معلومة

هل توجد قاعدة بيانات تحتوي على متواليات من خطوط الخلايا البشرية؟

هل توجد قاعدة بيانات تحتوي على متواليات من خطوط الخلايا البشرية؟


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

أنا أبحث عن تسلسل الجينوم الكامل للعديد من خطوط الخلايا البشرية ، على سبيل المثال ، A549 أو Ea.hy.926. هل توجد قاعدة بيانات مخصصة بشكل خاص لخطوط الخلايا البشرية؟


كما أشارkmm (http://cancer.sanger.ac.uk/cancergenome/projects/cell_lines/) هي قاعدة بيانات ممتازة. بدلاً من ذلك ، يمكنك إلقاء نظرة على صفحة المعهد الواسعة (http://www.broadinstitute.org/software/cprg/؟q=data-resource) في قسم موسوعة خط الخلايا السرطانية ، ثم انتقل إلى علامة تبويب الاستعراض وحدد خط الخلية للحصول على قائمة شاملة للغاية لخطوط الخلايا.


هل توجد قاعدة بيانات تحتوي على متواليات من خطوط الخلايا البشرية؟ - مادة الاحياء

اختلاف التسلسل الجينومي

http://www.1000genomes.org/
جمع البيانات وكتالوج التنوعات البشرية

dbVar وقاعدة بيانات المتغيرات الجينومية

الوراثة المندلية على الإنترنت في الإنسان

http://www.omim.org/about
OMIM عبارة عن خلاصة شاملة وموثوقة للجينات البشرية والأنماط الظاهرية الجينية المتاحة مجانًا ويتم تحديثها يوميًا. النص الكامل ، لمحات عامة مرجعية في OMIM تحتوي على معلومات عن جميع الاضطرابات المندلية المعروفة وأكثر من 12000 جين. يركز OMIM على العلاقة بين النمط الظاهري والنمط الجيني. يتم تحديثه يوميًا ، وتحتوي الإدخالات على روابط وفيرة لمصادر وراثية أخرى.

اتحاد تجميع Exome (ExAC)

http://exac.broadinstitute.org/
ExAC عبارة عن تحالف من الباحثين الذين يسعون إلى تجميع ومواءمة بيانات تسلسل exome من مجموعة متنوعة من مشاريع التسلسل واسعة النطاق ، وإتاحة البيانات الموجزة للمجتمع العلمي الأوسع. مجموعة البيانات المقدمة على هذا الموقع تمتد على 61،486 فردًا غير مرتبط بهم تم تسلسلهم كجزء من دراسات وراثية سكانية ومرضية مختلفة. لقد أزلنا الأفراد المصابين بأمراض الأطفال الشديدة ، لذا يجب أن تكون مجموعة البيانات هذه بمثابة مجموعة مرجعية مفيدة لترددات الأليل لدراسات الأمراض الشديدة. تمت إعادة معالجة جميع البيانات الأولية من هذه المشاريع من خلال نفس خط الأنابيب ، وتم استدعاء المتغير المشترك لزيادة الاتساق عبر المشاريع.

مشروع موسوعة عناصر الحمض النووي (ENCODE)

http://encodeproject.org/
روابط لبيانات علامة هيستون المعالجة بشكل موحد ENCODE2: https://sites.google.com/site/anshulkundaje/projects/encodehistonemods
روابط إلى بيانات ENCODE2 الأخرى التي تمت معالجتها بشكل موحد: http://genome.ucsc.edu/ENCODE/downloads.html
جمع البيانات والتحليل التكاملي وكتالوج شامل لـ
جميع العناصر الوظيفية القائمة على التسلسل

مشروع خارطة الطريق لعلم الوراثة الوراثي (الصندوق المشترك للمعاهد الوطنية للصحة)

الاتحاد الدولي لبيجينوم الإنسان (IHEC)

http://www.ihec-epigenomes.org/
جمع البيانات والخرائط المرجعية للإبيجينومات البشرية للمفتاح
الحالات الخلوية ذات الصلة بالصحة والأمراض

### خريطة جسم الإنسان للعرض مع مجموعة (http://www.ensembl.org/index.html) أو
عارض الجينوم المتكامل (http://www.broadinstitute.org/igv/)
قاعدة بيانات التعبير الجيني من Illumina ، من بيانات RNA-seq

### موسوعة الخلايا السرطانية (CCLE) http://www.broadinstitute.org/ccle/home
بيانات التعبير القائمة على الصفيف ، CNV ، الطفرات ، الاضطرابات على مجموعة ضخمة من خطوط الخلايا

### مشروع FANTOM5 http://fantom.gsc.riken.jp/
http://fantom.gsc.riken.jp/5/sstar/Data_source
مجموعة كبيرة من بيانات التعبير القائمة على CAGE عبر أنواع متعددة (السلاسل الزمنية والاضطرابات)

http://www.ebi.ac.uk/gxa/
قاعدة بيانات تدعم استعلامات التعبير الجيني الخاص بحالة معينة
مجموعة فرعية منسقة من Array Express Archive.

أطلس التعبير الجيني GNF

يمكن مشاهدته على BioGPS (http://biogps.org/#goto=welcome)
GNF (معهد علم الجينوم التابع لمؤسسة أبحاث نوفارتيس) بيانات صفيف التعبير الجيني للإنسان والفأر.

http://www.proteinatlas.org/
ملامح التعبير البروتيني على أساس الكيمياء المناعية لعدد كبير من الأنسجة البشرية ، والسرطانات وخطوط الخلايا ، والتوطين تحت الخلوي ، ومستويات التعبير النسخ

http://www.uniprot.org/
قاعدة بيانات شاملة يمكن الوصول إليها مجانًا لتسلسل البروتينات و
معلومات وظيفية

http://www.ebi.ac.uk/interpro/
قاعدة بيانات متكاملة لتصنيف البروتين ، المجالات الوظيفية ،
والتعليق التوضيحي (بما في ذلك شروط GO).

مبادرة كواشف التقاط البروتين

http://commonfund.nih.gov/proteincapture/
توليد الموارد: أجسام مضادة متجددة وحيدة النسيلة وكواشف أخرى تستهدف مجموعة كاملة من البروتينات

برنامج Knockout Mouse (KOMP)

خريطة الاتصال (CMAP)

http://www.broadinstitute.org/cmap/
خريطة الاتصال (المعروفة أيضًا باسم cmap) عبارة عن مجموعة من بيانات التعبير النسخي على مستوى الجينوم من الخلايا البشرية المستزرعة المعالجة بجزيئات صغيرة نشطة بيولوجيًا وخوارزميات بسيطة لمطابقة الأنماط والتي تتيح معًا اكتشاف الروابط الوظيفية بين الأدوية والجينات والأمراض من خلال السمة العابرة للتغييرات الشائعة في التعبير الجيني. يمكنك معرفة المزيد عن cmap من أوراقنا في Science and Nature Reviews Cancer.

مكتبة التوقيعات الخلوية المتكاملة القائمة على الشبكة (LINCS)

https://commonfund.nih.gov/LINCS/
جمع البيانات وتحليل التواقيع الجزيئية التي تصف كيف
تستجيب أنواع مختلفة من الخلايا لمجموعة متنوعة من العوامل المسببة للاضطراب

حساسية الجينوم للأدوية في السرطان

http://www.cancerrxgene.org/
الطفرة ، CNV ، تعبير Affy وحساسية الدواء في

قاعدة بيانات التفاعل الجيني الدوائي (DGIdb)

برنامج المكتبات الجزيئية (MLP)

https://commonfund.nih.gov/molecularlibraries/index.aspx
الوصول إلى قدرة الفحص واسعة النطاق اللازمة لتحديد الجزيئات الصغيرة التي يمكن تحسينها كمساسات كيميائية لدراسة وظائف الجينات والخلايا والمسارات الكيميائية الحيوية في الصحة والمرض

http://www.brain-map.org/
جمع البيانات والموارد العامة عبر الإنترنت التي تدمج التعبير الجيني المكثف والبيانات التشريحية العصبية للإنسان والفأر ، بما في ذلك تباين التعبير الجيني عن طريق السلالة.

http://braincloud.jhmi.edu/
BrainCloud هو تطبيق مستقل متاح مجانًا وصديق للبيولوجيا لاستكشاف الديناميات الزمنية والتحكم الجيني للنسخ في قشرة الفص الجبهي البشري عبر العمر الافتراضي. تم تطوير BrainCloud من خلال التعاون بين معهد ليبر و NIMH

مشروع شبكة الاتصال البشرية

http://www.humanconnectomeproject.org/
جمع البيانات وتكاملها لإنشاء خريطة كاملة للوصلات العصبية الهيكلية والوظيفية ، داخل الأفراد وعبرهم

مشروع تسلسل Geuvadis RNA لـ 1000 عينة جينوم

http://www.geuvadis.org/web/geuvadis
تسلسل mRNA والحمض النووي الريبي الصغير على 465 عينة من خط الخلايا الليمفاوية (LCL) من 5 مجموعات من 1000 جينوم مشروع: CEPH (CEU) ، الفنلنديون (FIN) ، البريطاني (GBR) ، Toscani (TSI) واليوروبا (YRI).

http://www.broadinstitute.org/achilles مشروع Achilles هو جهد منهجي يهدف إلى تحديد وفهرسة نقاط الضعف الجينية عبر مئات من خطوط الخلايا السرطانية المميزة جينومياً. يستخدم المشروع مكتبة shRNA على مستوى الجينوم لإسكات الجينات الفردية وتحديد تلك الجينات التي تؤثر على بقاء الخلية. يوفر الفحص الوظيفي على نطاق واسع لخطوط الخلايا السرطانية نهجًا تكميليًا لتلك الدراسات التي تهدف إلى توصيف التغيرات الجزيئية (الطفرات ، تغيرات رقم النسخ ، إلخ) للأورام الأولية ، مثل أطلس جينوم السرطان. الهدف العام للمشروع هو ربط التبعيات الجينية للسرطان بخصائصها الجزيئية من أجل تحديد الأهداف الجزيئية وتوجيه التطور العلاجي.

الموارد الجينومية للشيخوخة البشرية

أطلس جينوم السرطان (TCGA)

http://cancergenome.nih.gov/
جمع البيانات ومستودع البيانات ، بما في ذلك بيانات تسلسل الجينوم السرطاني

الاتحاد الدولي لجينوم السرطان (ICGC)

http://www.icgc.org/
جمع البيانات ومستودع البيانات للحصول على وصف شامل للتغيرات الجينومية والنسخية والمتوالية للسرطان

مشروع التعبير الوراثي عن الأنسجة (GTEx)

https://commonfund.nih.gov/GTEx/
جمع البيانات ، ومستودع البيانات ، وبنك العينات للتعبير عن الجينات البشرية وتنظيمها في الأنسجة المتعددة ، مقارنة بالتنوع الجيني

برنامج التنميط الظاهري للماوس (KOMP2)

https://commonfund.nih.gov/KOMP2/
جمع البيانات من أجل التنميط الظاهري المعياري لمجموعة واسعة من الجينوم بالضربة القاضية للفأر

قاعدة بيانات الأنماط الجينية والأنماط الظاهرية (dbGaP)

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gap
مستودع البيانات لنتائج الدراسات التي تبحث في تفاعل التركيب الوراثي والنمط الظاهري

كتالوج NHGRI الخاص بـ GWAS المنشور

http://www.genome.gov/gwastudies/
الكتالوج العام لدراسات الارتباط على نطاق الجينوم المنشورة

قاعدة بيانات الجينوم السريرية

http://research.nhgri.nih.gov/CGD/
قاعدة بيانات منسقة يدويًا للحالات ذات الأسباب الجينية المعروفة ، مع التركيز على البيانات الجينية ذات الأهمية الطبية مع التدخلات المتاحة.

نواة معلومات سرطان الثدي في NHGRI

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/
تم تصميم ClinVar لتوفير أرشيف عام يمكن الوصول إليه مجانًا لتقارير العلاقات بين الاختلافات البشرية والأنماط الظاهرية ، مع الأدلة الداعمة. يجمع ClinVar تقارير عن المتغيرات الموجودة في عينات المرضى ، والتأكيدات التي تم إجراؤها بخصوص أهميتها السريرية ، ومعلومات حول مقدم الطلب ، وغيرها من البيانات الداعمة. يتم تعيين الأليلات الموصوفة في التقديمات لتسلسلات مرجعية ، ويتم الإبلاغ عنها وفقًا لمعيار HGVS. ثم تقدم ClinVar البيانات للمستخدمين التفاعليين وكذلك أولئك الذين يرغبون في استخدام ClinVar في تدفقات العمل اليومية والتطبيقات المحلية الأخرى. تعمل ClinVar بالتعاون مع المنظمات المهتمة لتلبية احتياجات مجتمع علم الوراثة الطبية بأكبر قدر ممكن من الكفاءة والفعالية.

قاعدة بيانات طفرة الجينات البشرية (HGMD)

http://www.hgmd.cf.ac.uk/ac/
تمثل قاعدة بيانات طفرة الجينات البشرية (HGMD®) محاولة لجمع آفات الجينات المعروفة (المنشورة) المسؤولة عن الأمراض البشرية الوراثية.

NHLBI Exome Sequencing Project (ESP) Exome Variant Server

http://evs.gs.washington.edu/EVS/
الهدف من مشروع تسلسل NHLBI GO Exome (ESP) هو اكتشاف جينات وآليات جديدة تساهم في اضطرابات القلب والرئة والدم من خلال الريادة في تطبيق تسلسل الجيل التالي لمناطق ترميز البروتين في الجينوم البشري عبر مجموعة متنوعة وغنية السكان ذوو النمط الظاهري ومشاركة مجموعات البيانات والنتائج هذه مع المجتمع العلمي لتوسيع وإثراء التشخيص والإدارة والعلاج لأمراض القلب والرئة والدم.

http://ghr.nlm.nih.gov/
مرجع علم الوراثة الرئيسي هو موقع الويب الخاص بالمكتبة الوطنية للطب للحصول على معلومات المستهلك حول الحالات الوراثية والجينات أو الكروموسومات المتعلقة بهذه الحالات.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1116/
مراجعات GeneReviews مؤلفة من قبل الخبراء ومراجعة الأقران لأوصاف الأمراض المقدمة في شكل موحد وتركز على المعلومات ذات الصلة سريريًا والقابلة للتنفيذ طبيًا حول التشخيص والإدارة والاستشارة الوراثية للمرضى والعائلات الذين يعانون من حالات وراثية محددة.

الشبكة التفاعلية لجمعية الزهايمر العالمية (GAAIN)

http://www.gaain.org/
الشبكة التفاعلية لجمعية ألزهايمر العالمية (GAAIN) هي مشروع تعاوني سيوفر للباحثين في جميع أنحاء العالم إمكانية الوصول إلى مستودع ضخم لبيانات أبحاث مرض الزهايمر والأدوات التحليلية المتطورة والقوة الحسابية اللازمة للعمل مع تلك البيانات. هدفنا هو تغيير الطريقة التي يعمل بها العلماء معًا للإجابة على الأسئلة الرئيسية المتعلقة بفهم أسباب مرض الزهايمر والأمراض العصبية التنكسية الأخرى وتشخيصها وعلاجها والوقاية منها.
في عام 2013 ، تم الحصول على بيانات WGS لأكبر مجموعة من 800 مريض بمرض الزهايمر

اتحاد الأتراب لأبحاث القلب والشيخوخة في اتحاد علم الأوبئة الجينومي (تشارج)

http://web.chargeconsortium.com/
تم تشكيل اتحاد الأتراب لأبحاث القلب والشيخوخة في علم الأوبئة الجينومية (CHARGE) لتسهيل التحليلات التلوية للدراسة على نطاق الجينوم وفرص النسخ المتماثل بين دراسات الأتراب الطولية المتعددة الكبيرة وذات النمط الظاهري الجيد. لديهم أيضًا بيانات مثيلة الحمض النووي جنبًا إلى جنب مع WGS و Exome Seq.

مركز NIMH للدراسات الجينومية التعاونية حول الاضطرابات العقلية


خيارات الوصول

احصل على حق الوصول الكامل إلى دفتر اليومية لمدة عام واحد

جميع الأسعار أسعار صافي.
سيتم إضافة ضريبة القيمة المضافة في وقت لاحق عند الخروج.
سيتم الانتهاء من حساب الضريبة أثناء الخروج.

احصل على وصول محدود أو كامل للمقالات على ReadCube.

جميع الأسعار أسعار صافي.


نتائج

ERVmap: أداة معلوماتية بيولوجية لتعيين تسلسل الحمض النووي الريبي (RNA) يقرأ إلى ERVs البشري.

للحصول على خلاصة ERV البشرية الكاملة عالية الدقة على مستوى الجينوم ، أو ERVome ، قمنا بتجميع قائمة منسقة تضم 3220 موقعًا إقليميًا من ERV (Dataset S1). تم نسخ هذه الفيروسات إما في سياقات مرضية مختلفة أو تم تحديدها على أنها ERV بناءً على تحليل التسلسل في silico (14 ، 38 ⇓ ⇓ ⇓ ⇓ ⇓ ⇓ ⇓ –46). قمنا بتضمين مواقع ERV مع مواقع كروموسومية فريدة تم وصفها بأنها ERVs مستقلة / مؤقتة ولم تستبعد عن قصد أي مواقع. بالنسبة للمواقع التي تتداخل بين الدراسات ، اخترنا واحدًا ذا تغطية تسلسلية أطول. على عكس التعليق التوضيحي RepeatMasker الذي تكون فيه ERVs بشكل أساسي عناصر LTR غير متجاورة بمتوسط ​​طول 368 نقطة أساس ، تحتوي قاعدة بيانات ERVmap على ERVs التي هي في الغالب عناصر LTR مستقلة بمتوسط ​​طول 7.5 كيلو بايت (37). يحتوي التعليق التوضيحي RepeatMasker على 885 موقعًا أعلى من 5 كيلو بايت ، بينما يحتوي ERVmap على 2722 موقعًا أعلى من 5 كيلو بايت. متوسط ​​طول بقية ERVs أقل من 5 كيلو بايت لخريطة ERV هو 3.6 كيلو بايت ، بينما بالنسبة لـ RepeatMasker يبلغ 360 نقطة أساس. يلتقط ERVmap جميع متواليات ERV المعروفة حتى الآن وهي مثالية لتحليل مواقع جينوم ERV المستقلة المحددة في جميع أنحاء جينوم المضيف.

باستخدام قاعدة البيانات هذه ، قمنا بمحاذاة قراءة تسلسل الحمض النووي الريبي المعالجة مع الجينوم البشري (hg38) باستخدام Burrows-Wheeler Aligner (BWA) ، ونصوصًا مصممة خصيصًا لخريطة ERV لتصفية القراءات المعينة وفقًا لمعاييرنا الصارمة ، والقراءات المصفاة الكمية التي تم تعيينها إلى ينسق ERV من قاعدة بياناتنا ، ويطبيع التهم لحجم العوامل التي تم الحصول عليها من خلال تحليل التعبير الجيني الخلوي القياسي (الملحق SI، الشكل S1). ينتج خط الأنابيب قيمًا طبيعية استنادًا إلى أعداد القراءة التي تمت تصفيتها المعينة لكل موقع. للحصول على تعيين عالي الدقة لقراءات التسلسل إلى مواقع ERV المتكررة هذه ، استخدمنا معايير تصفية صارمة للغاية للقراءات المعينة ، بحيث يقرأ كل تعيين: (أنا) يمكن أن يكون له أفضل تطابق واحد فقط ، (ثانيا) يجب أن يحتوي ثاني أفضل تطابق على عدم تطابق واحد على الأقل ، و (ثالثا) مستبعدة إذا كان بها أكثر من ثلاثة حالات عدم تطابق (14). هذا المعيار هو لقراءات نهاية الزوج بقدرة 150 نقطة أساس ويتم تعديلها بشكل متناسب وفقًا لطول قراءة بيانات التسلسل. في هذه الخوارزمية ، التي نسميها ERVmap ، استبعدنا عن قصد القراءات التي تم تعيينها للمناطق المحفوظة في التسلسل الأولي وتقرأ التي تم تعيينها للمواقع متعددة الأشكال ، وكلاهما يقع ضمن المعايير الثالثة المتمثلة في وجود أكثر من ثلاثة حالات عدم تطابق لكل قراءة متسلسلة لصالح خصوصية الموقع على الوفرة الإجمالية. الكود الخاص بنا متاح من خلال GitHub (https://mtokuyama.github.io/ERVmap/) (الملحق SI، الشكل S2). أخيرًا ، قمنا بتطوير أداة قائمة على الويب متاحة للمستخدمين للحصول على ERVome البشري في أي بيانات تسلسل RNA ببساطة عن طريق تحميل ملفات تسلسل RNA الخام (www.ervmap.com).

أنماط التعبير ERV في خطوط الخلايا البشرية.

حصلنا على بيانات تسلسل الحمض النووي الريبي من ENCODE للعديد من خطوط الخلايا المشتركة (الشكل 1أ) لتحليل ERVome في هذه الخلايا. اخترنا خطوط الخلايا المصاحبة لبيانات تسلسل ChIP. في جميع الخلايا التي تم تحليلها ، لاحظنا 40٪ من فيروسات النسخ العكسي بمستويات يمكن اكتشافها (الشكل 1ب). أعربت خلايا K562 عن أعلى مستوى من ERV ، ليس لأنها عبرت عن المزيد من مواقع ERV ولكن لأن ERVs المعبر عنها يتم نسخها على مستويات أعلى (الشكل 1). ب و ج). في المقابل ، أعربت خلايا A549 عن أدنى مستوى من ERVs ، أي ما يقرب من ثلث الكمية التي تعبر عنها خلايا K562. كشفت مقارنة ERVs بين خطوط الخلايا عن مجموعات من ERVs التي يتم التعبير عنها بشكل فريد في كل خط خلية (الشكل 1).د). تم تجميع هذه ERVs بشكل واضح باستخدام خوارزمية تضمين الجوار العشوائية الموزعة على t (t-SNE) ، مما يعني ضمناً أنه يتم التعبير عن مجموعات فريدة من ERVs في كل خط خلية (الشكل 1).ه). بالإضافة إلى ذلك ، كان تعبير ERV وحده كافيًا لفصل أنواع الخلايا بناءً على تحليل المكون الأساسي (PCA) ، مما يشير إلى أن تعبير ERV فريد بما يكفي للسماح بالتمييز بين أنواع الخلايا (الشكل 1).F). أكدنا التعبير عن مجموعة من ERVs باستخدام qRT-PCR (الملحق SI، الشكل S3). أخيرًا ، قمنا بتحليل بيانات تسلسل ChIP المتاحة لخطوط الخلايا هذه ولاحظنا علامات هيستون H3K4me3 و H3K27Ac في مواقع ERV المكتوبة بنشاط ، ولاحظنا أيضًا وجود ارتباط إيجابي بين علامات هيستون النشطة وتعبير ERV العالي (الملحق SI، التين. S4 أ و ب). على النقيض من ذلك ، كان عدد قليل جدًا من علامات هيستون القمعية H3K9me3 و H3K27me3 موجودة في مواقع ERV المنسوخة ، مما يشير إلى أن عدم وجود تعديلات على هيستون إسكات ووجود تعديلات نشطة للهيستون يرافقان تعبير ERV في هذه الخلايا (الملحق SI، التين. S4 ج و د).

تعبير ERV من نوع الخلية في خطوط الخلايا. (أ) وصف خطوط الخلايا المستخدمة في تحليل ERV. (ب) رسم بياني لمقدار القراءات المنسوبة إلى كل موقع من مواقع ERV البالغ عددها 3،220 مرتبة بالترتيب من الأعلى إلى الأدنى المعبر عنه لـ ERV لكل سطر خلية. (ج) مجموع كل قراءات ERV لكل سطر خلية مقارنة عبر أنواع الخلايا. (د) خريطة الحرارة لفيروسات النسخ العكسي التي يتم التعبير عنها عبر أنواع الخلايا المشار إليها. تم استبعاد ERVs مع صفر قراءة عبر جميع خطوط الخلايا. يتم عرض ما مجموعه 1،704 ERV. تحليل ثنائي الأبعاد t-SNE (ه) و PCA (F) من ERVs معبرًا عنها بأنواع الخلايا المشار إليها باستخدام نفس المجموعة من 1،704 ERVs كما في د. تم إجراء تحليل t-SNE باستخدام ارتباك قدره 30 وتكرار أقصى قدره 1000. N / A ، تعيين الخلية غير ممكن بسبب خطوط الخلايا المتعددة التي تعبر عن نفس المقدار الدقيق لـ ERV المعين.

على عكس ERVmap ، لوحظ قدر أقل من الدقة عند استخدام التعليق التوضيحي RepeatMasker لتحليل تعبير ERV باستخدام طريقة منشورة تسمى RepEnrich (47). يقوم RepEnrich بقياس كمية عناصر LTR على مستوى العائلات الفرعية ، كل منها يحتوي على مئات النسخ في الجينوم (الملحق SI، الجدول S1) ولا ينتج عنه تقدير كمي للقراءات في مواقع ERV المحددة. لم يكشف تحليل RepEnrich عن مجموعات من عناصر ERV الخاصة بنوع الخلية (الملحق SI، التين. S5أ) ، ولكن كانت هناك اختلافات كافية في التعبير عن عائلات ERV بين أنواع الخلايا لفصل الخلايا بناءً على التجميع الهرمي وتحليل PCA (الملحق SI، التين. S5ب). وبالتالي ، يوفر ERVmap التنميط الخاص بالموقع لـ ERVome باستخدام مجموعات بيانات تسلسل الحمض النووي الريبي (RNA-seq) التي ينبغي أن تسهل الدراسات الميكانيكية النهائية.

تعبير ERV التفاضلي في أنواع الخلايا الأولية.

استخدمنا بعد ذلك بيانات RNA-seq من الخلايا الأولية في ENCODE لتحليل ERVome في سبعة أنواع مختلفة من الخلايا ، سواء من الخلايا المناعية أو غير المناعية ، للحصول على تعبير ERV في مجموعة من أنواع الخلايا (الشكل 2).أ). على غرار خطوط الخلايا ، تم التعبير عن ما يقرب من 50 ٪ من مواقع ERV بواسطة أي نوع خلية معين (الشكل 2ب). أعربت جميع الخلايا عن مستويات إجمالية متشابهة لنصوص ERV ، ولكن تم نسخ مجموعات متميزة من ERVs في نوع خلية معين (الشكل 2). ج و د). عبّرت أجنة الغلاف الجوي والخلايا البائية على وجه الخصوص عن عناقيد من فيروس النسخ العكسي عالي النوعية من الخلايا. باستخدام خوارزمية t-SNE ، لاحظنا مجموعات فريدة من ERVs المعبر عنها في كل نوع خلية ، ومع ذلك ، لاحظنا مجموعات ERV المتشابهة بين خلايا CD4 + و CD8 + T ، مما يشير إلى أن ERV المعبر عنها بواسطة أنواع الخلايا هذه متشابهة بالنسبة لأنواع الخلايا الأخرى ( الصورة 2ه). من المحتمل أن يعكس هذا التشابه البيولوجي داخل مجموعتي الخلايا التائية. يتم فصل أنواع الخلايا بناءً على ملفات تعريف التعبير ERV فقط وكشفت أن ERVome متميز إلى حد كبير بين الخلايا الليمفاوية والخلايا الكيراتينية وأجنة المجال العصبي (الشكل 2).F). أخيرًا ، بالمقارنة مع خطوط الخلايا ، عبرت الخلايا الأولية عن مستويات أقل من ERV بشكل عام ، مما يشير إلى أن عملية التحول أو ثقافة الخلية قد تؤدي إلى ارتفاع تعبير ERV (الملحق SI، الشكل S6).

تعبير ERV الخاص بنوع الخلية في الخلايا الأولية. (أ) أنواع الخلايا والمعلومات المرتبطة بها لكل عينة مستخدمة في تحليل ERV. (ب) رسم بياني لمقدار القراءات المنسوبة إلى كل موقع من مواقع ERV البالغ عددها 3220 مرتبة بالترتيب من الأعلى إلى الأدنى المعبر عنه لـ ERV لكل نوع خلية. بالنسبة لأنواع الخلايا ذات العينات المتعددة ، تم رسم متوسط ​​عدد القراءات لكل موقع. (ج) مجموع كل قراءات ERV لكل عينة مقارنة عبر أنواع الخلايا. بالنسبة لأنواع الخلايا التي تحتوي على مجموعات بيانات متعددة ، يتم رسم المتوسط ​​و SEM بالرسم البياني. (د) خريطة الحرارة لفيروسات النسخ العكسي التي يتم التعبير عنها عبر أنواع الخلايا المشار إليها. تم استخدام أكثر 500 نوع من أنواع ERV تنوعًا للتحليل لتقليل الضوضاء. تحليل ثنائي الأبعاد t-SNE (ه) و PCA (F) من ERVs معبرًا عنها بأنواع الخلايا المشار إليها باستخدام نفس المجموعة من 500 ERV كما في د. تم إجراء تحليل t-SNE باستخدام ارتباك قدره 30 وتكرار أقصى قدره 1000.

يرتفع ERVome في مرضى الذئبة الحمراء.

تتسبب فيروسات النسخ العكسي في أمراض مختلفة ، بما في ذلك السرطان والمناعة الذاتية. مرض الذئبة الحمامية المجموعية هو مرض مناعي ذاتي متعدد الجينات وله مظاهر سريرية متنوعة ولا يزال يفتقر إلى العلاج. تم اختبار العديد من الأدوية التي تستهدف المؤثرات المناعية المختلفة ، لكنها حققت مستويات متفاوتة من النجاح (48). واحدة من أكبر العقبات في تصميم الأدوية الفعالة هي سوء فهم السبب الكامن وراء مجموعة متنوعة من الأعراض المرتبطة بالمرض. بينما لاحظت الدراسات ارتفاعًا في التعبير عن تسلسل ERV في مرضى الذئبة الحمراء (49 ⇓ ⇓ ⇓ –53) ، ركزت هذه الدراسات على واحد أو اثنين من ERV ويمكن أن يستفيد المجال من تحليل على مستوى الجينوم لـ ERV في مرضى SLE للكشف عن مدى الصلة بالموضوع. من فيروسات النسخ العكسي في المرض. وهكذا ، حصلنا على خلايا الدم وحيدة النواة في الدم المحيطي (PBMCs) من النساء المصابات بالذئبة الحمامية المجموعية ومن الإناث الأصحاء (الملحق SI، الجدول S2) ، لأن مرض الذئبة الحمراء هو مرض يهيمن عليه الإناث ، وقام بإجراء تسلسل الحمض النووي الريبي متبوعًا بتحليل ERVmap. في هذه المجموعة ، حددنا 124 من ERVs التي ارتفعت بشكل ملحوظ في PBMCs لمرضى SLE مقارنةً بالضوابط الصحية ، ولكن لم يتم قمع أي منها (الشكل 3).أ). أعرب مرضى الذئبة الحمامية المجموعية عن مستويات أعلى بكثير من نصوص ERV ككل وكذلك في الموقع الفردي ، كما أن تعبير ERV يفصل إلى حد كبير مرضى SLE عن الضوابط الصحية (الشكل 3). ب و ج). أخيرًا ، لاحظنا أن تعبير ERV ليس ارتباطًا مباشرًا بتوقيع الإنترفيرون (IFN) للعديد من المرضى ، كما هو موضح من خلال المقارنة بين التعبير الكلي عن ERV والتعبير الكلي للجين المحفز IFN (ISG) لكل مريض (الشكل 3).د). تم حساب تعبير ISG باستخدام قائمة منشورة مسبقًا لتوقيع ISG لوحظ في مرضى SLE (54). معًا ، كشفت ERVmap عن ارتفاع عالمي لـ ERVome وحددت مواقع ERV محددة مرتفعة في مرضى SLE والتي قد تعكس معًا توقيع ISG المستقل لـ SLE.

المرضى الذين يعانون من مرض الذئبة الحمراء لديهم ارتفاع في تعبير ERV. (أ) مؤامرة بركانية تصور التعبير التفاضلي لجميع ERVs البالغ عددها 3220. ترتفع فيروسات ERV الحمراء بشكل ملحوظ في مرضى الذئبة الحمامية المجموعية مقارنةً بالضوابط الصحية (padj & lt 0.05 ، log2 أضعاف التغيير & GT 1.0). يُشار إلى أعلى 30 فيروسًا مرتفعًا بشكل ملحوظ من خلال أسمائهم. (ب) مقارنة بين مجموع قراءات ERV المختلفة بشكل ملحوظ بين المتبرعين الأصحاء والمتبرعين بمرض الذئبة الحمراء (SLE ، ن = 20 بصحة جيدة ، ن = 6). تمثل أشرطة الخطأ SEM و nonparametric Mann – Whitney يو تم إجراء الاختبار لحساب الأهمية. ***ص & lt 0.001. (ج) خريطة الحرارة لـ 124 من ERVs المرتفعة بشكل ملحوظ في مرضى SLE مقارنة بالضوابط الصحية كما هو محدد باستخدام قطع padj & lt 0.05. (د) خريطة الحرارة لمجموع القراءات لمركبات فيروسات النسخ العكسي المرتفعة بشكل ملحوظ ومجموع القراءات لمجموعات ISG لكل عينة مريض.

تحديد فيروسات النسخ العكسي الإضافية المرتفعة والمتعلقة بنشاط التحلل الخلوي في أنسجة سرطان الثدي.

تعد الخلايا التائية السامة للخلايا والخلايا القاتلة الطبيعية من العوامل المهمة لمراقبة الأورام. وهم مسلحون بالجرانزيم والبيرفورين لقتل الخلايا السرطانية مباشرة. أظهرت دراسة حديثة باستخدام مجموعة من 66 فيروس فيروسات النسخ العكسي كمرجع أن 8 من 66 من مضادات الفيروسات القهقرية ترتبط ارتباطًا إيجابيًا بالتعبير عن الجرانزيم والبيرفورين في أنسجة سرطان الثدي ، مما يشير إلى دور محتمل لفيروسات النسخ العكسي في المراقبة المناعية (19). قمنا بتطبيق ERVmap على نفس مجموعة بيانات أنسجة سرطان الثدي التي تم إنشاؤها من شبكة أبحاث أطلس جينوم السرطان (TCGA) لتحديد ما إذا كنا قادرين على تحديد المزيد من فيروسات النسخ العكسي المرتفعة في أنسجة سرطان الثدي وربطها بقياس نشاط التحلل الجراني والبيرفورين (CYT) ) ، كما ورد سابقًا. لاحظنا عددًا كبيرًا من مضادات الفيروسات العكوسة المرتفعة والمقموعة بشكل ملحوظ في أنسجة سرطان الثدي مقارنة بأنسجة الثدي الطبيعية (الشكل 4).أ). أكدنا تعبيرًا مرتفعًا عن اثنين من ERVs الثلاثة الخاصين بالورم (TSERVs) التي حددتها مجموعة Hacohen (19) و ERVH48-1 و ERVE-4 (الشكل 4).ب). حددنا أيضًا 203 من مضادات الفيروسات القهقرية التي تم رفعها بشكل ملحوظ في أنسجة سرطان الثدي ، بالإضافة إلى 195 من مضادات الفيروسات القهقرية المكبوتة (الشكل 4). أ و ج). أظهرت خمسة من أصل ثمانية من فيروسات النسخ العكسي التي ارتبطت بشكل إيجابي بـ CYT في ورقة Hacohen وزملاؤها (19) أيضًا ارتباطًا إيجابيًا باستخدام ERVmap ، ولكن لم يتم رفع أي من هذه الفيروسات بشكل ملحوظ في أنسجة سرطان الثدي. بدلاً من ذلك ، حددنا 38 من ERVs التي كانت مرتفعة بشكل ملحوظ وأظهرت ارتباطًا إيجابيًا مع CYT (الشكل 4).د). حددنا أيضًا 56 من ERVs التي تم قمعها بشكل كبير ولكنها أظهرت ارتباطًا إيجابيًا مع CYT (الشكل 4د). أظهرت البيانات معًا أن ERVmap يمكن أن يكشف عن ERV المرتبط بالورم ، والذي قد يلعب دورًا في مراقبة الورم.

يكشف ERVmap عن ERVs إضافي مرتبط بسرطان الثدي والذي يرتبط بالنشاط الخلوي. (أ) مخطط بركان يصور جميع مركبات ERV البالغ عددها 3220. يتم قمع ERVs الزرقاء بشكل ملحوظ و ERV الأحمر مرتفع بشكل ملحوظ في أنسجة سرطان الثدي مقارنة بالضوابط الصحية (padj & lt 0.05 ، log2 أضعاف التغيير & lt −1.5 أو & GT 1.5). يُشار إلى أعلى 30 فيروس فيروسات النسخ العكسي المرتفع والمقموع بشكل كبير بأسمائهم. (ب) أعداد قراءة DESeq ERV الطبيعية لـ TSERVs المبلغ عنها سابقًا أو أعلى 10 من ERVs المرتفعة أو المكبوتة بشكل ملحوظ المحددة في هذا التقرير (ج) على شكل مخططات نقطية لمضادات الفيروسات القهقرية المحددة لكل عينة (brca ، سرطان الثدي ن = 1،246 أحمر عادي ن = 221 ، رمادي). (د) سبيرمان ص تم حساب الارتباط بين ERV المرتفع أو المكبوت بشكل ملحوظ (padj & lt 0.05 ، log2 أضعاف التغيير & gt 1.5 أو & lt −1.5) ومتوسط ​​مستوى التعبير للجرانزيم والبيرفورين (CYT) لجميع عينات أنسجة سرطان الثدي. (*ص & lt 0.05 **ص & lt 0.01 ***ص & lt 0.001 ****ص & lt 0.0001).


استنتاج

SCPortalen هي أول قاعدة بيانات أحادية الخلية توفر بيانات وصفية منظمة بشكل شامل ونتائج تحليل لمجموعة البيانات أحادية الخلية المتاحة للجمهور. علاوة على ذلك ، حاولنا جعل مجموعات البيانات هذه قابلة للمقارنة باستخدام خط أنابيب تحليل موحد.

سيركز العمل الإضافي على التحليل ، مثل (1) توصيف توزيع التعبير وتحديد الجينات متعددة الحالات ، و (2) التعبير عن الحمض النووي الريبي الطويل غير المشفر. سيتم توسيع نطاق تصميم قاعدة بيانات SCPortalen لتلبية الطلبات المتزايدة لبحوث omics أحادية الخلية. سيشمل تحديث قاعدة البيانات المستقبلية معالجة تسلسل الجينوم الكامل للصور أحادية الخلية و ATAC-Seq و FISH. نعتقد أن SCPortalen سيكون مصدرًا مفيدًا لمجتمع البحث أحادي الخلية.


عام

مميزات

معاجلة البيانات

  1. تحقق من عدم وجود تسرب أو كسر في جميع الحاويات.
  2. قم بإزالة الخلايا المجمدة من عبوة الثلج الجاف وضع الخلايا على الفور عند درجة حرارة أقل من -130 درجة مئوية ، ويفضل أن يكون ذلك في بخار النيتروجين السائل ، حتى تصبح جاهزة للاستخدام.

لضمان أعلى مستوى من الصلاحية ، قم بإذابة القارورة وابدأ الثقافة في أسرع وقت ممكن عند الاستلام. إذا كان التخزين المستمر للثقافة المجمدة ضروريًا عند الوصول ، فيجب تخزينها في طور بخار النيتروجين السائل وليس عند -70 درجة مئوية. التخزين في درجة حرارة -70 درجة مئوية يؤدي إلى فقدان الصلاحية.

  1. قم بإذابة القارورة عن طريق التحريك اللطيف في حمام مائي 37 درجة مئوية. لتقليل احتمالية التلوث ، احتفظ بالحلقة على شكل O والغطاء بعيدًا عن الماء. يجب أن يكون الذوبان سريعًا (حوالي دقيقتين).
  2. قم بإزالة القارورة من الحمام المائي بمجرد إذابة المحتويات ، وقم بإزالة التلوث عن طريق الغمس أو الرش بنسبة 70٪ من الإيثانول. يجب تنفيذ جميع العمليات من هذه النقطة فصاعدًا في ظل ظروف معقمة صارمة.
  3. نقل محتويات القارورة إلى قارورة زراعة الأنسجة 75 سم 2 وتمييع مع وسط الثقافة الكاملة الموصى بها (انظر معلومات الدفعة المحددة لنسبة التخفيف الموصى بها). من المهم تجنب القلوية المفرطة للوسط أثناء استعادة الخلايا. يُقترح ، قبل إضافة محتويات القارورة ، وضع وعاء الاستزراع المحتوي على وسط النمو في الحاضنة لمدة 15 دقيقة على الأقل للسماح للوسيط بالوصول إلى الرقم الهيدروجيني الطبيعي (7.0 إلى 7.6).
  4. احتضان الثقافة في 37 درجة مئوية في حاضنة مناسبة. شركة 5٪2 يوصى باستخدام الوسيط الموصوف في ورقة المنتج هذه.

إذا كان من المطلوب إزالة العامل الواقي من التجمد على الفور ، أو الحصول على تعليق خلية أكثر تركيزًا ، فقم بالطرد المركزي لتعليق الخلية عند 125 × ج تقريبًا لمدة 5 إلى 10 دقائق. تجاهل المادة طافية وأعد تعليق الخلايا ذات وسط النمو الجديد بنسبة التخفيف الموصى بها في معلومات الدُفعة المحددة.

  1. إزالة وتجاهل الثقافة المتوسطة.
  2. اشطف طبقة الخلية لفترة وجيزة بـ 0.25٪ (وزن / حجم) من محلول التربسين- 0.53 ملي مولار EDTA لإزالة كل آثار المصل الذي يحتوي على مثبط التربسين.
  3. أضف 2.0 إلى 3.0 مل من محلول Trypsin-EDTA لقارورة ولاحظ الخلايا تحت مجهر مقلوب حتى تتشتت طبقة الخلية (عادة في غضون 5 إلى 15 دقيقة).
    ملاحظة: لتجنب التكتل ، لا تقم بتحريك الخلايا عن طريق ضرب أو هز القارورة أثناء انتظار انفصال الخلايا. يمكن وضع الخلايا التي يصعب فصلها عند 37 درجة مئوية لتسهيل التشتت.
  4. إضافة 6.0 إلى 8.0 مل من وسط النمو الكامل ونضح الخلايا عن طريق الماص بلطف.
  5. إضافة قسامات مناسبة من تعليق الخلية لأوعية الثقافة الجديدة.
  6. احتضان الثقافات عند 37 درجة مئوية.

مواصفات مراقبة الجودة

تاريخ

إخلاء المسؤولية القانونية

يتم تقديم المنتج "كما هو" ويتم ضمان صلاحية منتجات ATCC & reg لمدة 30 يومًا من تاريخ الشحن ، بشرط أن يكون العميل قد قام بتخزين المنتج والتعامل معه وفقًا للمعلومات الواردة في ورقة معلومات المنتج ، والموقع الإلكتروني ، و شهادة تحليل. بالنسبة للثقافات الحية ، يسرد ATCC تركيبة الوسائط والكواشف التي ثبت أنها فعالة للمنتج. في حين أن الوسائط والكواشف الأخرى غير المحددة قد تؤدي أيضًا إلى نتائج مرضية ، فقد يؤثر التغيير في البروتوكولات الموصى بها من قبل ATCC و / أو المودعين على استعادة المنتج و / أو نموه و / أو وظيفته. إذا تم استخدام تركيبة وسيطة بديلة أو كاشف ، فإن ضمان ATCC للصلاحية لم يعد صالحًا. باستثناء ما هو منصوص عليه صراحة في هذه الوثيقة ، لا يتم تقديم أي ضمانات أخرى من أي نوع ، صريحة أو ضمنية ، بما في ذلك ، على سبيل المثال لا الحصر ، أي ضمانات ضمنية خاصة بالتسويق أو الملاءمة لغرض معين أو التصنيع وفقًا لمعايير ممارسات التصنيع الجيدة (cGMP) والنموذجية والسلامة والدقة و / أو عدم الانتهاك.

هذا المنتج مخصص للاستخدام في الأبحاث المختبرية فقط. غير مخصص لأي استخدام علاجي حيواني أو بشري ، أو أي استهلاك بشري أو حيواني ، أو أي استخدام تشخيصي. يحظر أي استخدام تجاري مقترح بدون ترخيص من ATCC.

بينما تبذل ATCC جهودًا معقولة لتضمين معلومات دقيقة وحديثة في ورقة المنتج هذه ، لا تقدم ATCC أي ضمانات أو إقرارات فيما يتعلق بدقتها. يتم توفير الاستشهادات من المؤلفات العلمية وبراءات الاختراع لأغراض إعلامية فقط. لا تضمن ATCC تأكيد صحة هذه المعلومات أو اكتمالها ويتحمل العميل وحده مسؤولية تأكيد دقة واكتمال أي من هذه المعلومات.

يتم إرسال هذا المنتج بشرط أن يكون العميل مسؤولاً ويتحمل جميع المخاطر والمسؤوليات فيما يتعلق باستلام منتج ATCC ومناولته وتخزينه والتخلص منه واستخدامه بما في ذلك على سبيل المثال لا الحصر اتخاذ جميع احتياطات السلامة والتعامل المناسبة لتقليل الصحة أو المخاطر البيئية. كشرط لاستلام المادة ، يوافق العميل على أن أي نشاط يتم إجراؤه مع منتج ATCC وأي ذرية أو تعديلات سيتم إجراؤها وفقًا لجميع القوانين واللوائح والإرشادات المعمول بها. يتم توفير هذا المنتج "كما هو" بدون أي تعهدات أو ضمانات من أي نوع باستثناء ما هو منصوص عليه صراحةً في هذه الوثيقة ولن تتحمل ATCC بأي حال من الأحوال مسؤولية شركة ATCC وأولياء الأمور والشركات التابعة لها والمديرين والمسؤولين والوكلاء والموظفين والمتنازل لهم والخلفاء والشركات التابعة لها بأي حال من الأحوال. الأضرار الخاصة أو العرضية أو التبعية من أي نوع فيما يتعلق أو الناشئة عن استخدام العميل للمنتج. في حين يتم بذل جهد معقول لضمان أصالة وموثوقية المواد المودعة ، فإن ATCC ليست مسؤولة عن الأضرار الناشئة عن الخطأ في تعريف هذه المواد أو تحريفها.


هل توجد قاعدة بيانات تحتوي على متواليات من خطوط الخلايا البشرية؟ - مادة الاحياء

يوفر PhosphoSitePlus & # 174 معلومات وأدوات شاملة لدراسة تعديلات البروتين بعد الترجمة (PTMs) بما في ذلك الفسفرة والأستلة والمزيد. استخدام الويب مجاني للجميع بما في ذلك الإعلانات التجارية.

البحث عن البروتين أو التسلسل أو المرجع:تسترد عمليات البحث عن البروتين قوائم البروتينات وأنواع تعديلها بناءً على اسم البروتين أو معرفه ، ونوع البروتين ، والمجال ، والمكون الخلوي ، و MW ، ونطاق pI. تسترجع عمليات البحث المتسلسلة قوائم البروتينات والتسلسلات التي تحتوي على تسلسلات محددة ، وعناصر متدهورة ، ومجالات. البحث عن المراجع من قبل المؤلف أو البروتين يسترد قوائم مراجع الأدب ذات الصلة. تُرجع عمليات البحث في PubMedID معلومات حول المواقع المنسقة من الورقة المختارة.

بحث الموقع:استرجع قوائم مواقع التعديل التي تفي بمعلمات البحث المحددة. تتضمن مخرجات البيانات المخلفات المعدلة وتسلسلات المرافقة ، أسماء البروتين والجينات ، والمعلومات ذات الصلة.

البحث المقارن في الموقع:يسترجع قائمة بالمواقع المعدلة التي تمتلك سمات معينة محددة ويستبعد أخرى. يمكن تقييد عمليات البحث بثمانية معايير: المواقع المستجيبة لعلاجات محددة ، أو تلك التي تمت ملاحظتها في أنواع أو مجالات أو مكونات خلوية أو حالات مرضية أو خطوط خلوية أو أنواع خلايا أو أنسجة معينة من البروتين.

تصفح بيانات MS2 حسب المرض:يسمح للمستخدم بتصفح سجلات MS / MS المنسقة عن طريق اختيار نوع المرض. تظهر النتائج عدد السجلات ومواقع التعديل المرتبطة التي لوحظت في المرض المحدد.

تصفح بيانات MS2 حسب الخط الخلوي:يسمح للمستخدم باستعراض سجلات MS / MS المنسقة عن طريق تحديد خط خلية. تظهر النتائج عدد السجلات ومواقع التعديل المرتبطة التي تمت ملاحظتها في خط الخلية المحدد.

تصفح بيانات MS2 حسب الأنسجة:يسمح للمستخدم بتصفح سجلات MS / MS المنسقة عن طريق اختيار الأنسجة. تظهر النتائج عدد السجلات ومواقع التعديل المرتبطة التي لوحظت في الأنسجة المختارة.


التحميلات

استخدم خيار "Explore" لفتح مجموعة بيانات في Tableau حيث يمكنك تصفح الببتيدات والبروتينات وأنواع الخلايا بشكل تفاعلي في متصفحك مباشرة!

شرح توضيحي لأنواع الخلايا

وصف وأصل جميع أنواع الخلايا والأنسجة المستخدمة في CSPA.

مصفوفة جميع البروتينات وكشفها في أنواع الخلايا المختلفة.

ملف إكسل يحتوي على 6 جداول مرتبة في أوراق مختلفة:

  1. قائمة بجميع البروتينات المحددة داخل أنواع الخلايا المختلفة
  2. مصفوفة من 1492 بروتينًا بشريًا مقابل 47 نوعًا من الخلايا البشرية
  3. مصفوفة من 1296 بروتين فأر مقابل 31 نوعًا من خلايا الفأر
  4. Table containing the number of identified proteins of each cell type
  5. Matrix with human surfaceome proteins and cells and their estimated relative quantities in log2 scale
  6. Matrix with mouse surfaceome proteins and cells and their estimated relative quantities in log2 scale

Sisyphus CSPA

Filemaker based database containing the easy-to-navigate Sisyphus database executable.

CSPA validated surfaceome proteins

Excel file containing all human and mouse surfaceome proteins in two tables and an additional table with all identified N-glycopeptides:

  1. List of 1492 human surfaceome proteins and their annotation.
  2. List of 1296 mouse surfaceome proteins and their annotation.
  3. List of 13942 mouse and human derived N-glycopeptides, including identified modified form.

Corrected topologies

PDF files with original and based on N-glycopeptide identification corrected topology pictures of 51 human proteins and 39 mouse proteins. The pictures were created with PROTTER and identified N-glycopeptides were marked yellow.

CSPA based spectral libraries for human proteins

ZIP file, containing a README.txt file and two subfolders with the respective spectral libraries:

  1. The .pepidx, .spidx and .splib file of the human spectral library for proteins within the CSPA. The sequence motiv N-X-S/T has been modified to D-X-S/T, which corresponds to a deamidated asparagine (N). Methionines are variable modified by oxidation and a decoy spectral library is appended.
  2. The .pepidx, .spidx and .splib file of the human spectral library for proteins within the CSPA. Asparagines and methionines can be searched with variable modifications of deamiation and oxidation, respectively and a decoy spectral library is appended.

CSPA based spectral libraries for mouse proteins

ZIP file, containing a README.txt file and two subfolders with the respective spectral libraries:

  1. The .pepidx, .spidx and .splib file of the mouse spectral library for proteins within the CSPA. The sequence motiv N-X-S/T has been modified to D-X-S/T, which corresponds to a deamidated asparagine (N). Methionines are variable modified by oxidation and a decoy spectral library is appended.
  2. The .pepidx, .spidx and .splib file of the mouse spectral library for proteins within the CSPA. Asparagines and methionines can be searched with variable modifications of deamiation and oxidation, respectively and a decoy spectral library is appended.

CSPA toolbox

Excel file containing tables for generating inclusion lists and transition list of surfaceome proteins within the CSPA:


<p>This section provides information on the quaternary structure of a protein and on interaction(s) with other proteins or protein complexes.<p><a href='/help/interaction_section' target='_top'>More. </a></p> Interaction i

<p>This subsection of the <a href="http://www.uniprot.org/help/interaction%5Fsection">'Interaction'</a> section provides information about the protein quaternary structure and interaction(s) with other proteins or protein complexes (with the exception of physiological receptor-ligand interactions which are annotated in the <a href="http://www.uniprot.org/help/function%5Fsection">'Function'</a> section).<p><a href='/help/subunit_structure' target='_top'>More. </a></p> Subunit structure i

Found in a mRNP complex with UPF1, UPF2, UPF3B and XRN1 (PubMed:14527413). Associates with alpha and beta tubulins (By similarity).

Interacts with DIS3L2 (PubMed:23756462).

Interacts with ZC3HAV1 in an RNA-dependent manner (PubMed:21876179).

Interacts with ZFP36L1 (PubMed:15687258).

Interacts with TRIM71 (via NHL repeats) in an RNA-dependent manner (PubMed:23125361).

Interacts with YTHDC2 (via ANK repeats) (PubMed:29033321).

Manual assertion inferred from sequence similarity to i

Manual assertion based on experiment in i

Protein-protein interaction databases

The Biological General Repository for Interaction Datasets (BioGRID)

CORUM comprehensive resource of mammalian protein complexes

Database of interacting proteins

Protein interaction database and analysis system

Molecular INTeraction database

STRING: functional protein association networks

Miscellaneous databases

RNAct, Protein-RNA interaction predictions for model organisms.


Is there a database containing sequences of human cell lines? - مادة الاحياء

This brain cell database contains a survey of biological features derived from single cell data, from both human and mouse. It is part of a multi-year project to create a census of cells in the mammalian brain.

The database contains electrophysiological, morphological, and transcriptomic data measured from individual cells, as well as models simulating cell activity. Thus far, data generation has focused on select areas of cerebral cortex, and thalamic neurons.

Browse electrophysiological response data and reconstructed neuronal morphologies using the Cell Feature Search tool. Single cell gene expression data is described on the RNA-Seq Data page.

Use the Allen Software Development Kit (SDK) to programmatically access and analyze raw data, and to run models.

Data can be downloaded by selecting individual experiments in the Cell Feature Search tool, by accessing transcriptomic RNA-Seq files, or through the Allen SDK or API.

Single Cells from Human Brain

Cells are acquired from donated ex vivo brain tissue dissected from temporal or frontal lobes, based on anatomical annotations described in The Allen Human Brain Reference Atlas. For electrophysiological and morphological analyses in the cortex, cells are selected based on soma shape and laminar location.

For transcriptomic analysis, individual layers of cortex are dissected, and neuronal nuclei are isolated. Laminar sampling is guided by the relative number of neurons present in each layer.

Single Cells from Mouse Brain

Cells are acquired from selected brain areas in the adult mouse. Cells are identified for isolation using transgenic mouse lines harboring fluorescent reporters, with drivers that allow enrichment for cell classes based on marker genes. For electrophysiological and morphological analyses, excitatory cells with layer-enriched distribution and inhibitory cells expressing canonical markers were isolated. Brain areas selected for analysis include subregions from visual cortex, motor cortex and anterior lateral motor cortex (ALM), in the secondary motor area (MOs). Subregions from visual cortex (secondary visual areas) are also included.

For transcriptomic analysis, regional and laminar dissections were performed on specimens from pan-neuronal, pan-excitatory, and pan-inhibitory transgenic lines, to sample comprehensively. Data from the lateral geniculate nucleus (LGd) is also included.


شاهد الفيديو: العالم الان مع الأسف سامحوني اخبار صعبه (شهر فبراير 2023).