معلومة

لماذا توجد متواليات متعددة لنفس المقطع بالنسبة "لسلالة" فردية من الإنفلونزا؟

لماذا توجد متواليات متعددة لنفس المقطع بالنسبة


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

أنا أبحث في جينوم فيروس الأنفلونزا المستخدم في لقاح الإنفلونزا 2017-2018: A / Michigan / 45/2015.

عندما أنظر أدناه إلى المقاطع الفردية ، هناك 4 تسلسلات لكل مقطع - ألا يجب أن يكون هناك تسلسل واحد فقط لـ "سلالة" واحدة؟ هل هذا بسبب معدلات الطفرات السريعة؟ أم أنها تشمل كلا من الإحساس الإيجابي والسلبي بالفيروس؟

تحرير: آسف ، الارتباط هنا:

https://www.fludb.org/brc/fluStrainDetails.spg؟strainName=A/Michigan/45/2015(H1N1)&decorator=influenza


يبدو لي أن موقع الويب الذي تبحث عنه يأخذ في الغالب البيانات المتاحة للجمهور من Genebank (مستودع NCBI لبيانات التسلسل) ويجمعها لتشكيل نظرة عامة.

بالنسبة لسؤالك ، هذا يعني أن هناك 4 مجموعات بيانات متسلسلة متوفرة لسلالة إنفلونزا A / Michigan / 45/2015 - من المحتمل أن تكون متشابهة جدًا ولكن بناءً على طول المقطع المبلغ عنه غير متطابق تمامًا.

أم أنها تشمل كلا من الإحساس الإيجابي والسلبي بالفيروس؟

إذا كنت تقصد الإيجابي والسلبي ساحل من الحمض النووي ، إذن لا - نظرًا لأن تسلسل هذين العنصرين مكمل دائمًا ، فإن مستودعات Genebank تخزن فقط التسلسل الأمامي.

يمكنك أيضًا أن ترى أن مجموعات البيانات الأربعة المختلفة متشابهة أرقام الامتياز:
KY117020 - 27 (ممر M1 / ​​C3)
KU509700-07 (ممر E1)
KU933490-07 (ممر E3)
KY090607-14 (Passage M1 / ​​IR)

يمكنك البحث عن مزيد من التفاصيل عن هذه المدخلات على موقع بنك الجينات:

  • يبدو أن جميع مجموعات البيانات الأربعة جاءت من نفس المنشور
  • ... الذي يبدو أنه لم يتم نشره مطلقًا (لذا فهو غير متوفر على الإنترنت) ، ولكنه قد يكون جزءًا من بعض برامج منظمة الصحة العالمية؟
  • الاختلاف الرئيسي بين مجموعات البيانات الأربعة التي يمكنني العثور عليها هو الممر من السلالة. أنا لست متخصصًا في علم الفيروسات ، لذلك لست متأكدًا تمامًا مما يعنيه ذلك ، لكن في ممر بيولوجيا الخلية يصف الوقت الذي كان فيه خط خلية معين (في المختبر) حضاره.

هذا نموذجي جدًا للأنفلونزا ، ويعكس غموض "التسلسل" عند الحديث عن فيروسات RNA سريعة التحور. توجد مثل هذه الفيروسات على أنها "سحابة" من التسلسلات المتغيرة. من المحتمل أن تحتوي نسخة واحدة من الإنفلونزا على متغيرات في كل موقع واحد من الجينوم. يسمح ذلك أيضًا للفيروس بالخضوع لانتقاء طبيعي سريع للغاية ، بما في ذلك خلال الممرات المختبرية (والتي من الواضح أنها لا يتم إجراؤها باستخدام البشر المصابين ، ولكنها قد تكون في أنواع مختلفة من الخلايا ، أو في كثير من الأحيان في البيض).

السيناريو الشائع لعزل الإنفلونزا (خاصة تلك التي ، مثل MI / 45 ، تستخدم في اللقاحات) سيكون مسحة أنف شخص ما ، واستخدام المسحة لتلقيح بيضة لتحضير فيروس مخزون ، وإرسال هذا المخزون إلى العديد من المعامل الأخرى ، تنمو مجموعة فرعية في الخلايا ، ولديها مختبر آخر ينمو بعضها في خلاياها أو بيوضها ، وما إلى ذلك. إذا تم استخدامه في اللقاحات ، فقد يتم تحويله إلى إعادة تصنيف ذات عمود فقري مختلف (أقل ضراوة) ، لكن الجينات السطحية ستظل تسمى MI / 45. يقوم كل مختبر بتسلسل الفيروس ، غالبًا في خطوات متعددة في المقطع ؛ وفي كل خطوة ، هناك فرصة للفيروس إما للخضوع للاختيار ، أو ببساطة للانجراف ، وتغيير تسلسله. أو ، بالطبع ، إذا لم يتم تغييرها ، فقد يتم إيداع تسلسلات متطابقة في قواعد البيانات ، وربما تبدأ عند نقاط مختلفة قليلاً اعتمادًا على بروتوكول التسلسل الخاص بكل مختبر.

يتم تسلسل العديد من الفيروسات مرة واحدة فقط ، ربما كعزل أصلي أو ممر مبكر ، لأنه لا يوجد سبب (أو قدرة) لمزيد من البحث في عشرات الآلاف من العزلات التي يتم أخذها كل عام ، ولكن حيث يوجد سبب للنظر في فيروس الأنفلونزا أكثر من مرة ، والبروتوكول القياسي هو إعادة تسلسله في كل مرة يتم استخدامه. يمكنني أن أضمن أن هناك أكثر من 4 تسلسلات من MI / 45 هناك ، ربما هناك أكثر من 400 تم إجراؤها في جميع أنحاء العالم ، إنه فقط لا فائدة من إيداعها جميعًا.


شاهد الفيديو: 09: Sequences and Summations - المتواليات والمجاميع (ديسمبر 2022).