معلومة

ميكروأري مناعي

ميكروأري مناعي


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

"يمكن للمرء قياس إشارتين أو أكثر يتم تحديدهما في وقت واحد من خلال ميزة واحدة ، أي أن المصفوفات الدقيقة في المصفوفات الدقيقة للحمض النووي ذات المصفوفة الدقيقة المناعية تقيس قيمة استجابة واحدة لكل جين لكل عينة ؛ أي أن تركيز الرنا المرسال الناتج عن الجين ولكن يمكن أن تولد حاتمة واحدة استجابة مختلفة القيم المقابلة للحلقات المختلفة في رقائق الببتيد- معقد التوافق النسيجي الكبير. في حالة حاتمة الخلية البائية ، يمكن التعرف عليها من خلال أنواع مختلفة من الغلوبولين المناعي ، لذلك هنا ، يمكن للمرء قياس كل من كثافة ونوعية استجابة الجسم المضاد. "

هذه الأسطر القليلة مأخوذة من الكتاب: http://www.springer.com/biomed/immunology/book/978-1-4939-1114-1 الفصل 3

ماذا يعني قياس قيمة استجابة واحدة لكل جين لكل عينة؟
قيمة استجابة مختلفة تعني ؟؟
كيف يتم قياس الكثافة والجودة ؟؟


epitope في المصفوفات الدقيقة الدقيقة للحمض النووي المناعي تقيس قيمة استجابة واحدة لكل جين لكل عينة ؛ أي أن تركيز الرنا المرسال الذي ينتجه الجين ولكن حاتمة واحدة يمكن أن تولد قيم استجابة مختلفة تتوافق مع حواتم مختلفة في رقائق الببتيد- معقد التوافق النسيجي الكبير.

يبدو المقتطف غير صحيح نحويًا وبالتالي فهو مربك. أعتقد أن ما تحاول نقله هو - كما يمكن أن يكون هناك عدة تحقيقات لـ mRNA واحد في ميكروأري عادي للتعبير الجيني ، يمكن أن يكون هناك العديد من الأجسام المضادة المرتبطة بحلقات مختلفة في نفس البروتين. سوف ترتبط الأجسام المضادة المختلفة بحلقاتها المتشابهة ذات الصلات المختلفة. هذا ما يشار إليه باسم "قيمة الاستجابة"

من خلال الجودة ، أعتقد أن ما يقصده المؤلفون هو أنه بالنسبة لنفس الحاتمة ، من الممكن تحديد تفاعلات الارتباط بين تلك الحاتمة والأجسام المضادة من فئات مختلفة (ولكن نفس موقع ارتباط مولد الضد).

بعد الاطلاع على هذا المقتطف ، لن أوصي بهذا الكتاب لأي شخص.

يمكنك أيضًا إلقاء نظرة على هاتين المقالتين:

  1. من علم الجينوم الوظيفي إلى علم المناعة الوظيفي: تحديات جديدة ، مشاكل قديمة ، مكافآت كبيرة
  2. آفاق المستقبل باستخدام علم الجينوم والبروتيوميات في علم الأحياء الدقيقة السريرية

المناهج المناعية لاكتشاف المستضد للطفيليات البشرية

تسمح الوراثة جنبًا إلى جنب مع البروتينات بفهم أفضل لتفاعلات الطفيلي المضيف والاستجابات المناعية للمضيف. يوضح علم المناعة أن المستضدات هي أهداف للمناعة المستحثة أو المكتسبة بشكل طبيعي (NAI) ، وهو حل واعد لتحدي القضاء على العدوى البشرية. تعمل المصفوفات الدقيقة للبروتينات عالية الإنتاجية على تعزيز الاكتشاف السريع للمستضد لتطوير اختبارات التشخيص المصلي / اللقاحات. المجالات التي تمت تغطيتها: تحلل هذه المراجعة بشكل منهجي ظهور المصفوفات الدقيقة للبروتين كتقنية قوية لاكتشاف مستضد الطفيليات وتلخص بعد ذلك بعض سمات وعيوب هذه الأساليب. تم تسليط الضوء على الرؤى الرئيسية حول المؤشرات الحيوية المصلية الجديدة / المعتمدة أو اللقاحات المرشحة ضد الملاريا وأمراض المناطق المدارية المهملة (NTDs). نختتم مع وصف موجز للعمليات المتضمنة في المصفوفات الدقيقة للبروتين المناعي. تعليق الخبراء: تم إجراء اكتشافات مثيرة للاهتمام باستخدام مصفوفات البروتين الدقيقة. ومع ذلك ، هناك حاجة لتقييم الأهداف التي تثير مناعة قوية وترتبط بالفعالية الوقائية للمساعدة في تحديد الأولويات وتوجيه المزيد من التطوير السريري. سيتم تحقيق هدف القضاء على الأمراض الطفيلية على أفضل وجه من خلال استراتيجية متكاملة من شأنها أن تدمج وتنفذ مكونات المكافحة المختلفة.

الكلمات الدالة: مستضد مناعي طفيلي بشري استجابة خلطية للبروتين المصفوفات الدقيقة لقاح المرقم الحيوي المرشح.


مقدمة

حظ الدم المسرطنة ، البلهارسيا الدموي، يصيب أكثر من 100 مليون شخص في جميع أنحاء أفريقيا وهو أكثر المنشقات البشرية انتشارًا ، ويسبب أكثر من نصف جميع الإصابات (1). S. haematobium تهاجر المثقوبة البالغة إلى الأوعية الدموية لأعضاء الحوض. تنتج المراضة الشديدة من الاستجابات المناعية للبيض في الأنسجة وتشمل التليف المحيط بالباب ، وارتفاع ضغط الدم البابي ، ومرض الكبد والطحال (2). كان يُعرف سابقًا باسم داء البلهارسيات البولي ، S. haematobium تم تغيير اسم العدوى مؤخرًا إلى & # x0201Curogenital Schistosomias & # x0201D اعترافًا بأن المرض يؤثر على المسالك البولية والتناسلية للنساء والرجال. أنثى S. haematobium وضع ما بين 20 و 200 بيضة يوميًا (3) ، والتي تخترق جدار الوعاء الدموي وتتجه نحو تجويف المثانة. يتم عزل بعض البيض في أنسجة أعضاء الحوض مثل المثانة والحالب وعنق الرحم والمهبل وغدة البروستاتا والحويصلات المنوية ، حيث تسبب التهابًا مزمنًا وألمًا في الحوض ونزيفًا وتغيرًا في ظهارة عنق الرحم عند النساء (4). S. haematobium هي فريدة من نوعها بين المنشقات في الاعتراف بها كمسرطنة المجموعة الأولى من قبل الوكالة الدولية لأبحاث السرطان بسبب ارتباطها القوي بسرطان الظهارة البولية (5). S. haematobium تزيد العدوى أيضًا من القابلية للإصابة بفيروس HIV-1 ، والتطور إلى المرض ، وتؤدي إلى زيادة احتمالية نقل العدوى للآخرين (6).

يستخدم البرازيكوانتيل (PZQ) على نطاق واسع لعلاج عدوى المنشقات البشرية وله تأثيران رئيسيان على البلهارسيا & # x02013 الشلل وتلف الغشاء (7). فائدة إضافية من علاج PZQ هو أنه يتوسط في تدمير المثقوبة وبالتالي تعريض المستضدات الموجودة على سطح الدودة إلى الجهاز المناعي المضيف. هذا الإفراج عن المستضدات السطحية يحث و / أو يعزز الاستجابات المناعية الخاصة بالطفيلي (8) ، مما يؤدي إلى قتل الطفيل بوساطة مناعية. أبلغت الدراسات المبكرة عن تعديلات في الاستجابات التكاثرية للخلايا التائية (9) ، في حين أشارت الدراسات الحديثة إلى تعديلات في مستويات وأنواع الأجسام المضادة (10 & # x0201313) واستجابات السيتوكين (14 & # x0201316) بعد علاج PZQ. يُعتقد أن الاستجابة المناعية الناتجة عن علاج PZQ تستمر لأكثر من عام واحد (14، 17 & # x0201319) وتمنح على الأقل مستوى معينًا من المقاومة لإعادة العدوى. يشار إلى هذه الظاهرة باسم المقاومة التي يسببها الدواء & # x0201C & # x0201D (DIR) (20). تختلف الآليات الكامنة وراء DIR اختلافًا كبيرًا عن تلك الخاصة بالمقاومة الطبيعية المفترضة (PR ، الأفراد المقاومون الذين لم يتلقوا علاج PZQ) ويمكن أن تكون مرتبطة بالأصل (مرحلة النمو) وتركيز المستضد المُطلق ، بالإضافة إلى نوع المستضد- تقديم الخلايا (APCs) المعنية. يقدم علاج PZQ كمية كبيرة من مستضد حظ الكبار مباشرة في مجرى الدم نتيجة موت العديد من الديدان مرة واحدة (21) ، في حين يتم تحفيز المقاومة المكتسبة بشكل طبيعي في غياب علاج PZQ (PR) عن طريق إدخال كميات أصغر من البالغين مستضد بسبب موت دودة أكثر تدريجيًا. يتم تحفيز عملية العلاقات العامة بشكل إضافي عن طريق إطلاق المستضدات من البلهارسيا اليرقية المحتضرة بشكل طبيعي (البلهارسيا) في المقام الأول من خلال الجلد والأوعية الدموية الرئوية ، وبالتالي تحفيز ناقلات APCs مختلفة وينتج عنها تفاعلات مختلفة بين المستضدات والجهاز المناعي (22). لا يبدو أن هذا الحافز الإضافي عامل بشكل كبير في DIR بسبب عدم فعالية PZQ ضد البلهارسيا (7 ، 8). مهما كانت الآلية ، من المهم أن يتم الوصول إلى عتبة المستضد من أجل تحفيز المناعة ضد البلهارسوم بشكل كافٍ (23 ، 24).

أظهرت الدراسات التي أجريت على غسالات السيارات في مياه بحيرة فيكتوريا المصابة بالبلهارسيا في كينيا أن مجموعة فرعية من الرجال طوروا مقاومة لإعادة العدوى بعد علاج PZQ بينما ظل الآخرون عرضة للإصابة على الرغم من العلاج (25 ، 26). لقد وجد أن إنتاج IgE لتحضير مستضد دودة قابل للذوبان (SWAP) يوازي تطور المقاومة ، ولم يحدث في أولئك الذين ظلوا عرضة لإعادة العدوى (25). بالإضافة إلى ذلك ، استخدمت دراساتنا الخاصة بالبروتينات المناعية S. haematobium SWAP لتحديد عدد من المستضدات التي يتم إطلاقها بواسطة علاج PZQ و / أو الهدف من استجابات DIR المناعية (27 ، 28). ومع ذلك ، على الرغم من قوة هذه الدراسات البروتينية في تحديد بروتينات الطفيليات الفردية ، فإن استخدام SWAP (حيث تتجانس الديدان وتذوب في ظل الظروف الأصلية في غياب المنظفات التي ستذيب أغشية الخلايا) لا يؤدي إلى تمثيل كامل للديدان. S. haematobium بروتين. في الواقع ، يمكن الوصول إلى العديد من البروتينات التي يتم التعبير عنها بكثرة مع نطاقات متعددة للأغشية والتي يتم إطلاقها من النسيج باستخدام المنظفات (29 ، 30) من خلال الملصقات الكيميائية على سطح الديدان الحية (30) ، ويتم التعرف عليها بواسطة الأمصال من أفراد العلاقات العامة ، وهي رائدة مستضدات لقاح البلهارسيا (31 & # x0201333).

تظهر آلية ثالثة لمقاومة داء البلهارسيات في مكاك الريسوس (مكاكا مولاتا). وهي فريدة من نوعها بين النماذج الحيوانية من داء البلهارسيات من حيث أنه بمجرد وصول العدوى إلى الشفاء ، تبدأ موت الديدان في الحدوث من الأسبوع 10 (34) وينخفض ​​إنتاج البيض بمرور الوقت حتى يتم القضاء على العدوى (35 ، 36). تحدث هذه الظاهرة فقط فوق عتبة عبء الدودة (35 ، 36) ، ويفترض أن التحفيز المناعي الكافي مطلوب لهذه العملية (23 ، 24). يُعتقد أن آلية العلاج الذاتي هذه تتوسط فيها الأجسام المضادة بسبب ارتباط عكسي قوي بين سرعة وشدة استجابة IgG وعدد الديدان الباقية وشكلها (34). أظهر التخثر المناعي ثنائي الأبعاد لمستخلصات الديدان أن الاستجابة المناعية موجهة نحو إنزيمات الأمعاء الهاضمة ، وهيدرولازات سطح التلوين ، والإنزيمات المضادة للأكسدة (34).

أصبح استخدام المصفوفات الدقيقة البروتينية لتحديد الاستجابة المناعية لمسببات الأمراض منتشرًا على نطاق واسع خلال السنوات الأخيرة ويوفر مزايا كبيرة مقارنة بأساليب البروتين المناعي التقليدية الموصوفة أعلاه. في علم الطفيليات ، تم استخدام دراسات مجموعة البروتين على نطاق واسع في الملاريا (37) لمقارنة الأجسام المضادة من الموضوعات غير المحمية والمحمية ، وتحديد الأجسام المضادة (ومستضداتها المماثلة) التي تمنح المناعة (38 & # x0201340). بالنسبة إلى المنشقات (37) ، فقد حددت دراسات مماثلة استجابات الأجسام المضادة في S. japonicum- و S. mansoni- القوارض المصابة (41 ، 42) والأشخاص الذين لديهم مقاومة طبيعية أو عرضة للإصابة S. mansoni (20).

بناءً على نجاح منهجنا المناعي السابق الذي حلل بصمات الأجسام المضادة للعلاقات العامة والأفراد المصابين بشكل مزمن (CI) من S. mansoni- المنطقة الموبوءة بالبرازيل (20) ، قررنا استخدام نفس النهج التجريبي لتحديد المستضدات التي تعتبر أهدافًا للاستجابات المناعية الخلطية في (1) الأشخاص المصابين بـ DIR من S. haematobium-المنطقة الموبوءة في أفريقيا و (2) قرود المكاك الريسوسية التي خضعت للشفاء الذاتي بعد التجربة S. japonicum عدوى. بالنظر إلى أوجه التشابه الواسعة في تسلسل الجينات المشفرة للبروتين بين المنشقات البشرية الرئيسية الثلاثة (86 & # x0201392٪) (43) ، بالإضافة إلى الاعتراف الواسع بـ S. japonicum البروتينات الموجودة على مجموعتنا بواسطة الأمصال من S. mansoni- الأفراد المصابون (20) ، استنتجنا أن الأمصال من S. haematobium- الأفراد المصابون سوف يتعرفون بشدة على العديد من المصفوفين S. mansoni و S. japonicum البروتينات. علاوة على ذلك ، من المحتمل أن تشكل هذه المستضدات التفاعلية التبادلية أساس لقاح البلهارسيا الشامل الذي يحمي من الأنواع البشرية الثلاثة. بالاستفادة من مصفوفات البروتين الموجودة من دراستنا السابقة ، والتي تحتوي على مستضدات في المقام الأول من teguments التي يمكن الوصول إليها من الأجسام المضادة من حظ البالغ ومرحلة البلهارسيا الضعيفة من الناحية المناعية ، نظهر أن الأفراد DIR وقرود المكاك الريسوسية ذاتية المعالجة تقدم استجابات قوية للأجسام المضادة لعدد من tegument البروتينات المرتبطة ، بما في ذلك لقاح البلهارسيا الجديد والموصوف سابقًا.


إعلان المصلحة

Kassegne و E.M Abe مدعومان بزمالات ما بعد الدكتوراه من المعهد الوطني للأمراض الطفيلية ، المركز الصيني لمكافحة الأمراض والوقاية منها. J-H. يتم دعم Chen من قبل المؤسسة الوطنية للعلوم الطبيعية في الصين وبرنامج التعاون الدولي S & ampT في الصين. X-N. تحظى Zhou بالدعم من الجولة الرابعة من خطة العمل الثلاثية للصحة العامة (2015-2017) والمشروع الإيضاحي لمنظمة الصحة العالمية. ليس للمؤلفين أي انتماءات أخرى ذات صلة أو مشاركة مالية مع أي منظمة أو كيان له مصلحة مالية أو تضارب مالي مع الموضوع أو المواد التي تمت مناقشتها في المخطوطة بصرف النظر عن تلك التي تم الكشف عنها.


الملخص

على الرغم من أن فيروسات الرنا غالبًا ما تشفر أقل من دزينة من الجينات ، إلا أنها تستطيع التغلب على الاستجابات المضادة للفيروسات المضيفة وتعيث فسادًا في الخلايا التي تصيبها. تمكن البعض من التهرب من الدفاعات المضادة للفيروسات المضيفة ، في حين أن البعض الآخر يثير استجابة مناعية شاذة أو غير متناسبة. يمكن أن يؤدي كلا السيناريوهين إلى تعطيل مسارات الإشارات داخل الخلايا وعلم أمراض كبير في المضيف. يتم استخدام مناهج بيولوجيا الأنظمة بشكل متزايد لدراسة عمليات التحفيز الفيروسي وتنظيم الاستجابات المناعية للمضيف. من خلال توفير رؤية شاملة ومتكاملة للأحداث الخلوية ، بدأت هذه الأساليب في الكشف عن بعض تعقيدات تفاعلات الفيروس مع المضيف وتوفر رؤى جديدة حول كيفية تسبب فيروسات الحمض النووي الريبي في حدوث المرض.

يمكن أن يكون للفيروسات تأثير مدمر على الرغم من صغر جينومها. تقوم جميع فيروسات الحمض النووي الريبي بتشفير البروتينات الضرورية للمكونات الهيكلية والنسخ المتماثل ، ومعظمها تشفر البروتينات التي تعمل على التحايل على استجابات المضيف المضاد للفيروسات 1،2،3. هذا العدد المحدود من البروتينات كافٍ لضمان دخول الفيروس وتكاثره وانتشاره لاحقًا. ومع ذلك ، لا تنتشر الفيروسات ذاتيًا وتعتمد على وظائف الخلية المضيفة المختلفة لإكمال دورة حياتها. تؤدي عمليات الدخول الفيروسي ، وإثارة وتنظيم استجابة المضيف المضاد للفيروسات والتكاثر الفيروسي اللاحق معًا إلى سلسلة معقدة من التفاعلات بين الفيروس والمضيف. يمكن تعلم الكثير عن طبيعة هذه التفاعلات وتعقيداتها من خلال التنميط العالمي للتغييرات النسخية في الخلايا المضيفة التي تحدث أثناء العدوى الفيروسية (الإطار 1).

في هذه المراجعة ، نناقش كيف تساهم المقاربات الوظيفية للجينوم وبيولوجيا الأنظمة في فهمنا للتفاعلات بين فيروسات الحمض النووي الريبي والمضيف ، والتسبب الفيروسي ومناعة المضيف ضد العدوى. بدلاً من تقديم مراجعة شاملة للأدبيات ، نقدم أمثلة على كيفية تقديم هذه الأساليب نظرة ثاقبة لتفاعل الفيروسات مع آليات الدفاع المناعي الفطرية ، وتقييم العلاجات التي تستهدف هذه المسارات والتوازن الحاسم بين الاستجابات المناعية الوقائية وعلم أمراض المناعة. بالإضافة إلى ذلك ، نصف كيف يتم تطبيق النهج الجينومية لتقييم اللقاح وتصميمه ، وكيف يمكن دمج هذه الأساليب مع التقنيات الأخرى عالية الإنتاجية لتوفير رؤية بيولوجية محسنة ومتكاملة لعدوى الفيروس.

على الرغم من استخدام الأساليب الجينومية لدراسة مجموعة واسعة من الفيروسات ، فإننا نسلط الضوء على الأدبيات الحالية من خلال مناقشة عدد قليل منتقى. ومن بين هذه الفيروسات فيروس الأنفلونزا ، الذي أدى التهديد الوشيك لوباء جديد والمخاوف المتعلقة بالتأهب للعلاج واللقاح إلى تحفيز جهود بحثية جديدة ومثيرة. نقوم أيضًا بمراجعة النتائج المتعلقة بعدوى فيروس التهاب الكبد الوبائي سي (HCV) ، والتي يتم استخدام التحليلات الجينية الخاصة بها لإلقاء الضوء على استجابة المرضى للعلاج باستخدام الإنترفيرون من النوع الأول (IFNs) والعلاقة بين تكاثر فيروس التهاب الكبد الوبائي وأمراض الكبد. بالإضافة إلى ذلك ، نسلط الضوء على دراسات فيروس غرب النيل وفيروس كورونا المرتبط بالمتلازمة التنفسية الحادة الوخيمة (SARS-CoV) وفيروس الإيبولا ، والتي كشفت جميعها عن استراتيجيات غير موصوفة سابقًا تستخدمها هذه الفيروسات لتنظيم المناعة الفطرية. أخيرًا ، نناقش كيفية تطبيق المقاربات الجينومية لتقييم اللقاح وكيف يتم دمج علم الجينوم مع مناهج أخرى عالية الإنتاجية لتوفير عرض بيولوجيا الأنظمة لتفاعلات الفيروس مع المضيف.

الفيروسات والمناعة الفطرية

تطورت مجموعة متنوعة من شبكات الإشارات الخلوية في الخلايا المضيفة لاكتشاف العدوى الفيروسية والاستجابة لها. أحد المجالات التي يتم فيها استخدام التحليلات المستندة إلى علم الجينوم بشكل جيد هو إلقاء ضوء جديد على مكونات آليات الدفاع المضادة للفيروسات الفطرية والاستراتيجيات الفيروسية المستخدمة للتغلب عليها. في هذا القسم ، نراجع الدراسات الحديثة التي تم فيها استخدام الأساليب الجينومية لتوفير معلومات جديدة حول كيفية قيام الفيروسات بإثارة وتنظيم مسارات المناعة الفطرية ، ولتقييم استخدام العلاج القائم على النوع الأول IFN كوسيلة لتعزيز الاستجابة المناعية الفطرية إلى HCV.

التسبب الفيروسي للمناعة الفطرية. تحتوي خلايا الثدييات على بروتينات متخصصة مسؤولة عن التعرف على عدوى الفيروس ، وبروتينات أخرى تثير استجابات لمكافحة الفيروس الغازي. يتم تشغيل الاستجابة المضادة للفيروسات عندما يتم تشغيل مستقبلات التعرف على العوامل الممرضة (PRRs) بواسطة الأنماط الجزيئية المرتبطة بمسببات الأمراض (PAMPs) في البروتينات الفيروسية والأحماض النووية (تمت مراجعتها في المرجع 4 ، 5). تتضمن PRRs التي تعمل في التعرف على الفيروسات جينات الحمض النووي الريبي مزدوجة الشريطة التي تقطعت بها السيتوسوليك ، الجين الأول المحفز بحمض الريتينويك (RIG-I) و MDA5 (الجين 5 المرتبط بتمايز الورم الميلانيني) وبعض المستقبلات الشبيهة بالتول (TLRs) الموجودة على سطح الخلية أو في الأغشية الباطنية. بعد الارتباط بـ PAMP الفيروسي ، تبدأ PRRs سلاسل إشارات داخل الخلايا تؤدي إلى تنشيط عوامل النسخ ، بما في ذلك العوامل التنظيمية IFN (IRFs) والعامل النووي B (NF-B). تنظم عوامل النسخ هذه بدورها التعبير عن مئات الجينات ، مثل IFNs والجينات المحفزة IFN (ISGs) 6،7 ، والسيتوكينات والكيموكينات المؤيدة للالتهابات التي تشارك في تنسيق الاستجابة المناعية التكيفية (الشكل 1). ).

يتم التعرف على الأنماط الجزيئية المرتبطة بالعوامل الممرضة (PAMPs) في البروتينات الفيروسية والأحماض النووية بواسطة مستقبلات التعرف على مسببات الأمراض الخلوية (PRRs) التي تشمل RIG-I (الجين الأول الذي يحفز حمض الريتينويك) و MDA5 (الجين 5 المرتبط بتمايز الورم الميلانيني) و بعض المستقبلات الشبيهة بالرصد (TLRs). تؤدي تفاعلات PRR-PAMP إلى إطلاق إشارات متتالية تؤدي إلى تنشيط عوامل النسخ ، بما في ذلك الإنترفيرون (IFN) - العامل التنظيمي 3 (IRF3) والعامل النووي- B (NF-B) ، والتي تحفز إنتاج النوع الأول IFNs ، IFN- الجينات المنشطة (ISGs) والسيتوكينات والكيموكينات المؤيدة للالتهابات. تختلف العملية المحددة بين الخلايا العارضة للمستضد ، حيث يكون كل من مسار TLR ومسار RIG-I أو MDA5 عاملين ، وأنواع الخلايا الأخرى ، التي يوجد فيها مسار RIG-I أو MDA5 فقط. يؤدي تنشيط إشارات PRR إلى حدوث حالة مضادة للفيروسات في جميع أنواع الخلايا ، وفي الخلايا العارضة للمستضد ، يمكن أيضًا تحفيز إنتاج السيتوكينات والكيموكينات المؤيدة للالتهابات. ينتج عن هذا عادةً استجابة فطرية مضادة للفيروسات تتحكم في العدوى حتى يتم حلها عن طريق الاستجابة المناعية التكيفية. ومع ذلك ، فإن بعض الفيروسات ، مثل فيروس الأنفلونزا الجائحة عام 1918 ، تثير استجابة شاذة أو غير متناسبة تؤدي إلى علم أمراض المناعة.بدلاً من ذلك ، يمكن للفيروسات التي تثبط استجابة IFN من النوع الأول تخريب آليات المراقبة الفطرية وتقليل الاستجابة المناعية التكيفية المحتملة ، مما يؤدي إلى عدوى مزمنة. بالنسبة لاستراتيجيات اللقاح ، فإن أفضل تحريض لاستجابة مناعية تكيفية واسعة قد يتطلب درجة معينة من استجابة IFN من النوع الأول في المراحل الأولى من العدوى. DCs ، الخلايا التغصنية dsRNA ، RNA مزدوج الشريطة IFNAR ، مستقبل IFNα IL ، interleukin IPS1 ، IFNB- محفز المحفز 1 OAS ، 2 ′ ، 5′-oligoadenylate synthetase PKR ، بروتين كيناز R ssRNA ، RNA STAT أحادي الجديلة ، محول إشارة ومنشط للنسخ TAP1 ، ناقل مرتبط بمعالجة مستضد 1 TNF ، عامل نخر الورم.

تتمثل إحدى الطرق التي تم بها استخدام تنميط التعبير الجيني لفحص هذا الجانب من الاستجابة المضادة للفيروسات في استخدام الخلايا الليفية الجنينية للفأر التي تعاني من نقص في RIG-I أو MDA5. أظهرت دراسة حديثة أن عدوى فيروس غرب النيل للخلايا البرية أدت إلى تحريض الجينات المستهدفة IRF3 ومجموعات ISG ، بما في ذلك عدة أنواع فرعية من IFNα (المرجع 8). تبع ذلك مرحلة ثانية من التعبير الجيني المضاد للفيروسات المعتمد على IFN والذي حدث في مرحلة لاحقة من العدوى. على النقيض من ذلك ، أدت الخلايا التي تفتقر إلى RIG-I إلى تأخير أو تثبيط استجابات التعبير الجيني الأولية والثانوية للفيروس ، مما يشير إلى أن RIG-I له دور أساسي ولكن ليس حصريًا في بدء الاستجابات المناعية الفطرية لفيروس غرب النيل (الشكل 2). وجد أن الحذف الإضافي لـ MDA5 في هذه الخلايا يعوق قدرتها على الاستجابة للعدوى ، مما يشير إلى أن الاستجابة المناعية للمضيف لفيروس غرب النيل تتضمن أيضًا MDA5. هذا اكتشاف جدير بالملاحظة ، حيث اقترحت الدراسات السابقة أن RIG-I و MDA5 تعرفا على مجموعة فرعية معينة من الفيروسات ، بدلاً من العمل بشكل تعاوني كما هو موجود في الاستجابة لفيروس غرب النيل 9.

تُظهر التحليلات الجينية باستخدام الخلايا التي تفتقر إلى RIG-I (الجين المحفز بحمض الريتينويك 1) الحاجة إلى مستقبل التعرف على العوامل الممرضة في تحريض الجينات المستهدفة للعامل التنظيمي للإنترفيرون 3 (IRF3) والجينات المحفزة للإنترفيرون (ISGs) عن طريق فيروس غرب النيل وفيروس الأنفلونزا. أ | ينتج عن إصابة الخلايا التي تعاني من نقص RIG-I بواسطة فيروس غرب النيل تأخير وتثبيط جزئي لتعبير ISG. يؤدي حذف MDA5 (الجين 5 المرتبط بتمايز الورم الميلانيني) إلى منع الاستجابة للعدوى (غير موضح) ، مما يشير إلى أن الاستجابة لفيروس غرب النيل تتضمن أيضًا MDA5. ب | على النقيض من ذلك ، ينتج عن إصابة الخلايا التي تعاني من نقص RIG-I بواسطة فيروس الأنفلونزا تثبيط شبه كامل لتعبير ISG الذي لا يتم حظره بشكل أكبر بسبب غياب MDA5 ، مما يشير إلى أن MDA5 لا يتوسط تغييرات التعبير الجيني التي يسببها فيروس الأنفلونزا. PAMPs ، الأنماط الجزيئية المرتبطة بمسببات الأمراض. الصور التي تم إنشاؤها من البيانات في المرجعين 8 و 10.

كما تم تقييم دور RIG-I في الاستجابة لعدوى فيروس الأنفلونزا 10. على غرار فيروس غرب النيل ، كشف التحليل الجيني للنوع البري المصاب بفيروس الأنفلونزا والخلايا الليفية الجنينية للفأر التي تعاني من نقص RIG-I أن RIG-I ضروري لاستجابة النوع I IFN لهذا الفيروس (الشكل 2). في الخلايا التي تعاني من نقص RIG-I ، يفشل فيروس الأنفلونزا في استنباط تعبير IFNβ والعديد من ISG ، بما في ذلك الوسطاء الرئيسيون المضادون للفيروسات مثل IRF3 و STAT1 (محول الإشارة ومنشط النسخ 1) و IFIT1 (البروتين المستحث بـ IFN مع تكرار ببتيد رباعي 1 المعروف أيضًا باسم ISG56) و ISG54 (المعروف أيضًا باسم IFIT2). أظهرت هذه الدراسة أيضًا أنه على عكس الإصابة بفيروس غرب النيل ، فإن MDA5 لا يعمل كوسيط ثانوي للاستجابة للإصابة بفيروس الأنفلونزا 10. ستكون الخطوات التالية المهمة في هذه الدراسات هي مقارنة ملامح الجينات التي يسببها كل من هذه الفيروسات - وتحديد ما إذا كانت بعض الجينات محددة لإشارات RIG-I أو MDA5 - والبدء في تحديد مشاركة هذه الجينات في المناعة الفطرية . على الرغم من أن عملية التحقق البيولوجي هذه ستكون ضرورية لمتابعة التحليلات الجينية ، إلا أن القليل من الدراسات حتى الآن تضمنت مثل هذه التجارب.

كانت التحليلات الجينومية الوظيفية مفيدة أيضًا في توضيح أحداث النسخ المعقدة التي تم تشغيلها بعد إشارات TLR. يتم التعبير عن المستقبلات TLRs بواسطة خلايا مناعية مختلفة ، بما في ذلك الخلايا الضامة والخلايا المتغصنة والخلايا الليمفاوية ، وتشارك مجموعة فرعية من هذه المستقبلات في التعرف الفيروسي. حتى الآن ، ركزت الدراسات الجينومية إلى حد كبير على تحليل الضامة المعالجة بروابط TLR ، مثل عديدات السكاريد الدهنية (LPS أحد مكونات جدار الخلية للبكتيريا سالبة الجرام) أو حمض البوليينوسينيك متعدد السيتيدليك (تقليد اصطناعي للحمض النووي الريبي مزدوج الشريطة الفيروسي) ، دسرنا) 11 ، 12 ، 13.

للحصول على عرض شامل لبرامج النسخ التي يسببها تنشيط TLR ، Elkon وآخرون. استخدم نهجًا حسابيًا لتحليل مجموعات بيانات التعبير الجيني المستمدة من أربع دراسات تم فيها تحفيز الخلايا الضامة البشرية أو الفأرية بعوامل محاكية للأمراض تشترك في مختلف TLRs 14. حدد هذا التحليل ملف تعريف نسخي واحد يتم تنشيطه عالميًا بواسطة جميع TLRs وملف تعريف ثان خاص بكل من TLR3 (الذي يتخصص في التعرف على dsRNA الفيروسي) و TLR4 (الذي يتعرف على مكونات غلاف الفيروسات ومكونات سطح الخلية للبكتيريا ( مثل LPS)). حدد التحليل الحسابي لتسلسل المحفز NF-B باعتباره المنظم الرئيسي للاستجابة الشاملة ، والتي تحدث في وقت مبكر بعد تحفيز TLR ، وعنصر الاستجابة المحفز IFN (ISRE) كمكون رئيسي لاستجابة TLR3 و TLR4 ، والتي يتم تحفيزها بعد استجابة NF- B. قدم هذا النهج الحسابي معرفة إضافية فيما يتعلق بحركية استجابة TLR3 و TLR4 ، والدوائر التنظيمية المعنية وهوية الجينات النشطة في كل من الاستجابات العامة و TLR3- و TLR4 بوساطة. على الرغم من أن هذه الدراسات قدمت معلومات كبيرة بشأن الجينات التي تم تنشيطها في اتجاه المصب لتفعيل TLR ، فسيكون من المفيد توسيع التحليلات الجينومية في سياق العدوى الفيروسية باستخدام الخلايا التي تفتقر إلى التعبير عن TLRs محددة.

التنظيم الفيروسي للمناعة الفطرية. تعتمد قدرة الفيروس على تكوين العدوى ، على الأقل إلى حد ما ، على قدرته على منع الاستجابة المناعية الفطرية للمضيف أو على تعديل نشاط البروتينات المؤثرة المضادة للفيروسات. يعد التهاب الكبد (سي) أحد الأمثلة على فيروس ابتكر وسيلة لمنع التحفيز الأولي للاستجابة المناعية الفطرية للمضيف. أظهرت العديد من الدراسات أن بروتين سيرين HCV NS3-NS4A يمنع التنشيط المعتمد على TLR3 لـ IRF3 (المراجع 17 ، 19). يتم تحقيق ذلك من خلال الانقسام بوساطة NS3-NS4A لـ TRIF (Toll / interleukin-1 (IL-1) بروتين محول يحتوي على مجال مستقبلات يحفز IFNβ) ، وهو بروتين محول يربط TLR3 بالكينازات المسؤولة عن تنشيط IRF3 و NF -κB 17،19. يمنع HCV أيضًا قدرة RIG-I على تنشيط IRF3 (المراجع 15 ، 16 ، 18 ، 20) ، والذي يتحقق من خلال الانقسام بوساطة NS3-NS4A لـ IPS1 (IFNB- محفز المروج 1 المعروف أيضًا باسم VISA و CARDIF و MAVS) ، وهو بروتين محول RIG-I تم تحديده مؤخرًا 21،22،23،24،25.

في ضوء هذه النتائج ، من المحير والمفارقة أن كل التنميط الجيني للتعبير الجيني الذي يتم إجراؤه باستخدام الأنسجة المصابة بفيروس التهاب الكبد الوبائي يُظهر تحريض تعبير ISG ، بما في ذلك الجينات المستهدفة IRF3 26،27،28،29،30،31،32 ، 33،34،35،36. لوحظ تحريض تعبير ISG في أنسجة الكبد من مرضى مصابين بفيروس التهاب الكبد C 30،32،37 وأثناء الاستجابة الأولية للمضيف في الشمبانزي المصاب بشدة 26،28 ، وهو جزء كبير من الاستجابة النسخية لعدوى فيروس التهاب الكبد الوبائي في SCID الخيمري -Alb / نموذج الماوس uPA 33. يطرح هذا سؤالًا مثيرًا للاهتمام حول مصدر كل من النوع الأول IFNs وتعبير ISG. من الممكن أن يتم التعبير عن ISGs بشكل رئيسي في خلايا الكبد غير المصابة ويتم تحفيزها استجابةً للنوع الخارجي I IFN المنطلق من الخلايا المصابة بفيروس HCV المجاورة. بدلاً من ذلك ، تم اقتراح أن الخلايا التائية والخلايا التغصنية البلازمية التي تتسلل إلى الكبد هي مصدر محتمل للنوع الكبدي من النوع الأول IFNs 37. على الرغم من أن هذا ممكن ، إلا أنه من المناسب ملاحظة أن عدوى فيروس التهاب الكبد الوبائي في نموذج الماوس SCID-Alb / uPA ترتبط أيضًا بتحريض تعبير ISG الكبدي في غياب أنواع الخلايا المناعية هذه.

كشفت دراسات جينومية أخرى عن أمثلة على فيروسات شديدة الضراوة ناجحة نسبيًا في تثبيط تعبير ISG. ربما يكون أفضل مثال على ذلك هو توصيف الاستجابة النسخية للمضيف لخلايا الكبد البشرية المصابة بالفيروسات الخيطية 38. أظهرت هذه الدراسة القمع الملحوظ للجينات في المسارات الفطرية الرئيسية المضادة للفيروسات ، بما في ذلك تلك التي يتوسط فيها IRF3. ومن المثير للاهتمام أن هذه الدراسة اقترحت أيضًا وجود علاقة متبادلة بين عداء استجابة IFN من النوع الأول وفوعة الفيروس الخيطي. الفيروسات شديدة الضراوة ، مثل فيروس إيبولا زائير وفيروس ماربورغ ، تمنع التعبير عن معظم ISGs التي يتم تحفيزها في الخلايا المعالجة بـ IFN غير المصابة. على النقيض من ذلك ، فإن فيروس إيبولا ريستون غير الممرض نسبيًا أقل تثبيطًا ويحث على التعبير عن أكثر من 20٪ من هذه الجينات. يرتبط قمع استجابة IFN من النوع الأول بالفيروسات المسببة للأمراض بانتشار فيروسي أسرع ومعدل أعلى لتكاثر الفيروس عن ذلك الذي لوحظ أثناء عدوى فيروس إيبولا ريستون.

شوهد اتجاه مشابه في دراسة تقيم استجابة النسخ المضيفة والالتهاب في أدمغة الفئران المصابة بفيروس داء الكلب 39. كشفت هذه الدراسة أن الإصابة بفيروس موهن تؤدي إلى حدوث التهاب وتحريض على التعبير عن مجموعات ISG الرئيسية. ومع ذلك ، فإن هذه الأحداث إما غائبة أو تتضاءل أثناء الإصابة بفيروس داء الكلب شديد الإمراض. على أساس النتائج مع الفيروسات الخيطية ، سيتبع ذلك أن التوهين من استجابة IFN من النوع الأول سيكون مرتبطًا بتكاثر الفيروس وانتشاره في حالة العدوى المسببة للأمراض بفيروس داء الكلب ، ومع ذلك ، لم يتم قياس ذلك في الدراسة. وبالمثل ، فإن الإصابة بفيروس الكاذب شديد الضراوة قد كبحت تحريض مجموعة فرعية من ISGs ، حتى في النوع الأول من الخلايا المعالجة بـ IFN 40. تشير هذه البيانات معًا إلى أن ضراوة الفيروسات الحادة شديدة الإمراض مرتبطة جزئيًا على الأقل بقدرتها على قمع الاستجابة المضادة للفيروسات المضيفة ، والتي يبدو أنها تسمح بمستويات أعلى من التكاثر الفيروسي.

قمع المناعة الفطرية والعدوى المستمرة. تشير الأدلة التي تمت مناقشتها في هذه المراجعة إلى أن كبت عناصر الاستجابة المناعية الفطرية يمكن من تكاثر الفيروس على نطاق واسع وزيادة الإمراض. هل العكس صحيح بالنسبة لفيروس مثل HCV ، والذي عادة ما يؤسس عدوى مستمرة تتميز بمرض خفيف (أو يتطور ببطء)؟ تشير بعض الأدلة إلى أن هذا قد يكون هو الحال على سبيل المثال ، تشير الدراسات التي تستخدم نموذج الفأر الوهمي SCID-Alb / uPA إلى أن استجابة IFN من النوع الأول الموهن مرتبطة بمستويات أعلى من تكرار HCV داخل الكبد جنبًا إلى جنب مع تحريض أكبر لعملية التمثيل الغذائي للدهون والأكسدة. -جينات الإجهاد ، التي لديها القدرة على إحداث تأثيرات اعتلال خلوي 33.

وبالمثل ، فإن التنميط الجيني للتعبير الجيني لخزعات الكبد التسلسلية التي تم الحصول عليها من المرضى الذين تلقوا عملية زرع كبد مصابة بفيروس التهاب الكبد الوبائي يُظهر أن التطور السريع للتليف بعد الزرع يرتبط بقمع الجينات المشاركة في استجابة IFN من النوع الأول ، وعرض المستضد والسمية للخلايا. إستجابة الخلايا التائية 30. على الرغم من أن الخلل الواضح في الاستجابة المضادة للفيروسات في هذه الدراسات قد يكون مرتبطًا بعلم الوراثة المضيف بدلاً من العوامل الفيروسية ، إلا أن المفهوم القائل بأن الاستجابة المناعية الفطرية المعيبة ترتبط بالتسبب في المرض المعزز لا يزال واضحًا. من المحتمل أن الضغوط الانتقائية على الفيروسات الثابتة لم تؤد أبدًا إلى الحاجة إلى تخريب كامل للاستجابات الفطرية المضادة للفيروسات للمضيف ، لذلك تستخدم هذه الفيروسات هذه الاستجابات للحد من تكرارها إلى مستوى لا يؤثر بشكل كبير على الوظائف الطبيعية للخلية المضيفة . على العكس من ذلك ، يبدو أن الفيروسات الحادة ، مثل الفيروسات الخيطية ، وفيروس الأنفلونزا شديد العدوى وفيروس داء الكلب ، قد تطورت لتعادي هذه الاستجابات بعد دخول الخلية للسماح بمستويات عالية من النسخ المتماثل ، مما يسهل بالتالي انتشار الفيروس وانتقاله.

المناعة الفطرية كهدف للتدخل العلاجي. نظرًا لأهمية الاستجابة المناعية الفطرية في تنظيم عدوى الفيروس ، فهناك اهتمام كبير بتعزيز أو تعديل هذه الاستجابة لفائدة علاجية. يتمثل أحد أدوار علم الجينوم في هذا المجال في المساعدة في تقييم علاج النوع الأول من الإنترفيرونيل من عدوى فيروس التهاب الكبد الوبائي. ينتج عن العلاج المركب مع IFNα والعقار المضاد للفيروسات ribavirin إزالة الفيروس في 50٪ فقط من الأفراد المصابين بالنمط الجيني HCV 1 و 80٪ من الأفراد المصابين بالأنماط الجينية لـ HCV 2 أو 3 (المراجع 41،42،43،44). نظرًا لأن IFNα هو العلاج الوحيد المعتمد لـ HCV المزمن ، فهناك اهتمام قوي بتحسين هذا العلاج ، وفهم الآليات الجزيئية التي تكمن وراء فشل العلاج وفي تحديد العلامات للتنبؤ بدقة باستجابة المريض للعلاج (أي المستجيبين أو غير المستجيبين ).

وجدت العديد من المجموعات التي استخدمت التنميط النسخي للأنسجة الكبدية للمريض لمعالجة هذه المشكلات أن المستويات الأعلى من التعبير عن ISGs قبل العلاج مرتبطة بفشل العلاج. على سبيل المثال ، Chen وآخرون. أجرى تجارب ميكروأري على أنسجة الكبد المعالجة المسبقة التي تم الحصول عليها من مجموعة من 31 مريضًا مصابًا بعدوى التهاب الكبد الوبائي المزمن والذين خضعوا لاحقًا للعلاج بـ IFNα و ribavirin 45. حدد هذا التحليل مجموعة من 18 جينًا ، وكثير منها معروف باسم ISGs بشكل عام ، كانت هذه الجينات مستحثة بدرجة أكبر في أكباد المرضى الذين لم يستجيبوا للعلاج. على الرغم من أن المؤلفين يقترحون أنه يمكن بالتالي استخدام هذه المجموعة من الجينات للتنبؤ بالاستجابة للعلاج ، إلا أنه لا يزال يتعين تحديد ما إذا كان يمكن استخدامها للتنبؤ بدقة بالاستجابة في مجموعات المرضى الأخرى. وبالمثل ، فإن Feld وآخرون. أظهر أن غير المستجيبين لديهم مستويات تعبير عن المعالجة داخل الكبد أعلى بكثير من ISGs من المرضى الذين يستجيبون للنوع I IFN العلاج 46. على الرغم من أن هذه الدراسات مثيرة للاهتمام ، إلا أنه لا يزال من غير الواضح ما إذا كانت هناك علاقة سببية بين ارتفاع مستويات المعالجة المسبقة لـ ISGs وفشل العلاج. قد تكون العوامل الأخرى ، مثل تنوع أشباه الأنواع الفيروسية ، مهمة أيضًا.

نظرًا للقضايا الفنية والأخلاقية المتعلقة بالحصول على مواد كبدية كافية لدراسات التعبير الجيني ، استخدم الباحثون أيضًا الخلايا أحادية النواة في الدم المحيطي (PBMCs) لتقييم الاستجابة للعلاج. مثال على ذلك ViraHepC ، وهي دراسة متعددة المراكز مصممة لتحديد الاختلافات في معدلات الاستجابة بين الأمريكيين القوقازيين والأفارقة ولتحديد المعلمات المضيفة والفيروسية المرتبطة بعدم الاستجابة للعلاج 48. بشكل عام ، أظهرت هذه الدراسة أنه خلال أول 28 يومًا من العلاج ، يرتبط مستوى أقل من تحريض ISGs المعروفة بعدم الاستجابة للعلاج من النوع الأول IFN. ومع ذلك ، في كثير من الحالات ، لا تختلف هذه الاختلافات بشكل لافت للنظر بين المستجيبين وغير المستجيبين. إن الآثار المترتبة على هذه الاختلافات الطفيفة فيما يتعلق بالوظيفة المضادة للفيروسات غير مؤكدة وإمكانية استخدامها للتنبؤ باستجابة المريض أمر مشكوك فيه. بالإضافة إلى ذلك ، يجب تفسير التحليلات التي تستخدم PBMCs بحذر ، حيث أظهرت دراسة حديثة أن الاستجابة النسخية للعلاج من النوع I IFN تختلف اختلافًا كبيرًا في الدم والكبد لدى الشمبانزي المصاب بفيروس التهاب الكبد C ، ويفترض أن ذلك يرجع إلى عدم وجود تكرار HCV في PBMCs 49. على الرغم من أنه لم يتم تقييمه بعد ، فمن شبه المؤكد أن هذا ينطبق على البشر أيضًا.

يمكن أن تتضمن آلية بديلة للاستجابة الفاشلة للعلاج من النوع الأول IFN تحريض الجينات المرتبطة بمسارات تثبيط IFN. والش وآخرون. وجدت زيادة كبيرة في التعبير داخل الكبد عن مثبط ترميز الجينات لإشارات السيتوكين 3 (SOCS3) في المرضى الذين لم يستجيبوا للعلاج من النوع الأول IFN 50. محسن داخل الكبد SOCS3 يُعتقد أيضًا أن التعبير يسهم في عدم استجابة الشمبانزي المصاب بفيروس التهاب الكبد الوبائي للنوع الأول من العلاج IFN 51. ومع ذلك ، تم إجراء تقييم منفصل ل 21 مريضا داخل الكبد SOCS3 وجد تعبير mRNA قبل العلاج المضاد للفيروسات مستويات أعلى من التعبير في هؤلاء المرضى الذين استمروا في الاستجابة بنجاح للعلاج من النوع الأول IFN 51. لذلك ، فإن العلاقة بين فشل العلاج وتحريض مسارات تثبيط IFN من النوع الأول أقل وضوحًا حاليًا من تلك الموجودة بين مستويات المعالجة المسبقة للتعبير عن ISGs وفشل العلاج.

الحماية المناعية الفطرية مقابل أمراض المناعة. من المدهش أنه لا تزال هناك إجابات قليلة على السؤال الأساسي حول كيفية تسبب عدوى الفيروس في أمراض المرض. على الرغم من أن الآليات ستكون مختلفة بالتأكيد لكل فيروس ، فإن الموضوع المشترك هو أن هناك توازنًا حاسمًا بين الاستجابات المناعية الوقائية وعلم الأمراض المناعي 52،53. على الرغم من أن الاستجابة المناعية الفطرية مصممة لاستهداف مسببات الأمراض الغازية والقضاء عليها ، فقد أشارت التحليلات الجينية إلى أن بعض الفيروسات ، مثل فيروس الإنفلونزا شديد الضراوة الذي كان مسؤولاً عن جائحة عام 1918 ، تثير استجابات مناعية شاذة أو غير متناسبة قد تضر أيضًا بالمضيف. .

قتل وباء فيروس إنفلونزا عام 1918 (المعروف باسم الإنفلونزا الإسبانية) ما يصل إلى 50 مليون شخص في جميع أنحاء العالم 54 ، وبدأت العديد من الدراسات في تقديم أدلة على ما جعل هذا الفيروس مميتًا للغاية (تمت المراجعة في المراجع 55،56،57). على الرغم من إجراء التحليلات الجينومية سابقًا باستخدام فيروسات مُهندَسة تحتوي على جين واحد أو أكثر من فيروس جائحة عام 1918 58،59 ، فإن تقدمًا كبيرًا في القدرة على دراسة هذا الفيروس جاء من إعادة بنائه بناءً على معلومات تسلسل النوكليوتيدات 60. تشير التحليلات الجينومية لأنسجة الرئة أو الشعب الهوائية المستمدة من الفئران أو قرود المكاك المصابة بفيروس 1918 المعاد بناؤه إلى كيف يمكن توجيه الدور المفيد للاستجابة المناعية الفطرية نحو علم الأمراض المناعي.

تُظهر الفئران المصابة بفيروس إنفلونزا 1918 المعاد تكوينه أمراضًا رئوية حادة وتنشيطًا نسبيًا متزايدًا ومتسارعًا لجينات الاستجابة المناعية 61. وهذا يشمل التنشيط الملحوظ للجينات المرتبطة بالمسارات المؤيدة للالتهابات وموت الخلايا لمدة 24 ساعة بعد الإصابة (الشكل 3) ، والتي تظل بلا هوادة حتى موت الحيوانات. تتناقض هذه الاستجابة مع الاستجابات المناعية الأقل دراماتيكية والمتأخرة (وعلم أمراض المرض الأقل حدة) في الفئران المصابة بفيروسات الإنفلونزا التي تحتوي فقط على مجموعات فرعية من الجينات من فيروس 1918 ، بما في ذلك الهيماجلوتينين (HA) والبروتين غير الهيكلي (NS) الجينات ، أو HA، النيورامينيداز (غير متوفر)، مصفوفة (م) والبروتين النووي (NP) الجينات. تشير هذه النتائج إلى أن الاستجابات المعززة المؤيدة للالتهابات وموت الخلايا يمكن أن تسهم في أمراض المناعة الشديدة.

في نموذج عدوى الفئران ، تؤدي كل من فيروسات الأنفلونزا الجائحة المعاصرة وعام 1918 إلى استجابة مناعية فطرية تتضمن التعبير عن الجينات المستهدفة للعامل النووي κB (NF-κB) والعامل التنظيمي للإنترفيرون 3 (IRF3).ومع ذلك ، فإن استجابة التعبير الجيني التي يسببها الفيروس المعاصر معتدلة وعابرة ويصاحبها أعراض سريرية خفيفة فقط. إن استجابة التعبير الجيني لفيروس عام 1918 مرتفعة بشكل شاذ ومستمر وقد تساهم في ظهور الأعراض السريرية الشديدة ، بما في ذلك التهاب الأسناخ والنزيف وتسلل العدلات ، التي لوحظت في الحيوانات المصابة بهذا الفيروس. يمكن أن تكون هذه الاستجابة المناعية الفطرية غير المتناسبة وما ينتج عنها من أمراض المناعة سببًا في زيادة شدة الأعراض التي لوحظت في الأشخاص خلال وباء عام 1918. مستنسخة الصور ، بإذن ، من طبيعة سجية المرجع. 61 © 2006 Macmillan Publishers Ltd. جميع الحقوق محفوظة.

دراسة إضافية قيمت استجابة المضيف لفيروس إنفلونزا عام 1918 باستخدام cynomologus macaque (حاشية مكاكا) نموذج العدوى أنتج نتائج مماثلة 62. في قرود المكاك ، يتكاثر فيروس 1918 إلى مستويات عالية وينتشر بسرعة في جميع أنحاء الجهاز التنفسي للحيوانات المصابة ، مما يتسبب في تلف رئوي شديد وتسلل هائل للخلايا المناعية طوال فترة العدوى. كشفت التحليلات الجينومية الوظيفية لأنسجة الشعب الهوائية أن فيروس عام 1918 يتسبب في التعبير الشاذ والمتواصل للعديد من الجينات المشاركة في الاستجابة المناعية الفطرية ، بما في ذلك السيتوكينات المؤيدة للالتهابات والكيموكينات. على الرغم من اختلاف توقيت الاستجابة إلى حد ما ، إلا أن استجابة المضيف المتزايدة والمستمرة في قرود المكاك المصابة بفيروس 1918 تشبه تلك التي لوحظت في الفئران.

تكشف هذه الدراسات عن أوجه التشابه والاختلاف في استجابة المضيف للعدوى المعاصرة وفيروس الأنفلونزا الجائحة عام 1918. أولاً ، يطلق كل من الفيروسات المعاصرة و 1918 استجابة مناعية فطرية تتضمن التعبير عن الجينات المستهدفة NF-B و IRF3 ، والتي من المتوقع أن تحدث إذا أطلق الفيروس مسار RIG-I في خلايا الجهاز التنفسي المصابة. ثانيًا ، يؤدي كلا الفيروسين إلى استجابة خلوية قوية تجذب على الأرجح تسلل الخلايا المناعية إلى الأنسجة المصابة. على عكس سلالات الفيروسات المعاصرة ، التي يتم فيها حل الاستجابة المبكرة للعدوى ، تتميز الاستجابة المناعية الفطرية الناجمة عن فيروس عام 1918 بتحريض قوي ومستمر يرتبط بتلف الأنسجة الهائل وموت الحيوان المصاب. ومع ذلك ، في التحليلات الجينومية الأولية التي أجريت على أنسجة الرئة من قرود المكاك المصابة بفيروس الطيور H5N1 ، وجدنا أن هناك اختلافات كبيرة في تنظيم الاستجابات المضادة للفيروسات بواسطة جائحة 1918 وفيروسات H5N1 (JC Kash و MGK ، ملاحظات غير منشورة ). لذلك ، قد تكون هناك اختلافات في الطرق التي تنظم بها فيروسات الإنفلونزا شديدة الإمراض الاستجابة المناعية الفطرية وتسبب المرض.

قد تُعزى الإمراضية المحسّنة لفيروسي إنفلونزا 1918 و H5N1 إلى مكونات متميزة في جينوماتها. على الرغم من التركيز بشكل كبير على بروتين NS1 لفيروس 1918 الذي يعمل كمثبط لاستجابة النوع الأول من IFN ، تشير الدلائل الحديثة إلى أن البروتينات الفيروسية PB1 (بوليميراز) و HA و NA تساهم في إمراضه 63. وبالمثل ، تم ربط بوليميرات فيروسات H5N1 بزيادة التسبب في المرض الفيروسي 64 ، مما يشير إلى أن زيادة التسبب في هذه الفيروسات قد يكون مرتبطًا بصلاحيتها التكاثرية.

ظهر فيروسات الجهاز التنفسي الأخرى ، السارس - CoV ، مؤخرًا وتسبب في قلق كبير بين مجتمعات الصحة العامة والبحث. لقد تم اقتراح أن علم الأمراض المرتبط بـ SARS-CoV ناتج عن استجابة مناعية غير متناسبة ، يتضح من زيادة مستويات السيتوكينات والكيماويات المؤيدة للالتهابات 65،66،67. جمعت الدراسات التي أجريت في مختبرنا بين استخدام الجينوميات الوظيفية مع نموذج عدوى المكاك cynomologus macaque لدراسة استجابة المضيف لهذا الفيروس 68. لاحظنا أن قرود المكاك المصابة بـ SARS-CoV تظهر زيادة قوية في التعبير عن جينات الاستجابة المناعية الفطرية في وقت مبكر بعد الإصابة وأن هذه الاستجابة تتلاشى بعد 4 أيام. على العكس من ذلك ، تميل الجينات التي يتم تحفيزها لاحقًا في العدوى إلى المشاركة في دورة الخلية وفي إصلاح الخلية. لم تستسلم أي من الحيوانات المستخدمة في هذه الدراسة للعدوى ، وتشبه علم الأمراض الناجم عن السارس-CoV في قرود المكاك هذه التغيرات المرضية التي لوحظت في غالبية مرضى السارس من البشر الذين يتعافون من المرض 68. على عكس النتائج التي توصلت إليها دراسة فيروس الأنفلونزا الجائحة عام 1918 ، تشير هذه البيانات إلى أن الاستجابات المناعية المبكرة لعدوى السارس-CoV منتجة وتمكن المضيف من محاربة الفيروس بشكل صحيح ، مما يسمح بالعودة إلى التوازن الخلوي. ومع ذلك ، في 10٪ من الإصابات البشرية التي تكون فيها عدوى السارس - CoV قاتلة (معظمها في كبار السن) ، من الممكن أن يؤدي توقيت الاستجابة أو حجمها إلى علم أمراض المناعة. قد تساعد الدراسات التي تستخدم قرود المكاك المسنة في معالجة هذا الاحتمال.

فيروسات مثل SARS-CoV وفيروس الأنفلونزا H5N1 وفيروس إنفلونزا 1918 كلها عدوى حيوانية المصدر ، حيث تم نقل الفيروس الذي تم تكييفه مع مضيف آخر إلى البشر. نظرًا لأن استجابة IFN من النوع الأول تختلف إلى حد ما في مضيفين مختلفين ، فمن الممكن أن هذه الفيروسات ، التي تكيفت مع مضيفها الحيواني الطبيعي ، تثير استجابة شاذة عند إصابة مضيف بشري لم يحدث فيه التكيف ، مما يؤدي إلى أمراض المناعة. يثير هذا الاحتمال أيضًا سؤالًا عن مدى ملاءمة نماذج العدوى الحيوانية المختلفة (مثل الفئران وقرود المكاك) لفهم التسبب في المرض البشري. كما تمت مراجعته في مكان آخر 56 ، هناك مزايا وعيوب مرتبطة بنماذج حيوانية مختلفة ، ومن المهم أن تضع في اعتبارك أن الاستجابات التي لوحظت باستخدام نموذج حيواني قد لا تعكس دائمًا استجابة البشر بدقة.

علم الجينوم في تقييم اللقاح وتصميمه

بدأت المعلومات الجينومية والتقنيات عالية الإنتاجية في التأثير على مجال تطوير اللقاح ، ولكن تم توجيه التركيز الرئيسي نحو تحديد السمات الهامة المحفوظة لمسببات الأمراض التي يمكن أن تكون بمثابة مناعة وتوصيف الأنماط الجينية للمضيف المرتبطة باستجابات وقائية قوية 69 ، 70.71 (الإطار 2). في السنوات الأخيرة ، أصبح من الواضح أن استجابة IFN من النوع الأول لها دور مهم في تطوير الاستجابة المناعية التكيفية. يبدأ هذا بتأثير النوع الأول IFNs على تنشيط ونضج وترحيل الخلايا التغصنية 72،73. يتم أيضًا تحسين تطور استجابة الجسم المضاد من خلال النوع الأول من الإنترفيرات الدولية من خلال التأثير المباشر لـ IFN على الخلايا B وعلى فتيلة أو وظيفة الخلايا المساعدة CD4 + T 74. يوجد الآن أيضًا دليل على أن النوع الأول من IFNs يعمل بشكل مباشر على خلايا CD8 + T لتعزيز التوسع النسيلي وبصورة غير مباشرة عن طريق تحفيز التهيئة المتصالبة بواسطة الخلايا العارضة للمستضد التي ابتلعت الخلايا المصابة للحصول على المستضد 75 ، 76 ، 77. لذا ، فإن الفيروسات التي تثبط استجابة IFN من النوع الأول لا تقوض آليات المراقبة الفطرية فحسب ، بل تقلل أيضًا من الاستجابة المناعية التكيفية المحتملة التي يمكن أن تتوسط في التخلص من الفيروس أو تنشئ حالة هادئة وغير مُمْرِضة. بالنسبة لاستراتيجيات اللقاح ، فإن المعنى الضمني هو أن أفضل تحريض لاستجابة مناعية تكيفية واسعة سيتطلب درجة معينة من استجابة IFN من النوع الأول في المراحل الأولية.

نماذج حيوانية. لقد استخدمنا علم الجينوم الوظيفي لتقييم لقاح فيروس الأنفلونزا الحية في نموذج المكاك ، والذي تم فيه إضعاف الفيروس عن طريق اقتطاع الجين المشفر NS178. يزيل هذا التعديل أو يقلل من قدرة بروتين NS1 على معاداة إنتاج IFN من النوع الأول 79 ، وفي نماذج الفئران والخنازير ، فإن مثل هذه الفيروسات الحية الموهنة تكون مناعية ووقائية 80،81. يُظهر التنميط الجيني للتعبير الجيني للخلايا الظهارية من القصبة الهوائية والشعب الهوائية من قرود المكاك المحصنة بالفيروس المقطوع NS1 دليلًا واضحًا على استجابة قوية من النوع الأول IFN. مقارنة بالتحصين بلقاح الفيروس المقتول التقليدي ، كان لدى مجموعة لقاح الفيروس الحي الموهن عيار أعلى من الأجسام المضادة قبل التحدي وبعده ونطاق أوسع من استجابات الخلايا التائية الخاصة بفيروس الأنفلونزا. بعد التحدي مع الفيروس المعدي ، اتضحت الحماية التي يوفرها لقاح الفيروس الحي الموهن من خلال التكاثر الفيروسي المحدود والأمراض الطفيفة التي لوحظت في الحيوانات المعالجة. بالإضافة إلى ذلك ، تُظهر ملامح التعبير الجيني لأنسجة الرئة من الحيوانات التي تلقت لقاح الفيروس الحي الموهن تنظيمًا أقل لجينات الاستجابة الفطرية والمؤيدة للالتهابات مقارنة بالحيوانات المحصنة بلقاح الفيروس المقتول أو الحيوانات غير المعالجة. في الوقت نفسه ، أظهرت ملامح النسخ للحيوانات الموهنة لقاح الفيروس الحي تحفيزًا أقوى للجينات المرتبطة باستجابات الخلايا البائية والخلايا التائية.

الصورة العامة بشكل عام هي أن لقاح فيروس الأنفلونزا المحتوي على NS1 يخضع لأدنى حد من التكرار ولكنه يحفز النوع الأول IFNs الكافية لتحفيز الاستجابة المناعية التكيفية ، مما يترك المضيف في حالة تأهب تكيفي بعد تحصين واحد فقط. قد يكون التحريض المبكر من النوع الأول IFNs استجابةً للقاح المقتطع المحتوي على NS1 مهمًا بشكل خاص في استجابة الخلايا B المحلية التي تعتبر ضرورية للتخلص الفيروسي. من الملاحظات ذات الصلة في هذا الصدد أن التحفيز المبكر لخلايا الجهاز التنفسي B (في غضون 48 ساعة من الإصابة بفيروس الأنفلونزا) ثبت أنه مدفوع بقوة بالفيروس من النوع I IFNs 82،83.

الدراسات البشرية. في الوقت الحاضر ، لا توجد سوى أمثلة محدودة حيث يدعم توصيف التعبير الجيني المطبق على تصميم اللقاح صورة تتفق مع تلك الموصوفة أعلاه لنموذج فيروس الأنفلونزا. معايير الوقاية من الحصبة والحمى الصفراء هي التطعيم بلقاحات الفيروسات الحية الموهنة. لتقييم تأثير العدوى على الخلايا المستهدفة الأولية ، تم إجراء تنميط التعبير الجيني في أنظمة زراعة الأنسجة مقارنة بين سلالات اللقاح والنوع البري. لكل من الحصبة والحمى الصفراء ، كان من الواضح أن سلالات اللقاح الموهنة أدت إلى تحريض أكبر للاستجابة من النوع الأول IFN من الفيروس الممرض من النوع البري 84،85. على الرغم من أنه في حالة فيروس الحصبة ، فإن هذا التباين في استجابة IFN قد تم إظهاره سابقًا بواسطة التقنيات المصلية 86 ، أشار تحليل التعبير إلى أن عداء الاستجابة من قبل الفيروس من النوع البري نشأ على مستوى النسخ. كان هذا الاستقراء المبكر لاستجابة IFN من النوع الأول واضحًا أيضًا في دراسات ميكروأري التي فحصت الوهم لسلالة لقاح الحمى الصفراء التي تم ابتكارها كلقاحات ضد الفيروسات الحية الموهنة ضد فيروسات flavivirus الأخرى مثل فيروس حمى الضنك 87. يتناقض هذا مع الحث منخفض المستوى من النوع الأول IFNs بواسطة عدوى فيروس حمى الضنك كما يتضح من التنميط التعبير باستخدام عدوى الخلايا الأولية أو نماذج مرض المكاك 87،88.

من المثير للاهتمام أن نلاحظ أن سلالات لقاح الحصبة والحمى الصفراء تضعف بمرور الخلايا من الأنواع الأخرى. لذلك ، من خلال الفهم الجزيئي المناسب ، قد يتم تحسين قدرة بعض الفيروسات على إحداث النوع الأول من الإنترفيرات الدموية IFN من خلال التقنيات الجزيئية الموجهة ، كما هو الحال بالنسبة لسلالة فيروس الأنفلونزا NS1 المبتورة. كبديل ، يمكن للمرء أن يفكر في استخدام IFNs من النوع I المؤتلف كمواد مساعدة للقاح بدلاً من تحفيزها مع مكونات اللقاح 89 ، ولكن في مستوى فهمنا الحالي ، لم تثبت هذه الأساليب بعد أنها قابلة للاستمرار سريريًا 90.

علم الجينوم الوظيفي لتقييم الذاكرة المناعية. كانت الدراسات الجينومية الوظيفية أكثر غموضًا في تقييم أهمية إنتاج النوع الأول من الإنترفيرون أثناء استجابة الذاكرة المناعية. في دراسة فيروس أنفلونزا المكاك المذكورة أعلاه ، أظهرت الحيوانات التي تتلقى لقاح الفيروس الحي الموهن تنظيمًا لمسارات النوع الأول IFN في الخلايا الرغامية القصبية بعد يومين من التحدي ، وتزامن ذلك مع تطور استجابة ذاكرة قوية 78. يبدو أن هذا النوع الأول من تحريض IFN أضعف من ذلك الذي لوحظ في الوقت المقابل بعد التعرض الأولي للقاح ، ولكنه أقل بكثير من تحريض IFN من النوع الأول الذي لوحظ بعد تحدي الحيوانات التي تتلقى لقاح الفيروس المقتول أو الحيوانات الساذجة. قد يشير هذا إلى دور لهذا المسار الفطري في تحفيز الاستدعاء المناعي.

على النقيض من ذلك ، فإن فحص الملامح النسخية التي لوحظت بعد فترة وجيزة من إعادة تحدي PBMCs البشرية من الأفراد الذين تم تحصينهم سابقًا ضد فيروس الأنفلونزا هو أكثر توافقًا مع الإنتاج المبكر لـ IFNγ ، وربما ينشأ عن التحفيز المستضدي لخلايا الذاكرة 91. ديمان وآخرون. لم ير أيضًا دليلًا على استجابة IFN من النوع الأول في دراسة ميكروأري للدم الكامل المأخوذ من الأفراد المحصنين بفيروس الحصبة بعد إعادة التحدي بسلالة لقاح فيروس حي موهن ، على الرغم من أن الجينات المرتبطة بتنشيط الخلايا الليمفاوية والبقاء على قيد الحياة قد تم تنظيمها 92. يمكن اعتبار أن القضايا التقنية قد تعوق أهمية هذه الدراسات في تقييم دور النوع الأول IFNs في استجابة الذاكرة. في حالة الدراسة الأولى 91 ، لم تكن PBMCs هدفًا أساسيًا لفيروس الأنفلونزا ، لذلك قد يكون استيعاب الفيروس غير فعال وقد تكون استجابة IFN من النوع الأول ضعيفة. في دراسة الحصبة 92 ، كانت أقرب نقطة زمنية تم فحصها هي 7 أيام بعد إعادة التحدي وليس مبكرًا ، عندما يُتوقع أن تكون استجابة IFN من النوع الأول أقوى. لذلك ، هناك حاجة إلى مزيد من التجارب الجينومية الوظيفية ، مع نماذج مصممة بشكل مناسب ، لمعالجة ما إذا كانت الاستجابة المناعية الفطرية المبكرة هي مرحلة أساسية في إثارة الذاكرة المناعية.

أثبت علم الجينوم الوظيفي أنه طريقة عالية الكفاءة لتوفير وجهات نظر واسعة لاستجابة المضيف في دراسات تفاعلات الفيروس مع المضيف. كما ناقشنا ، كشفت هذه التقنيات عن تنشيط أو قمع مسارات الإشارات المناعية الفطرية ، والتداخل بين المسارات ، وتوقيت وحجم الاستجابة المناعية ، واعتمادًا على النظام التجريبي ، درجة اختلاف الاستجابة المناعية بين الأفراد.

على العكس من ذلك ، كانت الجينوميات الوظيفية أقل فاعلية في تحديد دور جينات مضيفة معينة في الاستجابة المضادة للفيروسات أو ، بشكل مفاجئ نوعًا ما ، في تحديد الجينات والمسارات غير المكتشفة سابقًا والمهمة في عملية العدوى ، على الرغم من أن هذا أحد أهدافها المبكرة 93. وبالفعل ، فإن الافتراض المبكر بأن الجينوميات الوظيفية ستوفر إجابات سريعة لتعقيدات تفاعلات الفيروس مع المضيف قد ثبت أنه ساذج. كيف إذن يمكن جني فوائد أكبر من استخدام الجينوميات الوظيفية لدراسة تفاعلات الفيروس مع المضيف؟ بدلاً من استخدامها كنهج فريد ، سيكون مستقبل علم الجينوم الوظيفي في علم الفيروسات في تكامل البيانات الجينومية مع البيانات المستمدة من تقنيات أخرى عالية الإنتاجية (الشكل 4).

سيتم تعزيز فوائد علم الجينوم الوظيفي بشكل أكبر من خلال دمج البيانات الجينومية مع البيانات المستمدة من التقنيات الأخرى عالية الإنتاجية. يتم عرض المعلومات المحتملة والأفكار البيولوجية التي توفرها هذه التقنيات. ستساعد هذه الأساليب معًا في تقديم عرض بيولوجي للأنظمة لتفاعلات الفيروس مع المضيف الذي يمتد لتدفق المعلومات البيولوجية من DNA (علم الوراثة) إلى mRNA (الجينوميات) إلى البروتين (البروتينات) إلى وظيفة البروتين (علم المناعة).

النهج التكميلي الواضح لعلم الجينوم الوظيفي هو البروتينات ، والتي ستوفر الكثير من المعلومات المطلوبة فيما يتعلق بعلاقة التعبير الجيني بوفرة البروتين 94،95،96. بدأت مجموعتنا في دمج البيانات الجينومية والبروتينية لفهم استجابة المضيف لعدوى فيروس الأنفلونزا 97 بشكل أفضل. كما بدأت الاحتمالات الأخرى لتكامل البيانات تتكشف. على سبيل المثال ، قد يكون للـ microRNAs ، التي تنظم كل من النسخ والترجمة ، دور مهم في التوسط في تفاعلات الفيروس مع المضيف 98. يشير اكتشاف الرنا الميكروي في بعض فيروسات الحمض النووي الكبيرة ، مثل فيروس الهربس ، إلى أن بعض الفيروسات قد تشفر الرنا الميكروي لتنظيم الوظائف الخلوية 99. بالإضافة إلى ذلك ، ستوفر الاستراتيجيات المناعية (المربع 2) فرصًا إضافية لاستجواب شاشات الاستجابة المناعية للمضيف باستخدام جزيئات RNA صغيرة متداخلة يتم دمجها حاليًا مع البيانات الجينية لتحديد البروتينات الخلوية المحددة التي تستخدمها الفيروسات أثناء الإصابة. جنبًا إلى جنب مع علم الفيروسات والبيانات السريرية وبيانات علم الأمراض ، قد توفر هذه المجموعة المتكاملة من المعلومات وجهة نظر بيولوجيا الأنظمة التي ستكون ضرورية لفهم دور جينات مضيفة معينة والمسارات المشاركة في تطوير المناعة أو المرض بعد الإصابة بالفيروس.

استخدام آخر لعلم الجينوم سيتوسع بلا شك هو التعبير عن السمة الكمية (eQTL) لرسم الخرائط 103. يوفر الجمع بين بيانات التعبير الجيني العالمية ورسم خرائط eQTL قوة أكبر في توضيح السمات الجينية المعقدة بالإضافة إلى توفير رؤى حول جينات أو طفرات معينة قد تكون مسؤولة عن السمة المعنية. يتم استخدام هذا النهج حاليًا لفهم الأساس الجيني لحالات المرض المختلفة في الفئران بشكل أفضل 104105106 ، ومن المرجح أنه سيكون مفيدًا أيضًا في زيادة فهمنا لتفاعلات الفيروس مع المضيف. على سبيل المثال ، باستخدام سلالات فطرية مأشوبة من الفئران مشتقة من سلالات أبوية تتفاعل بشكل مختلف مع العدوى بفيروس معين ، يجب أن يكون من الممكن استخدام خرائط eQTL لتحديد مواقع الكروموسومات للعوامل المحتملة المساهمة في السمات وتسليط الضوء على الجينات ذات الأهمية لهذه السمة.

ومع هذا المستوى المتزايد من التعقيد ، سيكون من المهم العمل بشكل وثيق مع مجتمعات المعلوماتية الحيوية والنمذجة الحاسوبية ، والاستفادة على أفضل وجه من أدوات المعلوماتية الحيوية المتطورة ، وخطط التنقيب عن البيانات ، واستراتيجيات النمذجة الرياضية التي يجري تطويرها باستمرار 107108. قد يكون من الضروري أيضًا الرجوع إلى الأنظمة التجريبية الأبسط (مثل نماذج ثقافة الخلية) لتشريح الأحداث الخلوية قبل الانتقال إلى أنظمة أكثر تعقيدًا في الجسم الحي عارضات ازياء. إن استخدام الأساليب الحسابية المشتركة التي يمكن أن تفسر شبكات تنظيم الجينات والتفاعلات من خلية إلى خلية سيسهل أيضًا الانتقال إلى النمذجة الفسيولوجية للحيوان بالكامل.

من الواضح أن الجينوميات الوظيفية تقدم تطورات في فهمنا لتفاعلات الفيروس مع المضيف ، والتطور إلى نهج بيولوجيا الأنظمة المتكاملة يحمل وعدًا أكبر في هذا المجال. بالإضافة إلى توفير رؤى جديدة في التسبب في الأمراض الفيروسية ومناعة المضيف ، يوفر هذا النهج نموذجًا لاكتشاف مضاد للفيروسات موجه نحو المضيف مع إمكانية اكتشاف أهداف جديدة للعلاجات المضادة للفيروسات واسعة الطيف 109 وتحسين تقييم اللقاح وتصميمه. نحن متفائلون بشأن التطورات المستمرة في التقنيات والأساليب الحسابية المستخدمة لدراسة تفاعلات الفيروس مع المضيف وفي القدرات المحسنة لتحديد وتوصيف والتحايل على الاستراتيجيات التي تستخدمها الفيروسات للتغلب على مضيفيهم الذين طالت معاناتهم.

أظهرت الدراسات الحديثة أن RIG-I يتعرف بشكل تفضيلي على الحمض النووي الريبي أحادي الجديلة (ssRNA) بزخارف polyU ، بينما يتعرف MDA5 على جزيئات dsRNA الطويلة.قد تساعد هذه الاختلافات في تفسير التعرف التفاضلي والإشارات المناعية الفطرية التي تسببها فيروسات مختلفة من RNA.

المربع 1 | علم الجينوم الوظيفي

يُعرَّف علم الجينوم على نطاق واسع بأنه دراسة الجينوم. تم اعتماد المصطلح لأول مرة منذ ما يقرب من 20 عامًا لوصف الانضباط الناشئ المتمثل في استخدام تسلسل النوكليوتيدات ورسم خرائط الجينات والبيولوجيا الحسابية لتحديد هيكل وتنظيم الجينوم 110. مع توفر كميات متزايدة من معلومات تسلسل النوكليوتيدات ، توسع تركيز علم الجينوم ليشمل وظيفة الجين 93. كان مشروع الجينوم البشري قوة دافعة في تطوير كل من الجينوميات الهيكلية والوظيفية ، وقد أدت معلومات تسلسل النيوكليوتيدات الناتجة عن هذا المشروع إلى إحداث تقدم هائل في فهمنا لصحة الإنسان والمرض. إحدى الطرق التي حدث بها ذلك هي من خلال تقارب معلومات تسلسل الجينوم الشامل مع التطورات في التكنولوجيا عالية الإنتاجية.

اليوم ، التكنولوجيا القياسية في الجينوميات الوظيفية هي ميكروأري قليل النوكليوتيد 111،112،113. تتوفر العديد من المنصات البديلة ، وأكثرها شيوعًا هي المصفوفات الدقيقة التي يتم فيها تصنيع الآلاف من "مجسات" قليل النوكليوتيد ، كل منها يتوافق مع نسخة مرنا ، فى الموقع مباشرة على شريحة زجاجية. تمكن هذه المصفوفات الدقيقة الباحثين من قياس التعبير عن جميع الجينات تقريبًا في الجينوم في وقت واحد. لإعداد "الهدف" ، يتم استخراج mRNA من عينات تجريبية ويتم تسميتها بأصباغ الفلورسنت عن طريق النسخ العكسي. ثم يتم تهجين الهدف المسمى بالمصفوفة الدقيقة ، ويتم تحديد مضان الميزات باستخدام ماسح ضوئي للصفيف. بعد تحليل الصورة ، تخضع البيانات لمجموعة متنوعة من عمليات المعلومات الحيوية لتحديد التغيرات المهمة إحصائيًا في التعبير الجيني بين العينات. نظرًا لأن كل مقارنة تنتج عشرات الآلاف من نقاط البيانات ، فإن استخراج البيانات من أجل المعنى البيولوجي يمثل تحديًا هائلاً. لذلك تُستخدم مجموعة متنوعة من أدوات التحليل التجارية والمفتوحة المصدر المعقدة للعثور على علاقات بين الجينات المعبر عنها تفاضليًا ، لتحديد الشبكات أو مسارات الإشارات التي يتم تنشيطها أو قمعها ومقارنة ملفات تعريف التعبير الجيني بين العينات التجريبية.

المربع 2 | علم المناعة

تمامًا كما حفزت تقنية ميكروأري للحمض النووي على تطوير الجينوميات الوظيفية ، فإن تطوير تقنية المصفوفات الدقيقة المناعية يقود مجال علم المناعة الوظيفي الناشئ (راجع المرجع 114). الهدف من علم المناعة هو توفير فهم مفصل للاستجابات المناعية للمضيف للمستضدات الأجنبية من خلال استخدام تقنيات عالية الإنتاجية وطرق حسابية. التقنيات التي تعتبر مركزية في هذا الجهد تشمل المصفوفات الدقيقة للأجسام المضادة (التي تتكون من أجسام مضادة مثل مجسات ومستضدات كأهداف) ، مصفوفات الببتيد الدقيقة (تتكون من ببتيدات مستضد كمسبار وأجسام مضادة مصلية كأهداف) ومؤخراً المصفوفات الدقيقة من الببتيد- MHC (تتكون من الببتيد المؤتلف - مجمعات MHC وجزيئات التحفيز المشترك كمجسات ومجموعات من الخلايا التائية كأهداف).

تُستخدم المصفوفات الدقيقة للأجسام المضادة لقياس تركيز مستضدات معينة (مثل مستضدات السرطان) ، في حين أن المصفوفات الدقيقة من الببتيد- MHC يمكنها تعيين حواتم الخلايا التائية المقيدة بـ MHC والتي تشارك في الوظائف المساعدة والتنظيمية للجهاز المناعي. تُستخدم المصفوفات الدقيقة الببتيدية في تطبيقات مختلفة ، بما في ذلك رسم خرائط حاتمة الخلايا البائية والكشف عن المقايسات التشخيصية. تُستخدم المصفوفات الدقيقة الببتيدية أيضًا في دراسات اللقاح لرسم خرائط للحواتم المرتبطة بالاستجابات المناعية الفعالة ولاختبار قدرة اللقاحات التجريبية على توليد استجابات محددة للأجسام المضادة ضد تلك الحواتم بعد التحصين والتحدي 115. يمكن لدراسات الاستجابات المناعية المرتبطة بنتائج سريرية مختلفة ، مثل تلك الخاصة بالمرضى المصابين بفيروس نقص المناعة البشرية والذين يتقدمون بسرعة إلى الإيدز وتلك الخاصة بالناجين المصابين بالعدوى على المدى الطويل ، أن توفر أيضًا التوجيه لتطوير اللقاحات 116. من المحتمل أن تصبح علم المناعة جزءًا لا يتجزأ بشكل متزايد من نهج بيولوجيا الأنظمة لتطوير اللقاح والحصول على فهم أفضل لمناعة المضيف ضد عدوى الفيروس.


مناقشة

في هذه الدراسة ، تم استخدام تقنية جديدة لما بعد الجينوم ، وهي عبارة عن مصفوفة ميكروأرية للبروتين ، لتحديد المرشحين للقاح البلهارسيا. للتركيز على تحديد المستضدات المهمة في مراحل اليرقات المعرضة للخطر ، تم استخدام عينات الأجسام المضادة للعقدة الليمفاوية للجرذان (تحقيقات ASC) التي تم إنشاؤها سابقًا من مواقع الإصابة باليرقات [17] ، والجلد والرئتين ، لفحص المصفوفات. نتج عن الجمع بين هاتين التقنيتين & # x02018immunomic & # x02019 & # x02013 مصفوفة البروتين الدقيقة ، التي توفر بيانات متعددة لربط مستضد ، وعينات مسبار ASC ، التي توفر تفاعلًا خاصًا بالأنسجة ، قائمة بالأهداف التي قد تساهم في اللقاح استهداف اليرقات المهاجرة [18]. تم التعرف على العديد من اللقاحات المرشحة الجديدة والمعروفة أيضًا ، وتم تمييز أحد هذه اللقاحات ، المسمى Sj-L6L-1 ، وله العديد من الميزات التي تشير إلى أنه لقاح مرشح واعد ذي صلة باليرقات النامية.

تضمنت الأهداف المعروفة TSP-2 ، وهو مستضد tegumental الذي يدخل فيه المتماثل S. mansoni يخضع حاليًا لمزيد من التطوير كقاح مرشح [2]. تشير الدراسة الحالية إلى أن TSP-2 يتعرض للجهاز المناعي المضيف & # x02019s في كل من مواقع الجلد والرئة أثناء الفئران. S. japonicum العدوى ، حيث تم التعرف عليها بقوة بواسطة مجسات ASC للجلد والرئة. المرشحون المعروفون الآخرون للقاح الذين تم التعرف عليهم بواسطة تحقيقات ASC للرئة هم: Sj22.6 و Sj21.7 ، وكلاهما من البروتينات المرتبطة بالتيغومينت من عائلة بروتين TAL [41] S. mansoni فيلامين ، وهو بروتين هيكلي كبير أظهر أنه يمنح بعض الحماية في نموذج الفأر [42] و DLC1 الذي وجد مرتبطًا بسطح الدودة [43 ، 44]. بالإضافة إلى ذلك ، جزيئين آخرين ، S. mansoni تم التعرف على TSP-3 و Sj29 بواسطة مجسات ASC للجلد ، مما يشير إلى أنها مستضدية في الغالب أثناء غزو الجلد. يُزعم أن كلاهما عبارة عن جزيئات سطحية وقد تم فحص Sj29 كقاح مرشح [45]. جوبيرت وآخرون. [46] وجد ذلك في S. mansoni، كان للجينات التي تشفر كلا البروتينين تعبيرًا نسبيًا منظمًا بشكل كبير بعد التحول من السركاريا إلى اليرقات ، ولا سيما Sm29 (متماثل Sj29) كان له أعلى تعبير في البلهارسيا 3 & # x000a0 ساعة ، وهي المرحلة التي تتطور بعد فترة وجيزة من اختراق الجلد.

كان المعيار الرئيسي المستخدم في هذه الدراسة لاختيار مستضدات جديدة لمزيد من التوصيف هو زيادة التعبير اليرقي. في البداية ، تم استخدام قاعدة بيانات NCBI EST كمقياس أولي للتعبير التنموي. يشير هذا إلى أن هدفًا واحدًا فقط من الأهداف الأربعة الجديدة لم يتم تنظيمه في المنشقات ، وهو بروتين إصبع الزنك (<"type": "entrez-nucleotide" ، "attrs": <"text": "AY223099" ، "term_id" : "171473850" ، "term_text": "AY223099" >> AY223099). يفتقر هذا المستضد أيضًا إلى إشارة الببتيد ومجال الغشاء ، ومن المحتمل أن يكون بروتينًا داخل الخلايا ، وبالتالي قد يتعرض فقط لنظام المناعة المضيف & # x02019s أثناء تلف الطفيلي. تم تأكيد التعبير التطوري للمستضدات الثلاثة المتبقية بواسطة qPCR ، وكلاهما <"type": "entrez-nucleotide" ، "attrs": <"text": "AY815838" ، "term_id": "56758859" ، "term_text" : "AY815838" >> أظهر AY815838 و Sj-L6L-1 نسبة عالية من التعبير الجيني اليرقي بالنسبة إلى السركاريا. <"type": "entrez-nucleotide"، "attrs": <"text": "AY815838"، "term_id": "56758859"، "term_text": "AY815838" >> تم تنظيم AY815838 بشكل كبير في 2 & # x000a0 يوم في المختبر-مثقف ، ولكن ليس 3 & # x000a0day في الجسم الحي الرئة المعزولة ، البلهارسيا. هذا التعبير العالي في في المختبر يمكن أن تشير اليرقات إلى تعبير مبكر عالٍ يتم تقليله بعد ذلك بعد 3 & # x000a0 يوم ، أو يمكن أن يكون قطعة أثرية في المختبر حضاره. ومع ذلك ، أظهر Sj-L6L-1 تعبيرًا أكثر اتساقًا لليرقات ، مع مستويات منظمة مماثلة في اليرقات 2 & # x000a0day و 3 & # x000a0 مقارنة بالمراحل الأخرى.

بناءً على هذه التحليلات ، تم اختيار Sj-L6L-1 لمزيد من التوصيف وتم إنتاجه في شكل مؤتلف. ال بكتريا قولونيةتم التعرف على بروتين الاندماج rSj-L6L-1 المعبر عنه بواسطة تحقيقات ASC للرئة مما يشير إلى أنه كان جزئيًا على الأقل في التشكل المستضدي الصحيح. من خلال المعالجة بعامل الاختزال ، تم تغيير بنية البروتين بشكل كافٍ لإلغاء التعرف على هذه الأجسام المضادة ، مما يشير إلى أن الأجسام المضادة التي يسببها داء البلهارسيات تتعرف فقط على حواتم مطابقة على البروتين المؤتلف. التشكل ، تثبيت الشكل النموذجي ثلاثي الأصابع على سبيل المثال ، عندما يعالج CD59 بعامل اختزال ، فإنه يفقد قدرته على تثبيط النظام التكميلي [39].

تم تحديد بروتين Sj-L6L-1 في جميع مراحل الحياة التي تم فحصها. لم يلاحظ أي زيادة في التعبير البروتيني في البلهارسيا على الرغم من الزيادة الكبيرة في النسخ. ومع ذلك ، تم التعرف على نطاق إضافي في البلهارسيا وهذا يمكن أن يمثل إما شكلاً غير ناضج من البروتين أو اختلافًا آخر فريدًا لهذه المرحلة التنموية. تم اكتشاف بروتين Sj-L6L-1 أيضًا في مستخلص tegument من البالغين S. japonicum الديدان ، وتم العثور على نفس النطاق في الجزء غير القابل للذوبان من الديدان البالغة & # x02018 Denuded & # x02019. يشير هذا إلى أن Sj-L6L-1 مرتبط على الأقل بالغطاء الخارجي ، ومن المرجح جدًا أن يكون على السطح الخارجي كما هو الحال بالنسبة لمماثله في S. mansoni[47]. كما يشير أيضًا إلى أن البروتين مرتبط بغشاء البلازما ، نظرًا لأنه تم اكتشافه فقط في الجزء غير القابل للذوبان ، وبالتالي فمن غير المرجح أن يتم إفرازه مثل بعض بروتينات Ly-6.

ملاحظة مهمة أخرى هي أن الأجسام المضادة المحلية التي تم الحصول عليها من العقد الليمفاوية للفئران التي تجفف الرئة ، موقع قتل اليرقات ، كانت خاصة بـ rSj-L6L-1. لم يظهر أي جسم مضاد محدد ضد البروتين في عينات العقدة الليمفاوية المأخوذة من الكبد ، حيث توجد الديدان الأكثر نضجًا ، على الرغم من حقيقة أن الذكور البالغين ينتجون البروتين. يشير هذا إلى أن Sj-L6L-1 يتعرض بشكل فريد أثناء نمو اليرقات وليس في الديدان البالغة. من الممكن أن يحدث هذا بعد تحول البلهارسيا من السركاريا ، عندما تصنع اليرقات بسرعة التيجومينت الجديد [48] وقبل أن تكتسب البروتينات المضيفة التي تخفي المستضدات الخاصة بها [9].

بينما Sj-L6L-1 جديد لـ S. japonicum، أقرب متماثل في S. mansoni (SmCD59.2) وعائلتها تم تمييزها مؤخرًا [32]. في السابق ، تم التعرف على اثنين من أفراد هذه العائلة في البالغين S. mansoni دودة دودة باستخدام البروتينات [47]. فارياس وآخرون [31] تحليل S. mansoni نسخة للجينات التي تم تنظيمها من السركاريا إلى البلهارسيا ، حددت SmCD59.2 (والتي يشار إليها باسم & # x02018dif 5 & # x02019) وأجروا تجربة لقاح DNA محدودة أدت إلى انخفاض طفيف (ولكن غير مهم) ( 22٪) في عبء الدودة.

تم وصف عائلة البروتينات Ly-6 في الأصل في الفئران ، ولكن تم العثور على بروتينات تشبه Ly-6 منذ ذلك الحين في العديد من الأنواع الحيوانية من C. ايليجانس إلى البشر وتضم عائلة الجينات الفائقة Ly-6 [49]. يتم تجميعها على نطاق واسع معًا بناءً على وجود 8 & # x0201310 cysteines التي تشكل مجال LU [34]. تخلق هذه السيستين المحفوظة روابط ثنائي كبريتيد 4 & # x020135 مما ينتج عنه بنية ثلاثية الأصابع ، وهو عنصر شائع أيضًا في سموم الأفعى ذات الصلة [36]. نظرًا لأن Sj-L6L-1 مرتبط بهذه العائلة من خلال احتوائها على معظم هذه الميزات ، يشار إليها هنا باسم Ly-6-like وجزء من عائلة Ly-6 الفائقة. يبدو أن لأفراد عائلة Ly-6 والبروتينات الشبيهة بـ Ly-6 أدوارًا متنوعة للغاية ، على الرغم من أن وظائفهم الدقيقة غير واضحة حتى الآن [50]. تُظهر هذه العائلة من البروتينات أيضًا هوية تسلسلية محدودة بين الأعضاء [49] ، مما يجعل تعيين وظيفة مفترضة لـ Sj-L6L-1 أمرًا صعبًا. يُعتقد عمومًا أنهم يشاركون في التطور ، والالتصاق الخلوي ، وإشارات الخلية ، على الرغم من أن كيفية حدوث هذا الأخير لا يزال غير معروف [49].


الاستنتاجات

باختصار ، تم دمج ميكروأري بروتين جديد مع مصدر جسم مضاد خاص بالأنسجة للتحقيق في مناعة الهجرة. S. japonicum اليرقات وللتعرف على المستضدات الجديدة التي تعبر عنها مرحلة البلهارسيا ، والتي تعتبر بشكل عام الهدف المحتمل للقاح مضاد للالتهاب. تم العثور على العديد من البروتينات الجديدة والمعروفة لتكون مستضدية في مناطق هجرة اليرقات ويمكن أن تشكل جزءًا من لقاح متعدد التكافؤ يستهدف البلهارسيا على وجه التحديد. على الرغم من تحديد هذه الأهداف باستخدام عينات الفئران ، يجب اختبار فعالية لقاحها بشكل مثالي في مضيف نهائي مثل جاموس الماء لحساب الاختلافات في آليات المناعة بين الأنواع [51]. من الجزيئات التي تم تحديدها ، رواية S. japonicum تم تمييز البروتين ، Sj-L6L-1 ، ووجد أنه مستضد في مرحلة اليرقات وموجود ، ولكن ليس مستضديًا ، في صبغة الدودة ، وقد يوفر لقاحًا مرشحًا قيمًا ضد داء البلهارسيات.


الملخص

المقدمة: طرق القياس الخلوي التقليدية لم تكن قادرة على التقاط التغايرية الهائلة للبيئة المكروية المناعية للورم في مختلف الأورام الخبيثة بما في ذلك المايلوما المتعددة (MM). يمكن للقياس الخلوي حسب وقت الرحلة (CyTOF) ، إلى حد ما ، التغلب على هذا القيد. ومع ذلك ، فإن التحديات الحسابية التي تأتي مع تحليل مجموعات البيانات المعقدة هذه بطريقة قابلة للتكرار لا تزال قائمة. في هذه الدراسة ، باستخدام مجموعة كبيرة من المرضى ، قمنا بمقارنة مناعة نخاع العظم من مرضى MGUS ، والورم النخاعي المتعدد (MM) ، و MM المشتعل (SMM) والداء النشواني الخفيف (AL) عند التشخيص ، بعد العلاج التعريفي مع ليناليدوميد وديكساميثازون. وبعد الزرع الذاتي (ASCT). أساليب: درسنا ما مجموعه 118 عينة محفوظة بالتبريد على النحو التالي: 14 متبرعًا سليمًا ، 43 AL (27 تم تشخيصها حديثًا - ND ، منها 13 مع 10٪ من خلايا بلازما نخاع العظام ، 16 عينة مطابقة بعد ASCT) ، 12 مع ND MGUS ، 11 مع SMM (منها 6 كانت ND) ، 14 مع ND MM ، 13 عينة MM مقترنة بعد العلاج التعريفي و 11 عينة MM المقترنة بعد ASCT. تضمنت لوحة تلطيخ السطح CyTOF الخاصة بنا العلامات 33 التالية: CD45، HLA-DR، CD19، CD3، CD4، CD8، CD14، CCR6، CD11a، Cd123، CCR5، CD7، ICOS، CD25، CD57، CD45RA، CD163، PD-1 و PDL-1 و CXCR3 و CCR4 و CCR7 و CD28 و CTLA4 و CD11c و CD56 و CD45RO و CD44 و CD27 و CD138 و CD38 و CD-127 و CD16. تم إجراء معالجة البيانات وتحليلها باستخدام Cytobank. تم تحديد الخلايا الحية بناءً على تلطيخ Pt195 و Ir193. تم استبعاد خلايا المايلوما وخلايا CD45 ، واستخدمت فقط خلايا CD45 + للتحليلات اللاحقة. تم اختزال بيانات الخلية المفردة باستخدام VisNE ، وهو تبديل لتضمين الجوار العشوائي الموزع (tSNE) وتم تجميعه باستخدام CITRUS (باستخدام 10000 حدث لكل عينة بحد أدنى لحجم الكتلة 1٪). تم إجراء تحليل أهمية تحليل المصفوفات الدقيقة (SAM) للتأكد من الاختلافات بين المجموعات. تم الاستدلال على الأهمية لمعدل الاكتشاف الخاطئ & lt1٪. تم تكرار جميع تحليلات CITRUS 3 مرات على الأقل ، وتم النظر فقط في المجموعات التي وجدت أنها تختلف باستمرار عبر الأشواط. النتائج: نسب المجموعات الفرعية المناعية التي تم تحديدها لتختلف حسب الحمضيات قبل وبعد العلاج التعريفي و ASCT لـ MM و AL موضحة في الجدول. لم يتم تحديد فروق بين MGUS و SMM و NDMM. زادت نسبة مجموعة فرعية (369850) من CD14 + / C16- monocytes ، وهي مجموعة من الخلايا التي أظهرت ارتباطًا إيجابيًا بالبقاء والاستجابة للعلاج في الأورام الخبيثة الصلبة ، بعد العلاج التعريفي في MM. زادت خلايا Naïve B بشكل كبير بعد ASCT في كل من AL (429918) و MM (369948) ، بما يتوافق مع أنماط إعادة تكوين المناعة المتوقعة ، على الرغم من أن مجموعة فرعية من خلايا CCR6 + B (429940) أظهرت أنها تتوسط في استجابات الأجسام المضادة الفعالة ، انخفضت (باللون الرمادي). انخفضت مجموعة فرعية (369980) من الذاكرة المركزية المستنفدة وظيفيًا (PD1 / CTLA4 +) (CM) CD4 T الخلايا بعد العلاج التعريفي في MM ولكنها استعادت مبكرًا بعد ASCT بينما انخفضت مجموعة CM CD4 + الفرعية (369986) التي تفتقر إلى علامات التنشيط الرئيسية (CD28 ، CD25) تدريجيا مع العلاج وبعد ASCT. مجموعة فرعية (369953) من خلايا CD8 T الساذجة التي تم تجنيدها بنشاط في مواقع الورم (CXCR3 +) انخفضت بعد ASCT. انخفضت خلايا CD8 T (369962) لذاكرة المستجيب المسنّة (EM) CD57 + (369962) مع العلاج التعريفي ولكنها تعافت بعد ASCT. انخفضت أيضًا خلايا EM CD8 T المرتبطة بالذاكرة المناعية طويلة المدى (CCR5 + ، CD127 + ، الكتلة 369959) ، أيضًا بعد ASCT. محددات: قم بتضمين أ) عدم وجود تشفير شريطي ب) كان من الصعب تجنب تأثيرات الدُفعات عند معالجة عدد كبير من العينات ج) استخدام العينات المحفوظة بالتبريد د) الحاجة إلى الاختزال للتعامل مع العبء الحسابي. قد يكون هذا الأخير أحد الأسباب التي تجعلنا لا نحدد أي اختلافات بين MGUS و SMM و MM. في وقت الاجتماع ، سنقدم تحليلات تأكيدية باستخدام طرق مختلفة من الناحية المفاهيمية للتجميع وإجراء مقارنات عبر المجموعة بالإضافة إلى التحليلات التي لا تتضمن الاختزال. الاستنتاجات: يمكن أن يوفر قياس الكتلة الخلوي رؤية أكثر دقة لمناعة نخاع العظم في خلل النطق لخلايا البلازما. يمكن أن يخلق العلاج التحريضي للعامل الجديد بيئة مكروية مضادة للأورام مواتية من الناحية المناعية ، على الرغم من أنه في بعض الحالات ، يتم عكس هذه التحولات المناعية المواتية مؤقتًا بواسطة ASCT. سيتم الإبلاغ عن التحليلات التوكيدية ، والملامح المناعية الأساسية ، والمقارنات مع المتبرعين الأصحاء والارتباط مع خصائص ونتائج المريض الأخرى ذات الصلة سريريًا في الاجتماع.

ديسبنزيري:سيلجين ، تاكيدا ، بروثينا ، جانسن ، فايزر ، النيلام ، جلاكسو سميث كلاين: تمويل البحوث. كومار:سيلجين: العضوية في مجلس إدارة الكيان أو اللجان الاستشارية ، تمويل الأبحاث يانسن: العضوية في مجلس إدارة الكيان أو اللجان الاستشارية ، تمويل الأبحاث أبفي: العضوية في مجلس إدارة الكيان أو اللجان الاستشارية ، تمويل الأبحاث طائرة ورقية: العضوية في مجلس إدارة الكيان أو اللجان الاستشارية ، تمويل الأبحاث.


المعلوماتية المناعية | يوم واحد | دورة لمدة ساعتين

انتهى هذا الحدث. يرجى الاتصال بالمنظم لمزيد من التفاصيل.

ملخص

BDG LifeSciences (OPC) الجندي. المحدودة هي خبير في إجراء التدريب ، ومشاريع البحث الجديدة ، وورش العمل والدورات عبر الإنترنت في تقنيات المعلوماتية الحيوية. بدأنا في عام 2010 ، حتى الآن ، نجحنا في تدريب مئات المشاركين الذين لم يكونوا طلابًا فحسب ، بل كانوا علماء وكليات وأساتذة ومديرين تنفيذيين للشركات ، إلخ من الهند بالإضافة إلى دول أخرى.

يتم إنشاء قدر كبير من البيانات المناعية عن طريق الأجهزة ، ومعالجة العينات ، والمقايسات المناعية ، وتقنيات المعلوماتية الحيوية. إنها مهمة صعبة بالنسبة لعلماء المناعة لتفسير النتائج واستخراج المعلومات المفيدة واشتقاق معرفة جديدة من هذه البيانات الضخمة.يتمثل دور المعلوماتية المناعية وعلم المناعة الحسابي في تحويل البيانات المناعية إلى مشاكل حسابية ، وحل هذه المشكلات باستخدام مناهج حسابية وحسابية ، ثم تفسير النتائج للإجابة على أسئلة ذات مغزى من الناحية المناعية وتعزيز فهمنا لجهاز المناعة. نظرًا لتعقيد المجال الشديد لعلم المناعة ، هناك فجوة كبيرة بين توافر الأساليب الحسابية المعقدة وتنفيذها في هذا المجال.

لمعالجة هذه المشكلة ، نحتاج إلى معرفة جيدة بهذه التكنولوجيا ولهذا السبب ، أطلقنا دورتنا المجانية التالية لمدة ساعتين والتي سنقدم لك فيها نظرة عامة كاملة عن المعلوماتية المناعية.

الطالب: بكالوريوس ، ماجستير ، دكتوراه ، بكالوريوس طب وجراحة ، دكتوراه في الطب وكذلك أعضاء هيئة تدريس وأساتذة من علم الأحياء الدقيقة ، والكيمياء الحيوية ، والتكنولوجيا الحيوية ، وعلم المناعة ، والطب ، والصيدلة ، والكيمياء الصيدلانية ، والتكنولوجيا الطبية الحيوية ، وعلم الوراثة ، والمعلوماتية الحيوية ، وعلوم النبات وعلوم الحياة. المتخصصون: الأطباء المقيمون ، التكنولوجيا الحيوية ، المعلوماتية الحيوية ، الطب وعلماء الأدوية من الصناعة والأوساط الأكاديمية والوكالات التنظيمية.


الملخص

تؤثر البلهارسيا الدموية على أكثر من 100 مليون شخص في جميع أنحاء إفريقيا وهي العامل المسبب لداء البلهارسيات البولي التناسلي. يرتبط الطفيل ارتباطًا وثيقًا بسرطان الظهارة البولية لدى الأفراد المصابين ، وعلى هذا النحو تم تصنيفه كمسرطن من المجموعة الأولى من قبل الوكالة الدولية لأبحاث السرطان. باستخدام مصفوفة ميكروأرية بروتينية تحتوي على بروتينات المنشقات ، سعينا إلى تحديد المستضدات التي كانت أهدافًا للاستجابات المناعية الوقائية IgG1 في الأفراد المعرضين للعدوى الدموية S. تم تحديد العديد من المستضدات ذات إمكانات اللقاح المعروفة ، بما في ذلك calpain (Smp80) ، و tetraspanins ، و glutathione-S-transferase ، وناقلات الجلوكوز (SGTP1) ، بالإضافة إلى بروتينات غير معيّنة سابقًا. لم تكن استجابات IgG1 التفاعلية مرتفعة في الأفراد المعرضين الذين لم يحصلوا على DIR. لاستكمال دراستنا التي أجريناها على البشر ، قمنا بفحص أهداف مستضد من قرود المكاك الريسوسية التي أصبحت مقاومة لبكتيريا S. لقد أثبتت هذه الدراسة كذلك صحة النهج القائم على علم المناعة لاكتشاف مستضد لقاح البلهارسيا وحددت العديد من مستضدات اللقاح المحتملة الجديدة.

© 2015 بيرسون ، بيكر ، دريغيز ، يونغ ، جيز ، مينديز ، لي ، دولان ، ميدزي ، مدولوزا ، مكمانوس ، ويلسون ، بيثوني ، نوش ، موتابي ، فيلجنر ولوكاس. هذا مقال مفتوح الوصول يتم توزيعه بموجب شروط ترخيص Creative Commons Attribution License (CC BY). يُسمح بالاستخدام أو التوزيع أو الاستنساخ في منتديات أخرى ، بشرط أن يتم اعتماد المؤلف (المؤلفين) الأصلي أو المرخص له وأن يتم الاستشهاد بالنشر الأصلي في هذه المجلة ، وفقًا للممارسات الأكاديمية المقبولة. لا يُسمح بأي استخدام أو توزيع أو إعادة إنتاج لا يتوافق مع هذه الشروط.


شاهد الفيديو: $PROG Stock Due Diligence u0026 Technical analysis - Price prediction 2nd update (شهر نوفمبر 2022).