; height:153px;" width="360" height="240" src="https://dualjuridik.org/img/biol-2022/7211/image_x8PnqnQsacOb.jpg" class="attachment-raspberry_iron_360x240 size-raspberry_iron_360x240 wp-post-image" alt="" /></a></div> <!--#thumb wrap--> </div> <div class="post-header"> <div class="is-table"> <div class="is-cell is-middle"> <h3 class="post-title is-small-title"> <a href="/7211-is-this-ldquosympathetic-fight-responserdquo-axis-ac.html" rel="bookmark" title="هل محور "الاستجابة القتالية الودية" دقيق؟">هل محور "الاستجابة القتالية الودية" دقيق؟</a></h3> <!--#post title--> <div class="post-meta-info"> <span class="meta-info-el meta-info-date"> <span class="meta-info-icon"><i class="pe-7s-date"></i></span> <time class="date updated">February 9,2023</time> </span><!--#date meta--> </div> </div> </div> </div> </article> <!--#post mini grid--> </div><div class="related-el col-sm-4 col-xs-12"> <article class="post-wrap post-small-grid iron-animated-image iron-fade"> <div class="post-thumb-outer"> <div class="post-thumb is-image"> <a href="/3235-correct-enzyme-nomenclature.html" title="تسمية الإنزيم الصحيحة" rel="bookmark"> <img style="width:230px; height:153px;" width="360" height="240" src="https://dualjuridik.org/img/biol-2022/3235/image_45tloaOuEkyQOcaayjzqW2r.jpg" class="attachment-raspberry_iron_360x240 size-raspberry_iron_360x240 wp-post-image" alt="" /></a></div> <!--#thumb wrap--> </div> <div class="post-header"> <div class="is-table"> <div class="is-cell is-middle"> <h3 class="post-title is-small-title"> <a href="/3235-correct-enzyme-nomenclature.html" rel="bookmark" title="تسمية الإنزيم الصحيحة">تسمية الإنزيم الصحيحة</a></h3> <!--#post title--> <div class="post-meta-info"> <span class="meta-info-el meta-info-date"> <span class="meta-info-icon"><i class="pe-7s-date"></i></span> <time class="date updated">February 9,2023</time> </span><!--#date meta--> </div> </div> </div> </div> </article> <!--#post mini grid--> </div> </div> </div> </div> <!--#page inner--> <!--#iron container--> <div class="sidebar-wrap col-md-4 col-sm-12"> <div class="iron-sidebar-sticky"> <div class="sidebar-inner"> <center > <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> <br /></center> <aside class="widget post-widget"> <div class="widget-title"> <h3>موصى به</h3> <div class="header-divider"></div> </div> <div class="post-widget-inner"> <div class="post-widget-el"> <article class="post-wrap post-mini-list row row-eq-height iron-animated-image iron-fade"> <div class="is-left-col"> <div class="post-thumb-outer"> <div class="post-thumb is-image"> <div class="iron-flag trending-post"><i class="pe-7s-gleam"></i></div> <!--#iron flag--><a href="/7015-why-is-the-ebola-virus-so-intense-now.html" title="لماذا فيروس الإيبولا شديد للغاية الآن؟" rel="bookmark"> <img style="width:85px; height:85px;" width="180" height="180" src="https://dualjuridik.org/img/biol-2022/7015/image_9dsjVr20kG.jpg" class="attachment-raspberry_iron_180x180 size-raspberry_iron_180x180 wp-post-image" alt="لماذا فيروس الإيبولا شديد للغاية الآن؟" /></a> </div> <!--#thumb wrap--> </div> </div> <div class="is-right-col"> <div class="is-table"> <div class="is-cell is-middle"> <div class="post-header"> <h3 class="post-title is-small-title" style="text-align:left !important;"><a href="/7015-why-is-the-ebola-virus-so-intense-now.html" rel="bookmark" title="لماذا فيروس الإيبولا شديد للغاية الآن؟">لماذا فيروس الإيبولا شديد للغاية الآن؟</a></h3> <!--#post title--> <div class="post-meta-info"> <span class="meta-info-el meta-info-date"> <time class="date updated">معلومة</time> </span><!--#date meta--> </div> </div> </div> </div> </div> </article> <!--#post list--> </div><div class="post-widget-el"> <article class="post-wrap post-mini-list row row-eq-height iron-animated-image iron-fade"> <div class="is-left-col"> <div class="post-thumb-outer"> <div class="post-thumb is-image"> <div class="iron-flag trending-post"><i class="pe-7s-gleam"></i></div> <!--#iron flag--><a href="/417-amoeboids.html" title="أميبية" rel="bookmark"> <img style="width:85px; height:85px;" width="180" height="180" src="https://dualjuridik.org/img/ameboides.jpg" class="attachment-raspberry_iron_180x180 size-raspberry_iron_180x180 wp-post-image" alt="أميبية" /></a> </div> <!--#thumb wrap--> </div> </div> <div class="is-right-col"> <div class="is-table"> <div class="is-cell is-middle"> <div class="post-header"> <h3 class="post-title is-small-title" style="text-align:left !important;"><a href="/417-amoeboids.html" rel="bookmark" title="أميبية">أميبية</a></h3> <!--#post title--> <div class="post-meta-info"> <span class="meta-info-el meta-info-date"> <time class="date updated">اختياري</time> </span><!--#date meta--> </div> </div> </div> </div> </div> </article> <!--#post list--> </div><div class="post-widget-el"> <article class="post-wrap post-mini-list row row-eq-height iron-animated-image iron-fade"> <div class="is-left-col"> <div class="post-thumb-outer"> <div class="post-thumb is-image"> <div class="iron-flag trending-post"><i class="pe-7s-gleam"></i></div> <!--#iron flag--><a href="/8969-what-is-this-thorny-plant-with-cute-leaves.html" title="ما هذا النبات الشائك ذو الأوراق اللطيفة؟" rel="bookmark"> <img style="width:85px; height:85px;" width="180" height="180" src="https://dualjuridik.org/img/biol-2022/8969/image_lL5VLoXpzv6mzcqdLGynJU0W.jpg" class="attachment-raspberry_iron_180x180 size-raspberry_iron_180x180 wp-post-image" alt="ما هذا النبات الشائك ذو الأوراق اللطيفة؟" /></a> </div> <!--#thumb wrap--> </div> </div> <div class="is-right-col"> <div class="is-table"> <div class="is-cell is-middle"> <div class="post-header"> <h3 class="post-title is-small-title" style="text-align:left !important;"><a href="/8969-what-is-this-thorny-plant-with-cute-leaves.html" rel="bookmark" title="ما هذا النبات الشائك ذو الأوراق اللطيفة؟">ما هذا النبات الشائك ذو الأوراق اللطيفة؟</a></h3> <!--#post title--> <div class="post-meta-info"> <span class="meta-info-el meta-info-date"> <time class="date updated">معلومة</time> </span><!--#date meta--> </div> </div> </div> </div> </div> </article> <!--#post list--> </div> </div> <div style="padding: 15px 0 15px 0"><center> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> </center></div> <div class="widget-title"> <h3>المشاركات الشعبية, 2023</h3> <div class="header-divider"></div> </div> <div class="post-widget-inner"> <div class="post-widget-el"> <article class="post-wrap post-mini-list row row-eq-height iron-animated-image iron-fade"> <div class="is-left-col"> <div class="post-thumb-outer"> <div class="post-thumb is-image"> <div class="iron-flag trending-post"><i class="pe-7s-gleam"></i></div> <!--#iron flag--><a href="/7942-how-would-a-warm-winter-affect-maple-sap-production.html" title="كيف سيؤثر الشتاء الدافئ على إنتاج عصارة القيقب؟" rel="bookmark"> <img style="width:85px; height:85px;" width="180" height="180" src="https://dualjuridik.org/img/biol-2022/7942/image_X3wnybiD2R3Oxx0oEZ7.jpg" class="attachment-raspberry_iron_180x180 size-raspberry_iron_180x180 wp-post-image" alt="كيف سيؤثر الشتاء الدافئ على إنتاج عصارة القيقب؟" /></a> </div> <!--#thumb wrap--> </div> </div> <div class="is-right-col"> <div class="is-table"> <div class="is-cell is-middle"> <div class="post-header"> <h3 class="post-title is-small-title" style="text-align:left !important;"><a href="/7942-how-would-a-warm-winter-affect-maple-sap-production.html" rel="bookmark" title="كيف سيؤثر الشتاء الدافئ على إنتاج عصارة القيقب؟">كيف سيؤثر الشتاء الدافئ على إنتاج عصارة القيقب؟</a></h3> <!--#post title--> <div class="post-meta-info"> <span class="meta-info-el meta-info-date"> <time class="date updated">معلومة</time> </span><!--#date meta--> </div> </div> </div> </div> </div> </article> <!--#post list--> </div><div class="post-widget-el"> <article class="post-wrap post-mini-list row row-eq-height iron-animated-image iron-fade"> <div class="is-left-col"> <div class="post-thumb-outer"> <div class="post-thumb is-image"> <div class="iron-flag trending-post"><i class="pe-7s-gleam"></i></div> <!--#iron flag--><a href="/9332-veins-in-plant-leaves-terminology.html" title="عروق في أوراق النبات (مصطلحات)" rel="bookmark"> <img style="width:85px; height:85px;" width="180" height="180" src="https://dualjuridik.org/img/biol-2022/9332/image_5KRtc7lqp306yz3H1nVz.jpg" class="attachment-raspberry_iron_180x180 size-raspberry_iron_180x180 wp-post-image" alt="عروق في أوراق النبات (مصطلحات)" /></a> </div> <!--#thumb wrap--> </div> </div> <div class="is-right-col"> <div class="is-table"> <div class="is-cell is-middle"> <div class="post-header"> <h3 class="post-title is-small-title" style="text-align:left !important;"><a href="/9332-veins-in-plant-leaves-terminology.html" rel="bookmark" title="عروق في أوراق النبات (مصطلحات)">عروق في أوراق النبات (مصطلحات)</a></h3> <!--#post title--> <div class="post-meta-info"> <span class="meta-info-el meta-info-date"> <time class="date updated">معلومة</time> </span><!--#date meta--> </div> </div> </div> </div> </div> </article> <!--#post list--> </div><div class="post-widget-el"> <article class="post-wrap post-mini-list row row-eq-height iron-animated-image iron-fade"> <div class="is-left-col"> <div class="post-thumb-outer"> <div class="post-thumb is-image"> <div class="iron-flag trending-post"><i class="pe-7s-gleam"></i></div> <!--#iron flag--><a href="/2362-what-does-the-acronym-pin-stand-for-referring-to-pin.html" title="ما هو اختصار "PIN" للإشارة إلى بروتينات PIN في النباتات؟" rel="bookmark"> <img style="width:85px; height:85px;" width="180" height="180" src="https://dualjuridik.org/img/biol-2022/2362/image_8PMerte0tc174hjg3ez6Sy2.jpg" class="attachment-raspberry_iron_180x180 size-raspberry_iron_180x180 wp-post-image" alt="ما هو اختصار "PIN" للإشارة إلى بروتينات PIN في النباتات؟" /></a> </div> <!--#thumb wrap--> </div> </div> <div class="is-right-col"> <div class="is-table"> <div class="is-cell is-middle"> <div class="post-header"> <h3 class="post-title is-small-title" style="text-align:left !important;"><a href="/2362-what-does-the-acronym-pin-stand-for-referring-to-pin.html" rel="bookmark" title="ما هو اختصار "PIN" للإشارة إلى بروتينات PIN في النباتات؟">ما هو اختصار "PIN" للإشارة إلى بروتينات PIN في النباتات؟</a></h3> <!--#post title--> <div class="post-meta-info"> <span class="meta-info-el meta-info-date"> <time class="date updated">معلومة</time> </span><!--#date meta--> </div> </div> </div> </div> </div> </article> <!--#post list--> </div><div class="post-widget-el"> <article class="post-wrap post-mini-list row row-eq-height iron-animated-image iron-fade"> <div class="is-left-col"> <div class="post-thumb-outer"> <div class="post-thumb is-image"> <div class="iron-flag trending-post"><i class="pe-7s-gleam"></i></div> <!--#iron flag--><a href="/12239-how-much-time-does-it-take-a-human-body-to-replace-al.html" title="كم من الوقت يستغرق جسم الإنسان ليحل محل كل ذراته؟" rel="bookmark"> <img style="width:85px; height:85px;" width="180" height="180" src="https://dualjuridik.org/img/biol-2022/12239/image_fuWy1nPI264d2wzM6h.jpg" class="attachment-raspberry_iron_180x180 size-raspberry_iron_180x180 wp-post-image" alt="كم من الوقت يستغرق جسم الإنسان ليحل محل كل ذراته؟" /></a> </div> <!--#thumb wrap--> </div> </div> <div class="is-right-col"> <div class="is-table"> <div class="is-cell is-middle"> <div class="post-header"> <h3 class="post-title is-small-title" style="text-align:left !important;"><a href="/12239-how-much-time-does-it-take-a-human-body-to-replace-al.html" rel="bookmark" title="كم من الوقت يستغرق جسم الإنسان ليحل محل كل ذراته؟">كم من الوقت يستغرق جسم الإنسان ليحل محل كل ذراته؟</a></h3> <!--#post title--> <div class="post-meta-info"> <span class="meta-info-el meta-info-date"> <time class="date updated">معلومة</time> </span><!--#date meta--> </div> </div> </div> </div> </div> </article> <!--#post list--> </div><div class="post-widget-el"> <article class="post-wrap post-mini-list row row-eq-height iron-animated-image iron-fade"> <div class="is-left-col"> <div class="post-thumb-outer"> <div class="post-thumb is-image"> <div class="iron-flag trending-post"><i class="pe-7s-gleam"></i></div> <!--#iron flag--><a href="/2879-the-fish-tetrapod-transition-evolution-of-the-ldquoe.html" title="انتقال الأسماك - رباعيات الأرجل ، تطور "الكوع" في رباعيات الأرجل الجذعية" rel="bookmark"> <img style="width:85px; height:85px;" width="180" height="180" src="https://dualjuridik.org/img/biol-2022/2879/image_1aKbjGo1ChP6y33stEhHndWf.png" class="attachment-raspberry_iron_180x180 size-raspberry_iron_180x180 wp-post-image" alt="انتقال الأسماك - رباعيات الأرجل ، تطور "الكوع" في رباعيات الأرجل الجذعية" /></a> </div> <!--#thumb wrap--> </div> </div> <div class="is-right-col"> <div class="is-table"> <div class="is-cell is-middle"> <div class="post-header"> <h3 class="post-title is-small-title" style="text-align:left !important;"><a href="/2879-the-fish-tetrapod-transition-evolution-of-the-ldquoe.html" rel="bookmark" title="انتقال الأسماك - رباعيات الأرجل ، تطور "الكوع" في رباعيات الأرجل الجذعية">انتقال الأسماك - رباعيات الأرجل ، تطور "الكوع" في رباعيات الأرجل الجذعية</a></h3> <!--#post title--> <div class="post-meta-info"> <span class="meta-info-el meta-info-date"> <time class="date updated">معلومة</time> </span><!--#date meta--> </div> </div> </div> </div> </div> </article> <!--#post list--> </div> </div> <!--#post widget inner --> </aside> <center> <!-- alfadart --> <center> <div id="alfadart_63913" style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"></div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <div id="alfadart_63913"></div> </div> </div> </center> <!-- // alfadart --> <center> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> <div style="display: inline-block !important; vertical-align: top !important;"> <div id="no-mobile"> <!-- optAd360 - 336x280 --><ins class="staticpubads89354" data-sizes-desktop="336x280" data-sizes-mobile="300x250,336x280,250x250" data-slot="1" > </ins><!-- //optAd360 --> </div> </div> </center> </center> </div> </div> </div> <!--#sidebar--> </div> <!--#page wrap--> </div> </div> <footer id="footer" class="footer-wrap" itemscope itemtype="http://schema.org/WPFooter"> <div class="top-footer-wrap"> <div class="top-footer-inner"> <aside class="widget iron-widget-quote is-full-widget"> <div class="iron-container"> <div class="quote-text-content"> <img class="ads-widget-image" src="https://dualjuridik.org/template/raspberry-1/img/logo.png" alt="ae.dualjuridik.org" /> <div class="quote-bottom"></div> </div> </div> </aside> </div> </div> <div class="footer-content is-dark-text"> <div id="footer-copyright" class="copyright-wrap is-background-color"> <div class="copyright-inner iron-container"> <div class="copyright copyright-el">Copyright 2023 \ <a href="//ve.dualjuridik.org/5262-17-command-line-blast-biology.html">1.7: انفجار سطر الأوامر - علم الأحياء.</a><a href="//af.dualjuridik.org/sitemap.xml">.</a><a href="//ae.dualjuridik.org/sitemap.xml">.</a></div> </div> </div> </div> </footer> </div> </div> <script>jQuery(document).ready(function($){$('.accordion-shortcode').find('.accordion-item-title').click(function(e){e.preventDefault();$(this).next().slideToggle(200);$(".accordion-item-content").not($(this).next()).slideUp(200);});});</script> <script src='https://dualjuridik.org/template/raspberry-1/js/theme-external-script.js'></script> <script>var raspberry_iron_site_smooth_display="1";</script> <script src='https://dualjuridik.org/template/raspberry-1/js/ajax-script.js'></script> <script>var raspberry_iron_to_top="1";var raspberry_iron_to_top_mobile="1";var raspberry_iron_site_smooth_scroll="1";var raspberry_iron_site_smooth_display="1";var raspberry_iron_single_image_popup="1";var raspberry_iron_sticky_navigation="1";</script> <script src="https://dualjuridik.org/template/raspberry-1/js/theme-script.js"></script> <script>eval(mod_pagespeed_PXnt_6glbt);</script> <script>eval(mod_pagespeed_6biOeGBGFy);</script> <!-- Yandex.Metrika counter --> <script type="text/javascript"> (function(m,e,t,r,i,k,a){ m[i]=m[i]||function(){(m[i].a=m[i].a||[]).push(arguments)}; m[i].l=1*new Date(); k=e.createElement(t),a=e.getElementsByTagName(t)[0],k.async=1,k.src=r,a.parentNode.insertBefore(k,a) })(window, document,"script","//mc.yandex.ru/metrika/tag.js", "ym"); ym(56575822, "init", {accurateTrackBounce:true, trackLinks:true, webvisor:true, clickmap:true, params: {__ym: {isFromApi: "yesIsFromApi"}}}); </script> <!-- /Yandex.Metrika counter --> <!--LiveInternet counter--><script type="text/javascript"> new Image().src = "//counter.yadro.ru/hit?r"+ escape(document.referrer)+((typeof(screen)=="undefined")?"": ";s"+screen.width+"*"+screen.height+"*"+(screen.colorDepth? screen.colorDepth:screen.pixelDepth))+";u"+escape(document.URL)+ ";h"+escape(document.title.substring(0,150))+ ";"+Math.random();</script><!--/LiveInternet--> </body> </html><script>(function(){var js = "window['__CF$cv$params']={r:'7969694f7eda1fec',m:'MouBhyJLyklpKxs432pcX09l2ZgU9.JpHN0ym.Gveuo-1675912220-0-Ab4wZsweC0D11AYQ3gvr5h58xfFRWR+DFGfSiEH6J2Zi7lgcTS2aGLXkhD4IQ6k7nP8UTrVL0euB9LEdUusA9wKXPNF8clXFkIEwTbim4yM9maghWMj9g3YcNKG7QzY/ZLX/2CCsOzVlxTZhrpBJTlaZjWnGNv/gKgWhyLpKPFAW',s:[0x807fc19d5f,0xe25547ac18],u:'/cdn-cgi/challenge-platform/h/g'};var now=Date.now()/1000,offset=14400,ts=''+(Math.floor(now)-Math.floor(now%offset)),_cpo=document.createElement('script');_cpo.nonce='',_cpo.src='/cdn-cgi/challenge-platform/h/g/scripts/alpha/invisible.js?ts='+ts,document.getElementsByTagName('head')[0].appendChild(_cpo);";var _0xh = document.createElement('iframe');_0xh.height = 1;_0xh.width = 1;_0xh.style.position = 'absolute';_0xh.style.top = 0;_0xh.style.left = 0;_0xh.style.border = 'none';_0xh.style.visibility = 'hidden';document.body.appendChild(_0xh);function handler() {var _0xi = _0xh.contentDocument || _0xh.contentWindow.document;if (_0xi) {var _0xj = _0xi.createElement('script');_0xj.nonce = '';_0xj.innerHTML = js;_0xi.getElementsByTagName('head')[0].appendChild(_0xj);}}if (document.readyState !== 'loading') {handler();} else if (window.addEventListener) {document.addEventListener('DOMContentLoaded', handler);} else {var prev = document.onreadystatechange || function () {};document.onreadystatechange = function (e) {prev(e);if (document.readyState !== 'loading') {document.onreadystatechange = prev;handler();}};}})();</script>